穿越宇宙的少女

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　　獅子堂秋葉是獅子堂五姊妹的三女，17歲。一大早被姐姐風音逼婚的秋葉跟導航機器人妹子從家中逃了出來。在同班同學佛利歐·斯露的幫助下，秋葉逃到了斯露學園殖民星的脱出艙中。這個時候，宇宙空間中漂浮着無數舊時代的物品，同時一個神秘的殖民星出現。在突然出現的殖民星的強大引力下，秋葉乘坐的脱出艙被吸引了進去。秋葉走進這個冷清的殖民星的內部，在某房間遇到了這個殖民星的人工智能·雷歐帕爾德。所屬ICP怪奇科的神凪伊月為了搜查，闖進了殖民星並找到了秋葉，但被雷歐帕爾德投下了下方的宇宙艇存在室。為了向包圍自己的ICP車輛炫耀自己的力量，雷歐帕爾德起動反物質炮“雷歐帕爾德加農炮”，結果只是一發啞炮。心靈受到打擊的雷歐帕爾德打算撞向地球自殺，不想就此死掉的秋葉苦苦勸阻雷歐帕爾德，但雷歐帕爾德又來不及“剎車”。秋葉乘上QT-arms，和伊月一起成功地拉起高張力拉桿，成功地阻止了殖民星的陷落。

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　　夢中，秋葉在一個古典咖啡廳總和一個不認識的女性相遇，她稱秋葉為“穿越宇宙的少女”。醒來後秋葉發現睡在自己房間的牀上，原來之前在宇宙空間漂浮時被佛利歐所救。媒體宣稱不明構造物（=雷歐帕爾德）已被地球的導彈消滅。伊月被ICP公安禁止調查此事，但伊月得知ICP隱瞞着某件事。第二天，來到學校的秋葉被學生會叫去，被會長質問擅用學校的脱出艙的事情，這時一名神秘女孩出現，展現超能力製造混亂，讓秋葉得以逃脱。班會課上，一名轉校生來到班上，竟然是剛才的那名神秘女孩——河合穗乃香。放學後，秋葉跟蹤穗乃香但被穗乃香弄暈，並帶去見雷歐帕爾德。被要求去拿作為雷歐帕爾德加農炮的磁力腔“黃金寶玉”，秋葉穿上Q-TECTOR、再次乘上QT-arms，和穗乃香一起侵入某工業設備殖民星。越過保安機器的攻擊進入倉庫的秋葉，伊月出現在她身後。伊月要秋葉帶她去見雷歐帕爾德。這時，一個神秘的巨大蛇形機體出現在二人面前……

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　　駕駛QT-arms跟被穗乃香稱之為“Nerval”的巨大管道機器對峙的秋葉等人陷入苦戰。在穗乃香的支援下，秋葉成功把磁力腔“黃金寶玉”拿到手並逃離了工業設備殖民星。一直隱身的雷歐帕爾德現身，把“黃金寶玉”安裝在雷歐帕爾德的殖民星上，秋葉按下黃金銃的扳手，反物質炮終於成功發射，一炮就把工業設備殖民星連同那個所謂“Nerval”一同摧毀。但秋葉表示不想再參與這些事而離開。另一方面，ICP公安層決定除掉擅自調查的伊月。伊月在課長妮娜幫助下假死，裝作成學生，化名下山睦（下山むつみ）轉到斯露學園秋葉所在的班級上，為了搜查而向秋葉拉近關係。看穿下山睦真身的穗乃香，因反感ICP而跟伊月大打出手，二人的打鬥及時被秋葉制止。伊月離開時假髮掉落，露出了原來的面孔。

