海軍罪案調查處第三季

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恐怖襲擊後，Gibbs和隊友都極度震驚，嘗試用各自的方法去面對Kate的離去。他們的首要任務是收集Ari的一切信息，在他造成更大破壞前阻止他。Gibbs被告知NCIS的主任升職，接替者是Jenny Shepard，一個過去曾與Gibbs並肩作戰並有過一段情的女人。

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Kate突然死亡帶來的壓抑尚未消退，Ari又綁架了Ducky向Gibbs挑戰。Tony受命跟蹤摩薩德女特工Ziva以便找到Ari。Gibbs決定與Ari進行最後的決戰，而Ziva與Ari之間的特殊關係正是Gibbs需要的。

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Gibbs接到新任務，與一個即將被處決的死囚交談、找出受害者埋屍之處。計劃並不成功，小組必須用他們自己的方式去解決這個案子。

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電視考古小隊在發掘美國內戰時期的古墓時，在密封棺材裏發現了保存完好的北軍士兵屍體和一個破損的手機。Abby追查到受害者的最後一次通話。與此同時，Jenny告知Gibbs，Ziva已經正式成為一名全職的NCIS探員。

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士兵在開車途中被射殺，NCIS接手調查。最初他們發現受害者過着雙重生活，以為找到了突破口。但後來在桌子下發現了受害者留下的信息，將整個調查引向完全不一樣的方向。

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NCIS接到了一個很奇怪的案子——網絡上現場直播了一個海軍妻子的被殺過程。調查過程中發現兩個軍嫂正經營在線色情網站，而她們兩人都已經失蹤了。尋找她們的過程中，小組嘗試追蹤網絡管理員來破解這這宗謀殺案。

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一個6歲的男童向NCIS求助，聲稱自己的爸爸被綁架了。調查發現他的爸爸是軍方秘密項目的負責人，而且他是唯一擁有最高權限代碼的人。不久項目已經被入侵，裏面的信息都已經被刪除掉了。到底這個失蹤的男人是清白無辜還是故布疑雲呢？

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一對殺手夫妻因車禍喪生，為了查明行動計劃，Ziva和Tony假扮夫妻，入住豪華酒店卧底。期間為了能以假亂真，在牀上親熱、氣温不斷升高、曖昧漸生。而Gibbs發現自己的小隊並不是唯一調查這個案件的。

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Quantico發現一具女性屍體，Tony被指控為兇手，小隊必須證明他的清白。所有線索都證明Tony是有罪的，小組必須竭盡全力為他們的同事、摯友洗脱罪名。

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安保執勤期間，McGee誤殺了一名卧底警員。Jenny決定對McGee展開調查。小隊需要證明McGee的清白，令到Gibbs和Jenny之間的緊張關係推向了頂峯。與此同時，Tony被過去的事情纏繞、惹上了麻煩。

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海軍訓練基地內正拍攝超模軍訓的真人秀，不料一個超模猝死，令海軍形象大受影響，Gibbs小組必須找出兇手。他們發現超模們和三個男人間存在多角戀，這三個男人也因此被定為疑犯。Gibbs拒絕參加表彰他成就的頒獎禮，Jenny非常不高興。

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Tony和Ziva在港口碼頭調查走私武器的時失去聯繫，Gibbs必須找到他們，嘗試通過對GPS芯片的定位來尋找他們，但卻發現他們並不在服務區。與此同時，被困於集裝箱內的Tony和Ziva一邊想辦法逃生，一邊尋找對案件有用的證據。

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一個掌握核燃料機密信息的軍官失蹤。Gibbs小組必須在綁架者得到機密資料或傷害該軍官前將他營救出來。

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NCIS在調查兩個海軍妻子的被殺案，他們必須在兇手攻擊下一個目標（另一個海軍妻子）前將他捉拿歸案。

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在調查非法改裝車輛的維修車間時，Gibbs小隊在其中一輛車上意外發現了藏匿起來的海軍頭顱。在找潛在嫌疑犯的同時，小組必須找到身體的其餘部分來找到真兇。

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一名海軍士兵死於交通意外。救護車運送屍體的途中爆炸了。調查過程引出了意外的發現——救護車裏殘骸的DNA和那名海軍並不吻合；而且救護車是被預先設定好的炸彈引爆的；遇害海軍的家庭隱瞞着重大的秘密。

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一隊遊客在國家森林公園裏發現了一塊海軍士兵的身份識別牌，在搜索該海軍士兵的宿營地期間，小組發現還有另外一個女人和他在一起，這個調查牽扯出更大的發現——在這個森林公園裏存在一個專向女人下毒手的連環殺手。

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一箇中學生走進基地高中教室，他身上綁了炸彈並挾持了人質，聲稱要發動自殺式襲擊。Gibbs孤身進入教室、企圖化解危機，結果發現校外有人在控制着這個學生。教室外，Tony接管一切，擔起領導小組的重任。

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孩子們在冰湖上溜冰時，被一個失蹤海軍的屍體絆倒了。Gibbs小組接報到場，在冰湖上搜索更多線索時，發現了另外三個被槍殺的屍體。屍體解剖時，Ducky和Gibbs發現其他三個受害者有黑幫紋身。小組開始調查海軍士官和死去的幫派人員間的聯繫。

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五角大樓的解碼專家的屍體被發現。Gibbs小組必須查出她是否內奸、是否自殺。隨着調查的開展，他們發現她死的時候並不是孤身一人的，是被謀殺的。因此他們必須找出那個內奸、那個殺害這個解碼專家的人。

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在調查一件普通的案子時，Abby幾乎被案子裏的證物殺死。事後證實這場謀殺是有預謀的，有人想置Abby於死地。小組成員對過去與Abby鬧得不愉快的人展開調查，必須在Abby受到傷害前找到幕後黑手。

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一個被監管的嫌疑犯突然死亡，Ziva在事發前對他的態度令自己陷入了困境，整個小組盡力保護她。疑犯的哥哥並不知道弟弟已經死亡，綁架了Jenny，要求釋放他弟弟來交換Jenny，令事態變得更嚴重。

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Gibbs在貨船上與卧底接頭，船隻突然爆炸，Gibbs被炸成重傷。送往醫院後，Gibbs陷入昏迷，過去的種種痛苦記憶不斷在腦海中重現。小組的其他成員不得不放下對Gibbs的擔心，繼續着手調查這個案件。Tony代替Gibbs 接管大局，弄出了不少麻煩。

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Gibbs尚未從爆炸的受傷中復原過來。小組成員不得不在沒有Gibbs的情況下獨自解決恐怖組織的案子。當Gibbs的良師益友、舊日的上司Franks來訪時，看到Gibbs的記憶停留在妻女喪失之後的那段日子。小組在調查中發現Gibbs是唯一目睹恐怖分子襲擊的人，他的幫助尤其重要。Gibbs必須在恐怖分子發動襲擊前恢復記憶。