特務機關NERV

原名【特務機關ネルフ】

其前身是在"第二次衝擊"後創立的人工進化研究所，也可稱作"GEHIRN"（在德語中意為"腦"）。2010年，MAGI電腦系統完成後，改組為NERV（德語中意為"神經"）。最高司令官碇元渡，副司令為冬月。位於第三新東京市的地下，在世界各國亦有諸多的分部，是個跨國界的龐大組織。

原名【HUMANAIDPROJECT】

由SEELE、人類補完委員會與碇元渡共同推進的極密計劃，目的是決定未來人類進化與發展的方向，具體內容不明。SEELE與人類補完委員會依照"死海文書"與"裏死海文書"中的記錄來推進計劃的步伐，他們的目標，是"為了封閉的人類再生的通過儀式"

原名【HUMANAIDPROJECTCOMMITTEE】

不但操縱着NERV，並能涉政國聯的巨大謎之組織----SEELE，在"第二次衝擊"之前就已形成。包括基路·洛侖茲在內的五人構成了這個"人類補完委員會"，這五位委員的國籍分別為英、德、法、美、俄，該組織在世界各國開設了分支部門。舉行會議時所見到的，只是他們的三維影像，其本部所在位置不明。在TV版中擔任五人CV的分別為清川元夢、長登高士、鈴木騰美、子安武人、永野廣一和關智一。

原名【セ-レ】

早在"第二次衝擊"之前就已存在的組織，SEELE在德語中，是"靈魂"的意思。一般元渡與冬月都稱之為"SEELE的老人們"，但通常見不到他們本人，類似於石陣排列的巨大屏幕上，只有01至12排列的數字及只標有"SOUNDONLY"的程序。那十二個聲音之一的"基路議長"是SEELE的中心人物，在幕後操作NERV，按"死海文書"去執行人類補完計劃。

原名【セカンドインパクト】

於西曆2000年9月13日發生的世界規模大災害。當時國聯宣佈其原因是由於在南極大陸的瑪卡姆山，有大質量的隕石以光速數倍的速度衝擊所造成。這是40億年以來，繼造成恐龍滅絕的行星撞擊之後災害最深重的一起天災，故稱之為"第二次衝擊"。但其真相，並未有隕石落下，而是SEELE與元渡他們將不知為何覺醒來的第一使徒亞當還原成最初狀態把受害程度降至最小的結果。其造成的大爆炸中心，出現過四枚巨大的翅膀，受其影響，南極融化，地軸扭曲，地球氣候變更，人口減半……那一日，是人類的災難日。也是渚薰的誕生日。

原名【A·T·フイ-ルド】

ABSOLUTETERRORFIELD的縮寫。主要指使徒與EVA戰鬥是產生的防禦罩，其防禦力使人類的一切兵器都無法發揮效用。可直譯為"絕對恐怖的領域"（簡稱"絕對領域"）或"絕對不可侵犯的領域"。第十七使徒渚薰對其解釋為"任何人也無法侵犯的神聖領域"、"心之光"、"在誰心裏都存在的心之壁"。因為形成的原因是空間相對位移，所以除了防禦之外，也可作為攻擊性的武器來使用。

原名【リリス&リリン】

在猶太教的法典記載有"亞當與第一位妻子莉莉斯生下了惡魔之子李林"。而舊約聖書·創世紀中也有"亞當用自己的肋骨製造了他的第二個妻子夏娃（EVA）"的記錄。於NERV本部的最下層禁區的十字架上，有一個白色的、擁有七隻眼的巨人，後被第十七使徒渚薰證實為莉莉斯。原先她只有上半身，但隆基亞斯之槍被拔去後，開始長出足，而且腹部開始膨脹，有妊娠現象。至於渚薰提到的李林，指的應當就是人類。

原名【ムギシステム】

由赤木尚子博士開發的、搭載有人格移植OS的超級電腦系統。它由三台獨立完成思考的電腦組成，並以東方三聖者命名，分別為MELCHIOR·1、BALTHASAR·2、CASPER·3。它們分別被移植入赤木博士作為科學家、母親與女性的三種思維模式。向MAGI提出的問題，由三台電腦協議以多數通過。同時，拷貝MAGI的系統，在美國、中國與德國等許多國家都有使用，其作用可將國家建設的支出降至最小。當然，NERV的MAGI系統，主要用於NERV的管理與對使徒的作戰分述。