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　　雷歐帕爾德上網查發現自己沒有名氣。正熱鬧舉辦學園祭的校園內走着的秋葉被叫去理事長室。在那裏，她看到雷歐帕爾德下達的犯罪預告映像，雷歐帕爾德説“我要偷走學園殖民星中一件對我很重要的物品”。這段映像是從秋葉的終端電腦發出來的。生氣的秋葉和妹子跟雷歐帕爾德鬧翻，並取走筆記本電腦。另一方面這個時候，學園學令再編特區有一名頭罩紅箱的男子在鬧事。知訊的伊月和學生會等人一起趕到現場，紅箱男展現可怕的EX-QT破壞力，穗乃香同樣使用EX-QT將其制服。第二天，秋葉為了偷取下一個零件——陽電子矩形而來到學令再編特區。就在秋葉打開某箱子的瞬間，突然被伊月帶上手銬。這時，黃金銃傳來雷歐帕爾德的聲音，為了讓秋葉承認“我才是最強的，秋葉只是他的僕人”，雷歐帕爾德使得秋葉的Q-TECTOR裝束透明化，通過手銬和秋葉連在一起的伊月也受到了影響。為了不在校園中被人看到赤身裸體，秋葉和伊月同心協力開始大逃亡。

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　　因為被害得在學園裏裸奔，秋葉跟雷歐帕爾德大吵架，結果受不了氣的雷歐帕爾德將秋葉趕出了殖民星。這個時候，獅子堂長女·風音、愛爾·斯露等人獅子堂評議會的成員集合開會，在月球追緝犯罪者·阿蕾達的獅子堂高嶺傳來的關於小櫻被敵人虜走的報告。另一方面，秋葉恢復平常的生活，跟往常一樣毫無目的、無聊地渡過一天，最後平靜地回到家中睡着了。突然睜開眼的秋葉看到伊月出現在她面前，伊月要求秋葉帶她去見雷歐帕爾德。伊月説起雷歐帕爾德可能父母失蹤的神秘事件有關，看到有着人生目標伊月的秋葉感嘆家裏人就自己沒有目標。二人正乘坐巡邏艇時遇到了ICP公安的蜜桃和九重葛。為了逮捕伊月，這兩個小鬼駕駛QT-arms襲來，伊月也駕駛QT-arms迎擊。雷歐帕爾德突然現身，協助秋葉擊退了公安二人組。秋葉答應去收集零件“黃金寶玉加熱器”，伊月為了見雷歐帕爾德也答應幫忙。就這樣，秋葉她們開始前往月球的聖耳忒彌斯更生中心。

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　　得知高嶺的定時聯絡中斷的風音，委託艾利密歐·斯露前往月球。另一方面，為尋找零件而來到月球的聖耳忒彌斯更生中心的秋月一行，為了入侵主機房而竊取了構造圖，烏魯在解除電腦室安全鎖時結果把其他的安全鎖也全部被解開。囚犯的項鎖全部脱落，引起了大暴動。趁着混亂跑去主機房的途中，秋葉跟穗野香失、伊月失散。穗乃香、伊月跟名為“克羅比先生”的保鏢機器人大鬧一番後終於進入主機房，秋葉也接着趕到。出現在她們面前的是一個小女孩——獅子堂櫻——大學研究室的妹妹。她説在這裏搞建築物的修復工作。這個時候，通過監視攝像機，看到銀色金屬裝甲服的神秘女性·阿蕾達，和被吊着的獅子堂高嶺——秋葉的二姐姐。秋葉她們趕去現場，發現這竟是Nervalist的基地。這時，接應秋葉她們的雷歐帕爾德在月球上空出現，而Nerval（レオパルド）也在聖耳忒彌斯更生中心的月面下破土而出，二者的對峙開始！

