機動戰士高達SEED DESTINY

C.E.73年10月2日，奧布聯合酋長國首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈來到L4的殖民衞星阿莫利萬，決定與PLANT的杜朗達爾議長舉行機密會談，與其同行的還有隱姓埋名的阿斯蘭·薩拉；而就在同一個地方，ZAFT軍的新型戰艦“密涅瓦號”的入水儀式也即將進行。　　一派輕鬆的氣氛下，“密涅瓦號”所屬的真也與同事尤蘭等人上街閒逛，並偶遇秘密潛入阿莫利萬的地球聯合軍特務部隊所屬成員——史黛拉·露歇，但雙方並不知道彼此的真實身份。　　就在入水儀式即將舉行的時候，阿莫利萬的MS格納庫遭到了地球聯合軍特務部隊的突然襲擊，ZAFT軍所開發的三架最新型高達也被奪走。ZAFT的MS部隊損失慘重，而卡嘉莉和阿斯蘭也陷入危險之中。就在這危急時刻，飛鳥真駕駛劍裝備型脈動高達擋在三架高達的面前。

為了奪回三架被奪走的高達，真與史黛拉等三人展開了激戰。而在阿莫利萬外面，一直潛伏着準備接應強奪部隊的地球聯合軍特殊部隊母艦加迪·魯號也開始對ZAFT軍發動突襲。猝不及防下，ZAFT軍傷亡慘重。　　由於數量上的差距，寡不敵眾的真逐漸落於下風；前來營救的阿斯蘭也由於雙方機體實力懸殊過大而窮於應付，在駕駛艙內的卡嘉莉受傷後不得不退出了戰鬥。幸好雷和露娜瑪麗亞及時趕來支援，彌補了雙方的差距。　　看到無法取勝，斯汀和奧爾決定撤退；但史黛拉卻執意與脈動高達分出勝負。奧爾嘲弄着説出“那你就死在這裏吧”喚醒了史黛拉的恐懼，使得史黛拉立即撤退。　　為了能夠及時掌握信息，杜朗達爾議長登上了密涅瓦號。阿莫利萬外，特殊部隊長官尼奧親自駕駛埃格薩斯出擊接應斯汀等三人，被雷所感應。　　追擊戰中，機體損耗嚴重的脈動高達成功換裝了由母艦發射而來的空戰型裝備，但殖民衞星的護壁已被轟出一個大洞，三架高達成功逃離，不甘放棄的真和雷隨後也突入宇宙空間。　　由於已經沒有安全的地點可供着陸，阿斯蘭和受傷的卡嘉莉不得不降落在即將起航的密涅瓦號上，並要求與杜朗達爾見面。在前往艦橋的路上，卡嘉莉無意間喊出阿斯蘭的真名，引起了露娜碼麗亞的注意。　　在殖民衞星外，等待着真的，是駕駛埃格薩斯的尼奧。

在埃格薩斯全方位武器突如其來的攻擊下，真一時間狼狽不已；幸好熟悉這種戰法的雷及時趕到，為其化解了危局。與此同時，尼奧也感應到了雷的存在，三人遂展開了激戰。　　密涅瓦號出現後，察覺無法迅速取勝的尼奧當機決定撤退；雷和真在收到歸艦信號後也一同返航。ZAFT及聯合軍雙方的母艦展開了炮擊戰。回到母艦的尼奧下令撤退，加迪·魯號將推進劑後備貯存箱分離後順利逃脱。另一方面，塔麗亞得到杜朗達爾的許可，命令密涅瓦號追擊加迪·魯號。　　史黛拉等三人在維生艙中逐漸恢復過來；而在尼奧與李的交談中，似乎透露出三個人的秘密……　　與卡嘉莉會面之後，杜朗達爾邀請卡嘉莉及阿斯蘭在艦內參觀。不料就在格納庫中，卡嘉莉的言辭遭到了真的嚴厲譏諷。　　密涅瓦號終於追上了加迪·魯號，雙方即將再度交戰。真駕駛ZGMF－X56S/γ 炮戰型脈動高達與露娜瑪麗亞一同出擊；而在密涅瓦號艦橋上，杜朗達爾直言點破了阿斯蘭的真實身份……

在碎石帶，密涅瓦號落入了尼奧精心策劃的埋伏之中，被加迪· 魯號牢牢地壓制住；而先前出擊的真和露娜瑪麗亞也陷入了與駕駛三架高達的斯特拉等三人苦戰的僵局，無法返回支援密涅瓦號。　　密涅瓦號艦橋上，阿斯蘭提出了脱離困境的冒險方案，在杜朗達爾的支持下為塔麗亞所接受。尼奧親自帶隊對密涅瓦號展開攻擊，但遭到雷的攔截。兩人展開激戰，不分勝負。　　密涅瓦號從小行星中成功脱困，並擊傷了加迪·魯號。看到無望取勝的尼奧下令撤退；在杜朗達爾的提議下，無力追擊的密涅瓦號也招回了真及露娜瑪麗亞進行休整補給。　　由於被杜朗達爾點破，密涅瓦號的眾人均已得知阿斯蘭的真實身份。露娜瑪麗亞對阿斯蘭表現出相當的興趣，而阿斯蘭卻矢口否認了自己的身份。　　另一方面，ZAFT軍突然發現早已廢棄的尤尼烏斯7正在脱離其正常的軌道……

尤尼烏斯7原本是PLANT的農業衞星，C.E.70年2月14日的悲劇發生後，尤尼烏斯7就一直處於被廢棄狀態。但是，正當密涅瓦號追擊加迪· 魯號的時候，一羣駕駛着ZAFT制MS的神秘人物開始將尤尼烏斯7的殘骸推向地球。　　得到“尤尼烏斯7開始向地球移動”消息的杜朗達爾將此事告知了卡嘉莉，並決定立即前往尤尼烏斯7。休息室內，雷、露娜瑪麗亞等人對此也是議論紛紛，尤蘭輕佻的語氣引起了正巧路過休息室的卡嘉莉的強烈不滿，但她的言辭再一次遭到了對阿斯哈家族深懷不滿的真更為激烈的反駁。　　藍色波斯菊的新盟主加百列召開了藍色波斯菊的會議，商討如何應對尤尼烏斯7與地球相撞及其後事宜。在加百列的心中，已經開始醖釀對製造了殖民衞星的新人類進行報復的計劃。　　為了摧毀尤尼烏斯7，玖爾隊及密涅瓦號先後來到了尤尼烏斯7所在區域。阿斯蘭主動要求駕駛MS參加任務，並得到了杜朗達爾的許可。但就在玖爾隊進行破壞工作時，遭受了未知部隊的攻擊。真、雷、露娜瑪麗亞和阿斯蘭先後出擊，援護遭到攻擊的玖爾隊。　　在此同時，潛伏在同一區域的加迪· 魯號，也派出了三架高達……

