第九使徒

根據《福音戰士新劇場版：破》的劇情，明日香負責駕駛松代的實驗機體三號機，後三號機遭到第九使徒侵染並被NERV認定為第九使徒並由Dummy System操縱下的初號機殲滅。戰鬥過程中並未與零號機及貳號機交手，而改由直接與初號機進行搏鬥，且遭到抵抗時利用原本三號機戰鬥型態內建的第二雙手臂掐著初號機脖子；最終下場與原作相同，遭到啓動替代系統的初號機支解，唯一不同點為插入栓由原本的壓毀改為咬碎。

在此過程中明日香身受重傷，且因無法確定被精神污染的可能性被隔離，成為“珍貴的樣本”。