赤水玄珠

全書共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76門，論述內外婦兒各科病症，每門再條分縷析，分述因、證、治方、附諸家治驗。本書以明證為主，廣輯《內經》及其後170餘種醫著，結合自己經驗，編撰成書。

《醫旨緒餘》2卷，為《赤水玄珠》續編。上卷44篇，下卷26篇。集諸家之説，辯論臟腑、氣血、經絡、腧穴。闡述太極、陰陽、五行，解釋命門、相火、三焦之意。對前代諸家學説，評述較為公允。

《孫氏醫案》又名《孫文垣醫案》，5卷。由子泰來、明來及門人餘煌等整理而成。按孫氏行醫地區順序編寫，分《三吳治驗》2卷、《新都治驗》2卷、《宜興治驗》1卷。共集醫案300多例，各案以時間為序，少敍醫理，多論證治，與前兩書相輔相成。

本書彙集明代以前諸家之粹，所論精闢，是一部有參考價值的綜合性醫書。