蟲奉行

　　月島仁兵衞懷着對蟲奉行所的嚮往來到了江户。迷路的仁兵衞得到了果子屋的阿春的接待，兩人在前往蟲奉行所的路上遇到了伏擊人類的蜘蛛，仁兵衞將其擊退。後來蜘蛛趁人不備劫走了小春。仁兵衞和蟲奉行所的三人救出了小春，眾人將巢穴中的蜘蛛一掃而空之後遇到了巨形蜘蛛。無涯先生出現消滅了怪獸，仁兵衞的能力被大家所認可並加入了蟲奉行所。

　　仁兵衞的目標是超越父親。晨會上松之原向仁兵衞解釋了蟲奉行所的由來，同時也告訴他一年來加入蟲奉行所的新人都沒能堅持下去，仁兵衞被要求一個月內不能拔刀。仁兵衞和火缽在巡邏時交流了過去的經歷，仁兵衞對於無涯先生也有了更多的瞭解。兩人在河邊發現了被襲擊的人類和動物，隨後巨大的青鬼蜻蜓出現了。仁兵衞在戰鬥中救了火缽一命，兩人合力消滅了怪獸蜻蜓。

　　仁兵衞想要拜戀川春菊為師學習刀法。兩人一同上屆巡邏時遇到了聲討春菊的行人，原來最近出現了刀法強的竊賊。當晚仁兵衞遇到了出現在劫案現場的春菊，為了給春菊洗脱罪名，仁兵衞幫助春菊越獄，兩人準備尋找真兇。松之原向蟲奉行大人彙報了春菊的生平。仁兵衞二人在擺脱警衞追擊時遇到了襲來的大刀螳螂，兩人合力消滅了怪物，原來怪物就是劫案的真兇。

　　仁兵衞等人合力消滅了進攻街道的蟲子後，一乃谷因為不滿其餘人的表現而脱離隊伍。晚上，一乃谷卻因為害怕蜈蚣而被仁兵衞發現。為了不讓別人發現他軟弱的一面仁兵衞幫一乃谷保守了這個秘密，同時為了克服這個弱點兩人進行了針對蟲子的特訓。次日眾人在街道上遇到了巨大的蜈蚣蟲子，一乃谷為了消滅怪獸保護街道克服了自己心中的恐懼，協助眾人消滅了蜈蚣怪獸。

　　無涯先生指明要仁兵衞陪同自己前去完成任務。兩人來到了任務指明的地點，接受了委託後兩人查看了蟲子襲擊的場所。仁兵衞消滅了一隻蟲子後眾人遇到了大量的大人蚤，無涯出手將其全部消滅。為了消滅出現在兩個地方的成年蟲子兩人兵分兩路。無涯將蟲子全部消滅後趕到了仁兵衞處，他被仁兵衞頑強的精神所感動。任務完成後兩人回到了蟲奉行所。

　　潛入蟲奉行所的面具男被仁兵衞和火缽制住，仁兵衞將其帶到了松之原處進行問話。原來他是為了獲取蟲類的知識而來，被揭下面具後長福丸露出了絕美的面容。仁兵衞送長福丸回家時遇到了襲擊人類的夜深蚊，長福丸用艾蒿的煙驅逐了夜深蚊，仁兵衞趁機消滅了怪獸。眾人為了慶祝大醉一場，長福丸趁機潛入，發現了一張秘密的圖卷。松之原要求他保密，否則就要揭穿他的身份。

　　富士山附近出現了神秘的巨形蟲類。江户城中，蟲奉行所的準備去觀看花火。巨形的獨角仙蟲類襲擊了江户城，除了仁兵衞之外的三人擊退了怪獸的第一波攻擊後準備疏散羣眾，無涯單獨前往討伐蟲類。此時仁兵衞也在蟲奉行所中遇到了神秘的銀髮少女。無涯經過一番苦戰擊退了巨蟲，仁兵衞和神秘少女也找到了合適的觀賞地點觀賞煙花，少女為了感謝仁兵衞送給了他自己的鈴鐺。

　　蟲狩的成員打算通過蟲奉行所打聽蟲奉行所在的“離”的位置。此時在江户的仁兵衞在休息時路遇了偽裝成受傷少女的蟲狩成員蜜月，蜜月想要通過誘惑仁兵衞探出蟲奉行所的情報。沒有成功的蜜月綁架了阿春威脅仁兵衞，即使如此也沒有探出情報的蜜月和仁兵衞在地底大戰一場。最後仁兵衞帶着阿春在蟲奉行所等人的幫助下逃出了生天。

