神秘博士第四季

博士在倫敦發現艾迪派斯公司新產品藥物有問題，人類服用後會悄悄的產生土豆狀生物，並在夜裏1點10分逃走回到保姆身邊，於是博士潛入公司決定探查究竟，在探查時遇到了多娜（見第二季特別篇）。原來Adiposian人丟失了他們的繁育星球，於是跑到地球利用人類做代孕母繁殖寶寶。最後保姆在高空中被拋棄，脂肪球回到了父母身邊，博士邀請多娜一同旅行。

博士和多娜來到了古羅馬的龐貝古城，在龐貝被火山毀滅的前一天。在這裏，博士發現預言家擁有精確無比的預言能力，但是他們並沒有預言到第二天火山的爆發。一種名為Pyrovile靠吸收火山熱量生存的外星人控制了預言家和聖女會，企圖將龐貝人變成Pyrovile並佔領地球。（Pyrovile丟失了他們的星球）

博士帶着多娜來到了Ood的繁育星球，在這裏多娜對Odd作為人類僕人這一點產生了懷疑，而一向温順的Ood在這裏表現為瘋狂，嗜殺。在博士和多娜幫助下，解放Ood主腦，而Ood的長老們卻預言了博士的“歌聲將要結束”（將要死亡）。

全球出現一種名為atmos的汽車廢氣處理系統，可以實現污染零排放，並且100%無碳，這一古怪科技引起了unit部隊的注意， 他們讓瑪莎通知博士前來調查，博士調查中發現了桑塔人，原來桑塔人控制了地球上的天才少年，利用atoms將地球上8億輛汽車改裝成他們的武器。好戰的桑塔人視博士為敵人，就在這時桑塔人克隆了瑪莎。

桑塔人激活了atmos裝置釋放出了氣體，使全球擴散了毒氣。危及關頭博士救下了瑪莎，瑪莎利用自己的記憶感動克隆人説出了桑塔人的目的，原來他們是要改造地球成為桑塔人的繁育基地。（桑塔人天生就是一名戰士）

博士被塔迪斯帶到了梅莎林星球，這裏的人類正在和名叫hath的魚人戰鬥。博士被強迫進行了單體克隆，於是博士的女兒出生了，但是繁育機器只教會了她怎麼戰鬥，其他一概沒有。於是多娜給她取名Jenny，博士教給她和平的處事態度。進行了幾天時間的兩族的戰爭結束了，傑妮被殺，博士傷心的離去（放棄了報仇），博士離去後，傑妮重生了，她開走飛船獨自去宇宙中旅行。

（漢譯：阿加莎·克里斯蒂之謎）

9世紀20年代，博士來到了curbishleys家族莊園參加酒會，這時卻發生了一連串的命案，看博士與阿加莎·克里斯蒂（英國著名女偵探小説家、劇作家，三大推理文學宗師之一。）怎麼破案。

51世紀全宇宙最大的圖書館居然空無一人，就在博士意識到問題嚴重時felman lux公司探險隊來到了圖書館，為的是發現一百年前圖書館發生了什麼。神秘女人River Song登場，而她的過去就是博士的未來……

接上一集，多娜在圖書館裏消失了，卻出現在另一個地方，而一個叫moon的醫生為她編制了另一個故事，而這一切只是電腦為了保護人類不被vashta narada所吸食而存儲的數據。最後一百年前被困的人類還原後離開了,記錄在音速起子裏的River Song到電腦裏和隊員一起生活（此2集得到2009雨果獎最佳戲劇表現短片獎提名）

在午夜星上到處都是鑽石，可是行星卻圍繞着放射星球運轉，在奇妙的旅程中博士遇到了一種全新的生命，他生活在這個存滿放射線的星球，偷竊別人的語言，這一集，博士展現了什麼是人性……

這一集中多娜被巫師控制，試着想如果向右走，沒有進公司工作，沒有認識她那該死的未婚夫，沒有遇到博士，那麼世界將會是什麼樣子？結果是在大戰中，博士被淹死了，一切都陷入了混亂。羅斯出現，指導多娜回到過去，強制選擇向左走。結果多娜擺脱了控制，宇宙中出現了大量“惡狼”字樣。（第一季中偽神時期的羅斯所留，宇宙毀滅的前兆）

博士匆忙回到地球，一切正常，然而當博士進入塔迪斯進一步偵查時，怪事出現了，塔迪斯留在原地，而地球卻不見了……而於此同時，地球上的人類發現天空飄滿了星球和宇宙飛船。博士來到影子聯盟（銀河系警察總局），查詢到共有27顆星球丟失。博士想到，在時間大戰後期，戴立克曾經有這麼一個瘋狂的計劃——用27顆特定的星球組成一台巨大的大殺器。由於地球被放在了美杜莎時空瀑布中，博士發現不了地球的蹤跡。在危機關頭火炬木、莎拉簡等人的努力下將博士拉到了地球同步時空中。剛出塔迪斯的博士，看到了羅斯，但隨後被戴立克擊中。

接上集，博士身受重傷，被迫重生，但在重生時博士利用了聖誕節被砍下的手（詳見2005年聖誕特別篇和第三季第11集）重生並且保持了原樣。從時間大戰中逃脱的戴立克獲得了更強大的科技力量，博士被戴立克抓獲，戴立克要將塔迪斯銷燬，就在這時躲在塔迪斯中的多娜在博士之手的召喚下觸碰它，這時砍下的手又重新長出一個博士，多娜也擁有了半個時間領主的力量……羅斯得到了最好的結局[羅斯和她的母親以及新生的人類博士被送到惡狼灣（博士據説是擔心他的分身會被報復，希望羅斯能照顧他，並對她説他就是我）]，多娜得到了最差的結局，（多娜希望留在博士身邊卻因無法處理博士那龐大數據和記憶，被博士清除相關的記憶後送回家過正常人的生活）……