正在尤尼烏斯7進行破壞作業的玖爾隊遭到未知部隊的攻擊，MS及粉碎器均損失慘重，粉碎作業無法順利進行。偏偏就在此時，奧爾、史黛拉等三人駕駛的高達也加入了對玖爾隊的攻擊；幸好真、阿斯蘭等人及時趕到了戰鬥區域，與三架高達及謎之部隊展開了激戰。　　尤尼烏斯7將要墜落的消息開始在地球上傳播開來，各方政府均發表了公告，正在瑪爾基奧導師家休養的基拉和拉克絲也獲知這個消息。　　與此同時，尤尼烏斯7區域的激戰仍在繼續。在阿斯蘭等人的援護下，玖爾隊成功地將尤尼烏斯7一分為二，但是，其中的一部分仍在加速向地球落下。　　阿斯蘭與伊扎克及迪亞克匯合，決定進一步破壞尤尼烏斯7的殘片，但三架高達依舊鍥而不捨地對他們進行追擊。阿斯蘭與伊扎克聯手輕易重創了混沌高達及深淵高達，其驚人的實力深深地震撼了真。　　塔麗亞決定讓密涅瓦號伴隨尤尼烏斯7的殘骸進入大氣層，並在到達極限時發射主炮將殘骸摧毀。杜朗達爾議長同意了這項計劃並轉移到了伏爾泰號，但卡嘉莉決意留在密涅瓦號上與阿斯蘭一起。　　由於衞星殘骸即將突入大氣圈，ZAFT軍及加迪·魯號分別招回了自軍的MS，而阿斯蘭則決定留在殘骸上，利用粉碎器繼續從內部破壞殘骸，但他卻遭到謎之部隊MS捨生忘死的攻擊而無法脱身。危急時刻阿斯蘭幸好得到了真的援助而脱離了殘骸，但兩人已無法返回母艦，在強烈的氣流中開始急速向地球墜下。

密涅瓦號隨尤尼烏斯7的殘骸一起進入了大氣層。雖然無法確認阿斯蘭和真的位置，塔麗亞仍然下令將殘骸擊毀。　　尤尼烏斯7的殘骸化為無數的碎片墜落於世界各地，給地球和人類帶來了慘痛的傷害。殘骸的碎片也危及到了避難中的基拉等人，拉克絲用她那寧靜安詳的歌聲，令受驚的孩子們鎮定下來。　　機體不堪負荷的阿斯蘭再次得到真的捨身援助，兩架MS成功地回到了密涅瓦號上。密涅瓦號順利降落於太平洋上，並計劃前往奧布。正當卡嘉莉慶幸事情得以解決的時候，再次遭到了真的駁斥。　　杜朗達爾代表PLANT表示將對遭受災難的地球伸出援手；但實際上，包括藍色波斯菊在內各方勢力，都在為積極地為將要到來的戰爭做着準備，羅德·加百列的手中也掌握了駕駛ZAFT軍MS的恐怖份子驅使尤尼烏斯7墜落的證據。　　露娜瑪麗亞邀請阿斯蘭參加手槍射擊練習，而阿斯蘭優異的表現，再次震驚了眾人。言談中，真對阿斯蘭依舊選擇留在奧布表示了不解。　　“暴風雨就要來了。”看着咆哮的大海和天邊的烏雲，拉克絲對身邊的基拉如此説道。

密涅瓦號抵達了奧布的淤能碁呂島，回到這裏的卡嘉莉也受到了奧布聯合酋長國宰相烏納特·艾瑪·塞蘭與其子尤納的迎接。　　在內閣會議上，烏納特提出了與大西洋聯邦結盟一事，雖然遭到了卡嘉莉的極力反對，但由於“尤尼烏斯7是被PLANT的恐怖份子墜向地球的”一事已廣為人知，民間反新人類的風潮再度高漲，卡嘉莉也毫無辦法可想。　　淤能碁呂島上，密涅瓦號由朝霞社進行修理；而負責修理工作的，正是瑪琉等人。　　阿斯蘭駕車外出，巧遇了由於家園被毀而搬到淤能碁呂島上的基拉、拉克絲和孤兒們。“究竟在和誰作戰？如何作戰？”未能尋找到答案的阿斯蘭向基拉傾吐了心中的迷茫。　　第二天早上，在與卡嘉莉的談話中，出於對當前局勢的擔心，阿斯蘭下定決心回到PLANT跟杜朗達爾議長進行商談，以期避免地球與PLANT之間的再次對立。臨走時，阿斯蘭給卡嘉莉戴上了戒指。　　由於密涅瓦號的修理工作需要耗時數天，船上的眾人紛紛外出。與興高采烈的眾人相比，真的心情截然不同，他換了便裝來到傷心之地，然而眼前的景象早已全然不同……在紀念碑前，真遇到了素不相識的基拉。“花兒無論開得多麼美麗，人總會將她摧毀。”無意識間，真説出了自己的心聲。　　在阿斯蘭回到PLANT的同時，以大西洋聯邦及歐亞聯邦為首的聯合國發表了視PLANT為敵對國的正式通告。

在宣佈PLANT為敵對國之後，地球聯合就開始積極地備戰；而相應的，PLANT普通市民對自然人的敵對情緒也被煽動起來。雖然杜朗達爾議長仍然極力試圖通過和談來解決問題，但戰爭已不可避免，PLANT不得不加強了自身的防禦。　　另一方面，藍色波斯菊的盟主加百列不僅計劃着徹底消滅PLANT，還準備清除以奧布為代表的幾個小國。　　地球聯合軍正式對PLANT宣戰，並從月面基地出發，向PLANT發動了攻擊；ZAFT軍被迫還擊。正當雙方交戰之時，搭載了核彈的地球聯合軍奇襲部隊突然出現，並準備襲擊PLANT，但在ZAFT軍的秘密武器攻擊下，奇襲部隊全滅，地球聯合軍被迫撤回月面基地。　　在PLANT，等待與杜朗達爾議長會面的阿斯蘭意外地見到了“拉克絲”，而且“拉克絲”對他十分親熱，這令阿斯蘭十分迷惑……

雖然以PLANT為目標的核彈被全部擊落，但是PLANT普通民眾的憤怒情緒還是由於突然遭受的攻擊而被激化。在與杜朗達爾議長的談話中，阿斯蘭重新恢復了“阿斯蘭·薩拉”的身份，為和平做着努力；杜朗達爾議長則對阿斯蘭深表理解，勸慰他不必獨自揹負着父親之事的重擔。　　就在這時，“拉克絲”出現在PLANT的公共頻道上，表示以杜朗達爾議長為首的最高評議會正在探索更好的道路，並勸導大家珍惜眼前的和平。最終，“拉克絲”以寧靜的歌聲平息了民眾高漲的情緒。　　杜朗達爾議長毫不隱晦地向阿斯蘭道出了這個“拉克絲”並非是真正的拉克絲的真相，並表示自己不僅需要假拉克絲的力量，還需要阿斯蘭的力量。接下來，杜朗達爾又將阿斯蘭帶到了救世主高達的面前，而且把它託付給了阿斯蘭，希望他能夠堅持自己的道路。　　阿斯蘭再次見到了假拉克絲，她告訴阿斯蘭自己的真名是米婭·坎貝爾。在米婭的邀請下，兩人共進了晚餐。席間，米婭表示自己也是拉克絲的歌迷，並説自己是想為PLANT盡一份力量才答應了假扮拉克絲。

加百列由於核攻擊的失敗而遭到了秘密組織內部廣泛的批評，但這反而堅定了他消滅PLANT的決心；另一方面，PLANT最高評議會也通過了國防委員會的提案，為開戰做好了準備。　　而在奧布行政府內，卡嘉莉等人也在圍繞是否與大西洋聯邦結盟而進行着激烈的爭論。雖然卡嘉莉極力反對，但大多數酋長均贊同與大西洋聯邦結盟以避免戰火再度燒身。　　夜晚，難以入眠的基拉再度回憶起了上一次大戰和那些在戰鬥中死去的朋友們……　　在杜朗達爾議長的安排下，伊扎克和迪亞克作為護衞監視而前往阿斯蘭身邊。三人來到了尼科爾的墓前，向犧牲的戰友們獻了花。伊扎克勸説阿斯蘭回PLANT來，與朋友們一起為PLANT做些什麼。　　安迪·巴爾特菲爾德使用秘密頻道將危險的現狀告訴了密涅瓦號，並勸其立即離去。塔麗亞聽從了安迪的勸告，決定離開奧布。　　在勸解情緒低落的卡嘉莉的時候，尤拉突然向其求婚，令卡嘉莉大吃一驚。

