護國良相狄仁傑之京都疑雲

大周朝初年，在女皇武則天的治理之下，國泰民安，然而朝中李、武兩族間的爭鬥卻一直不曾停息。 宮女阿香深夜行刺武則天，並有多名蒙面刺客裏應外合，所幸武則天並未受傷。阿香被活捉後離奇死亡，御醫也在驗屍後自縊身亡，連阿香的屍體都不翼而飛。於是武則天下旨速召狄仁傑回京斷案。此刻辭官回鄉的狄仁傑正和手下喬泰、馬榮忙着為隨從陶甘操辦喜事，然而太原知府計中卻告知他陶甘和喬泰殺死了京城來的兩名內侍。由於武則天得不到狄仁傑的消息，於是稱病辭朝帶着上官婉兒和男寵張昌宗秘密出京尋找狄仁傑。並下令由太子李哲和武三思攝政，宰相張柬之從旁監督。

狄仁傑為了向喬泰和陶甘瞭解情況，不得不私心計中來訪一事告訴二人，但兩人均大惑不解，狄仁傑他們在喬泰住所發現了被人藏起的聖旨。 武則天曆盡艱辛終於到達狄村，狄仁傑向她如實稟告了自己無法遵旨入京的緣由。武則天對狄仁傑信任有加，未聽信張昌宗的讒言，而且下令由狄仁傑負責調查皇宮行刺一案。

武則天在軲轆的酒店被盛情款待之後，乘着餘興在鄉間漫步閒遊，不知不覺迷失了方向，幸虧喬泰等人及時趕到。 在狄府為武則天洗塵避驚的晚宴上武則天賜酒給保護自己有功的喬泰以示獎賞。不料，酒後喬泰突改常態，舉劍要砍殺武則天，狄仁傑以身相護。危急關頭，陶甘的新娘東方雨不得已砍下了喬泰持劍的那隻胳膊。本來，喬泰已經止血並且傷勢無礙性命，可後來還是莫名其妙地死去了。為查其死因，狄仁傑請來藥神王驗屍，最終陶甘施計使本不肯明示的藥神王説出了喬泰是中“迷天散”而死的實情。

阿香的屍體不知為何出現在太平公主的後花園中，公主懷疑是太子有意陷害。 狄仁傑從喬泰的死因聯想到阿香的死因，同為“迷天散”所害，並且種種跡象推斷陷害喬泰的兇手就在自己的身邊。馬榮和其妻妹藍白認為兇手就是東方雨，陶甘一時難以相信，為弄清真兇，他趁東方雨黑夜到喬泰墳前前祭奠之際假扮喬泰，卻被張昌宗和所帶護衞跟蹤發現，一時引火上身，為平息事態，狄仁傑只好重新打開喬泰棺木。

武則天要去軲轆酒店品嚐美食，狄仁傑將計就計，讓武則天當晚留宿酒店。就在刺客剛要動手時，早已埋伏好的馬榮出現，打鬥中撩開刺客的面紗，眾人看後無不目瞪口呆。 通過行刺者的陳述及上官婉兒的協助。狄仁傑最終斷定“獨孤仇”即是計中。 武則天為使緝查刺客一事水落石出，任命狄仁傑為新任太原知府。

狄仁傑從當年後宮的一件冤案中推斷出了殺害馬榮妻子的兇手。陶甘和馬榮在村外東山上發現了一具女屍，經驗屍官辯認，判斷此人就是計中母親，狄仁傑百思不解為什麼神秘女人要扮成計中的母親，秘密來訪告之他計中的家世。 東方雨的姐姐西門春子突然來到狄村，催東方雨為報殺母之仇，結果武則天的性命。東方雨怕丈夫因此受到牽連，一時不知如何是好，內心極為痛苦。

計中之母被害之事還未查明，在村外的荒坡上又發現了兩具男屍，從被害方式可斷定二人均死於一人之手，且此人武功非同尋常。 西門春子報仇心切，警告妹妹東方雨必須儘快完成使命，否則村民會再死無辜，東方雨無奈之下勸求陶甘與自己離開狄村。就在離開的前夜，不想一起命案使身受不白之冤，一貫明察秋毫的狄仁傑也判定陶甘是兇手。 東方雨在縣衙大堂之上，大罵狄仁傑是個忘恩負義的昏官。

大堂之上，狄仁傑給陶甘施以重刑，激怒了愛夫心切的東方雨，她為報復狄仁傑，決定和西門春子一起刺殺武則天。刺殺中，狄仁傑未能抓住東方雨姐妹，卻出人意料的抓住了闖入狄村的計中。 計中在公審堂上強詞奪理，情急之下狄仁傑點破其真實身份。計中頓時原形畢露，目露兇光揚言要殺武則天。正在後堂審聽的武則天勃然大怒，斥令狄仁傑儘快了結此案殺了計中，臨死之時計中向狄仁傑供出了他的幕後主使。

