2007年，為貫徹教育部思政課教學“05方案”，學院成立思想政治理論課教學部，成為獨立的二級單位。2014年6月，應學院機構改革需要，思政課部與基礎課部合併，成立公共課（思政課）部。2016年3月，成立海口經濟學院馬克思主義學院，直屬黨委領導。學院設置“原理”、”概論”、“基礎”、“綱要”、“形勢與政策”五個教研室，承擔全校本、專科學生思想政治理論課教學工作。同時，根據馬克思主義理論學科發展和學術研究的需要，下設馬克思主義研究中心、學科建設基地（實踐教學基地）管理中心，海口經濟學院課程思政教學研究中心。
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