黃帝內經拿問注證發微

自唐王冰次注《素問》並釐訂為二十四卷本後，沿襲至明代，馬氏從《漢書·藝文志》説，乃復舊觀，以九卷合九九八十一篇，每篇首解篇名，次分若干章節，然後分節注證，而不同於以前注家隨旬註解之體例。馬氏認為，凡《素問》引“經日者”，俱出於《靈樞》，故《靈樞》為先而《素問》後出。其注《素問》亦每多引徵《靈樞》經義以為佐證。馬氏長於針灸經脈，故對經脈腧穴證治之注證頗為詳盡，為他注所不及。本書在其他方面的註疏亦能體承經旨，並非如汪昂所稱“隨文敷衍，有注猶之無注者”。 ^[1] 

現存最早版本為明萬曆十四年天寶堂刻本，另有清嘉慶十年（1805）古歙鮑氏慎餘堂刻本及日本寬水五年（1682）武村市兵衞刻本等十多種刊本流傳。 ^[2]