無間行者

澀谷車站廣場前發生爆炸案，造成多人受傷。警視廳刑事部特命搜查對策班的警部補志村貴文在等待支援時，街頭大屏幕播出了神秘男子發出的新的爆炸即將發生的預告視頻，而且對方要聲稱“我要的是志村貴文”，要求以下次爆炸的情報換志村。志村前往指定地點，等待他的是神秘女人霧子。她説劫持街頭大屏幕視頻信號的人正是自己，並預告了將再次發生爆炸。她還説，爆炸的製造者是名為“煙火師”的爆破專家，而且以前被當成事故處理的多起爆炸案件都是煙火師所為。志村不相信她的話，但為了阻止爆炸發生，他不顧警察廳監察官猿渡紳一郎和搜查一課課長犬飼彰吾的制止，與她一起行動。另一方面，根據霧子的證言，搜查一課以猿渡和犬飼為中心搜索可疑者，同時重新調查她所揭發幾起事故。其中一起事故，疑似與為兇惡罪犯做中介的犯罪協調者“Invisible”有關。

霧子以提供未解決案件情報為條件與志村聯手。志村揣測着提出這一交易的霧子的真實意圖。霧子暗示下次將發生的案件，讓他查看某視頻頻道的直播。看到畫面後，搜查一課課長犬飼等人大吃一驚。受託做觀光宣傳的大學生們從地下挖出了大量的人骨。屍體是六個年輕男女。霧子説殺死這些人並把他們當成食物的是被稱為“調教師”的罪犯們。發佈直播的大學生們被叫到警署作筆錄，人權派律師智壽子也趕來要為他們辯護。另一方面，志村按犬飼的指示，將霧子從拘留所移送到VIP待遇的特別設施“民宿”。監察官猿渡對二人的關係感到奇怪，把志村叫來詢問，而志村從霧子那裏聽説了與“調教師”有關重要情報。

志村貴文因涉嫌殺害女性被捕。雖然很快他就洗清了嫌疑，但是霧子告訴他，殺害女性並放在櫥窗裏展示的是被稱為“演出家”的兇惡罪犯，犯人的愛好就是把屍體製作成藝術品展示。而且，她預告説，“演出家”馬上就會殺家下一個目標，為抓住“演出家”，志村要展開作戰行動。搜查一課長犬飼強烈反對霧子提出的危險作戰計劃，但是志村決定依計行事。另一方面，正全神貫注監視着志村與霧子行動的監察官猿渡紳一郎也參與了磯谷潔、五十嵐夏樹的搜查行動。就在此時，霧子托熟人、黑客Labyrinth rose探查“演出家”的動向。根據Labyrinth rose的情報，磯谷等人前往現場。

搜查三課的大貫課長打來電話請求搜查一課協助調查。他表示，最近接連發生的繪畫盜竊案是同一夥犯人所為，為尋找真相，希望能通過志村藉助“犯罪協調人”霧子的力量破案。聽志村講述了案件梗概後，霧子告訴他，案件與盜竊團伙“猴子們”有關，還預告説他們下一個目標是價值50億的昂貴畫作《Number X》。她提出讓志村到“猴子們”出售贓物的黑市去進行卧底調查。這時，隨機殺害年輕女性案件中使用兇刀被發現。搜查一課長犬飼把志村叫來查看兇刀。志村確信就是同一把刀在三年前奪走了同事安野性命。霧子告訴志村，繪畫盜竊案與三年前的案子有聯繫。

志村不確定霧子是否真的與三年前的案子有關，心中不安的他再次會見那個作證説受犯罪協調人之託殺人的武入，確認了某一事實。但是武入在被押送去檢察院時被人劫走了。另一方面，上級指示犬飼與犯罪協調人切割。然而，霧子卻從民宿裏消失了。警方認為霧子與武入有聯繫，緊急部置抓捕他們。志村在鑑識課的近松幫助下，從黑客Labyrinth rose那裏聽説了幫助重罪犯逃跑從而獲得重酬的“協逃組織”的存在，遂嘗試接近帶走武入的“協逃組織”。於是，他發現了隱藏在黑暗中的新的犯罪協調人的身影。

真正的犯罪協調人是霧子的弟弟霧人。他為了找回姐姐突然現身，並告訴志村三年前安野被害案也是他協調的。他還暗示手邊有在進行中的案件，如果志村能從這次別人委託他的目標之中救出一人，他就放棄霧子。留下這些話後，霧人就離開了。如果逮捕霧人，就能解開很多懸案的真相，而且能阻止新的犯罪發生，於是警方緊急部署，加強了搜查。終於，按照霧人的預告，警方發現了新的受害人。聽了犯人殘忍的手段後，霧子告訴志村，這是有行醫執照的“doctor”所為。磯谷與夏樹開始調查受害人身邊的人，結果又發現兩個被以同樣手段殺害的人。

霧子説搜查一課有人給犯罪協調人通風報信。志村把霧子話謹記心中，執着地搜尋着霧人。另一方面，霧人驅使兇惡的罪犯“Chinobi”進行暗殺計劃。正盯着下一個目標IT企業CEO早坂的霧子，提出讓志村做早坂的警衞，為的是志村一邊保護她，一邊排除內奸的阻礙，調查“Chinobi”。監察官猿渡説服高層，讓志村在保安團隊神岡的指揮下擔任早坂的警衞。這時，犬飼指示部下調查過去與“Chinobi”的罪行相類似的中毒案件和相關機構。然而，凡是出現在警方視野中的相關人士接連發生事故或可疑地死去。

副總監牧野宣佈了搜查一課課長犬飼的死亡。現在，由猿渡指揮調查。志村告訴猿渡，犬飼是因為秘密調查內鬼而被犯罪協調者殺害的。霧子知道弟弟霧人與犬飼之死有關，心痛不已。這時，霧人喬裝改扮，帶東子來到livehouse，策劃着利用“演出師”進行新的犯罪。“演出師”是那種把殺死目標的瞬間製作成演出發送給委託人的兇惡罪犯。這次的目標是包括東子在內的三個人。那樣演出實況直播的邀請也發送給了霧子和搜查一課。

霧人聯絡搜查一課，聲稱兩天後要進行“黑色星斯五”行動。所謂“黑色星斯五”行動是指由海外的兇犯依次掀起兇惡的犯罪活動，如果想要中止這一行動，警方就必須接受霧人的條件，將現在收監的兇犯全部無罪釋放。顯然，要阻止“黑色星斯五”行動，除了把霧人找出來以外別無他法。志村與猿渡一起查找霧人。這時，霧人帶着霧子前往二人過去生活的家，為的是找到初代犯罪協調者“Invisible”留下的某樣東西。另一方面，霧子從初代“Invisible”留下的資料中發現了殺害犬飼的兇徒“Reaper”的真實身份，提醒志村注意。

史上最可怕的兇徒“Reaper”的真面目終於曝光。而此時，霧子和霧人第一次心靈相通。志村找到了他們倆，但是認為霧子非常危險的猿渡對她拔槍相向。另一方面，放置在搜查一課的EMP炸彈啓動，“黑色星斯五”行動開始了。猿渡向搜查一課的同仁們宣佈一切都是志村和霧子乾的，下令逮捕志村。而且有人在“Invisible”網站上發佈了抓捕志村的懸賞。志村被警察和“Invisible”雙重追捕。就在這危急萬分的時刻，他下了最後的賭注。