海軍罪案調查處第二季

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Watson上校來到辦公室，電腦傳出一個奇怪的聲音，告訴他的妻女已經被綁架，必須挪用兩百萬才能救她們，他被攝頭監視不能移動，於是偷偷求救NCIS。Kate和McGee來到上校的家裏，發現這對母女是被騙走的。Gibbs 授意Watson上校讓綁匪釋放他的女兒。女兒是個盲人，有着超乎尋常的聽力，她聽出了綁架地點，但是綁匪顯然不是主謀……

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施工隊挖出了一個隱藏的地下室，裏面有一具乾屍，身上穿着新娘的服飾……女屍是海軍中尉，經過驗屍發現已經死亡兩年。屋裏的擺設和書籍都是五十年代的風格，Gibbs率領手下調查發現，很有可能是個迷戀五十年代女性的變態殺手。很快又有新的女性失蹤者，Gibbs利用Abby從昆蟲身上得到的線索，來到一處海軍基地……

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黑鷹直升機停在小村莊的神秘稻田圈上，兩名陸戰隊員失蹤了，當地村民聲稱是飛碟來訪…… McGee在樹林中發現一間被燒燬的小屋，裏面有一具被燒焦的人類屍體。Gibbs發現村民的行為越來越可疑，究竟有什麼不為人知的秘密？懷孕的少女被什麼脅迫了？

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兩名海員在路邊發現一具穿着上尉軍服的女屍，Ducky醫生在檢查屍體的時發現了一個三叉戟的烙印，勾起了他的回憶，十年前一名女屍身上留有三叉戟的烙印。當時入獄的那個變態殺手剛巧在幾周前出獄就醫，Tony和McGee來到他的住處堵截，卻發現他已經死了兩週……

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有個被捆綁的人醒來發現自己在了海軍的實彈演習場，儘管他努力逃跑，還是被炸身亡。Gibbs率隊來到現場調查發現不止一具屍體……Fornell突然來訪，原來死者是FBI打入黑幫的卧底，顯然有內鬼出賣了他。Fornell也遭陷害入獄，在獄中他請Gibbs要找出內鬼，誰知不久Fornell上吊身亡……

海軍女飛行員Maggie在超市停車場遭到炸彈襲擊，倖免遇難。Maggie在阿富汗時中曾經誤炸平民，Gibbs懷疑這是伊斯蘭極端組織的報復行為。FBI再次插手，Gibbs找出了疑犯，但是FBI隱瞞消息並且干預Gibbs審問犯人。第二次爆炸又發生了，Gibbs利用FBI的軟肋威脅了他們，雙方達成交易，罪犯順利收押。他們在開往總部的路上接到Abby的電話，兇手還有另一批……

一位老人找到NCIS總部，聲稱自己殺了人，Gibbs發現他是二戰英雄，是硫磺島戰役倖存者。老人剛失去了相伴的老伴，由於悲痛很多記憶消失了，但是堅持自己在二戰時殺了好友。Gibbs申請開棺驗屍，屍體頭上被擊打的凹槽和證物手槍的槍柄吻合。海軍軍法署決定羈押老人，但是Gibbs找了一個當年同在硫磺島的日本老兵，他要嘗試重新喚起老人的回憶……

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深夜做完心臟手術的Dornan上校突然在病牀上自燃爆炸了。McGee檢查了醫院錄像，在Dornan死亡前出現了一名海軍少尉。Gibbs、Kate找到少尉時，發現他正在嘗試自殺，Kate意外擊斃了他。他的游泳教練是他生前最後一個談話者，他證明少尉是無辜的，Kate陷入了深深的自責。Abby模擬了引爆過程，證實是輸氧管爆炸導致，可是怎麼點火仍舊是個謎團……

海軍基地，有人闖進Lowness太太的家企圖強姦，Lowness開槍擊中了他。Lowness太太説沒見過來人。醫院裏的強姦犯説自己是被邀請去Lowness家的，他們在一個情色網站相識。Gibbs和Kate在Lowness家中找到了他們來往的電子郵件。Abby混進網站發現服務器被盜用，Lowness是無辜的。但當他們趕到黑客家裏時，那裏只有一具被挖去雙眼的屍體……

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Tony卧底監獄和貪污犯White轉獄，他們製造了一起逃脱事故。White始終沒有招供他在伊拉克偷運的古董下落，而本人又毛手毛腳，幾次意外卻讓Tony和總部失去了聯繫……副國務卿一直跟蹤此案，不勝其煩的菜鳥McGee終於讓對方閉了嘴。Kate發現新的線索，White不僅是盜竊犯，手上還有三條人命，手段及其殘忍，眾人為Tony深深擔憂。循着Tony留下的記號，Gibbs和Kate追蹤到了他們，但是車裏的Tony已經向White表明了身份，不動聲色的White偷偷取出了刀……

失蹤了兩年的海軍上尉Brian的意外被發現，他和汽車一起沉在黑湖裏，他的家人懸賞100萬尋找他的下落。屍檢中發現了子彈，Brian的弟弟Tom成了最大的疑犯。發現屍體的是著名私家偵探Cooper，他不厭其煩的找到Gibbs希望可以結案，以便他領取賞金。Abby修好了Brian的手機，發現他死前的最後兩個電話是Tom打來的……

電話公司銷售員正在向一名海軍下士Lamport推銷電話服務，卻意外接聽了一起謀殺案。Gibbs來到現場，屋裏到處是打鬥的痕跡，Gibbs根據血滴形狀斷定下士詐死。下士牽扯大額的非法藥品倒賣活動，他的失蹤似乎恰好解釋了他的罪行。但不久他的屍體在公園裏被發現，貨也被拿走了，Gibbs僅有的線索只是屍體旁邊的煙頭……

