蓋亞再現

在TV版的大結局裏，蓋亞和阿古茹聯手用爆裂流線消滅了根源破滅天使佐格。之後，失去了光的我夢迴到了城南大學繼續唸書，由於頻頻被別人認出自己是蓋亞奧特曼而苦惱不已。一天，同伴藉着觀看他的奧特曼動作的名義將一個女孩介紹給了他。我夢雖然很無奈，但還是隻能按照女孩的要求來做動作。但是我夢發現快要上課只能扔下女孩跑回了教室。

由於在教室上使用電腦與PAL對話而被老師以為是走神，正當場面氣氛變得很尷尬的時候，Team Flacon的隊長米田乘着Fighter來到了學校，接走了我夢。

米田隊長解釋説是石室指揮官緊急召集我夢去協助Team Marlin進行海洋調查。原來XIG之前探測到了在太平洋的8000米水下傳來的神秘訊號，由於沒法解讀訊號，XIG才派出了Team Marlin進行調查，但是石室指揮官預料到事情不會那麼簡單，所以特意叫上了我夢協助調查。

另一方面，遠在美國的藤宮博也卻遭到了多國的通緝，原因是之前安靜了好一會的地底怪獸突然間再次出現驚嚇到了人類，多國的G.U..A.R.D部隊力主消滅怪獸，但是藤宮執意保護怪獸不被消滅，因此被多國G.U.A.R.D部隊視作是危險人物而對他進行通緝。

在日本KCB做節目的吉井玲子卻堅信藤宮沒有做錯，極力為他辯護。看完新聞的藤宮走到窗口卻以為看到了幻象，大量的破滅飛魚巴依庫赫橫空飛過，藤宮感到非常不可思議，但是幻象很快消失了。

藤宮掙扎着走到了岸邊，拿出了藍寶鐲，只是早已失去了光。這時，幻象再次出現，藤宮看到了自己在海水中，藤宮忽然感到很難受，再加上之前受的傷，因此鬆開了藍寶鐲，看着它掉落下去。

但是，他突然聽到有人説阿古茹之光，已經消失了。藤宮轉過身去發現是一個小女孩，還沒來得及問太多，藤宮就因為受傷而暈倒了。另一方面，美國G.U.A.R.D部隊搜尋藤宮家附近沒找到他，而美國隊員斯諾扎比剛想離去，就聽到了後面有股奇怪的聲音。

那斯諾扎比轉過身去，發現藍寶鐲已經由光環着升了起來，而斯諾扎比拿到了藍寶鐲，相信藤宮就在這附近。

我夢和Team Marlin乘着探測潛艇Seiren號不斷下沉，在海溝上方，橫谷隊長説要向XIG報告情況，因為繼續下沉的話他們會與地面暫時失去聯絡，直到再次返回可聯絡範圍內。在屏幕上，我夢又見到了許久不見的石室指揮官和敦子以及喬姬他們。

我夢説自己是打算繼續量子實驗的，但話還沒説完就被石室指揮官給打斷了，但石室指揮官的話語激起了他的鬥志。

通話結束後，Seiren號開始前往海溝，而堤主任報告説還是沒有找到藤宮，石室指揮官説怪獸頻繁活動和海底訊號聯繫起來絕對不會那麼簡單，可能是新的危機。

在下沉過程中，我夢他們意外見到了一陣抓痕，疑似什麼巨大生物製造的，但是大家並沒有繼續理會，然而很快，副手報告説外壓下降，有什麼巨大的力量在開始運動。橫谷隊長堅持使用火炮進行攻擊，我夢試圖阻止卻沒有效果。

但是，火炮還沒有準備好，大批破滅飛魚巴依庫赫就衝了上來，觸碰到了Seiren號，並且破壞到了APC活動控制器。眼見橫谷隊長匆忙趕去修理控制器，我夢想起了自己帶着的PAL，接入到了Seiren號主電腦裏，這才穩定了下來。Seiren號也繼續下沉觀察。

藤宮醒來了見到了那個小女孩，小女孩説人類是不會改正的，地球還是會遭遇滅亡的，但是藤宮堅持説他相信人類憑着自己的勇氣，能保住地球。藤宮的話語觸動到了小女孩，她用自己的力量治好了藤宮的傷勢。而他們又回到了現實中。

