海軍甲事件

在瓜島戰役失敗後，山本在參謀長宇垣纏的激勵下決定前往南太平洋前線視察以便鼓舞士氣。1943年4月14日，代號“魔術”的美國海軍情報部門截獲並破譯了包含山本行程詳細信息的電文，包括到達時間、離埠時間和相關地點，以及山本即將搭乘的飛機型號和護航陣容。上述電文顯示山本將從拉包爾起飛前往所羅門羣島布干維爾島附近的野戰機場，時間是1943年4月18日早上。

美國總統富蘭克林·羅斯福命令海軍部長弗蘭克·諾克斯“幹掉山本”（Get Yamamoto）。諾克斯授意切斯特·威廉·尼米茲海軍上將執行羅斯福的命令。尼米茲與南太平洋戰區指揮官威廉·哈爾西商討後，在4月17日批准了攔截並擊落山本座機的刺殺任務。

一箇中隊的P-38閃電式戰鬥機受命執行攔截任務，因為只有這種飛機才有足夠的航程。18位從三支不同部隊精選出來的飛行員被告知他們即將攔截一名“重要的高級軍官”，但並未得知具體姓名。

4月18日早晨，山本不顧當地陸軍指揮官今村均大將關於遭伏擊風險的勸告，搭乘兩架三菱一式陸攻快速運輸機從拉包爾按時起飛，計劃飛行315分鐘。不久，18架加掛副油箱的P-38式戰鬥機從瓜島機場起飛。經過430英里無線電靜默的超低空飛行，有16架到達目標空域。東京時間9點43分，雙方編隊遭遇，6架護航的零式戰鬥機立刻開始與美機纏鬥。

列克斯·巴伯中尉攻擊了兩架一式陸攻中的第一架，事後證明是舷號T1-323的山本座機。他不斷射擊該敵機直到後者左引擎開始冒出黑煙。在巴伯轉而進攻另一架運輸機時，山本的座機墜落到叢林中。

山本座機的墜落地點位於此前澳大利亞海岸巡邏隊在布因島的據點以北，第二天有一支日軍搜救小隊找到了這個地點，帶隊的是日軍工兵中尉濱砂。據濱砂中尉回憶，山本的遺體位於飛機殘骸之外的一棵樹下，仍舊坐在座椅之上，戴着白色手套的雙手拄着他的日本刀。濱砂説他當場就認出了山本，海軍大將的頭微微低下猶如陷入沉思。解剖報告顯示山本身上有兩處槍傷：一發子彈自身後穿透他的左肩，另一發子彈從他的下頜左後方射入，從右眼上方穿出。即便有此報告為證，關於山本是否從墜落中生還一直都有爭議。

為防止日軍得知自己的密碼已泄露，美國新聞媒體被告知是所羅門羣島當地人的海岸觀察站目擊到山本登上一式陸攻。新聞媒體也沒有公開大部分參與刺殺行動的美軍飛行員的名字，因為其中一人的兄弟當時是日軍戰俘，有被虐殺的可能。

這次任務成為二戰中持續時間最長的戰鬥機攔截任務。在日本，山本陣亡的事件被稱為“海軍甲事件”。日本當局一直拖到1943年5月21日才公佈山本的死訊，朝野震驚。對於被宣傳機構矇騙，以為日軍自開戰以來不斷高歌猛進的日本民眾來説，山本之死所造成的精神打擊是難以估量的。日本政府也因此被迫承認美軍的戰爭能力正在迅速恢復，甚至開始反擊。日本當局追授山本大勳位、功一級、正三位和元帥稱號。6月5日，在東京日比谷公園舉行國葬。