來自新世界

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渡邊早季終於迎來了晚到的祝靈，隨後她在清淨寺除去了身上的咒力，順利的開始在完人學校的學習之旅。在學校中，早季被分到了一班，她和小夥伴們學習了用紙牌做金字塔，還有沙書等科目。因為麗子的緣故，每次班級之間的比賽，一班都超越不了其他班級。誰知，比賽結束的幾天後，天野麗子的身影突然從校園中消失了。

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天野麗子消失後的一個月，完人學校舉行了搬球大賽，規則是：兩個班分為兩個陣營，一方擔任推球方，一方則是阻礙方，在限定時間內把球推入終點洞口的班級就會判定得分。由於苛刻的規則，一班的孩子們陷入了緊張的準備中。比賽當天，一班戰勝了五班得到了晉級決賽的機會。決戰中，面對愛耍手段的二班，一班陷入了苦戰。

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一班的小夥伴在野外露宿，朝比奈覺跟大家聊起了氣球狗的怪談，並不知不覺提到了惡魔衰白，於是在瞬的建議下，一班的小夥伴們決定啓程尋找惡魔衰白和氣球狗。在瞬的指引下，大家輕裝上陣，徒步走到了森林深處的神社附近，就在這時惡魔衰白出現了，它的光催眠了瞬一行人，而早季因為帶有太陽鏡的緣故倖免於難。

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一直被認為是惡魔衰白的生物，竟然是圖書館。圖書館回答了早季關於“惡鬼”和“業魔”的問題，原來，惡鬼是指出現在先史文明末期的拉曼庫洛斯基症候羣，而業魔則是同樣出現於先史文明毀滅前夕的橋本阿培巴姆症候羣的中重度期患者的俗稱。就在圖書館回答瞬提出的關於“現在社會是如何管理”這個問題的時候，被一把火燒成了灰燼。

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剛剛從化鼠手中逃脱的小夥伴們，就碰到了另一波化鼠的攻擊，失去了咒力的孩子們為了不被化鼠一網打盡，決定分頭行動。落單的覺和早季被化鼠抓住並囚禁。覺將準備好的偽巢蛇的假蛋誘騙化鼠看守吃下，趁化鼠爆炸的時候，覺帶着早季逃走了。可是逃跑了沒多遠，就被外來化鼠追上了，在這千鈞一髮的時刻，一個神秘的聲音出現了。

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被困在地下的覺在早季的幫助下恢復了自己的咒力，並戳破了地表，帶着早季回到了地面。覺利用自己的咒力，狠狠地懲治了土蜘蛛部族，在斯奎拉的指引下，覺和早季向土蜘蛛部族的龍穴進發，因為路上卻不斷遭受到土蜘蛛部族的攻擊，使用咒力的覺已經產生了疲憊，但是他拒絕休息，執着的向土蜘蛛部族的龍穴進發，這時充滿了危機的樹林在他面前出現了。

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面對三千隻土蜘蛛成員的攻擊，覺明顯力不從心，過度疲憊的他已經無法頻繁自己的咒力，幸好早季一直保持冷靜的頭腦，在早季的指揮下，覺利用自己僅存的一點咒力趕走了敵人，兩人暫時逃脱。逃走的路上，覺因為體力不支倒下了，就在他們以為要完蛋的時候，大黃蜂部族及時出現，將土蜘蛛部族擊潰，並且找到了龍穴。

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時間過去了兩年，瞬和覺的關係變得越發親密，這讓早季心中淡淡的不爽，與此同時，守則不停地為真理亞畫像。外出遊玩的早季聽到了林間瞬和覺的對話，得知瞬和覺已經分手了，在校園中，大家發現覺已經擁有了新的戀人。就在這時，鏑木肆星來到了課堂上，據説鏑木肆星是一個集中精神可以把地球分成兩半的男人。

