翼神傳説

　　公元2027年，Terra展開了對Tokyo Jupiter的滲透行動。與此同時，住在Tokyo Jupiter中的神名綾人如往常一樣開始了一天的生活，在去往學校的途中，地鐵突發事故，乘客大都受傷昏迷。綾人跑出去求救，意外地遇到了“同學”美嶼玲香。而這次相遇也將改變綾人的生活以及世界的命運。

　　RahXephon孵化後，出現在兩軍陣前，因身份不明遭到來自雙方的攻擊。Rah輕鬆抵擋並予以反擊，兩軍損失慘重，Dolem的歌聲才使其休眠。綾人受傷被送往醫院，醒來後已不見鈴香，隨後便被母親神名麻彌接回家。第二天在學校，美嶼告訴綾人昨天的一切並不是夢。傍晚，綾人收到了紫東遙的信，約定晚上兩點在石神井公園見面，遙將告訴他事情的真相。

　　看到母親流出藍色血液，綾人非常震驚。就在這時，Allegretto出現，為了保護紫東遙，綾人操縱Rah衝出世音神殿。Allegretto為了阻攔他而發動了攻擊，使站在Rah肩膀上的美嶼消失。憤怒的綾人與詠歎調共鳴摧毀了Allegretto，並且打開了通道，衝出了Tokyo Jupiter的障壁。綾人第一次見到了外面的世界。

　　綾人和遙登上了TERRA下屬的軍艦，在船上綾人遇到了如月久遠，如月很快便認出綾人是Olin；Terra準備將Rah移交地球聯合，對此綾人雖感憤怒卻也無能為力。同時，綾人因血液被查出MU PHASE反應，而被TERRA禁閉起來。就在這時，D-1來侵，TERRA無力招架。就在港口即將被摧毀之時，Rah突然自己飛回，並與綾人融合。

　　TERRA為綾人安排了新的住處，然而由於之前的事情，綾人對TERRA的相關人員都產生了懷疑和反感，對紫東遙也不列外。與綾人的這種情緒相呼應的是Rah的身體不斷石化。這時，如月博士請願為綾人做嚮導，將綾人帶去新的住處——紫東遙的叔叔家。在這裏，綾人通過與遙的妹妹小惠互相瞭解，而逐漸消除了與大家的隔閡。

　　MU派出了新的D-1，其詠歎調波形與14年前的D-1極為相似。TERRA就此召開了情況説明會，綾人在會上的無心之言惹怒了金湖月，兩人爭吵了起來。事後，綾人得知金的父母就是在14年前的D-1攻擊中喪生的。金根據詠歎調推斷出D-1出現的位置，於是TERRA進行了埋伏，可在D-1的攻擊下，Rah陷入了位相空間，就在這時，玲香再次出現。

　　這天，在TERRA進行着一項實驗，測試從奈利亞神殿遺蹟運回的東西。原來這是一種傳送裝置，可將綾人直接送入Rah體內；另一邊，艾爾菲邀來闊別兩年的三名老部下組成了空軍Alpha小隊；如月樹和一色真在地下水道里偷偷見面，似乎也在商議着什麼。就在一切都按照各自的軌跡行進之時，D-1來襲，新的戰鬥開始。

　　如月博士在D-1的遺骸上發現了紫色的水晶，並把它送給小夜子作聖誕禮物。根來彼方島下起了大雪，眾人都沉浸在白色聖誕節的浪漫氛圍中。聖誕前夕，小夜子身上的水晶因其內心的悲傷變得越來越大，包裹了她的身體，最終變成了新的D-1。奉命出擊的綾人發現真相後，拒絕上級指揮，決心要救出小夜子。

　　根來彼方島的天氣異常的熱，大家來到海邊度假。綾人和久遠看到玲香出現在海邊的懸崖上，二人便一起爬上懸崖尋找玲香。在森林深處，他們找到了一個神祠，神祠的門突然打開，二人進入了神祠。眾人發現二人失蹤，便開始四處尋找。遙來到了神祠門口，隱隱地感覺到其中有蹊蹺，便打開石門，卻發現入口已經被石頭封住。