太平公主暗中指使侍女阿星混入武三思府中，放入“迷天散”想嫁禍於他，張柬之慾藉此事向皇上諫言還政於太子，但太子無心理政。 西門春子巧扮東方雨，用沾有毒藥的尖刀刺傷了陶甘，並以解藥相挾，逼東方雨再次刺殺武則天，東方雨救夫心切咬牙答應。為保護姐姐，東方雨被刺成重傷，二人刺殺未遂後逃離。面對妹妹的真心痴情，西門春子的心靈受到強烈的震撼，她將解藥扔向了東方雨。狄府中，陶甘的病情日漸加重，大家為遲遲拿不到解藥憂心忡忡。

東方雨不顧傷勢帶着解藥艱難地來到狄府，陶甘終於獲救，東方雨卻因受傷、流產，失血過多，倒在丈夫的懷裏再也沒有起來。 失去妻子的陶甘悲痛萬分，向武則天講出了東方雨的真實身份，武則天沒想到自己當初設計害死的先帝寵妃蕭淑妃的兩個女兒都長這麼大了，她戰戰而慄。然而武則天並沒因此震怒，反而冊封陶甘為四品帶刀校尉，同時追諡東方雨為至孝公主，按皇親大禮安葬。

武則天帶着負疚之心來到東方雨墓前祭奠，不料遭遇西門春子的再次刺殺，眾人趕忙護駕。西門春子見勢不妙轉身逃走，陶甘獨自追至遠處，勸其不要再一意孤行，西門春子不以為然，陶甘因受東方雨所託，只好放走了她。 狄村老百姓自發組織了一隻隊伍護送武則天回京。 武三思聞知狄仁傑查出在他府中藏有“迷天散”，急忙找來張易之和老道商議對策，老道勸其儘快除掉太平公主，這些都被阿星偷聽到並告知了公主。 西門春子再次夜襲武則天，剛要被擒時被一黑衣人救走，狄仁傑斷定這是陶甘所為。混亂中，藍白不知去向。 武三思想到阿星就是藏在府中的卧底，為查出幕後主使，他暫未採取行動。太子生日將到，武三思為辦壽禮費盡心機。

在太子生日宴會上，太平公主不知何故姍姍為遲，張易之和武三思藉機發難，後來，御膳房又傳來太監因偷喝御酒中毒而死的消息，眾人聞後無不驚慌不已議論紛紛。武三思妄圖利用太監中毒之事嫁禍太平公主，但張柬之認為此事疑點重重，太子對此也束手無策，只好留待武則天回京後再作處理。武則天得知京城變故，在張昌宗的勸説下本想啓用武三思，但被狄仁傑設法説服她改變了初衷。太平公主因長期得不到阿星的音訊，恐對己不利，便派男寵南關月喬裝前去除掉了阿星。武三思為拉攏太子共同對付公主，到太子府告狀，被太子妃識破。張昌宗和武三思派來的人在荒野中會面，其行蹤被前來尋他的上官婉兒湊巧發現。

武則天下旨授權武三思掌管朝政，狄仁傑施計使其收回了成命。張昌宗為使武三思早日獨攬大權，深夜潛入上官婉兒房中去偷武則天的手諭，被婉兒發現後，倆人糾纏在一起。馬榮恰巧巡夜至此，馬上稟告了武則天。武則天趕來後，張昌宗施計污陷婉兒，婉兒情急中言語無意間觸怒了武則天，惹來殺身之禍。武則天經狄仁傑的多番勸解，終於赫免了婉兒，但張昌宗為此耿耿於懷。武則天和眾人加緊趕路，路宿荒郊一處破房時，遭一夥蒙面歹徒前來劫殺。

為了保護武則天的安全，村民和護衞死傷眾多，木頭也替武則天擋了眾箭，陶甘在歹徒的屍體上找到了宮中高手才持有的令牌。張昌宗和皇上手諭一同失蹤，武則天思念成疾。武三思得到張昌宗送來的聖旨，如獲至寶，氣焰囂張。陶甘受狄仁傑差遣進京聯絡張柬之，卻在半路上巧遇一個意想不到的人。武則天得知陶甘在武三思府被捉，認定是狄仁傑在幕後指使，狄仁傑黯然請求告老還鄉。