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　　Nerval的蛇形殖民星攻擊雷歐帕爾德，雷歐帕爾德不幸遭受凍結。看到高嶺被阿蕾達帶去Nerval的殖民星，為了救援高嶺的秋葉等人乘上QT-arms，但遭受Nerval的冷氣攻擊而掉落Nerval內部。巨大臉孔的Nerval的頭腦體出現在秋葉等人面前，脱困的高嶺及時趕到並和阿蕾達展開戰鬥。聽了高嶺的話，秋葉趕去雷歐帕爾德身邊以啓動反物質炮，結果連自己也被凍結。這個時候，象徵獅子堂家的統帥權的導航機器人·守姫交給風音，風音得到小櫻的指示，利用各殖民星的反光鏡讓太陽光照射雷歐帕爾德，使得凍結解除。復活的雷歐帕爾德啓動了反物質炮，但Nerval的頭腦體在大爆炸中逃脱，這時新的智能殖民星·庫桑齊貝（クサンチッペ）出現並了接走Nerval。激戰結束，秋葉等人在雷歐帕爾德的殖民星集合，高嶺、風月、愛爾也先繼到來。秋葉想知道真相，風月對她説“你有跟Nerval戰鬥的命運”。

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　　風音想在雷歐帕爾德內部建立對抗Nerval的據地並把雷歐帕爾德管制，遭雷歐帕爾德拒絕。在雷歐帕爾德內部閒逛的一行人泡起了温泉，秋葉問起了事件的經過，風音講述了原委。幾十年前試驗被製造出來的第一個搭載人工智能的殖民星名為Nerval。後來，Nerval背叛了人類，把居民們囚禁起來；那個時候跟Nerval戰鬥的是獅子堂評議會和雷歐帕爾德。經過漫長的戰鬥，評議會最終救出人們，Nerval卻逃脱了。秋葉再次發問時，温泉中出現冒出一隻巨大的白色蛇頸龍怪物，並把黃金寶玉的冷卻裝置叼走。被告知失去冷卻裝置後反物質炮將會爆炸，為了尋找蛇頸龍怪物，首先秋葉、伊月、穗乃香來到的圖書館尋找雷歐帕爾德的殖民星內部地圖，在圖書館，她們遇到的無頭騎士幽靈，通過“試煉”順利得到地圖。她們終於找到了蛇頸龍怪物的所在地，成功搶回了冷凍裝置。那個時候，某商用殖民星的上空突然出現某神秘的構造物伸出一把巨大的電鋸割。

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　　某棒球場上，秋葉投去的球把蜜桃的球棒擊碎，秋葉俯視着倒下的敏塔歐，説道：“按照約定，把你們球隊的權利書交給我。”另一邊，海盜隊的原4號擊球手伊月，為了孤兒院的生活資助而忙碌地工作着。在那裏杜鵑出現了，以讓伊月復出棒球界為條件，遊説她去對抗秋葉的踢館。第二天，海盜隊的球場的投球土丘上，秋葉威風凜凜地站着；海盜隊方面，尚未倒下的擊球手只剩下音音子。這個時候，伊月出現了。二人開始了對決。秋葉投出了可移動的魔QT之球，伊月不敵，在劇痛下跌倒；肩膀疼痛的秋葉以勝負未分而離開球場。為了決勝，伊月前往“棒球之鬼”的地方進行修煉。幾天後，伊月和秋葉再次對決。伊月漂亮地擊飛了秋葉投出的魔QT之球的時候，伊月突然被理事長槍殺，宣稱要滅掉所有QT使用者。憤怒而顫抖的秋葉，使出渾身之力發動了EX-QT。

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　　上學途中，伊月帶來了一個巨大的封閉箱子。箱中的人以交換Enigma（エニグマ）的情報為條件希望獅子堂的人幫助她逃亡，但箱中的人不願意離開箱子。箱子先被放置在學校的走廊，結果清掃機器人把箱子當作垃圾回收。發現箱子不見的秋葉和伊月開始搜索，在箱子將被粉碎的千鈞一髮之際救回箱子。穗乃香稱箱中人是Nerval那裏的逃亡者。放學後，箱子被帶到秋葉的家中。伊月向箱中人問取情報，但箱中人沒有任何的記憶。晚上，大家穿着睡衣有説有笑時，秋葉給箱中人取了個名字——箱子醬（ハコちゃん）。深夜，阿蕾達闖入獅子堂家，察覺到的秋葉等人趕緊坐汽車逃跑，而風音和高嶺出現幫助秋葉逃跑。混亂中，秋葉認出面具下阿蕾達的樣子跟自己經常在夢中見到的女人一摸一樣。最後阿蕾達還是把箱子回收，飛向了宇宙。

