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表達序列標籤
鎖定
表達序列標籤原理
EST是從一個隨機選擇的cDNA克隆進行5’端和3’端單一次測序獲得的短的cDNA部分序列,代表一個完整基因的一小部分,在數據庫中其長度一般從20到7000bp不等,平均長度為360±120bp 。EST來源於一定環境下一個組織總mRNA所構建的cDNA文庫,因此EST也能説明該組織中各基因的表達水平。
表達序列標籤技術路線
首先從樣品組織中提取mRNA,在逆轉錄酶的作用下用oligo(dT)作為引物進行RT-PCR合成cDNA,再選擇合適的載體構建cDNA 文庫,對各菌株加以整理,將每一個菌株的插入片段根據載體多克隆位點設計引物進行兩端一次性自動化測序,這就是EST序列的產生過程。
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表達序列標籤應用
EST作為表達基因所在區域的分子標籤因編碼DNA序列高度保守而具有自身的特殊性質,與來自非表達序列的標記(如AFLP、RAPD、SSR 等)相比更可能穿越家系與種的限制,因此EST標記在親緣關係較遠的物種間比較基因組連鎖圖和比較質量性狀信息是特別有用。同樣,對於一個DNA序列缺乏的目標物種,來源於其他物種的EST也能用於該物種有益基因的遺傳作圖,加速物種間相關信息的迅速轉化。
具體説,EST的作用表現在:
⑴ 用於構建基因組的遺傳圖譜與物理圖譜;
⑵ 作為探針用於放射性雜交;
⑶ 用於定位克隆;
⑷ 藉以尋找新的基因;
⑸ 作為分子標記;
⑹ 用於研究生物羣體多態性;
⑺ 用於研究基因的功能;
⑻ 有助於藥物的開發、品種的改良;
⑼ 促進基因芯片的發展等方面。正是因為EST 表現出了這些巨大潛能,使其得到了充分的利用與發展。