為了救援被包圍的部隊，ZAFT軍開始了降下地球的作戰；而地球聯合軍也相應地發佈了反空降動員令。　　密涅瓦號剛出奧布領海就發現前方竟然是以4艘航母為首的地球聯合軍艦隊，而後方的奧布艦隊也堵住了密涅瓦號的退路。密涅瓦號唯一的生路，便是強行突破前方地球聯合軍艦隊的阻截。　　雖然數量上佔有絕對的劣勢，但在場面上密涅瓦號絲毫不落下風。見此情景地球聯合軍派出了巨型MA——扎姆扎扎。扎姆扎扎一出場便彈開了密涅瓦號的陽電子炮，其表現令所有的人都吃了一驚。　　激戰中的密涅瓦號距離奧布領海越來越近，在尤拉的授意下，奧布艦隊開炮向密涅瓦號示警。由於瞬間的疏神，脈動高達的腳不慎被扎姆扎扎抓住。危急中，一度昏迷的真爆發了種能力，併成功利用氘核光束送電系統補充了機體的能量，一舉擊潰了扎姆扎扎和地球聯合軍艦隊。　　在杜朗達爾的安排下，阿斯蘭成為ZAFT特殊部隊FAITH的成員，並駕駛救世主高達前往地球與密涅瓦號匯合。

在損失了包括2艘航空母艦在內的6艘戰艦之後，地球聯合軍艦隊的殘餘部隊被迫撤退，密涅瓦號成功突圍。　　歸艦的真因其不可思議的戰績而得到了威諾等人的歡呼，而同為MS機師的雷也對真的出色表現加以肯定；塔麗亞和阿瑟也逐漸明白了杜朗達爾議長將脈動高達交由真駕駛的用意。　　另一方面，尤拉加緊了對卡嘉莉的控制。他表示將在與大西洋聯邦簽署協議的同時舉辦婚禮；卡嘉莉雖然並不甘心，但在尤拉以方方面面的“大義”勸説之下，並無他法可想。　　由於政局的變動，寄居在瑪爾基奧導師家裏的安迪和瑪琉敏鋭地感覺到暴風雨即將到來，奧布不再是個能夠容身的地方。　　果然，就在一天夜裏，一支神秘的隊伍突襲了瑪爾基奧導師的家。由於哈羅的預警，基拉等人得以事先察覺，逃到了避難所裏。在雙方的交火中，安迪和瑪琉發現這支神秘的隊伍竟然是ZAFT的部隊，而他們的目標則是拉克絲。　　看到普通武器無法對避難所造成威脅之後，神秘部隊的指揮官下令使用MS對避難所進行攻擊。面對千鈞一髮的危急狀況，吉良駕駛自由高達出擊，並發動了種能力輕易破壞了敵方所有MS的戰鬥力；神秘部隊的指揮官只能選擇自爆來銷燬自軍的痕跡。

挫敗了神秘部隊企圖暗殺拉克絲的陰謀之後，基拉他們不得不認真考慮今後的去向。就在這時，瑪娜送來了卡嘉莉給基拉的信。原來為了準備婚禮，卡嘉莉已經被關進了塞蘭家，眾人不由大吃一驚。卡嘉莉在信中表述了身不由己的苦衷，表示為了國家將和尤納結婚，並委託基拉將戒指還給阿斯蘭。　　等待即將到來的婚禮儀式的時候，卡嘉莉回憶起了和阿斯蘭相識以來的點點滴滴……在奧布舉國的關注下，尤納將卡嘉莉帶到了婚禮的舉行地點。　　與此同時，基拉下定決心，和拉克絲、安迪以及以瑪琉為首的舊時戰友重新集結於大天使號上，啓動了這艘前大戰中的名艦前往營救卡嘉莉。　　正當尤納和卡嘉莉在殿堂前宣誓時，基拉駕駛的自由高達突然出現，並將卡嘉莉帶回到大天使號上。在奧布護衞艦隊指揮官的刻意幫助下，大天使號成功下潛，脱離了奧布護衞艦隊的包圍。

就在大天使號離開不久，尚不知情的阿斯蘭駕駛着救世主高達趕到了奧布，緊急戒備的奧布軍出動了兩架村雨對其進行攻擊。無奈之下，阿斯蘭只得離開。　　大天使號上，基拉否定了卡嘉莉的錯誤做法，將戒指還給了卡嘉莉，並勸她和大天使號一同行動，去尋找正確的道路。　　密涅瓦號到達了ZAFT的卡奔塔利亞基地。在休整期間，眾人迎來了難得的閒暇。阿斯蘭也抵達了這裏，真對他的出現感到非常意外。然而對於真“為什麼回ZAFT”的質問，阿斯蘭並未給予回答。通過露娜瑪麗亞的説明，阿斯蘭瞭解到了自己不在時所發生的事情，並對卡嘉莉結婚的消息感到十分失落。　　杜朗達爾議長要求密涅瓦號前往直布羅陀支援友軍。原來最近亞歐部分地區要求獨立，地球軍對此進行了武力鎮壓。從塔麗亞那裏，阿斯蘭得知了劫走卡嘉莉的正是自由高達和大天使號。　　密涅瓦號開始往地中海區域發進，但他們還不知道的是，自己已經被尼奧盯上了。

尼奧調集了附近地球聯合軍據點的MS，並親自駕駛温達姆帶隊對密涅瓦號一行展開了攻擊。密涅瓦號被迫迎戰，阿斯蘭決定與真一同出擊，並被塔麗亞委以MS部隊指揮的重任；而雷和露娜瑪麗亞則在艦上待機。　　駕駛混沌高達的斯汀·奧克雷選擇了阿斯蘭駕駛的救世主高達作為對手；尼奧則帶隊圍攻在奧布突圍一戰中大出風頭的真。　　與此同時，奧爾·尼達駕駛深淵高達在水中對ZAFT軍進行了突襲。面對強大的對手，雖然有數量上的優勢，但尼拉貢戈號上的ZAFT軍水中用MS格恩卻毫無還手之力。待機中的雷和露娜瑪麗亞不得不在機體加裝水中戰裝備後出擊。　　看到激烈的戰況，擔心尼奧安危的史黛拉也加入了戰團，與真戰在了一起。由於數量上的優勢，聯合軍佔據了上風，而此時的真卻無視阿斯蘭的退後命令，執意要與蓋婭高達分出勝負。在和斯特拉的激鬥中，真無意中發現已來到了聯合軍正在建設中的據點。此時聯合軍士兵正在槍殺試圖趁亂逃跑的平民，這一幕勾起真心底慘痛的回憶。　　發現部隊損傷嚴重、而且聯合軍據點也被侵入之後，尼奧決定撤退。在聯合軍撤退前，ZAFT軍的尼拉貢戈號被奧爾·尼達擊沉。　　真不顧阿斯蘭的阻止，執意毀壞了聯合軍的據點，救出了被羈押的民眾。歸艦後，即使被阿斯蘭打了耳光，真仍然不認為自己做錯了。　　“擁有能力的人更應該自覺！”阿斯蘭如此回答。