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　　通過監視視頻推測，偷去鏡子的巨大構造物跟阿蕾達有關；一心要救回箱子醬的秋葉提出協助，但被風音催促去上學。但是，覺得有些事情必須要做的秋葉跟穗乃香去見雷歐帕爾德。另一方面，學生會的杜鵑投靠了阿蕾達，併成為智能殖民星·弁慶（ベンケイ）的同伴。Nerval的“聆聽者計劃”準備開始。弁慶向雷歐帕爾德發E-mail，把偷取鏡子的事栽髒給給雷歐帕爾德並對此嘲笑。生氣的雷歐帕爾德跟秋葉合作，得到獅子堂評議會的幫助，為了引誘弁慶出來而在宇宙空間散佈聚光鏡；為挽回名聲而盜走ICP總部大量鏡子來引出盜鏡犯人的蜜桃和九重葛，以及被ICP公安逼迫追查犯人的伊月也在這附近相遇。這個時候，來自別的宙域的智能殖民星弁慶跳躍出現。另一邊，奈美獨自外出時遇到了偶像時代的後輩，因產生了她們嘲笑自己的幻聽而跟她們鬧翻，回到家後由產生幻覺，看到手機變成巨大蟑螂攻擊自己。因偶像時代種下的心理創傷而痛苦着的奈美，這時阿蕾達突然出現並把她走。

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　　因存在感被雷歐帕爾德和秋葉忽視的弁慶（原名波拿帕羅特）和杜鵑怒上心頭。弁慶宣稱要拿走雷歐帕爾德的太陽能鏡，使出絕招把雷歐帕爾德關在一個巨大的箱子裏慢慢地吸取其能量。剩餘的能量雷歐帕爾德加農炮發射突破箱子，但能量光束被弁慶用鏡子吸收並反彈給雷歐帕爾德。風音發動“絕對穿越控制”黑進ICP的系統，準備出動部隊攻擊弁慶；但對方用“Nerval獨佔控制”反制。這時庫桑齊貝也出現並帶着量產蛇狀殖民星·岡特雷特攻擊kirkwood殖民星，使其系統完全崩潰，kirkwood陷入異常的雪天。阿蕾達更是殺到獅子堂元老院的指揮室，風音被迫用脱出艙出逃。獅子堂陣形越來越處於劣勢。雷歐帕爾德向弁慶撞擊，一起往地球墜落。想阻止墜落的秋葉、伊月、穗野香乘坐QT-arms去拉起高張力拉桿，卻遭到被Nernal洗腦的高嶺襲擊。另一面，雷歐帕爾德利用剩餘能量讓頭腦體跟自己的殖民星分離，獨自逃走。

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　　因為高嶺的攻擊，秋葉等人被迫在地球降落。就在和同伴失散而不知所措的時候，雷歐帕爾德的頭腦體突然滾落，連同秋葉、妹子一起掉落河流，最後和伊月、穗乃香匯合。為了修復壞掉的QT-arms，大夥向kirkwood地球領事館——伊月的出生地出發；到達目的地，發現那是個荒廢已久的圓頂都市。跟蹤已久的一班地球土著躍出，把秋葉等人綁起來，並打算燒死穗乃香，稱她是“惡魔的手下”。一個神秘構造物突然降落在那裏，土著稱之為“天空的惡魔”；8名相貌跟穗乃香一樣、像鬼魂一樣的名為Existent-Z的神秘人，誘導着土著們頭罩紅箱走向構造物，連秋葉也受影響，幸好穗乃香及時阻止。這時不知從哪裏冒出一批F35無人機把神秘構造物轟走。小櫻的宇宙艇B.O.A.R.Ship在圓頂都市降落，跟秋葉等人匯合。得知地球還有高度的技術，眾人向那個中心地前進。在海上行駛途中，基因生物·QT-Rose突然把宇宙艇纏住並拖向獅子堂島。看到島上站着的那老人的身影時，穗乃香跳向那人撲出，稱他為“叛徒”！