　　新的D-1來襲，Rah與Alpha聯合作戰將其消滅。此後，MU一直沒有任何行動，和平的日子已經維持了一個月。這天，功刀司令告假一天離開總部。綾人和惠在觀賞遊輪的時候，看到司令上了船。原來，今天是司令女兒的生日，大家以為司令是去見女兒，還獻上了小嘍囉的心意。然而，司令的女兒早已去世。

　　戰鬥中，D-1的脈衝調製模式與Rax的聲紋同步，並將Rah吸入未知領域。綾人隨之陷入失控狀態，等他再次清醒過來已經身處2015年的Tokyo Jupiter街頭，出現在眼前的是高中同學朝比奈與鳥飼。朝比奈向綾人索吻，將其嚇跑。在幻境般的東京街頭，紫東遙突然出現，這讓綾人無法分清究竟哪裏是真實，哪裏是夢境？

　　如月久遠仍然處在醫療監護中，巴貝姆財團似乎對她特別照顧，這引起了遙的懷疑。當財團醫療隊趕到醫療室的時候，發現她已經不知去向。彷彿受到指引一般，久遠遇到了玲香，並且發生了精神接觸，黑之卵破裂，久遠覺醒。綾人聽到了歌聲，而且看到了久遠，久遠説自己找到了自己的身份——Olin。就在這時，D-1來襲。

　　遙開始四處探查久遠的身份，然而她獲得的資料都是偽造的。D-1出現在衞星軌道上，TERRA不能隨意出擊，於是，只能進入第三級戰備狀態。遙從二神大叔手中獲得了久遠的病例書，這其中似乎隱藏着許多秘密。隨後，遙向如月博士詢問久遠的身份，如月博士反問遙為何與自己分手？如月強吻遙被綾人看見，就在這時，D-1的詠歎調出現了。

　　巴貝姆財團送來了威力巨大的戰機VERMILON，八雲在尋找綾人時聽説要量產這種戰機而有所擔憂。艾菲爾為此不滿，將八雲叫到一旁與之爭吵。爭執過程中，八雲無意間説出了綾人的MU族人身份，恰巧趕到的綾人聽聞了真相。因此，對自己為何要作戰產生了懷疑。正當八雲勸導之時，D-1突然來襲，戰與不戰綾人又將如何抉擇？

　　童年時的一色真、如月樹和海倫娜在黑暗的地下廢墟中尋找着怪獸，想要給他餵食。最終，因晚上私自外出受到了老師的懲罰。之後，一色真與如月樹又來看望怪獸，並餵它石頭。海倫娜胡亂拼湊原料調配出混合食物也想餵養怪獸，當她找到怪獸時，發現它散發着異樣的光芒，便通知老僕，隨後部隊趕來準備消滅之。兩個少年循着蹤跡來到地下，希望能夠保護它。

　　綾人自從知道真相以後，一直對自己的身份耿耿於懷，並責怪遙對他的欺騙。另一邊，惠終於發現了金與八雲的關係而傷心流淚；久遠到叔叔家來拜訪，綾人回來後，久遠竟然讓綾人帶他回Tokyo Jupiter，並道破綾人的心之障壁。遙雖然極力阻止，但是綾人堅持要帶久遠離開。

　　綾人出逃被定為一級謀反罪，一色真命令艾菲爾駕駛VERMILON追擊綾人。遙坐上了VERMILON想去找回綾人。艾菲爾突破D-1的阻攔追上綾人，並下了最後通牒。綾人説自己只想知道真相，並在遙和久遠的鼓勵下繼續前進。久遠唱起了詠歎調，量子通道展開，綾人返回Tokyo Jupiter。艾菲爾也突破障壁進入東京市，而綾人卻已不知去向。