在脱離奧布之後，大天使號就一直潛伏在斯堪地納維亞王國。通過蒐集來的信息，眾人發現地球各處由於戰爭而陷入了混亂；相反，在假拉克絲的作用下，PLANT的氣氛卻顯得相對平和許多。因為暗殺拉克絲事件及假拉克絲的事，基拉始終無法相信杜朗達爾議長，眾人的心中也充滿了疑問和不安。　　密涅瓦號到達了ZAFT軍位於波斯灣的馬哈穆爾基地進行休整。在會見基地司令時，阿斯蘭的盛名引起了矚目。在基地司令的介紹下，塔麗亞和阿斯蘭發現為了前往直布羅陀基地，密涅瓦號必須突破屯駐了聯合軍重兵的加爾納漢基地。　　真一直在為阿斯蘭的事而耿耿於懷，但阿斯蘭並不在意。在兩人的單獨談話中，阿斯蘭教導真不要忘記什麼才是戰士的條件。

ZAFT軍拉多爾隊準備再次攻擊加爾納漢基地的羅恩格林關卡，密涅瓦號也加入了這一行動之中。在戰前的準備會議上，阿斯蘭決定由真來負責主攻。協助ZAFT軍的女孩科尼爾對真的能力提出質疑，但在阿斯蘭的調解下，還是將數據交了出來。　　ZAFT軍即將開始強攻羅恩格林關卡，真利用從科尼爾那裏得到的數據，駕駛分離狀態的脈動高達從不為人知的通路逐漸靠近了聯合軍的炮台，阿斯蘭等人則從正面展開佯攻。　　密涅瓦號對聯合軍的MS部隊發射了陽電子炮，但在陽電子反射器作用下並無效果，阿斯蘭等人也陷入了和聯合軍MS部隊的混戰中。　　脈動高達突然出現在炮台下面，引起了聯合軍指揮部的一陣慌亂。真成功地破壞了炮台，聯合軍被迫撤退。勝利後的ZAFT軍受到了市民的熱烈歡迎，而真對阿斯蘭的態度也逐漸好轉。

密涅瓦號在協助拉多爾隊成功攻克羅恩格林炮台之後，入港黑海沿岸的ZAFT軍基地，那裏正因為剛從聯合軍的暴政下被解放而熱鬧非凡。由米婭假扮的拉克絲也來到了這裏，人羣因為她的出現而歡呼鼓舞。　　由於見到米婭扮演的拉克絲極受歡迎，驚詫之餘的阿斯蘭同時留心到了駕駛橙色機體的海涅的身影。與此同時，杜朗達爾議長也和雷重逢了，其場面就如同父子重逢一般……　　在整個基地仍沉浸在慰勞演唱會的餘音之時，杜朗達爾議長在迎賓館會見了由塔麗亞艦長帶領的真、雷和霍克姐妹等人，真因其戰功而受到了議長的稱讚。在席間，議長揭露了這場戰爭的背後主謀LOGOS，正是由於LOGOS的推動才使得戰爭無休無止，正是因為利益的誘惑才使得人類在殺與被殺之間掙扎不休。　　夕陽西下，車輛疾馳在小鎮的路上，聯合軍88特務部隊的身影閃現其中……

這裏交待了真是如何前往PLANT併成為高達的駕駛員。原本住在奧布中立國的一名少年是為了什麼加入札夫特軍，還成為高達的駕駛員。是為了報復失去親愛家人的仇恨還是...

在和密涅瓦號的成員會面之後，杜朗達爾議長很快便離開了，而隨同其前來的FAITH成員海涅·威斯藤夫魯斯則留在了密涅瓦號上。雖然以前素未謀面，不過海涅卻是個很容易相處的人，在交談中阿斯蘭得知海涅也被配屬到密涅瓦號了。　　眾人迎來了難得的休假，但是露娜瑪麗亞卻在為“拉克絲”和阿斯蘭過於親密的舉動而吃醋。阿斯蘭的辯解似乎根本無濟於事，他也不由得頭大起來。　　真獨自一人來到海邊，享受着難得的安寧。在那裏，他和曾經相逢的少女史黛拉再度會面了。　　獨自陶醉在舞蹈中的史黛拉一時不慎落入了海中，真連忙下水營救。雖然成功將斯特拉救起，但面對着懸崖的兩人根本無法回去，真不得不發出了緊急求救信號。　　在相處的過程中，真和史黛拉由陌生到熟悉，兩人的感情突飛猛進。　　收到求救信號後，阿斯蘭趕來將兩人救出，其後又路遇了正四處尋找史黛拉的斯汀和奧爾。　　“一定會再見面的！”在真的許諾聲中，兩人分開了。

對PLANT動武卻屢遭挫折的加百列讓奧布對黑海地區出兵，而尤拉也欣然答應了此事，並決定自己隨奧布軍隊一同出動。　　史黛拉的精神出現不穩定，在尼奧的安撫下才安靜睡去，但在醒來後卻已記不清曾經和真發生的故事。　　海涅正式被配屬於密涅瓦號上，平易近人的海涅很快便贏得了大家的喜愛。　　雖然軍隊內部都對出兵抱有疑問，但由一艘航母和六艘護衞艦組成的奧布軍還是迅速地到達了聯合軍的蘇伊士基地。密涅瓦號決定在馬爾馬拉海到達達尼爾海峽間的區域佈防。被奧布軍出兵黑海的消息所震驚的不僅是阿斯蘭和真，還有大天使號上的眾人，以及目前是自由記者的米麗亞。在單獨談話中，海涅教導阿斯蘭不要忘記自己的軍人身份，在戰爭中濫動慈悲肯定會死的。　　作為前陣的奧布軍開始了攻擊，密涅瓦號出動了脈動高達及救世主高達迎擊。塔麗亞下令使用陽電子炮對奧布艦隊進行攻擊，但就在開炮的一剎那，從天而降的光束將密涅瓦號的陽電子炮擊毀。發出這一攻擊的，是駕駛自由高達的基拉。

隨着自由高達一起出現在戰場上的，是前次大戰中的名艦——大天使號，他們的登場立即震驚了正在交戰中的各方勢力。卡嘉莉駕駛強襲·紅出擊，並在陣前表明了自己的奧布代表身份，要求奧布立即撤軍。　　在尼奧的施壓下，尤拉矢口否認了乘坐強襲口紅的是卡嘉莉本人，並不顧奧布軍的眾人反對強行下令開火。奧布艦隊不得不向自由高達和強襲·紅射擊，但不出所料，所有攻擊均被自由高達擋下。　　包括特務小隊三人在內的聯合軍MS部隊對密涅瓦號發動了攻擊；奧布軍也在尤拉的命令下對密涅瓦和大天使發動攻擊。　　見到卡嘉莉的命令無效後，基拉發動了種能力，對交戰各方實施了針對武器的無差別攻擊，其中也包括了正在對決中的火虎和蓋婭高達。遭到攻擊的史黛拉憤怒地對自由高達進行反擊，但卻被同樣想在背後偷襲自由高達的火虎所阻擋，火虎被蓋婭高達攔腰斬為兩段，海涅戰死。隨後蓋婭高達被自由高達一腳將踢入海中。　　優勢易位後，尼奧下令撤退；看到戰鬥基本結束，自由高達和大天使號也撤出了戰場。