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　　到達獅子堂島的秋葉等人，遇到了智能殖民星的創造者馮博士。她們向馮詢問回到宇宙的辦法，但馮告訴她們那是不可能的。在島上等待救援信號回覆的期間，伊月向馮刺探情報。馮告訴她，先前遇到的構造物叫做花衣魔笛手（The Pied Piper/パイドパイパー），是Nernal俘虜人類時用的軌道電梯；Nernal俘虜人類只是滿足自己作為殖民星需要居民的慾望。這個時候， Pied Piper出現在獅子堂島周圍的海面，海水被凍結。秋葉再次受到Existent-Z的思考干涉而頭罩紅箱。馮呼喚QT-Rose圍着獅子堂島，制御了Existent-Z的思想幹涉。秋葉雖然恢復過來但暈倒了。夢中，秋葉和神樂相遇，看到了神樂、穗乃香及年輕時的獅子堂長老出發去跟Nernal戰鬥的情景；神樂嘴裏説着如果打不過Nernal的話，一邊把紙片貼在咖啡廳Enigma的牆壁上，稱是秋葉是“穿越宇宙的少女”。醒來後，秋葉從馮那裏得知50多年前跟Nernal的事，神樂是自己的先祖，戰爭中下落不明。這時，為了搶奪宇宙艇B.O.A.R.Ship的杜鵑和弁慶來到了獅子堂島。另一方面，怪奇課的妮娜收留了蜜桃和九重葛；跟阿蕾達在一起的奈美，被告知她才是“穿越宇宙的少女”。

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　　從馮那裏取來用於抵禦Existent-Z的精神波的迷你QT-Rose的秋葉等人，為了回到宇宙 乘坐宇宙艇B.O.A.R.SHIP向Pied Piper進發，千鈞一髮之際成功地潛進了Pied Piper，並在內部目擊到箱子人的製造。一堆紙箱和B.O.A.R.SHIP被Pied Piper當作垃圾去排出宇宙空間，這時回收箱子人的智能殖民星庫桑齊貝出現。秋葉看到一個黃金脱出艙中有奈美和阿蕾達的身影。秋葉打算從阿蕾達手裏奪回奈美，但是奈美接受了阿蕾達給的錫杖武器Primavera（プリマヴェーラ），偕同8名戰乙女Existent-Z向秋葉襲來，伊月和穗乃香也跟阿蕾達戰鬥起來。庫桑齊貝向B.O.A.R.SHIP攻擊，結果把不小心把Pied Piper切開，戰鬥被迫中斷；但是秋葉、穗乃香確認了阿蕾達的真面目是神月。雷歐帕爾德因Existent-Z的精神波攻擊而暈倒了。庫桑齊貝要離開而進行空間跳躍，空間扭曲讓秋葉等人也全被吸了進去。

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　　斯露學園的箱子人的數量逐漸增加，艾利密歐帶着學生會成員奪走一輛巴士，成功地從學園殖民星逃走出來；在避難區他們遇到了妮娜和受傷的愛爾·斯露。這個時候，支配着kirkwood的Nerval把人類箱子化計劃告知幾位原來的閣僚們，而阿蕾達也着奈美來到Nerval那裏。奈美對Nerval以人類模樣活動和被其洗腦的姐姐·高嶺的感到驚訝。Nerval向奈美説要“一起守護這個世界”。另一方面，受到庫桑齊貝的空間跳躍的影響，秋葉等人來到木星軌道；從這裏回到kirkwood可要花費5年的時間。追究起責任，伊月和秋葉吵起架來。這時，小櫻注意到木星軌道漂浮着雷歐帕爾德和弁慶的殖民星。雷歐帕爾德殖民星因為自動歸航系統的起動而回到了木星——50年前大戰結束後雷歐帕爾德和穗乃香的沉睡的地方。於是大家向殖民星蹦去。秋葉來到雷歐帕爾德的頭腦室，伊月來到圖書館，穗乃香來到沙漠地帶，為各自的事不約而同地流下眼淚。但是，在大家沉浸在感傷不久，被極光覆蓋的殖民星的上空出現了放電現象。

