薄櫻鬼黎明錄

　　母親因病而亡的武士之後龍之介，失去了生活的信念，就在他四處彷徨時，被要上京的尊王攘夷派浪士打劫而身無分文。因為沒有食物和錢財，就在龍之介快餓死時，被前往京都路上的芹澤鴨救起，並被帶回剛成立的新選組（歲三等人剛剛上京），依次遇見了新選組眾人。厭惡武士這一職業的龍之介本打算道謝後就離開，卻被以其應報恩為由半強制地被芹澤收為小廝幫忙跑腿，留在新選組。同時新選組內部面臨重重危機，芹澤與歲三近藤等人的矛盾與日俱增。

　　齋藤來到了京城，回到了昔日武道館的同伴身邊，歲三命新八等人前去街上巡邏（還未得到番邦的同意），在街上遇見了為人打抱不平卻實際上連劍都不會拔的龍之介，眾人趕跑了仗着武士之威欺負平民的浪人。另一方面，為了迎接家茂公入閣，歲三等人前去護衞（實際上並不是真正意義上的護衞，幾乎只是圍觀），但僅僅如此讓近藤等人雀躍不已，新的未來彷彿就在眼前。

　　新八與齋藤在遭遇非法浪人，經歷一番激戰滿身浴血地回到了組裏，眾人分析了時局的不利性。不久之後會津公收新選組於其羽翼之下，使眾人得以堂堂正正上街巡邏。芹澤提出大家一起去花街慶祝，龍之介由此邂逅了言語頗為激烈刺激了芹澤的藝伎小玲，龍之介挺身保護小玲。另一方面歲三制訂了新選組的法令，內容及其言明，意圖在於限制芹澤等人的肆意行為。

　　由於上京以來總司的情緒問題，歲三勒令其離開新選組回去。此集講述了總司小時候被姐姐送到新選組成長起來的故事。殿內向芹澤表忠，有意表示對近藤非武士出身的嫌惡。卻被芹澤桶給了總司，晚間殿內被總司斬殺。

　　芹澤以收取保護費的方式為新選組籌錢，再次引來歲三眾人的不滿。龍之介再次巧遇小玲。另一方面，會津中將準備接見新選組，並觀摩組裏的比武。眾人以此為展示實力的好時機並最終贏得了中將的讚賞。

　　為解決組裏人手不足（實際上是幕府的命令）芹澤提出了利用雪村綱道的化若水，組裏的第一次實驗開始了，眾人都親眼目睹了變若水的可怕與不可控制性，另一方面芹澤與總司在大阪的時候與空手力士的打鬥演變成了一場亂鬥。

　　歲三與芹澤就大阪的亂鬥爭吵一番。芹澤身邊的新見積極地接觸雪村，進行更進一步變若水的實驗並以街上抓來的不法浪人為實驗對象，結果自然又引發了一場騷亂。

　　關於羅剎的騷亂不斷困擾着新選組。龍之介接受了齋藤的建議開始由其教授劍法。另一方面街上開始出現打着新選組旗號打劫錢財的浪人，由於人數眾多，歲三與山南與其眾人搏鬥時力不從心，最終使他們走逃。

　　龍之介被山崎指責不知道自己的目標、搖搖擺擺模糊的過着人生，既沒有武士的樣子，卻留在新選組不走，芹澤再次在花街惹出麻煩，人們開始畏懼新選組的存在。變若水的實驗對象擇為偷了芹澤東西的組裏成員，羅剎又一次竄入市井街道。

　　芹澤燒燬和外國做非法生意的黑店，不明事故的眾人都以新選組為惡。隨着清晨的一聲炮響，國內動亂的格局與戰爭似乎一觸即發，新選組接到命令前去護駕，不為軍隊所認可的新選組在兩難境地之時，芹澤顯示出了異常的膽魄，由於此次護駕的優秀表現，新選組被授予“新撰組”的名號（之前為只稱壬生浪人組）。

　　近藤勸説芹澤先生隱退（迫於會津公對於芹澤表現不滿的壓力），表明自己一定會使組裏壯大龍之介巧合之下得志了芹澤不久之後將於人世，另一方面新見攜帶着效果開始穩定的變若水出逃準備賣出變若水，被聞訊趕來的歲三等人斬殺。

　　會津公下了命令要除掉芹澤，歲三近藤決定合眾人之力殺掉芹澤，龍之介得知此事，竟已來不及告訴大家芹澤的身體問題，最終芹澤被殺，眾人亦決意殺死跑丟的龍之介，然而被總司找到的龍之介展示出與其最早截然不同的求生欲，最終被總司推進河裏故意放跑。從此新選組在黑暗之後走入了黎明，而變若水的研究轉而由山南進行。