瀕危物種少女

　　被認定為世界遺產的熊野古道——玉倉山悄悄建起了玉倉神社。被宮司的祖父養育的鈴原泉水子對外面的世界的生活幾乎一無所知。在初中3年級，內向的泉水子想要改變自己，某天早上她剪了自己的頭髮。那時候，泉水子父母的朋友相樂雪政出現在學校。泉水子，和青梅竹馬雪政的兒子深行再會了…。

　　在雪政的安排下，泉水子和轉來的深行一起在東京的鳳城學園升學，兩人不安定的過着每一天。不久東京修學旅行的日子臨近，泉水子可以通過這個機會和東京的母親·紫子見面，打算和拒絕升學的深行商量。修學旅行當日，兩人前往約定和紫子會合的都政廳展望室，泉水子感覺到有什麼東西在阻礙……。

　　經過修學旅行一事後，深行決定了自己升學的意願。另一方面，泉水子給沒有去修學旅行的和宮同學轉交禮品，泉水子以前依戀着的總是平靜温柔的和宮，説出了意想不到的話。這個時候，男同學們突然和深行吵架了，他們的狀況有點不同……。

　　春天到來，泉水子升學到了東京的鳳城學園。宿舍的室友是少女宗田真響，她在學園有個弟弟的真夏。開學典禮那天，真響想要轉換心情而改變了髮型，泉水子也摘下了眼鏡。泉水子和真夏一樣在C班，深行和真響在A班。與深行分開而感到不安的泉水子覺得同班的留學生同學不尋常。留學生向膽怯的泉水子打招呼……。

　　真夏和重傷真響的高柳一條做個了結。真響和真夏將弟弟真澄介紹給了同行的泉水子和深行，泉水子才知道真響他們也是“特別的存在”，見到了他們的堅強和覺悟。另一方面，雪政以約聘講師的身份來到了學園，這使本來距相互靠近的深行和泉水子的距離再次拉開了。一個人向泉水子打了招呼，那是學生會會長如月・金・仄香。

　　開始放暑假了。泉水子等人一起拜訪了真響所在的老家長野，泉水子初次體驗到去朋友家玩的心情。宗田家還邀請了在大學擔任教授的父親的學生們，烤肉派對開始了。這個夜晚，突然醒來的泉水子，在院子裏和真澄再會了……。第二天學生會執行部在户隱進行集訓。於是泉水子知道了學園裏複雜的對立關係……。

　　真響測試了深行作為山伏的能力。感到危險的泉水子拼命試圖阻止，這樣的自己將深行也捲進來了。這時候，真夏得知了從小就很重要的愛馬・泰比生病的消息。真夏聽不進去真響的阻止，讓真澄代替自己參加集訓。對於一個人隨意行動的真夏，真響感到了從未有過的難以掩飾的不安……。

　　真夏消失了。真響認為是真澄帶走的，真響也無法一個人把真澄呼喚出來。泉水子想要幫助傷心的真響，如果是姫神的話應該可以呼喚出真澄，泉水子這樣和深行商量。但是，姫神並沒有出現，泉水子注意到真澄就站在眼前。泉水子請求希望真澄將她帶到真夏所在的地方……。

　　暑假結束了，學園祭的準備開始了。今年的主題是“戰國學園祭”，舉行的是曾經八王子城攻防的模仿戰。以此決定學園第一的位置，高柳打算勸誘泉水子等人加入自己這一邊來戰鬥。隨後，另泉水子意想不到的是，自己竟代替真響穿着戰國服裝在展示講習會上擔任了公主身份的模特……。

　　學園祭終於拉開了帷幕。泉水子和深行在內的學生會執行部的成員全員着裝在學園內巡邏。泉水子的班裏是開模擬店的，順便享受到了熱鬧，不過，泉水子在心中關於姫神突然出現的時候的事耿耿於懷。一直説着姫神的話題的深行，讓泉水子在情感上感到了醋意。之後，泉水子進入了恐怖屋鬼突然遭遇到了……。

　　晚上深行與真夏在學園內調查，發現高柳設置了咒術設置。真響和真夏為了以防萬一，召喚了真澄協助。終於到了學園祭第二日。真響作為大戰遊戲防衞軍的公主，和高柳正面對抗。深行在學園內加強警戒，並且將手機交給泉水子，叮囑萬一出了事情，必須保持聯絡。但是，趁着只有泉水子一個人的間隙，高柳和留學生們接近過來……。

　　鳳城學院發生了變化，不安穩的氣氛飄散開來。通信設備都不能使用了，深行感到了也許是泉水子的原因。但是，和真夏一起趕到了高柳所在的地方的時候，泉水子的身影已經消失了。泉水子一想到自己並不普通就感到害怕，已經無法回到學園了。深行決定將泉水子接回來，但被擋住了去路，八王子城的亡靈們襲擊過來了……！