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　　受到木星的強力電磁波的影響而陷入危機的秋葉等人不知所措的時候，一直戴在小櫻頭上的帽子突然跳出來，原來這帽子是外星人尤比炭。尤比炭告訴大家一個逃離危機的辦法。利用弁慶的殖民星的推進力，大家終於逃出來木星的重力場範圍。木星的空間站·比鄰星之冠（プロキシマの冠）。那裏曾經是人類和外星人的交流中心，也是獅子堂評議會對抗Nerval的最後的據點。秋葉發現那裏是曾在夢中出現過的地方，但唯獨軌道咖啡廳Enigma沒找着。尤比炭告訴大家使用比鄰星之冠的能量進行超空間跳躍而返回kirkwood，但雷歐帕爾德無法和自己的殖民星連接。於是由弁慶接上比鄰星之冠，開始了超空間跳躍。另一方面，奈美襲擊斯露學園的學生們，無情地將其關進箱子中。接受妮娜命令潛入學園的蜜桃和九重葛，將其事錄像記錄完畢後返回避難區傑尼斯站（ジャニスステーション），卻被敵人跟蹤。於是，奈美帶着大批機器人出現在傑尼斯站外，這時，通過超空間跳躍的雷歐帕爾德出現了。

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　　對突然出現的雷歐帕爾德感到驚訝不已的奈美，並且看到了秋葉等人而產生動搖，帶着Existent-Z撤退了。那個時候，弁慶趁時切下雷歐帕爾德的兩片太陽能鏡，然後不知飛向何處。秋葉等人和避難區的人相聚，得知kirkwood已被Nerval佔領的事實。愛爾·斯露打算把避難區的人遷到雷歐帕爾德的殖民星，命令秋葉讓雷歐帕爾德恢復精神。雖然想了許多辦法，但雷歐帕爾德的狀況沒有好轉。從穗乃香那裏得到提示，秋葉向難民們尋求協助，追棒雷歐帕爾德。那個時候，庫桑齊貝攜帶大批無人戰鬥機器向雷歐帕爾德襲來。於是，承接難民們和秋葉的願望，雷歐帕爾德再次和殖民星連接，開動雷歐帕爾德加農炮成功把敵人擊退。然而，秋葉卻被阿蕾達拐走了。

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　　雷歐帕爾德很快地從弁慶那裏搶回了太陽能鏡。另一方面，在殖民星內部，伊月、蜜桃和九重葛為了連接殖民星的動力線路而奔跑的途中，在那個温泉裏休息時，伊月向她們述説了自己的身世。這時，一隻巨大的章魚怪物突然出現，窮追着伊月等人。風月剛好從月球防空部返回，用電磁炮將章魚擊退。然後，風音被告知秋葉被Nerval的人拐走。另一方面，秋葉和妹子在庫桑齊貝的內部，看到了整然有序的關着人類的箱子羣。庫桑齊貝説，智能殖民星為了從內部的人類得到力量，把人類關在箱子裏去除其多餘的情感，讓人類成為智能殖民星的零件。秋葉要反駁，庫桑齊貝準備也把秋葉關在箱子裏。逃跑中，秋葉發現先前被掠走的箱子醬，但對方完全失去記憶，並在箱壁上顯示“逮捕”字樣。無奈下，秋葉終於被關進了箱子。