老道對屢次未能完成任務的西門春子十分不滿，便將她約至一荒郊僻靜處，西門春子感到形勢不妙，舉劍向老道刺去。武則天心煩意亂，帶着婉兒來到客棧處，一夥蒙面人將武則天劫持而去，眾人萬分焦急四處尋找，在村外荒野中找到了昏迷中的上官婉兒，軲轆這時也不知了去向。 武則天被綁架到一個偏僻的山村，醒來後，而對陌生的環境感到如墜夢裏。此時，她還不知一場磨難即將隨之而來。

武則天被綁架，狄仁傑徵調人馬的消息傳到京城後，朝廷一片混亂。 貴為天子的武則天在囚禁時受到非人的折磨，精神幾乎崩潰。狄仁傑在與囉嗦的攀談中得知了軲轆的真實家姓，經調卷詳查後，發現軲轆乃原先王皇后一族的後裔。馬榮外出打探，找到武則天被綁架的地方，狄仁傑決心領兵救出武則天。囚禁中的武則天遭人陷害，周圍人不明真相，咒罵她是魔鬼。此情此景，令她回想起了二十年前她還是貴妃在宮中發生的一件往事。

狄仁傑率領兵馬，趕在王氏族人對武則天行刑之前闖進王府。原來王氏家族的族長正是當年王皇后的胞妹王夫人。她指出自己的所做所為都是遵照先皇的旨意，並怒斥武則天當年的罪行。劫難過後，武則天對狄仁傑更加信任。武則天要將王氏家族滅門以消心頭之恨，狄仁傑受王夫人臨終前重託，對此加以勸阻，軲轆也聲淚俱下地跑來求情。武則天思考良久，叫來了馬榮。

狄仁傑為進一步查清案情，緝查幕後主使，故意放風出去，説武則天不日即將回京。武三思刺殺武則天未果，懊惱不已。此時老道趕來慌稱武則天已在王村被處死，勸其早日動手準備登基，利令智昏的武三思信以為真。太子妃設計使太平公主和武三思在皇宮中展開了一場激烈的較量。張柬之得知京城變故，急忙召見自己的親信商議對策。武三思利用手中的聖旨，軟禁太平公主，把持朝政，其勃勃野心終於公諸於眾。

老道害怕武三思利用手中的聖旨長期把持朝政，為達到打擊其力量的目的，她派南關月裝把陶甘和藍白救出來。張柬之等人把武三思趕下台，還政於太子，決定實行兵諫，一時之間，京城內刀光劍影殺機四伏。陶甘回到狄村把京城中的所見告訴了武則天，但武則天對此半信半疑。張昌宗得知武則天沒死的消息後，驚慌不已，叮囑武三思一定要斬草除根。上官婉兒潛回京城，見到太子，南關月受老道指使欲毒害被囚禁的太平公主。陶甘趕到救下公主，南關月見罪行敗露遂服毒而死，死前留下四句暗語。太子不知太平公主的去向，懷疑是武三思從中掏鬼，因此派人前去興師問罪。

武則天入京，命張柬之接駕，這讓張柬之意識到一個千載難逢的好機會來到了。南關月臨死前的暗語使狄仁傑認為操縱整個案件的最終幕後主使即將顯現出來。狄仁傑聞之張柬之前來接駕，料定其必生殺機，就在其前來接駕之時，狄仁傑臨危不懼，化解了一場禍患。武則天回到京城，將武三思拉出來受審。張氏兄弟二人自亂陣腳，扭打在一起。此時陶甘領兵找到了他們。

狄仁傑想要引出幕後真兇，可惜意圖早被對手識破，遂一無所獲。武則天被張氏兄弟的巧言令色所打動，下旨赫免了二人。張柬之對此非常不滿，遷怒於狄仁傑。狄仁傑在拜見太子之時無意中看見太子妃的書法，字裏行間讓狄仁傑有所發現。張柬之終於按捺不住，發動兵諫，皇宮內張易之人頭落地，武則天心驚膽顫。千鈞一髮之際，狄仁傑及時趕到，一場事關皇上安危，江山社稷的大亂終於平息下來。 狄仁傑費盡周折，終於找到了上官婉兒，就在案情將要取得重大進展之時，那隻一直躲藏在暗處的黑手伸向了狄仁傑。多日不見的老道終於親自出馬，欲置狄仁傑於死地。為保狄仁傑，軲轆死於刀下，馬榮也身受重傷。

皇宮大殿之上，狄仁傑面對皇親國戚，講述了自己受命千辛萬苦得到的調查結果，眾人聽到事實真相，無不啞口無言。武則天經一番深思熟慮後，終於決定把皇位傳與太子。看到皇位又回到了李氏家族手中，狄仁傑心願已了，如釋重負，但他一想起因這場皇權之爭而喪生的一個個無辜的生命，不禁黯然神傷。 翌日，新皇登基，朝中一派生機盎然的景象，而這時狄仁傑已經坐在了趕往狄村的馬車上。