　　遙回到曾經就讀的中學，這裏有他與綾人的美好回憶。然而，時空阻隔已經讓他們成了姐弟。綾人發出的驚叫使Rah自主活動起來，母親給綾人打了鎮靜劑，並對他進行催眠。綾人反覆追問着現實的意義，以及自我的身份。綾人能否衝破羈絆重新回到外面的世界呢？

　　VERMILON聯絡總部，彙報Rah和綾人已經離開東京市，而自己也將返航。Rah出來之後向北飛去，接着行蹤不明。綾人帶着朝比奈行走在真實世界，朝比奈對陌生的世界感到恐懼和不安。當掉手錶之後，兩人向鹿兒島進發，朝比奈對自己在這個世界的意義開始產生懷疑。

　　綾人回到TERRA總部，功刀司令已被革職，一色真獨掌大權。玲香出現在眾人面前，然而，她已經變成TERRA的幹部候補生。為了保護綾人，遙被迫做了一色真的直屬情報員。綾人在回叔叔家的途中遇到了鳥飼守，兩人一起回到叔叔家。就在二人交談之時，D-1來襲，鳥飼的話令綾人想起了朝比奈，便準備出戰。然而，鳥飼卻露出詭異的笑容。

　　一色真制定了Down Fall作戰計劃，準備向Tokyo Jupiter發起總攻。之後，與玲香一同來到六道叔叔家找綾人。躲在壁櫥裏的鳥飼認出了玲香的真實身份——伊修特利。綾人應邀來到如月博士家，談起了久遠與遙的事情。綾人離去後，博士掀開衣服露出了Xephon的印記，並且叫綾人“哥哥”。綾人與博士的關係似乎並不簡單。

　　遙因為戲弄一色真而被解僱。惠去總部幫遙取回物品時，發現了遙與綾人其實早就是一對戀人。遙來找綾人，二人約好等畫作完成，遙要第一個來看。綾人完成畫作後，玲香出現，希望與綾人融合，綾人拒絕，Rah重新卵化。另一邊，Down Fall作戰計劃成功摧毀了絕對障壁。就在一色真狂喜之時，MU的空中城市突然出現。

　　空中城市的規模不斷擴展，世界上許多城市的人們因為恐懼而暴動。一色真被撤職後，功刀司令回到總部。就在這時，MU族開始行動，世界發生重合現象。九鬼正義的擬像出現在總部，並向眾人宣佈了最後通牒。緊接着D-1來襲，破壞力非常驚人。然而，Rah還在卵化狀態，無法作戰。這時，功刀司令做出了決定。

　　戰事緊急，民眾和非戰鬥人員必須立刻撤離戰艦。撤離前，綾人與遙再次見面。遙表白了自己的心意，訴説着與綾人14歲時的初戀，並且一直都喜歡着綾人。奈何綾人記憶被篡改，無法想起。不過，綾人迴應説，自己喜歡的是現在的遙。戀人離別後，綾人再次喚醒Rah，與之合一，調律的門扉開啓。

　　Rahxphon徹底覺醒，綾人達到yolteotl階段。鳥飼操縱D-1攻擊Rah，掏出Rah的心臟，卻不見綾人。綾人已經與Rah完全融合，再次喚醒Rah後，向D-1攻擊。這時，久遠唱響詠歎，綾人附和後暴走，摧毀了眼前的一切。戰艦上的八雲，戰機上的艾爾菲，根來彼方島全部化為烏有。而綾人與Rah也在大毀滅之後消失不見。

　　綾人離去，遙哼着綾人喜歡的歌曲哭泣着。惠鼓勵她要堅強，於是，遙再次出發尋找綾人。而綾人也與久遠一起踏上了尋找記憶的旅程。遙駕駛戰機穿越雲層，來到兩架翼神中間，卻遭到了攻擊，戰機爆炸。但遙並沒有死去，等她醒來見時到了麻彌，麻彌為遙指引了路途。而綾人也在久遠的幫助下一點點尋回真實的自己。