密涅瓦號進入馬爾馬拉海的塔爾基烏斯海港休整。在送走海涅的遺物之後，真發泄了對自由高達和大天使號的不滿和憤怒。阿斯蘭對基拉的作法也十分不解，想與他們進行交流溝通，因此在向塔麗亞做了彙報之後，開始去尋找大天使號的去向。　　在路上，阿斯蘭碰巧遇見了米麗雅莉亞。已經成為戰地記者的米麗雅莉亞曾親自旁觀了密涅瓦號在黑海地區的戰鬥。在阿斯蘭的拜託下，米麗雅莉亞聯繫上了大天使號。　　與此同時，大天使號上的眾人也在為未知的前途而擔心。接到米麗雅莉亞的消息之後，基拉決定僅由自己和卡嘉莉兩人與阿斯蘭會面。　　曾經的好友終於再度重逢，但彼此的方向卻再也不同。阿斯蘭站在PLANT的立場上對基拉干涉戰爭的作法加以指責；但他也無法解釋假拉克絲的存在，以及目前仍不清楚的暗殺拉克絲事件。而跟蹤阿斯蘭而來的露娜瑪麗亞在竊聽到這些機密之後也是十分驚訝。　　另一方面，接受秘密任務的真和雷兩人來到一處貌似已被廢棄的研究所進行調查。在進入內部之後，看到眼前的景象的雷失控了……

雖然自己對基拉所説的那些事情也不甚清楚，但阿斯蘭仍然在基拉麪前一心為杜朗達爾議長辯護，並拒絕了卡嘉莉讓其回奧布或大天使號的請求。由於立場的不同，雙方最終還是隻能黯然分道揚鑣……　　真帶着雷撤出羅德尼亞研究所之後迅速向塔麗亞做了彙報。由於雷的異常狀況，ZAFT軍開始對這個研究所進行全面的清查，發現這裏竟然是聯合的強化人研究所。　　而羅德尼亞研究所其實也是奧爾等人接受培養的地方。在收到研究所被ZAFT軍佔據的消息後，受到奧爾無意識語言刺激的史黛拉駕駛蓋婭高達強行出擊，前往羅德尼亞研究所。　　面對蓋婭高達的來犯，阿斯蘭和真一同出擊迎敵。在擊墜蓋婭高達之後，真發現對方的駕駛員竟然就是自己在海邊相遇的少女……

發現史黛拉受傷之後，真立即帶着她返回密涅瓦號進行救治。他的所為令密涅瓦號的眾人為之大吃一驚。在經過隨艦醫生檢查之後，發現史黛拉有可能是聯合軍的強化人，其身體經過了基因操作，並且數據相當接近羅德尼亞研究所；而就連記憶也被進行了人為的操作。　　經過短暫的治療，史黛拉醒了過來。但是由於強化藥物的影響，她對於真的記憶已變得相當模糊。　　另一方面，大天使號上的拉克絲決定回PLANT看看情況。由巴爾特菲爾德陪同，真正的拉克絲利用了正在ZAFT基地巡迴演出的假拉克絲的“拉克絲身份”，搶先一步登上了穿梭機。雖然其後發現了“真相”的ZAFT軍進行了追擊，但由於駕駛自由高達的基拉的保護，穿梭機安然無恙。在基拉的注視中，拉克絲搭乘的穿梭機順利地飛向宇宙。

藉助於搶來的穿梭機，拉克絲和巴爾特菲爾德成功地回到了隱藏在廢棄物飄流帶中的永恆號上。吃了啞巴虧的杜朗達爾議長秘密下令儘快抓住拉克絲，並計劃趁拉克絲和基拉分開的良機各個擊破。　　另一方面，加百列繼續對尼奧施壓，要求其務必消滅目前已成為ZAFT軍象徵的密涅瓦號。　　完成了跟蹤阿斯蘭任務的露娜瑪麗亞向塔麗亞覆命，但基拉對阿斯蘭所説的那些關於真假拉克絲的事卻始終縈繞在她的心頭。　　尼奧與尤拉一起制定了在密涅瓦號前往直布羅陀途中設伏的計劃，奧布的高級軍官雖極力反對，但不得不服從指揮。　　密涅瓦號與聯合軍及奧布軍的激戰在克列塔島展開；與此同時，基拉和米麗雅莉亞一起返回了大天使號上，在基拉的鼓勵下，卡嘉莉決定直面自己所承擔的責任，大天使號開始向克列塔島進發。

在地球聯合和奧布的夾擊下，密涅瓦號陷入了前所未有的苦戰。奧布軍的村雨隊對密涅瓦號發動決死的攻擊，雷的MS被重創，阿斯蘭和真也被斯汀和奧爾死死纏住無法脱身，幸好自由高達及時趕到化解了危機。　　同時趕到戰場的卡嘉莉命令奧布軍立即停戰撤軍，但戰鬥卻一直持續了下去。混戰中，斯汀和奧爾先後被基拉和發動了種能力的真擊破，奧爾戰死。　　奧布軍不顧卡嘉莉的撤軍命令，繼續對密涅瓦號實施攻擊。露娜瑪麗亞的機體被大破，本人也不幸重傷。真換裝劍影系統，大破奧布艦隊。見此情景，基拉將一直阻礙着自己的阿斯蘭擊墜。　　在下達了全員棄艦的命令之後，奧布軍的户高上校獨自伴隨着旗艦建御雷神消失在爆炸中。

收到拉克絲回到宇宙的消息之後，在獨自一人的杜朗達爾議長的面前，出現了克魯澤的幻影。“他們是在何時何地，因為什麼而相遇的？”議長陷入了對往事的追憶之中。　　“如果人註定會相逢，如果一切都是註定的，那麼努力掙扎活下去的意義又是什麼？”克隆人克魯澤和身為遺傳學專家的杜朗達爾議長原本是舊識，在幻覺和回憶的交織之中，顯現出杜朗達爾的內心也有着無法釋然的東西。　　“如果無法回頭，那麼從一開始就選擇正確的道路。”下定決心的杜朗達爾選擇了自己的道路。

受户高上校殉職前的囑託，奧布艦隊殘餘人員在天城上尉的帶領下來到大天使號上投奔卡嘉莉，併為基拉等人所接受。　　損傷慘重的密涅瓦號開始了休整，在戰鬥中負傷的露娜瑪麗亞恢復了過來，然而阿斯蘭卻日漸消沉。史黛拉的身體狀況越發危險，真無意間聽到了隨艦軍醫和塔麗亞的對話，發現史黛拉將要被PLANT用於研究，不禁大驚失色。　　夜晚，在雷的協助下，真駕駛脈動高達強行帶走了史黛拉，隨後雷向塔麗亞承擔了關於放走史黛拉一事的一切責任。　　收到真發出的信號之後，尼奧隻身前來與真接觸。在尼奧承諾令史黛拉遠離戰爭和死亡之後，真將史黛拉交還給了尼奧。

艦隊的殘餘人員回到北歐潛伏了起來。與此同時，ZAFT軍部也下達對違反軍規的真和雷的處理決定，出乎眾人的意料的是此次事件竟然被不予追究，真和雷隨後也被釋放。　　毀壞高達很快被投入歐亞戰場，併發揮出輕易摧毀城鎮和抵抗隊伍的驚人的威力。

