萌菌物語Returns

　　農業大學1年級的結城聰螢休學後在日吉酒店幫忙，他想將酒店改造的更現代化。同樣1年級學生澤木惣右衞門直保擁有能夠看到菌的特殊能力。收穫的季節，及川、葉月、川濱拓馬、美里薰、武藤葵以及研究生長谷川遙一起參加樹老師的發酵倉運營。在樹教授的指導下，澤木參與了大米日本酒的釀造。在這種情況下，及川發現了不可思議的洞穴。

　　澤木因為一直沒有告訴及川自己可以看到菌的事情而感到內疚不安。兩人在探索洞穴秘密的過程中，發了了樹教授隱藏了一個秘密。就在這時，做了多日發酵工作及川和武藤來到自治宿舍洗澡，這個舉動激動起了學員們的偷窺計劃。然而在學員們的偷窺計劃作戰時，出現了新的情況。

　　洞穴的秘密依舊探尋中，澤木、川濱拓馬、美里薰決定一起幫及川尋找真相。在這種情況下，長谷川因為父親要求其在大學之後結婚而大傷腦筋。另一方面裝修工程結束，螢理想中的日吉酒店改頭換面重新開張。因為螢的想法及川決定自己行動，卻在發酵藏遇到了長谷川。"對於研究事物的人，最希望研究的是什麼"到底是什麼意思...

　　及川因為探秘的事情毫無進展而感到消沉。為了安慰她，澤木説出了自己能看到菌的真相。她的反應竟是......同事,長谷川的酒醉的姿態暴露出來後，美里、川濱和長谷川三人之間處於很尷尬的狀態。有一天，長谷川的父親突然出現在學校，將一封信交給武藤。那是長谷川的退學申請。

　　武藤和及川因為長谷川的退學申倍受衝擊。收穫祭的到來，整個學校都開始繁忙。樹教授想要儘快找到長谷川，而其他不知情的人也因為聯繫不到長谷川而感到很困惑，不過此時的長谷川正在......

　　川濱和美里趁機消失，只剩下的武藤，及川和澤木經營"葵's bar"，結果人手不夠大混亂。因為偶像田中恭子的表演以及各個種類的店鋪的營業，歡聚一堂的大家愉快的完成了農業大學收穫祭，而真正屬於校園自己的收穫祭也在晚上開始。另一方面，長谷川正在進行"婚前旅行"...

　　川濱和美里將秘密拍賣上拍賣的口嚼酒的錢給了武藤作為尋找長谷川的經費。收穫祭最後的出店賞比賽。因為川濱和美里違反規則而被取消資格，資金短缺。最終，由樹教授提供機票，澤木、川濱和美里踏上了法國之行。

　　澤木，川濱和美里為了尋找長谷川來了葡萄酒釀造地博納。三人在葡萄田竟遇到了和螢一模一樣的少女瑪麗。三人為了住的地方成為了瑪麗家晚宴的服務生，客人竟然是長谷川，因為未婚夫龍太的無禮宴會不歡而散...

　　想要阻止長谷川結婚的澤木，川濱和美里三人因為搗亂了宴會而惹怒了未婚夫龍太。知道了三人目的的長谷川不禁喝完了葡萄酒。酒店裏，酒醉的長谷川與龍太對峙...不願意結婚的長谷川決定逃跑。另一方面，十分喜歡紅酒的瑪麗因為不願繼承家業的事情而煩惱。

　　長谷川、川濱和美里三人成功逃脱，一起來到了瑪麗家中。晚飯時，因為澤木無心的話，瑪麗知道了父親不能喝酒卻一直堅持釀造的事情。長谷川與瑪麗在酒窖聊過之後決定對龍太説出自己內心的想法。而瑪麗與父親也因為葡萄酒的釀造而起了爭執。

　　龍太終於説出了自己真正的想法，長谷川決定回到學校。另一方面，瑪麗在澤木和菌們的幫助下和父親認真交談。二人終於瞭解了彼此的內心，在瑪麗的提議下，祖孫三人決定一起開創新的未來。樹教授的學生們終於再次相聚。