終末的後宮

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2040年，為了治療細胞硬化症而進行冷凍睡眠的醫大生·水原憐人，與青梅竹馬·橘繪理沙約定好了再會後，便陷入長眠。然而5年後，世界完全變了個樣。由於MK病毒導致99.9%的男性都已死亡。對病毒有抵抗力的憐人，收到了外表與繪理沙相同的擔當官・周防美來的請求。那就是為了人類的延續，要與倖存的女性們mating（交配）。

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輪流擁抱美女們，甚至還能與憧憬的美女演員mating。最初醒來的Numbers·火野恭司打從心底享受這個世界。另一方面，作為讓憐人可以不急着mating的交換，美來提出了一個條件。那就是要與專屬的保鏢跟護士每晚同牀共枕。儘管如此憐人仍堅持着對繪里沙的思念。然而，在洗澡時卻突然出現一名赤裸的女性，強硬地逼近過來。

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第3位Numbers土井翔太過去的高中生活相當悽慘。由於被不良少年們盯上，每天都被欺負着。結果和憐人一樣罹患了細胞硬化症而離開學校。之後，從5年的冷凍睡眠醒來的翔太，等待着他的是由擔當官神谷花蓮準備的再一次高中生活。被充滿魅力的女學生們圍繞着的刺激青春。而且級任老師還是過去憧憬的羽生柚希。

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翔太和柚希幽會，並深受她的魅力吸引。另一方面，他在游泳課受到熱情的注視，還偶然看見其他人的裸體，使他漸漸開始注意起班上同學。就在此時，收到了花蓮的某個請求。由於女子宿舍的空調故障，花蓮希望班上同學能輪流到翔太的房間住。第一位前來的是一條奈都，她是位不通世俗，無法獨自更衣，不和別人一起睡就睡不著的大小姐。

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憐人開發疫苗的進度不甚理想，又因為拒絕mating而導致美來遭到更換，片桐麗亞和黑田瑪利亞擔任了新的擔當官。她們兩人和憐人等人前往了慶門市。途中憐人向身為研究者的瑪利亞提出MK病毒人工説，她表示慶門市有掌握相關線索的重要人物。滿懷期待的憐人進入了温泉旅館後，朱音等人要他幫忙清洗身體。

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好不容易要從谷口小姐口中問出，身為日本首位MK病毒感染者的先生行蹤時，谷口小姐的病情卻急轉直下，調查陷入了僵局。但從她手中收下的相框對繪理沙留下的智慧手環產生反應。確認之後發現是MK病毒製造方法的相關論文。同時，對日常陷入麻木的火野為了尋求刺激，去尋找新的配對候補，但他一見鍾情的居然是憐人的妹妹。

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這個學園的一切都是為了翔太大人。因為現況實在是太不現實，翔太無法隱藏他的疑惑。而花蓮無視翔太的困惑並且不停止她的計劃。在某天舉辦了賭上和翔太同房資格的抽籤。抽中的是翔太不擅長應付的金髮辣妹柳津香。被要求和她mating時回想起以前的心理創傷。逃離她之後等待着翔太的是和他有過相同痛苦的少女。毫無止盡的快樂漩渦將翔太吞噬殆盡。

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以轉學生的身份出現在翔太面前的，是他過去的同學星野汐音。遭遇了霸凌現場也漠不關心，希望成為藝人的美女。她盤算着只要和Numbers有關係，就能開拓成為藝人的道路。但翔太提出了交換條件，那就是要汐音在過去翔太遭受霸凌的地方，被眾人看着mating。另一方面，憐人等人前往了過去數名病毒研究者失去行蹤的慶門市中央區第三醫院。

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世界開始圍繞着Numbers產生巨大的變動。UW世界本部察覺到UW日本支部還隱藏了除憐人以外的男性，與UW日本支部的主導權爭奪變得激烈化。就在此時，翔太接受了瘋狂的世界，積極的和同學mating。但同學中混入了和外部勢力勾結的少女。另一方面，成功潛入第三醫院的憐人等人，遭遇到了令人意外的人物。

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受到恐怖份子襲擊撿回一命的翔太，花蓮終於向他説出了真相。知道了除了自己以外還有抗體的男性，以及花蓮懷抱的野心。翔太聽了之後決定協助花蓮。另一方面，受到UW世界本部保護的憐人，經克蘿艾的説明，得知繪理沙是恐怖份子的一員。即便如此憐人還是想相信繪理沙，繪理沙等人的集團也開始了令人不安的行動。

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在陷入一片混亂的狀況中，各個勢力都展開了行動。藉由成長促進器成長的翔太，為了刺探克蘿艾和憐人，和花蓮一同接觸了憐人。另一方面，憐人將美來叫到居室，向她提出逃離UW日本支部的提案。究竟什麼是真實，什麼是謊言。雖然憐人説希望美來跟他一起去，但她卻提出了某個條件，那便是和她Mating。美來真正的想法，以及開始展露出敵意的世界，憐人究竟該如何應對呢？