在柏林，毀壞高達將城市化為了焦土，所有抵抗都被史黛拉輕鬆摧毀。看到毀壞高達輝煌戰果的加百列不禁大為得意。　　就在此時，自由高達和大天使號趕到了柏林。雙方展開了混戰，但自由高達在毀滅高達驚人的攻擊力和防禦力面前幾乎毫無辦法，只能依靠機動性來與其周旋。　　在ZAFT軍柏林駐留部隊幾乎全滅的情況下，收到杜朗達爾議長命令的密涅瓦號迅速來到了柏林。脈動高達也加入了攻擊毀滅高達的隊伍，真和史黛拉，在彼此毫不知情的情況下展開了對決。然而，他們的戰鬥卻被尼奧所阻止，真終於得知自己牽掛的史黛拉正坐在對面的駕駛艙中……　　混戰中，基拉將尼奧駕駛的温達姆擊墜；斯汀的混沌高達也被村雨隊擊毀。史黛拉感受到了真的呼喚，逐漸恢復了和真在一起的記憶；但由於受到尼奧被擊墜的影響，史黛拉的精神還是失控了。就在毀滅高達胸前的複列位相能量炮即將發射時，基拉將毀滅高達擊毀。　　“真……喜歡……”　　懷中少女的身體逐漸變冷，而真只能再一次地、發出絕望而無助的怒吼。

回憶着無法完成的誓言，痛苦萬分的真將史黛拉的遺體放入了寧靜的湖中。再抬起頭時，少年的眼中已滿是仇恨。　　回到密涅瓦號之後，真就把所有的精力都投入到分析自由高達的作戰資料上，模擬自己和自由高達的戰鬥。雖然對真的做法很不贊同，但此時的阿斯蘭對心存芥蒂的真已經絲毫沒有了約束力，而且真還得到了雷的支持……　　瑪琉將因受傷而昏迷的尼奧帶到大天使號進行治療，從身體資料來看，尼奧與穆完全一致，這使眾人相信他就是原本以為已經在前次大戰中戰死的穆。但是，醒來的尼奧卻完全沒有了穆的記憶。　　看到阿斯蘭有些低沉的樣子，露娜瑪麗亞勸慰了幾句，無意間的詞語卻對阿斯蘭有所觸動。　　杜朗達爾議長向全世界發表講話，配以經過刻意處理的影像資料展示出聯合軍在歐亞西部的暴行，並揭露了藍色波斯菊背後的LOGOS才是製造戰爭悲劇的主謀，宣佈不將其消滅誓不罷休。

在周密的策劃下，杜朗達爾議長的演講變成了對LOGOS的戰爭動員。由於LOGOS的成員和地球各大勢力均有密切的聯繫，連奧布也不例外，感覺到其中危機的基拉決定和大天使號一起回奧布去。　　但是，為了清除大天使號這個“不確定因素”，ZAFT軍已經下達了消滅大天使號的“天使墜落”作戰命令，並命令由密涅瓦號實施支援。因此，大天使號甫一行動，立即遭到了威拉德隊的攻擊。由於基拉的堅持，大天使號僅有自由高達一架機體在外援護母艦；密涅瓦號加入戰鬥之後，大天使號的情形越發險惡。瑪琉拒絕了塔麗亞勸降的好意，大天使號繼續艱難地向入海處前行；但此時的自由高達卻遭到了脈動高達出乎意料的猛烈攻擊。　　原來，由於在之前的模擬練習中得到了雷的提示，滿懷恨意的真已經完全熟悉了基拉的攻擊方式。在密涅瓦號入海的同時，雙方的戰鬥終於分出了勝負：脈動高達重創，自由高達大破……

卡嘉莉駕駛強襲·紅將駕駛艙墜入海中受傷的吉良救了出來；同時，為了迷惑敵人，水下的大天使號將主引擎隔離爆破，繼續向奧布駛去。　　戰勝自由高達歸來的真受到了整備維修人員的歡呼，在歡迎他的人羣中還有露娜瑪麗亞和雷。然而，憤於基拉被殺的阿斯蘭狠狠地將拳頭打在得意洋洋的真的臉上。對峙的兩人被眾人拉開，雷再次隱晦地批評了阿斯蘭的立場和態度，阿斯蘭對杜朗達爾議長的動機和做法產生了深切的懷疑。　　受杜朗達爾議長演説的鼓動，地球各地均發生了針對LOGOS的襲擊事件，除加百列以外的LOGOS成員傷亡殆盡，整個LOGOS組織遭到毀滅性的打擊。　　杜朗達爾議長帶着米婭再次前往地球，與先期抵達直布羅陀基地的密涅瓦號匯合。阿斯蘭和真單獨受到議長的接見，和興奮的真不同，阿斯蘭的心裏已經充滿了對議長的疑竇。在見面時，杜朗達爾向兩人展示了即將配給他們的新機體——命運高達和傳奇高達。

阿斯蘭當面向杜朗達爾議長質疑了對大天使號的做法，議長卻表示倘若基拉的強大力量不能為ZAFT所用的話，那麼就必須被消滅。　　杜朗達爾發表演講之後，陸續有大量的聯合軍投向了PLANT一方；但是，由加百列掌控的聯合軍最高司令部以天堂基地為據點，依然擁有着很強的實力。　　米婭無意中偷聽到了杜朗達爾和雷的談話，發現議長其實一直在監視着阿斯蘭，於是匆忙趕到阿斯蘭的住處，勸阿斯蘭順從議長的意願。經歷了許多事之後，阿斯蘭終於看清了議長的真面目，但就在此時，保安部的人已經來敲門了……　　阿斯蘭想帶着米婭一起離開，但已經習慣了“拉克絲”身份的米婭卻拒絕了他。四處躲藏的阿斯蘭逃到了美鈴的房間，在美鈴的協助下有驚無險地躲過了搜查。兩人乘上格納庫中的一架扎古，開始了逃亡的旅程。

雷發現美鈴協助阿斯蘭逃脱後，立即和杜朗達爾取得了聯繫並與真分別駕駛傳奇高達和命運高達進行追擊。在雷的誘導下，雖然也曾有過片刻的猶豫，但機體性能佔了絕對優勢的真最終還是將阿斯蘭和美鈴乘坐的老虎擊墜於海上。幸好一直埋身於親PLANT的聯合軍中的萊德尼爾·基薩卡秘密出航並救出了兩人。　　得知妹妹出事的露娜瑪麗亞無法接受發生的事情，在聽到真的道歉時不禁靠着真痛哭失聲，而真也抱緊了露娜，有着相同痛苦的兩人相擁而泣。　　ZAFT軍即將對地球聯合軍最高司令部的所在地——天堂基地採取行動，基薩卡趁機將阿斯蘭和美鈴送往奧布。　　此時，大天使號也終於到達了奧布的秘密基地。在不同的地方，基拉和拉克絲不約而同地感覺到了暴風雨即將到來的氣息：如果無法阻止杜朗達爾，那麼他的下一個目標必定會是奧布。

ZAFT軍進攻天堂基地的部隊陸續到位，只等戰鬥號角的吹響；而天堂基地內以加百列為首的LOGOS殘餘人員也無法忍受杜朗達爾下達的最後通牒的屈辱，決定對ZAFT軍迎頭痛擊。　　密涅瓦號上，真對即將駕駛脈動高達出擊的露娜瑪麗亞立下了守護的誓言，孤獨中的兩個人的關係開始突飛猛進。另一方面，重傷的阿斯蘭和美鈴被轉移到大天使號上繼續進行治療，阿斯蘭終於甦醒過來。　　在加百列的授意下，聯合軍對ZAFT軍發動了突襲，而攻擊的隊伍中竟然還包括了5台毀滅高達。杜朗達爾迅速作出了反擊的決定，但是空降部隊卻被聯合軍的秘密武器——對空炮尼伯龍根全滅。　　為了扳回一邊倒的戰局，真、雷和露娜瑪麗亞也加入了戰鬥。在三人的奮戰下，毀滅高達被陸續擊破。見到局勢不妙，加百列偷偷地逃離了指揮部，其後不久天堂基地便宣佈投降。