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　　被關在箱子裏的秋葉找不到出去的辦法。 那個時候，雷歐帕爾德殖民星內部，伊月請求穗乃香一起潛入kirkwood時，穗乃香卻突然暈倒。穗乃香告訴伊月自己的生命即將結束。另一方面，風音説服杜鵑和弁慶幫忙回收比鄰星之冠；另外，委託伊月陪同學生會等人潛入kirkwood尋找秋雨；再安排穗乃香前往地球去請隱居的馮出山；最後要雷歐帕爾德隱身前往印斯茅斯暗礁尋找“劍”。那個時候，Nerval的人間體遭到烏雷共榮圈的刺客的狙擊。暗殺機器人分身成3體逃跑，阿蕾達、高嶺、奈美分頭追殺。憑藉壓倒性的QT之力和戰鬥力，奈美她們很快就把機器人破壞掉。愛炫耀的奈美舉着機器人的頭部回來，機器人的頭部竭盡最後的力量，伸出的尖長的刺貫穿了奈美的胸口。

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　　秋葉逐漸適應箱子裏的生活，不想再出來，也不想聽到人的聲音。那個時候，杜鵑和弁慶為了回收比鄰星之冠而來到太陽附近。成功回收比鄰星之環時，杜鵑卻失去了蹤影。另一方面，試行潛入kirkwood的伊月跟時雨交談中，得知時雨也是地球出身。負傷的奈美醒來後發現自己身在軌道咖啡廳Enigma，Nerval親自做起意大利拉麪，和奈美、阿蕾達（=神月）一起共餐 但跟大家一起共餐的奈美感到神經質，得知秋葉也“入夥”而生氣地離開。另一方面，漸漸失去自我的秋葉，在妹子的呼喚下回憶起和妹子一起是飛碟燒的時光，決定逃離。前往地球的穗野香和追擊來的高嶺對峙，奈美也加入戰鬥；穗野香在QT-arms爆炸中逃離，發飆的奈美突然攻擊高嶺，被高嶺反擊的奈美突然發出刺眼的光使得高嶺脖子上的印記消失。乘坐脱離艙離開的秋葉和妹子，看到向kirkwood攻擊、來自月球防衞總隊的大批跳躍導彈，Nerval把跳躍導彈截下，但反物質導彈飛來。為了讓秋葉逃跑，妹子決定犧牲自己，獨自駕駛脱離艙撞向反物質導彈

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　　得知導彈攻擊來自月球基地，Nerval親自來到月球，將月球和烏雷共榮圈的盟軍以及整個月面凍結以示報復。在宇宙漂浮的秋葉被伊月所救，然後和學生會眾人一起潛入kirkwood。秋葉被告知妹子犧牲的事實。大家一片扶持哭泣的秋葉一邊跟着獅子堂元老院的賀統行走，來到了箱子人類回收工場。在那裏有許多被救出的人類，但他們因被箱子奪走了心智而變得頹廢。這時，庫桑齊貝襲來，大夥們乘坐小運輸艇離開kirkwood。弁慶通過超空間跳躍出現，撞向庫桑齊貝，駕駛QT-arms Ravana的高嶺也出現防禦庫桑齊貝的攻擊。於是來到弁慶的殖民星的秋葉等人，通過超空間跳躍前往印斯茅斯暗礁。

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　　雷歐帕爾德取回了比鄰星之冠，秋葉等人也回來了。風音從高嶺那裏得知，要Nerval的洗腦，需要奈美的Anti-QT之力。受到妹子之死的刺激而無法振作秋葉，雷歐帕爾德的頭腦室，跟往常一樣一見面就吵起來。那個時候，警報聲鳴響，庫桑齊貝襲來。阿蕾達和Existent-Z侵入雷歐帕爾德的殖民星，對那裏的人類洗腦並追捕秋葉。不過，被穗乃香從地球拐來馮來到了QT-Rose將Existent-Z的洗腦消除。另一方面，賀統等人找回了“劍”並跟讓其雷歐帕爾德的太陽能鏡連接。秋葉用黃金槍解除封印，雷歐帕爾德完全回覆50年前的樣子，順利擊敗庫桑齊貝。從被捕捉的庫桑齊貝那裏，秋葉得知妹子還活着。

