識骨尋蹤第三季

首集劇情講述Brennan和Booth發現了一個頭骨，上面留有人類啃齧造成的痕跡，這些資料引領二人到一個秘密食人教派。與此同時，Zack的離去令Brennan和她的小組成員需努力去適應這個新的工作環境。

一輛小型客貨車在公路旁暫停位置爆炸，駕車的是一名住在郊外的婦人，Booth從車牌資料中找到車主Jeremy，似乎死者就是他的妻子。當時車內還有皮篋和一些記念品，Jeremy的太太是否離家出走？不過，Jeremy卻説她只是去探訪他們在大學唸書的女兒，事實究竟如何？　　另一方面，Brennan到獄中探望父親Max，不過二人關係仍然緊張。Max和Brennan道歉，但Brennan懷疑他只想博取Brennan為他出庭作證。

一具男人殘骸在叢林裏被發現，雙腳被斬，雙手受綁，小組接手調查，驗屍得出的線索把Brennan和 Booth帶到一處提供性虐待服務的小屋。Angela嘗試用催眠的方法去找出她那神神秘秘的丈夫的真正名字，以便跟他離婚。

Booth和Brennan新的治療師Lance Sweets年方廿二，卻打算評估兩人，看他們是否適合繼續結為工作搭擋，還是該拆夥；需要二人需要回家進行測試。與此同時，一具屍體在已空置的醫院內發現，而從屍體的腐爛程度來看，似乎屍身早在數星期前開始腐爛，可是屍身還是暖和的，而體內的温度更高達攝氏52度，原來屍體是被烹煮過！Angela鑑定後證實了死者是售賣有機食物的連鎖超級市場東主Franklin Curtis；而Hodgins更在死者的褲子上發現殺蟲劑，可是，這中年東主是致力於售賣有機食品的，他又怎會沾上殺蟲劑這類化學物呢，到底箇中原因是甚麼？

一名小孩到樂園內的萬聖節迷宮玩樂，在疑幻疑真的萬聖節裝飾中，小孩駭然發現一個像真度極高的木乃伊。Brennan檢驗後證實那具木乃伊真的是由一具屍體乾縮而成。Brennan的小組迅即證實死者是女性；而Hogins更發現屍體被塗上一層透明漆及有一個標示Free Church of America Thrift Store的貼紙。到底死者是誰，而她又為何會遇害？

醫院的焚化爐裏面，竟然有一具燒焦了的屍體，Angela重組屍骨頭顱的結果，顯示受害者是實習醫生Kristen，也就是從前在醫院工作的Reardon醫生的女兒。Angela知道Kristen與另一位已婚的醫院員工有非常密切的男女關係，究竟她的被謀害是否與此有關？

一個1987 年的時間囊裏面，竟然藏著一個失縱已久的年青電腦怪傑的屍體，並已化成水，只剩下一堆骨頭。Booth 與Brennan出動調查，發現原來他又涉及一個令人驚訝的秘密。

神秘組織Gormongon又再肆虐，引發新一輪的連環殺人事件。而Brennan與其兄弟的重聚，過程卻錯綜複雜。Booth正調查一具有刀傷、膝蓋骨被移除的裸屍，Brennan卻收到一份裝有膝蓋骨的包裹。包裹從華盛頓寄出，經檢驗後證實死者為華盛頓一位神父。另一邊廂，Brennan欲找她的兄弟Russ以告知他女友的女兒病危一事，但當他出現時Booth卻把他拘捕。Zack發現兇手所用的兇器與Gormongon所用的一樣，亦同時發現他們已被監視。Zack打算將計就計誘出兇手，Bernnan卻因此受到兇手的襲擊而受傷。

聖誕臨近，Booth和Brennan正忙於處理煩惱的家事。另一方面，一名聖誕老人被發現死於商場的下水道，屍身腐爛發臭，滿布蛆蟲。死者的頭顱有明顯的致命傷痕。Booth和Brennan經深入調查，發現死者名叫Kris，是一名全職的聖誕老人。經化驗顯示，死者身上的蛆蟲有燕窩湯的成分，Booth和Hodgins到全市唯一出售燕窩湯的中國餐館，發現同一種類的蛆蟲，也證實兇案現場正是餐館後的小巷。機緣下Booth和Brennan找到Kris曾經工作的聖誕老人公司，與同樣扮演聖誕老人的Jeff會面。Angela及Hodgins發現殺死Kris的兇器為聖誕鍾，在Booth的假設偵查下，兇手終於揭露真面目。

一對年輕情侶在一個温泉中發現了一名專業電單車賽車手的骸骨，正當調查小組以為他們已經破案的時候，又有另一宗電單車車禍發生，令事件更添神秘！另一邊廂，Sweets醫生促使Brennan 和Booth與他和他的女友四人約會。

Booth和Brennan抵達一所大學的體育館，並由保安主管引領他們到露天看台後面。原來一名學生在長週末假期後回校，在體育館發現了一堆佈滿寄生蛆蟲的骨頭。Booth詳細研究後，證實死者乃大學裏的籃球明星。到底行兇者是誰？多名人士均有嫌疑，而犯案者可能多於一人。

Brennan和Booth調查一宗有關一名年輕母親被殺的案件。有人在一輛駛離了車道的汽車上發現一具燒焦的屍體。經Brennan檢驗後，證實死者年約20歲，並剛生了孩子，而Booth則在案發現場附近發現一名男嬰連同汽車座椅被置於一棵樹上。及後，當Brennan和Booth準備為男嬰更換尿布時，他們在盛載尿布的袋子內發現了一把鑰匙，可是男嬰卻吞食了鑰匙。那麼，Brennan和Booth只好暫時代為照顧男嬰，直至他將鑰匙「歸還」。到底此案的來龍去脈是怎樣的，而Brennan和Booth又好何破案？

Brennan父親Max被控謀殺一案的審訊終於展開！Brennan的同事被傳召為控方的專家證人；而Brennan卻是辯方的法證顧問。在庭上，Caroline把Max描述成一名冷血殺手，但辯方律師David卻稱Max的表現完全是出於自衞，因為他與很多人為敵。Booth和Zack履行作為專家證人的責任。然而，Angela卻拒絕作供，她更因為藐視法庭而被戴上手銬押走。Brennan作為辯方的法證顧問，到底她能否找到證據證明父親無罪？

歌手Tommy Sour被殺；調查對象包括他的歌迷及敵人，特別是一名狂熱女歌迷，不過，她現在已將熱情轉投到Booth身上。當調查結束後，一件令人震驚的事件或許會永遠改變Jeffersonian隊…… pam出於嫉妒，想要槍殺bones，而booth為bones擋了一槍，倒地。

bones等出席booth的葬禮，後來Booth的出現説明他是出於需要“假死”，為了引出幕後的真正的兇手。Brennan很憤怒並毆打了Booth，她也試圖找出當時為何沒人提醒她Booth是假死而Jeffersonian斜眼小分隊的其他人都知道了，隨後她瞭解到她應該是被Dr. Sweets通知的，但是Sweets沒有告訴她以至於他可以通過這件事觀察Brennan面對Booth“死亡”時的舉動。 zack在尋找下顎骨的主人的試驗中，炸傷了自己，與此同時，藏於地下室保險庫的Gormogon銀骨架被人偷去，Jeffersonian隊員每人也成為嫌疑犯。最後bones發現zack是故意這麼做的，原因是他是Gormogon的愛徒。zack不得不離開了Jeffersonian，因為Booth的調度，Zack從而進入瘋人院而不是入獄，食人魔Gormogon也最終被擊斃。