達科斯塔受託前往L4殖民衞星門德爾的廢棄研究所中尋找資料，無意中發現了當年還是一介研究員的杜朗達爾所提出的“命運計劃”。　　天堂基地投降後，LOGOS成員全部被抓了起來，惟有事先悄悄逃走的加百列獨自前往了奧布，在那裏有和他關係密切的塞蘭家族；另一方面，在大天使號上，身體逐漸復甦的阿斯蘭和卡嘉莉坦陳了各自的心情，相互間的裂痕也逐漸在彌合。　　達科斯塔在返回永恆號的途中不幸被ZAFT軍跟蹤，為了保護工廠人員，拉克絲毅然決定讓永恆號出擊爭取時間，而巴爾特菲爾德也駕駛MS出擊。大天使號方面在得知永恆號的險惡境況之後，受到阿斯蘭鼓勵的基拉駕駛追加了推進器的強襲·紅高達突破大氣圈前往宇宙與拉克絲會合。　　由於戰力的懸殊，基拉加入戰鬥後依然無法扭轉戰局，強襲·紅高達也受到一定損傷不得不進入永恆號內。在那裏，拉克絲將新完成的強襲自由高達交給基拉，依靠着它的強大力量，基拉在極短時間內便將追擊的ZAFT軍全滅。

直布羅陀基地內，由於先前戰鬥所取得的成果，真不但被再次授予了星雲勳章，還與雷一起成為了FAITH。就在這時，傳來了加百列藏身於奧布的消息，杜朗達爾遂名正言順地開始計劃對奧布作戰。　　而此時真正掌控奧布的塞蘭家卻對眼前的危機渾然不覺，為了維護自身的利益而由尤納公開答覆宣佈加百列並不在奧布境內。感覺受到愚弄的ZAFT軍迅速發動了針對加百列和奧布執政府的攻擊；奧布軍在反應遲緩的尤納下令後也開始了反擊，但倉促出擊的護衞艦隊並不能組織起有效的抵抗，反而傷亡慘重。　　一直密切注視着局勢發展的卡嘉莉決定駕駛空中霸王出擊，卻被基薩卡和艾莉卡攔下。在秘密的格納庫內，基薩卡將烏茲米遺言留給卡嘉莉的金色MS——曉交給了卡嘉莉。　　正當奧布軍面臨全線崩潰之際，駕駛着曉的卡嘉莉帶隊加入了戰場，並果斷地奪取了尤納的軍權，重整軍勢。此時密涅瓦號也抵達了奧布，在雷的暗示下，決心與奧布做一了斷的真獨自駕駛命運高達出擊；而擋在他面前的，正是駕駛曉的卡嘉莉。

為了令奧佈擺脱不利的局面，倉促修理完畢的大天使號緊急出擊。在出擊前，瑪琉釋放了尼奧，並將空中霸王交給了他；而阿斯蘭也勸美玲離艦以避開與密涅瓦號的戰鬥，但是美玲依然選擇了留在大天使號上與阿斯蘭一起。　　駕駛着曉的卡嘉莉與真展開了激戰，但即使在村雨隊的援護下，她依然不是戰意狂熱的真的對手。正當卡嘉莉岌岌可危之際，強襲自由從天而降化解了命運高達的攻擊，與基拉一起的拉克絲則駕駛着無限正義降落到大天使號上。　　眼見戰局逐漸扭轉，塔麗婭不得不下令讓一直處於後方位置的密涅瓦號上前攻擊大天使號。雙方酣戰時，克萊茵派駕駛的三架大魔突然降落到戰場上，給ZAFT軍造成了出乎意料的打擊。　　看到命運高達和強襲自由的戰鬥之後，雷讓能量即將耗盡的命運高達立即返航。在補給完畢之後，真駕駛着命運高達再次出擊，一同出擊的還有駕駛傳奇高達的雷，他們的目標只有一個，那就是徹底擊毀強襲自由。　　卡嘉莉控制了奧布國防本部並開始搜捕加百列，但加百列已經成功逃走。　　“阿斯蘭·薩拉，正義出擊！”在拉克絲的鼓勵下，阿斯蘭終於解開了自己的心結，再次投身於戰鬥之中。

在大天使號與密涅瓦號的激戰中，因駕駛的空中霸王受損而降落到大天使號的尼奧，由於似曾相識的場景而逐漸回憶起了一些原本不該存在的東西……　　另一方面，即使以基拉的技術和強襲自由的性能，在應付真和雷的圍攻時也不免顯得吃力；幸好阿斯蘭駕駛無限正義及時趕到，擋下了真的攻擊。面對早就以為死在自己必殺攻擊下的阿斯蘭，真不由露出了慌亂和震驚的表情；阿斯蘭再度試圖説服真看清眼前的世界，但仍舊毫無效果。　　藏匿在穿梭機發射基地的加百列決定不再等候烏納特和尤納，獨自乘坐穿梭機前往月球去執行自己的計劃。雖然遭到了奧布和ZAFT軍兩方面的攔截，但加百列的穿梭機依然成功升空。　　由於大天使號等部隊的頑強奮戰，ZAFT軍的旗艦聖海倫號被擊沉。面對陷入僵局且失去意義的戰鬥，塔麗婭果斷下令ZAFT部隊撤退。　　卡嘉莉前往奧布內閣，準備向全世界傳達自己及奧布的理念，並對杜朗達爾的做法提出質疑；但她的發佈會卻被杜朗達爾刻意安排的另一場由米婭擔任主角的發佈會所打斷。就在假拉克絲滔滔不絕地控訴奧布的行為時，真正的拉克絲站到了卡嘉莉的身旁。

真正的拉克絲清楚地表達了既不支持杜朗達爾議長，也反對LOGOS和加百列的立場。由於兩個拉克絲的出現，無法辨別真偽的世界陷入了混亂之中。被突如其來的情況打亂計劃的杜朗達爾不得不將米婭秘密安置起來。　　真和露娜瑪麗亞同樣由於拉克絲的發言而陷入了困惑之中，這時露娜瑪麗亞也終於得知了妹妹和阿斯蘭並未死亡的消息。　　ZAFT軍發覺聯合宇宙軍正在進行異常的行動，但正當玖爾隊等部隊與聯合軍的護衞艦隊交戰時，聯合軍位於月面的秘密武器——軌道間全方位戰略炮“鎮魂曲”在加百列的指揮下發射，瞬間便毀滅了PLANT的數個衞星，令整個世界為之震驚。　　在雷的曲解下，真加深了對阿斯蘭和吉良的誤解，認為放走加百列的他們應該為此負責。在杜朗達爾的授命下，密涅瓦號開始返回宇宙；而感覺到危機來臨的大天使號眾人也決定回到宇宙中，去阻止杜朗達爾的命運計劃。

由於遭受到突如其來的攻擊，PLANT的市民陷入了恐慌之中；而ZAFT軍則在杜朗達爾議長的調度下進入“鎮魂曲”第一中繼點與聯合宇宙軍交戰。　　與此同時，密涅瓦號受命在“鎮魂曲”再次發射之前，前往位於月面的聯合軍代達羅斯基地摧毀“鎮魂曲”炮台本體。由於聯合軍的主力部隊被ZAFT月面軌道部隊所吸引，密涅瓦號順利到達了代達羅斯基地並與聯合軍的護衞部隊交戰。　　依靠着三架機體的強大實力，密涅瓦號很快便擊破了護衞部隊並摧毀了“鎮魂曲”，加百列也在乘座艦逃亡時被駕駛傳奇高達的雷擊斃。　　在卡嘉莉的安排下，大天使號被編入奧布軍宇宙艦隊，拂曉也被交由羅亞諾克駕駛。為了捍衞自由自主的原則，大天使號動身前往月面都市哥白尼進行情報收集工作；由於身為奧布領袖，卡嘉莉無法和眾人一同出發，只能夠將阿斯蘭交託給美玲照顧。