這個時候，斯諾扎比帶着幾個隊員突然出現，試圖拘捕藤宮。但是，破滅飛魚巴依庫赫衝破了水面，覆蓋了天空。地球，再次陷入了黑暗。小女孩看到這一幕，將自己的力量給予了藍寶鐲，阿古茹之光再次回來。而小女孩自己也消失了，但在消失前她對藤宮他們説要去保護地球。斯諾扎比將藍寶鐲還給了藤宮，隨後離去。藤宮説縱使人類這麼愚蠢，也絕對不會就此認輸，光芒一定會再次降臨，藍寶鐲感應到了他的決心，再次展開雙翼。藤宮也變成了阿古茹飛上了天空開始與破滅飛魚戰鬥。

在XIG內，石室指揮官和堤主任得知了危險真的來襲了，而阿古茹也出現了，便命令Team Lightning（隊長梶尾，隊員北田、大河原）出擊。在空中，Team Lightning費了些力氣才消滅了一個飛魚怪，但是又一個飛魚怪出現，並且快要攻擊到了梶尾隊長的戰機，這個時候，阿古茹出現救了梶尾，而梶尾也默默説自己欠了他一個人情。

在海底，我夢他們通過PAL的引導發現了一個剛剛好適合Seiren號通過的洞穴，而通過那個洞穴，我夢他們發現了一些生活在海底的發光生物，而那個女孩其實就是這些發光小生物的化身。

但是當Seiren號繼續前行時，我夢他們發現了異常，一股黑暗正在侵蝕這些發光生物的領地。而那股黑暗就是根源破滅海神伽庫佐姆。橫谷隊長下令攻擊，但沒想到不但沒傷到伽庫佐姆，反倒激怒了它。伽庫佐姆對Seiren號發動了攻擊，而Seiren號因為躲避不及從而中了招。我夢他們都因為船體的激烈震動而昏迷過去。但是，伽庫佐姆帶着黑暗從海底消失，在東京灣上空出現，開始肆意攻擊東京地區。

但是阿古茹很快趕到，與伽庫佐姆展開搏鬥。最初，阿古茹佔盡上風，伽庫佐姆被他打的節節敗退。而就當阿古茹準備發動絕招時，一個飛魚怪突然出現，纏住了阿古茹，使他無法發動技能，伽庫佐姆見此，便開始了攻擊。

阿古茹被他打的只能勉強反擊。而吉井玲子在電視台勸説大家奧特曼並不是地球的救世主，而是人類生存下去的希望。眾人被説服鼓勵阿古茹站起來繼續戰鬥。就在這個時候，堤主任和Team Seagull的隊長神山駕駛Peace Carry趕到支援阿古茹，但是很快被伽庫佐姆給擊中，只能退出戰場。而此時阿古茹的能量指示器也進入紅燈閃爍狀態。

我夢因為與藤宮的心靈感應感到藤宮有危險，他醒來了看到那些生物將自己的光給予了藍寶錐，我夢也再次得到了蓋亞之光，變身成為了蓋亞。他用光線趕走了纏在阿古茹身上的破滅飛魚，使得阿古茹的能量能夠減慢消耗。與阿古茹一樣，蓋亞一開始也將伽庫佐姆打的毫無還手之力。但是很快，伽庫佐姆和破滅飛魚巴依庫赫融合了，成為了更強大的伽庫佐姆。蓋亞試圖用光線消滅伽庫佐姆，能量卻全數被反彈回來。

接下來，蓋亞和阿古茹陷入了徹底的苦戰。不過，Team Lightning趕到了戰線，全面支援蓋亞和阿古茹，但是沒有什麼多大的效果。雖然，大家都在呼喊，讓他們站起來繼續戰鬥，但是兩位奧特曼還是被打的毫無還手之力。眼見他們就要落敗，在海底的生物再次閃耀起來，為他們補充滿了力量。

這次，蓋亞將力量提升到了SV型，伽庫佐姆被他打的只能不斷敗退。最後，蓋亞使出了光子流線。阿古茹見此，走上去和蓋亞一起用光子方場消滅了伽庫佐姆，天空又恢復了光明。

最後，我夢和藤宮進行了一個簡單的對話，他們都相信地球絕對不會毀在人類手上，而兩人也再次分開。同時，Team Marlin三名隊員也得救了。

實際上，藤宮的扮演者高野八誠和吉井玲子的扮演者石田裕加里在戲中扮演了情侶，在生活中他們也將這段愛情進行到底。2006年，高野八誠在石田裕加里的生日上求婚成功，隨後育有一女一子。在超8結尾，石田裕加里抱着的就是大女兒妃菜花，這也是當時高野八誠全家參與拍攝超8的一段佳話。

這部片子延續了TV版的基本思想，即是人類不能為了自己的生存而去危害其他種族。劇情上雖然時間少，但是內容相對豐富。另外，劇中除了作為主角的高山我夢和藤宮博也，其他人的表現也是相當重要，為這部只有46分鐘的片子增色不少。