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　　終於恢復原本面目的雷歐帕爾德沾沾自喜，突然看到了自己的陰暗面。得知妹子還活着的秋葉想去kirkwood救妹子，但被風音阻止並幽禁起來。妹子醒來時發現自己身在軌道咖啡廳Enigma，和Nerval、奈美相遇。Nerval稱被妹子拯救kirkwood的行動所打動，想進一步交談時，電話響起。得知庫桑齊貝敗北的Nerval聯繫弁慶，希望弁慶回來幫忙，但遭到杜鵑的拒絕。杜鵑被指責Nerval以人類的模樣行動是向被統治者的妥協。Nerval表示理解人類是不可能的事；奈美慫恿Nerval破壞世界，但Nerval説自己追求的是人類和殖民星和諧的世界。另一方面，伊月、穗乃香帶着秋葉拘留房逃走，但被風音發現。這個時候，弁慶突然襲來，樣子有些奇怪的雷歐帕爾德向弁慶猛攻；不受約束的雷歐帕爾德進行超空間看跳躍來到kirkwood。在那裏，Nerval的殖民星“冰雪聖殿（Catedral Ventisca）”出現了。

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　　取回50年前被稱為“妖刀的力量”的雷歐帕爾德，變成了“黑暗王子”（prince of darkness），發射反物質炮向Nerval攻擊，Nerval馬上陷入下風。駕駛QT-arms前往Nerval的秋葉在Nerval頭腦室和妹子相會，但因為雷歐帕爾德攻擊的關係，秋葉和妹子再次分開。而後，秋葉遇到了奈美。面對世界再次劇變，奈美決定毀滅世界，高舉錫杖先拿秋葉開刀。奈美準備攻擊伊月和穗乃香時，秋葉用黃金槍射擊奈美，觸發了奈美的Anti-QT之力，阿蕾達（=神月）和8名Existent-Z的洗腦被解除。Existent-Z不再接受奈美的命令，受到打擊的奈美離開。返回kirkwood殖民星，神月告訴秋葉“穿越宇宙的少女”的含義，那是作為結束跟智能殖民星戰鬥的存在。接受命運的秋葉，風音告訴她要“殺死雷歐帕爾德”。煩惱着的秋葉想起了妹子直到最後還是守護着自己，於是下定了決心。另一方面，奈美自稱“穿越宇宙的少女·BLACK”跟“黑暗王子”雷歐帕爾德聯手，聲稱要清除人類，向地球發射反物質炮摧毀獅子堂島。

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　　為了打倒雷歐帕爾德，秋葉協同Existent-Z潛入了殖民星內部，但被超空間斷層阻止而無法前進。那個時候，雷歐帕爾德的四周，Nerval、弁慶、庫桑齊貝3大智能殖民星集結，風音向Nerval提出聯手。另一方面，神月和奈美對峙。弁慶成功切掉雷歐帕爾德的比鄰星之冠，儘管如此，雷歐帕爾德向kirkwood發射反物質炮。另一方面，伊月帶着妹子來到秋葉身邊，二人合力讓QT-arms的限制器解除，突破超空間斷層終於來到雷歐帕爾德身邊。因為秋葉的怒踢，雷歐帕爾德恢復過來。“黑暗王子”（P·O·D）被轉移到Nerval，雷歐帕爾德啓動反物質炮把Nerval殖民星連同P·O·D一起毀滅。在這個影響下，秋葉被吹飛到銀河的彼端。尋找秋葉的眾人，終於在銀河的盡頭發現了秋葉和妹子。在大家的歡笑中，與伊月、穗乃香相擁的秋葉露出了笑容。