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瞬已經四天沒有上課了，早季將瞬臨走時的話告訴給大家，面對堆積如山的問題，覺提議去尋找瞬，為了不引起監視的注意，大家決定分頭調查。早季和覺在調查的過程中發現住在松風之鄉的人們都請假消失了，並且松風之鄉的四周被封鎖了。越過了封鎖線，早季和覺發現有人在鎮子中圍出了另一個結界。

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從真理亞口中得知，大人們準備抹殺瞬的存在，早季再也控制不住了，隻身前去解救瞬。歷經艱辛的早季終於找到了瞬，可是瞬卻拒絕摘掉面具直視早季。原來在瞬的無意識下，自身的大量咒力被釋放了出來，對周圍的事物產生了變異的影響，而這就是橋本阿培巴姆症候羣的表現。化身為業魔的瞬，只能每天記錄自己的情況，而他的名字也被列入新的病例當中。

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瞬死後，所有人的記憶都被篡改了，二班的良藉機走入了大家的生活中。一場意外的夢，讓早季恢復了一點記憶，在與良的對峙中，早季更加確定了自己的記憶被篡改，於是，在早季和覺的提議下，大家確定去尋找記憶中的一班第五個人。之後，尋找無果的早季為了知道夢中無字墓碑的主人，拿出了那面寫有名字的鏡子。

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覺的奶奶朝比奈富子居然是倫理委員會的議長，而富子決定讓早季接替自己的位置。就在早季不知所措的時候，富子將選擇她的原因如實相告，這時早季才發覺自己一直被監視的真正原因。與此同時，富子將自己親身經歷的幾段惡鬼和業魔事件詳細地説給了早季，並將當年他們如何預防惡鬼和業魔的方式全盤托出。

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守突然失蹤，令真理亞、早季和覺格外着急，於是他們三人開始尋找守的蹤影，幸好雪地裏留下了守雪橇的痕跡。就在他們沿着痕跡追蹤守的時候，突然發現痕跡的旁邊出現了化鼠的腳印，這讓早季想起鎮裏處理有可能變成惡鬼和業魔的方法，為了避免引起夥伴們的恐慌，早季只好將這個懷疑藏在心裏，與此同時，在他們面前出現了懸崖，守留下的線索徹底斷了。

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剛回到鎮子的覺和早季就接到了教育委員長的傳喚，在調查會上，早季將守不願意回村子的理由如實相告，真相引得教育委員會極度不滿，委員長甚至決定要處分早季，就在委員長下命令的時候，富子及時出現，替早季化解了危機。富子將早季帶走，並告訴她，只要能在三天內帶回守和真理亞，就可以保證他們不死。

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覺和早季沿原路返回，去尋找避難的守和真理亞，卻發現雪屋已經沒有了。焦急的早季在尋找的過程中不慎踏空掉落懸崖，幸好覺用自己的咒力將早季懸浮起來才倖免於難。從昏迷中甦醒的早季發現自己在一座小木屋中，問了覺才知道這裏是食蟲虻族招待貴賓的地方。就在這時，他們的老友，斯奎拉出現了，於是覺請求斯奎拉幫助他們尋找守和真理亞。

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即使在野狐丸的幫助下，早季還是沒能找到真理亞的蹤影，卻意外從斯闊庫手中得到了真理亞寫給自己的一封信，在信中，真理亞表示去意已決，並拜託早季和覺幫忙隱藏他們還活着的消息。為了幫助真理亞，早季和覺決定連同野狐丸向教育委員會報告真理亞和守已經在山上失足身亡。

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很多年過去了，26歲的早季在異類管理科飼育裸齙牙鼠。有一天，覺突然出現在早季的面前，並告訴早季化鼠的部落發生了戰爭。因為早季並沒有接到化鼠部落關於開戰的請求，所以她對覺的信息表示懷疑，但是事情的真相確認了覺的信息。於是異類管理科請來了職能會議代表、安全保障會議顧問以及倫理委員會會長來分析這次意外的化鼠部落之戰。

