農大菌物語

配音演員：阪口大助

主人公，農大農學部一年級生，種曲店（又稱做豆芽店）的次子，擁有看見“菌”的能力。除能與空氣中的“菌”進行對話外，也可以徒手抓住空氣中的“菌”。被嚇一大跳後會變得暫時看不見“菌”（結城螢變身女裝時候），再次被嚇一跳後就會恢復的。

結城螢

配音演員：齋賀光希

直保從小就認識的好友，為了挑戰自我而穿上哥德蘿莉塔裝成為偽娘。農大農學部一年級生，是釀酒場老闆的兒子，和火落菌（食果糖乳桿菌、Lactobacillus fructivorans）有着深仇大恨，對直保抱有好感。

配音演員：大原沙耶香

樹慶藏老師的研究生，能力很強同時家裏還非常有錢，個性也非常現實，平日打扮為黑色連衣皮裙和黑色過膝高跟皮靴，身披實驗服。性格強勢，給人一種高高在上難以相處的感覺，不過和直保他們相處下來已經慢慢開始改變，第二季揭露從小生活在父親的壓力下並藉由留在大學做研究生逃避現實，似乎對美里薫有些好感。

配音演員：神田朱未

農大農學部一年級生，專長除菌，潔癖非常的嚴重會隨手攜帶清潔用品，主要角色中唯一不知道直保擁有看見“菌”的能力，第二季中，雖然直保當面承認自己的特殊能力但因個性遲鈍的關係而沒有發覺，甚至當直保在開玩笑。菌鬼怪二號。

配音演員：能登麻美子

農大農學部三年級生，也是樹研究室唯一的討論發表會生，外形亮麗深受農大男生們的歡迎，但曾遇上愛情騙子因而加入幽浮研究社，酒癖差常喝的酩酊大醉，但本人似乎很喜歡喝酒。

美里薰

配音演員：小西克幸

農大農學部二年級生，住在學校宿舍內，喜歡喝酒。

配音演員：杉山紀彰

農大農學部二年級生，和美里同寢，對蟲有詳細研究，第二季透露小時候曾在墨西哥生活過。

配音演員：西村知道

農大的農學部教授，和直保的爺爺是舊識，受託照顧直保。

田中恭子

配音演員：菊地亞美

瑪麗

配音演員：澤城美雪

直保等人前往法國尋找遙時在半路上遇到的法國少女，本身日語十分流利，長相跟穿了女僕服的螢非常近似，不過與黑色系的螢不同，瑪麗以白色系的服裝為主。

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