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Ducky醫生在家收到的人肉碎塊拼成了三具屍體，身份是當年Ducky醫生作證的一起強姦殺人案的法官、檢察官、律師，案犯是醫學院學生Vinson Hanlan，而Hanlan已經在一年前的車禍中喪生。Ducky醫生處境危險，Kate和Tony負責保護他和老母親，可是深夜，Ducky醫生在家中被劫走了……

女孩報案住在對面樓裏的海軍被人勒死，可警察在現場找不到任何痕跡。Tony和Kate在模擬現場時發現了可疑的人類尿液，經過搜查找到了藏匿的現金。女孩想不起兇手的長相，Gibbs派McGee在案發現場監視，結果女孩在和McGee通電話時被殺害了，McGee在慌亂中也沒有看清兇手的特徵。死亡海軍的屍體在公廁被發現，McGee在催眠師的幫助下想起了……

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在雪蘭多國家公園，海軍中士從山崖墜下身亡。目擊證人只有中士的妻子和好友，他們告訴中士在失蹤之前和公園裏的流浪漢有過沖突。Abby在死者頭上找到了棒球棍的碎片，中士是被謀殺的。中士手持的攝像機在河邊被找到，雖然損壞嚴重，但裏面的畫面證實了中士妻子和好友有私情，他們作為嫌疑犯被羈押。Abby再次檢查錄像，在中士滾落山谷的一瞬間，錄像機還是開着的，它真實的記錄了那一幕……

PS：第一次野外出勤的McGee被Tonny坑了……

海軍中尉Amanda被害，疑犯堅決聲稱自己是無辜的，認為死者不是和自己一夜情的女孩，那個女孩是酒吧的舞女。Abby證實雖然疑犯滿手是血，可是兇器上卻沒有指紋。Tony和Kate來到酒吧，意外的見到死者的妹妹Samantha在台上表演，Amanda生前因為妹妹的事情找過酒吧老闆。酒吧老闆把Samantha叫進辦公室。等到Gibbs衝進去，事情遠遠比看到的複雜……

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一對人類眼球寄到了海軍中士Benjamin家裏，但是Benjamin否認和這些有關，不久Benjamin在家裏自殺。Benjamin的老師Purcell是海軍秘密行動的講師，還是在巴拉圭活動的間諜。眼球的主人確認是一個17歲的女孩，她還有一個身份是Purcell的妻子。Tony和Kate受命去巴拉圭秘密調查證據，因為有大人物保護Purcell……

弗吉尼亞海灘正在進行泳裝秀，三號選手卻死在廁所。死者是海軍中士Difuni Jordan，臨死前曾給瑜加課教練Lisa打過電話，但是Lisa稱Difuni是自己的學生之一。一個出獄的男子給Difuni寫過很多信，可他卻有不在場證明。Ducky醫生檢查出死者生前已經懷孕，而Tony也查出死者有個神秘的男友，是個業餘攝影師，他替Difuni拍了登在雜誌上的照片，而這個攝影師還有另一個身份……

海軍中尉Jessica夜晚被魔鬼一樣的聲音威脅，Gibbs帶人前去調查，Jessica的主治醫生認為是幻覺。入院前Jessica在海軍秘密機構工作，她的上司Wade上校被控在政府交易收取回扣，上校卻堅持自己是清白的。電話中Jessica説有東西在她房間，等到Gibbs趕到，Jessica在病房上吊自殺了，但是Abby發現這是佈局精巧的謀殺……

深夜正在舉行兄弟會活動的海軍學員發現了一具脖子被折斷的屍體。死者是海軍學院的Turner，死亡方式是陸戰隊的專業手法，隊友Blake成了疑犯。Abby的電腦被黑客侵入了，McGee循着信號追蹤，竟然找到了Blake的屍體，死亡方式和Turner一樣。電腦黑客被抓，他告訴Gibbs兩個死者有一個共同的女友Ashley，可Ashley告訴他們兩人在幾天前在幫她躲避教官的騷擾……

陸戰隊士兵Tuobusi犧牲在伊拉克，他的朋友Amy整理他的儲物倉時發現了屍體，是他青梅竹馬的朋友Nora，在兩年前失蹤。海軍調查委員會命令Gibbs查出真相。當地警長和Nora父母都認為是Tuobusi是兇手，因為在Nora 失蹤後Tuobusi突然參軍去了。Kate和Gibbs詢問Amy，Amy欲言又止，之後竟然割腕自殺了，案情撲朔迷離……

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NCIS收到一封印着唇印的信，Tony搶着打開後吸入裏面的白色粉末，Tony和Kate一起進入隔離病房。粉末是生化鼠疫病毒，Abby和Ducky讀了那封信，要求NCIS公開幾年前的一起海軍強姦案，疑犯依然逍遙法外。強姦受害者名叫Sasha，她的母親Hannah是生化研究機構的執行總裁。Hannah被捕時説自己只是想要公道，Sasha坦白當年的強姦案自己説謊了。Tony被感染了，只有百分之十五的生存率，可憐的Tony危在旦夕……

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兩名海軍飛行員在度假途中被殺，其中一個被剁去了雙手，Gibbs帶隊調查時又險些被汽車裏的炸彈炸死。炸藥的成分和匿名的911電話表明是職業特工所為。Fornell告訴Gibbs，Ari已經脱離FBI的掌控，他的目標是殺死Gibbs！Gibbs查明海軍一架無人飛機被盜，此時海軍艦隊就要回港靠岸，Ari已經是徹頭徹尾的恐怖分子！船就要靠岸了，飛彈已經飛出，Gibbs他們只能全力阻止悲劇發生……