　　蟲狩一行人發現了蟲奉行的所在之處並前往進行復仇。為了保護蟲奉行大人蟲奉行所的眾人全軍出動前往八丈島。在海上，眾人遇到了末那蚤的襲擊。春菊和末那蚤大戰一場之後勝利。眾人分開後逐個登島，仁兵衞和火缽在飛行時被蟲狩擊落。仁兵衞見到了蟲奉行，蟲奉行與趕來的蟲狩進行了戰鬥，剩餘的春菊等人也與蟲狩開始了遭遇戰。仁兵衞拼命的保護着蟲奉行。

　　春菊受到蟲狩挑撥對無涯拔刀相向，兩人開始了鏖戰。仁兵衞仍然在保護蟲奉行，但仁兵衞很快被蟲狩所打倒。另外一邊無涯為了化解春菊的憤怒故意不還手使得春菊明白了自己不是他的仇人。蟲奉行因為仁兵衞的傷而憤怒，變身成為黑鳳蝶將蟲狩三人擊退，但蟲狩使用特殊武器將其打回原形。無涯等人趕到後救出了蟲奉行和仁兵衞，但是兩人撤退時遭到了伏擊。

　　吳亞等人與蟲狩戰鬥拖延時間，蟲奉行獨自帶着仁兵衞逃跑。兩人遇到了追來的蒼願，危急時刻重傷的仁兵衞卻站了出來，面貌大變的仁兵衞實力暴增，輕易便將蒼願斬殺。覺醒的仁兵衞和春菊等人幾回合後變得敵我不分。將三名蟲狩制伏後仁兵衞進入了暴走狀態，對所有人進行無差別攻擊，多虧了蟲奉行的召喚仁兵衞才恢復了理智。蟲狩等人最終無功而返。

　　守備組損傷慘重，返回江户的蟲奉行組趕來助陣。仁兵衞及時趕到救下了危機之中的阿春，隨後仁兵衞也和他的父親相會。眾人清除了怪物後舉行了宴會，為了調差仁兵衞變身的真相，大家沒有告訴他事情的經過。仁兵衞決定跟隨父親進行修行。父親向仁兵衞傳授了富嶽三十六劍，之後仁兵衞終於學會了富嶽鐵錘擊。為了保護仁兵衞，蟲奉行並沒有告訴他事情的真相。

　　瓦板屋的王牌阿園為了打探仁兵衞的消息，來到了蟲奉行所眾人常來的女浴室。她先向阿春打探了仁兵衞初到江户的經歷，隨後又向蟲奉行所的火缽問詢了她和仁兵衞接觸的經過。此時在蟲奉行所中，蟲奉行也回想起了仁兵衞和自己的過往。阿園收集好資料後將之製成了瓦板。

　　神秘人出現在了江户並開始打探蟲奉行所的所在。春菊等人全都藉口休息不見蹤影，為此蟲奉行所購置了一批大炮作為防禦。江户突然出現的神秘人開始大開殺戒，武家組的眾人開始防禦。眾人用大炮擊碎了神秘人的外殼，但是卻奈何不了神秘人。此時仁兵衞趕來救援，修行完畢的仁兵衞擊退了怪物卻被怪物的分身術所剋制，及時趕來的春菊等人發現了敵人的弱點並消滅了怪物。

　　蟲人大軍逐漸向江户進軍，江户眾人只能寄託希望在蟲奉行身上。儘管蟲奉行已經失去了能力，在隨後與長福丸的接觸中，兩人交換了關於仁兵衞的情報。此時休假結束的眾人聚在一起聽仁兵衞的父親講述了過去在江户和仁兵衞母親相遇的故事。當晚蟲人的屍體被另一名蟲人偷偷帶走並銷燬，蟲奉行也為了奪回自己的力量而決定前往紀洲。

　　紀洲的藩主得到了公主即將來到紀洲的消息。此時真田幸村化身蟲人帶領蟲人軍隊也來到了紀洲，他要求藩主為他的軍隊打造一艘大船。仁兵衞三人在前往紀洲的路上越走越遠，守忠相大岡一路上給了仁兵衞許多提點。三人在路上遇到了真田十傑蟲之一，在蟲奉行的許可下仁兵衞和大岡合力將其擊退。此時真田幸村脅迫藩主發出了針對三人的通緝令。

　　藩主對紀洲全體民眾發出了對於仁兵衞等三人的通緝令，在真田幸村的武力脅迫下平民們開始了對三人的追查。仁兵衞等人很快在村莊中受到了村民的圍攻，三人消滅了來襲的山賊後被村民抓捕。隨後蟲人到來了村莊並劫持了一名少女，仁兵衞奮起直上與蟲人開始了戰鬥。最終在仁兵衞和大岡的合力之下怪物被消滅，三人也終於取得了村民的信任。