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以強大軍事能力為豪的大黃蜂部族全軍覆沒，甚至連奇狼丸本人都下落不明。在異類管理科的會議上，人們猜測化鼠最近的急速進步和軍隊擴張有可能是抓住了擬衰白。就在這時，肆星提出有可能讓大黃蜂部族全軍覆沒的方法，就只有讓擁有咒力的人類參與戰鬥。在人們還沒弄清楚大黃蜂部族如何全滅時，化鼠的部隊已經開始攻擊村莊了。

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因為藤田班長的隊伍只剩下三個人，所以覺和早季決定加入藤田的隊伍。就在五人巡邏到醫院的時候，覺發現醫院遭到了化鼠的包圍，於是，大家趁倉持進入醫院的時刻，利用咒力將醫院外的化鼠清除乾淨了。在覺一行人進入醫院之後，他們才意識到真正的威脅並不是化鼠的部隊，而是惡鬼。

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為了躲避惡鬼的追殺，覺利用鏡像使兩人成功逃脱。就在兩人返回村子的時候，一隻變異化鼠出現了，它利用噴出的黑色煙塵引發爆炸。在這次爆炸中，覺和早季被分開了，在回鎮子的路上，早季聽説，怪物利用水路攻擊了鎮上的人，為了保護大家，鎮裏所有的河水都被抽乾了，只有完人學校還保持完整，而富子女士也在那裏。

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惡鬼終於出現了，鎮子的人們還沒來得及反擊，就被惡鬼幹掉了。肆星為了給鎮長居民爭取逃走的時間，決定同惡鬼戰鬥，可是由於肆星先生受到攻擊抑制和愧死機構的影響是無法殺死惡鬼的，這種虛張聲勢的戰鬥被惡鬼識破也是早晚的事。正如覺推斷的一樣，肆星先生很快就死在了惡鬼手裏。

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覺和早季在同乾先生的談話中得知惡鬼是守和真理亞的孩子，野狐丸將這個孩子培養成惡鬼後，利用惡鬼的力量建立一個化鼠帝國。早季和覺來到清淨寺後，看到了瑞穗留給自己的書信，信中提到只要早季能夠啓動精神風暴，就可以阻止惡鬼的殺戮。為了啓動精神風暴，覺和早季決定在奇狼丸的帶領下前往東京。

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不知何時泄露出的咒力，使東京的地下變成了地獄一般，為了躲避野狐丸等人的追捕，奇狼丸提議大家分頭行動，奇狼丸和覺負責在地下洞穴裏留下他們的氣味，而早季和乾先生則去開潛艇。但是開潛艇的過程並不順利，早季遭到了沙蠶的攻擊，幸好乾先生出手相助，潛艇才能繼續航行，在航行的過程中，早季再度陷入迷幻當中。

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奇狼丸以誘敵為由離開了隊伍，覺和早季在逃亡的過程中碰到了被稱為惡鬼的守和真理亞的孩子，早季覺得只要讓惡鬼意識到自己是人類的真相，就能阻止她繼續攻擊人類，可是這個計劃失敗了。為了擊敗惡鬼，覺對惡鬼使用了精神風暴，只可惜，惡鬼並沒有因此消失，只是單純的受傷了。就在早季和覺好不容易逃走的時候，野狐丸竟然提出和他們談判的要求。

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早季發現奇狼丸沒有遭到惡鬼的攻擊，便決定利用奇狼丸打敗惡鬼，這個計劃雖然奏效了，可是奇狼丸卻犧牲了。早季和覺在監牢裏探望了即將受到審判的野狐丸，可是野狐丸完全沒有承認自己這次行動的錯誤。在覺和早季對化鼠的調查中發現，化鼠就是擁有咒力的民族為了更好地保護自己的地位，將沒有咒力民族的人類基因改變而產生的。