櫻子小姐的腳下埋着屍體

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　　居住在北海道旭川市的高中生館脅正太郎，與以美人自居且非常喜愛骨頭的大小姐九條櫻子相遇了。櫻子小姐基本不喜歡人類，她從小就迷戀上了所有存在的生物骨頭。為了尋找新的素材，兩人來到海邊撿骨頭，卻意外發現了人的骸骨。從頭骨的形狀判斷，櫻子小姐肯定這是一位百年前女性的屍骨……

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　　夏天的深夜，正太郎與光腳的小女孩相遇了。在警察局，這位名叫小依的女孩子的身份仍然不明，眼尖的正太郎在小依的揹包上看到了血色手印，事情變得詭異起來。正太郎帶着小依和警察求助櫻子小姐，櫻子小姐發現小依疑似遭受虐待，而那個血印似乎就是她媽媽留下的。

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　　正太郎迎來暑假，在“傳助西瓜”的誘惑下，他和櫻子小姐來到當麻，前往森林公園尋找素材。就在正太郎準備詢問櫻子小姐有關惣太郎的事時，一對情侶突然稱在森林深處發現了屍體。興奮的櫻子小姐拉着正太郎來到屍體邊上，這是一位在秋天死亡的老人。讓正太郎沒想到的是，這位老人竟是百合子的奶奶……

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　　雨季的某天，在內海警官的拜託下，正太郎和他一同來到櫻子小姐家，請求櫻子小姐幫助內海的朋友藤岡。藤岡家的每一代男人似乎都很短命，藤岡認為這種詛咒下次就輪到自己了，因此十分不安。除此之外，藤岡家還有一隻被詛咒的狗，內海稱其為地獄的看門狗。為了解除藤岡的心病，櫻子小姐等人來到藤岡的家。

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　　正太郎和櫻子小姐在內海巡警的委託下，前來解開藤岡家族的詛咒之謎。在藤岡的書房裏，大家見到了“詛咒之畫”，一幅描繪着森林的古畫。櫻子小姐一眼就看出了這幅畫的端倪，畫上佈滿了黴菌，正是黴菌散發出的砷氣導致了藤岡重金屬中毒。就在大家以為一切都真相大白時，櫻子小姐察覺到了異常……

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　　旭川夏日祭開始了，百合子和閨蜜們一同前往，周圍全是情侶，只有她是孤身一人。百合子不小心和閨蜜走散，就在此時一個神秘的黑衣女子引起了她的注意。黑衣女子滿臉愁容，手上還拿着一封信。等百合子再回頭看時，黑衣女子早已不見蹤影，原地只有那封信。信封裏有一個婚戒，而百合子根據信上的內容猜測該女子打算自殺。

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　　明聖高校舉辦文化祭，櫻子小姐前來給正太郎捧場。趁正太郎不注意的時候，櫻子小姐來到一間放滿骨頭標本的理科教室。因為放滿了骨頭，這間教室被傳聞會鬧鬼，於是磯崎老師拜託櫻子小姐處理這些標本，正太郎也前來幫忙。突然正太郎想起了櫻子小姐家的某個標本，兩人為此發生了爭執。

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　　理科教室裏的骨頭標本都是佐佐木老師的遺物，對於把女性骨頭放在這裏的佐佐木老師，正太郎充滿好奇。他找到櫻子小姐，兩人一同把遺物送往老師的家裏。接待他們的是佐佐木老師的姐姐春間小雪，在看過所有的遺物後，春間稱應該還有一件特殊的遺物，那是嬰兒的一塊骨頭。

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　　百合子在準備祭祀奶奶的途中偶遇櫻子小姐和正太郎，她拜託兩人幫她整理遺物，找出奶奶留給她的那幅畫。遺物中一共有三幅畫，一幅畫着駿馬，一幅畫着百合花，最後一幅畫着一座島。儘管櫻子小姐一番推論，但她也不知道究竟是哪幅畫。感情的謎團無法解開，只有回憶之中的人才能瞭解其真諦。

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　　秋季已過冬季將至，正太郎、櫻子小姐以及磯崎老師來到森林，開始了今年最後一次的尋骨之旅。磯崎突然接到學生家長的來電，於是三人火速趕回城裏。圓一重、西澤二葉、津津見三奈美是前年的畢業生，三人關係特別親密，然而隨着西澤二葉的突然失蹤，一重和三奈美不再友好，現如今一重也神秘失蹤了，事態更加複雜。

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　　三奈美帶櫻子小姐、磯崎老師、正太郎來到三人的秘密基地，找到了服用過量安眠藥的一重，以及下落不明的二葉的屍體。一重和三奈美堅持二葉是自殺的，但在櫻子小姐的分析下，事實逐漸浮出水面，二葉並非自殺，而是被一重勒死的。屍首的蝶形骨被某人拿走，事件牽扯出了另一位蝶形骨收藏者。

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　　在旭川初雪晚降的那一天，櫻子小姐向正太郎告了別，自此兩人再沒見過。新年就要到了，儘管正太郎對櫻子小姐滿是迷戀，卻沒有勇氣去找櫻子小姐。在這種情緒下，正太郎回憶起了兩人的初次邂逅。白衣飄飄的美麗少女，初動凡心的稚嫩少年，煮着骨頭的大鐵鍋，一切都從這裏開始……