生元説

他根據19世紀的生物進化論和細胞學説，認為有機體是由無機體進化而來的。在這個進化過程中，世界逐漸開始產生生物,生物的“原始”是細胞,他稱之為“生元”，即“取生物元始之意”。他認為這種由無機物進化而來的“生元”本身就是“物”，它要靠淡氣類、炭輕類和脂肪類等食物進行新陳代謝才能存在。這是孫中山以近代自然科學為根據，對“生元説”所作的唯物主義解釋。

但是，孫中山主張“生元有知”，認為最原始的細胞有“知覺靈明”，把物質高度發展的神經系統和人腦才具有的“知覺”、“思為”、“主意計劃”説成是一切細胞都具有的屬性；把細胞“構造”動植物和人類看成是有如人之創造各種器物的能動的有意識的活動。他還認為“人身”是“生元所構造之國家”，這些都是生元説中包含的形而上學的唯心主義因素。

孫中山的“生元有知”論，在1921年的《軍人精神教育》中已有一定改正。他説“世界上僅有物質之體，而無精神之用者,必非人類”,把有無精神作為區別“人類”和“非人類”的根本特徵，肯定只有人類的“物質之體”才具有“精神之用”。這是一個重要進步。

關於孫中山的生元説，中國學術界有不同看法，有些學者認為孫中山把生元（細胞）神秘化了，賦予生元以知覺、意志和思想，陷入了二元論或唯心論。