相棒劇場版2：佔據警視廳特命系最長的一夜

日本警察機關的中樞要地警視廳本部之內竟然發生了挾持人質事件！人質包括警視總監田丸、副總監長谷川及各部部長共十二名要人。人質所在的會議室已經被機動隊和特殊行動組SIT完全包圍，可犯人卻一直沒有動靜，甚至沒有提出任何要求。

神户尊曾偶然撞見過劫持犯，搭檔杉下右京在接到他的通知後迅速趕到。右京認為掌握會議室內的情況是第一要務，他得到了鑑定科米澤守和原特命系陣川公平的協助，開始部署出人意料的奇策。

由於刑事部長也遭挾持，官階最高的參事官中圓成為搜查本部的總指揮，然而時間白白流失，事情毫無進展，搜查一科的警員們都開始焦躁起來。右京帶來了情報，挾持犯是原警視廳刑事八重樫哲也。右京與尊雖然能幹卻依然被眾人排除在解救行動之外。兩人也沒閒着，他們查出此事可能與總務部裝備科的朝比奈圭子有關。

此時，會議室內突然傳出兩聲槍響。中圓不顧右京的強烈反對，下令SIT強行突破衝進會議室。最終犯人被擊斃，十二名人質安然無恙。然而，面對大河內監察官的調查，十二人全都言語曖昧，不肯透露八重樫的要求。對此心存疑問的右京和尊在科長角田的幫助下，另行對要人們展開查問。

與此同時，接到報告的官方室長小野田與警察廳長官金子也有了行動。

真相漸漸露出水面，八重樫與圭子引出了塵封已久的重大事件……