加百列死後，聯合軍已無法組織起統一的有效抵抗。取得了預料中的勝利的杜朗達爾議長離他的“命運計劃”的實現又前進了一步；但包括露娜瑪麗亞等人在內，一些人已經開始認真思索這場戰爭的意義。　　大天使號到達了哥白尼市，巧合的是自卡嘉莉發表電視講話後就被議長遣離的米婭也正隱居在這座月面都市中。外出休閒的基拉、拉克絲、阿斯蘭和美玲很快便被議長屬下的便衣盯上，正當拉克絲試衣時，哈羅送來了米婭的一封求救信。明知是陷阱卻無法置之不理，幾個人在拉克絲的堅持下仍然一起與米婭見了面。　　“你的夢想是你自己的，請為了自己而歌唱，夢想是不能被他人所利用的。”　　雖然米婭早已被議長的刻意誘導迷失了自我，但拉克絲真誠的話語還是使她清醒了過來。就在這時，以米婭的保鏢莎拉為首的特務部隊展開了針對拉克絲的暗殺。由於阿斯蘭的活躍，暗殺部隊暫時被壓制。但就在駕駛拂曉的羅亞諾克前來接應眾人時，重傷的莎拉掙扎着向拉克絲射出了最後一顆子彈。為了保護拉克絲，米婭挺身擋下了子彈，帶着無盡的遺憾和眷戀離開了這個世界。

在米婭的遺物中有本電子日記，裏面詳細記錄了她成為“拉克絲·克萊恩”之後的感想和經歷，包括以拉克絲的身份演唱、與阿斯蘭的數度相遇、以及按杜朗達爾議長的安排四處勞軍和發表演講。音容雖宛在，斯人卻已逝去，徒令眾人更加悲傷。　　就在這時，杜朗達爾議長展開了對整個地球圈的演講。在LOGOS被徹底打倒之後，他的真正目的終於被自己毫不掩飾地公佈出來，那就是以“命運計劃”來矯正全人類，使之徹底消除戰鬥和紛爭。

議長的話不出所料地在世界範圍內引起了軒然大波。對於他所宣稱的以人工手段改造基因來協調人類以消除無知和慾望、從而達到和平的方法，除了少數保持清醒的人，大多數人則處在茫然之中。為了守護奧布存在的理念，卡嘉莉代表奧佈政府明確拒絕了議長的提議；但和奧布一樣表示出堅決反對意圖的，僅有斯堪的納維亞王國一國而已。　　面對着當前的局勢，大天使號和永恆號上的眾人憂心忡忡；雙方的理念終究是無法調和的，大家似乎都能預見到不可避免的衝突將要到來。　　由於受卡嘉莉的堅決態度影響，聯合軍阿爾扎切爾基地也開始有了動作；然而這一切早在杜朗達爾的掌握之中，除了待機的月面艦隊和密涅瓦號之外，還動用了鎮魂曲加以攻擊，致使聯合軍的殘餘軍力幾乎全滅。　　感覺到無處可逃的大天使號眾人終於決定與議長一戰，並從月球出發與永恆號會合；杜朗達爾也將真和雷調離密涅瓦號，為與大天使號的決戰開始做準備。

大天使號與永恆號合流之後，開始向鎮魂曲的第一中繼站所在地進發，試圖將其摧毀；而奧布軍的主力則前往月面代達羅斯基地去破壞鎮魂曲的本體。得到消息後，杜朗達爾將半數月面艦隊及密涅瓦號調往第一中繼站實施增援。　　為了避免被夾擊，大天使號與永恆號迅速展開了攻略作戰，基拉和阿斯蘭分別駕駛流星系統對第一中繼站的守備部隊進行強襲。正當雙方交戰之際，ZAFT的增援部隊趕到了戰場並立即投入了戰鬥。在大天使號和密涅瓦號的炮擊戰中，尼奧駕駛曉擋住了密涅瓦號的陽電子炮，似曾相識的場景終於令他的記憶完全恢復。　　伊扎克、迪亞克和阿斯蘭再度在戰場上相遇，然而兩人卻並未阻止阿斯蘭的行動。在基拉和阿斯蘭的聯手攻擊下，鎮魂曲第一中繼站終於被完全破壞。　　攻陷了第一中繼站的大天使號和永恆號向月面代達羅斯基地轉進，但就在這時，ZAFT軍的要塞彌塞亞出現在眾人的眼前，並以“新創世紀”對奧布軍艦隊進行射擊，其威力令眾人驚愕不已。

由於彌賽亞要塞的出現，令奧布陷入了隨時可能遭受到毀滅性打擊的危險境地。基拉不得不讓阿斯蘭和大天使號先行一步摧毀鎮魂曲，由自己和永恆號來牽制ZAFT軍。　　雷讓真去追趕阿斯蘭，決意自己獨自和基拉做一了斷。在和傳奇高達的戰鬥中，基拉竟然感應到了與克魯澤一樣的信息，不禁大驚失色。　　密涅瓦號趕上了大天使號，兩艦終於展開了最後的宿命對決。混戰中，阿斯蘭遇上了駕駛着脈動高達的露娜瑪麗亞。露娜瑪麗亞不顧阿斯蘭的勸阻，執意對其進行攻擊，結果脈動高達反被擊傷。見此情景，真憤怒地發動了種能力，與阿斯蘭戰在一處。　　與克魯澤同樣是克隆體的雷向基拉表示自己就是克魯澤，並以猛烈的炮火宣泄出對基拉這個最優秀的新人類無盡的憎恨；然而基拉卻否認了雷的觀點，認為每個人的存在都是不可替代的唯一。雷的心靈因基拉的話語而受到強烈的衝擊，傳奇高達也因此被強襲自由高達的炮火擊中。　　另一方面，阿斯蘭和真的戰鬥也終於分出了勝負，命運高達終於被擊毀。

慘烈的戰鬥仍在繼續，密涅瓦號受到了大天使號的近距離直擊，並被無限正義高達破壞了主推進器，被迫墜落至月面。　　新創世紀再度發射，鎮魂曲也將目標設定為奧布。萬分危急的時刻，阿斯蘭和穆強行突入鎮魂曲內部將其破壞，基拉也開始使用流星系統重創彌賽亞要塞。　　真從昏迷中醒來，所見的卻是鎮魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞要塞，失去信念依託的他在露娜瑪麗亞的懷裏痛哭不已。　　基拉獨身一人進入彌賽亞要塞的指揮部，在那裏等待着他的正是杜朗達爾。就在持槍相向的兩人以各自的理念發生激烈碰撞的時候，雷和塔麗亞也先後來到了這裏。槍聲響起，杜朗達爾倒了下去，然而開槍的卻是被基拉的話所打動而不願沒有明天的雷……塔麗亞讓基拉迅速撤出即將爆炸的彌賽亞要塞，自己則留下來陪伴杜朗達爾和雷。　　在眾人的注視下，彌賽亞要塞永遠地消失了；宇宙中滿目間只剩下無數的殘骸，彷彿在訴説着什麼……