　　紀洲藩主為真田幸村所造的大船已經快要完工，仁兵衞三人也和火缽等人見了面，火缽姐妹終於相會。眾人與當地的領主會面後決定合作潛入紀洲。當晚蟲奉行和仁兵衞在河邊閒聊，蟲奉行對於仁兵衞的好感越發加深。次日大船終於完工，眾人也制定好了作戰計劃。蟲人們背信棄義決定殺光全部紀洲民眾，仁兵衞等人迅速前來救援。

　　仁兵衞等人為了拯救紀洲的百姓，正面出現在了真田幸村率領的蟲人大軍面前。真田幸村派出了手下的十傑蟲出戰，隨後仁兵衞和眾人走散後遇到了十傑蟲中的根津甚八。其餘人也遇到了其他的敵人。仁兵衞的敵人在落了下風之後突然變身成為人形，危急時刻仁兵衞想起了山嵐的奧義，並以此招擊敗了對手。仁兵衞繼續啓程尋找同伴，卻發現火缽被另外的十傑蟲制服了。

　　困住火缽的是十傑蟲之一霧隱才藏，他殺害師父並奪走封存卷軸。霧隱才藏使用幻術迷惑火缽和仁兵衞，還製造出火缽爺爺的幻像，但被火缽識破，原來這種叫蝴蝶之夢的幻術，是一種可以令人沉湎於夢境的禁術，在接下來的戰鬥中，火缽發現霧隱才藏是通過振翅發出聲音讓人進入催眠狀態，發現這個弱點後火缽和仁兵衞二人合力打敗霧隱才藏，可實際上他們打敗的只是影子，真正的霧隱才藏混在公主身邊。

　　仁兵衞和火缽和戀川他們會後，十傑蟲之一的兄弟二人組，三好清海入道和三好伊三入道阻住去路，春菊前去對戰，可二人是蟑螂不論戀川砍殺幾次他們都能再生，並且在這二對一的戰鬥中，無暇應對兩隻的春菊一直處於下風。兄弟兩人蜕皮成人型後，再生能力是之前的的五倍，春菊更是力不從心，但春菊不能原諒蟑螂兄弟對人命的不尊重，他使出慈合斬，一招便將他們斬成碎末不能再生。

　　在岔路口上大家兵分兩路，仁兵衞和天間一組，二人遇到了十傑蟲之一的穴山小介，天間操縱末吉和為吉攻擊穴山小介，雖然攻擊力很強但未能傷敵人毫髮，之後穴山小介對天間發動反擊，將天間打的傷痕累累，就要遭受最後一擊時，天間想讓父母看到自己努力的樣子的意願越來越強，他操縱式神合體，還沒來得及蜕皮的穴山小介就被合體式神打飛。

　　到達常市之井後，無涯識破才藏的身份，兩人打鬥時闖入了由利鐮之介和筧十藏為仁兵衞等人設置的結界中，這使仁兵衞得知了打破結界的方法，他和大岡忠相沖出結界，而春菊、火缽和天間則留在結界中繼續和敵人周旋，大岡讓仁兵衞趕去蟲奉行身邊，自己隻身前去找真田幸村，雖然大岡拼盡全力，可實力懸殊太大，真田幸村毫不費力就將大岡打的一敗塗地。

　　無涯看破才藏的幻術，趁他攻擊力最弱的時候將他抹殺並吸取他的力量。另一邊，為給公主爭取時間讓她入井恢復力量，仁兵衞和真田幸村正面交手，可他根本不是真田幸村的對手，被打入井內後，仁兵衞意外的看到公主的往昔，他用笑容温暖公主讓她不再猶豫。從井內出來後，仁兵衞從真田幸村口中得知，公主完全獲取力量之時也就是她失去記憶之日。

　　仁兵衞不能忍受公主失去快樂的記憶，便重返常市之井將公主帶出，可真田幸村卻不依不饒，即便是無涯出面阻攔難以對付，他以仁兵衞為人質逼迫公主重新返井。而另一邊，春菊、火缽和天間三人與利鐮之介和筧十藏陷入苦戰時，小鳥打破僵局將這兩個蟲人一招擊斃，當蟲奉行所的所有人都趕到井邊，決心保護已變身蝴蝶的公主時，仁兵衞卻被公主從背後襲擊。

　　真田幸村要帶失憶的公主回大阪遭到蟲奉行所眾人的阻攔，打鬥中無涯被蟲纏身，千鈞一髮之刻，仁兵衞力量覺醒，他幫無涯解圍後，漸漸靠近公主將她體內的毒素全部吸取出來，期間，公主的記憶慢慢恢復，她想起了仁兵衞，想起了保護紀州人民的使命，而深受重傷仁兵衞依舊抱着至死要贏信念，用月島流劍術打倒真田幸村。保護紀州的使命完成，蟲奉行所一行人乘船返回江户。