機動戰士高達00

在聳立於非洲的AEU軌道電梯附近，AEU的軍事演習場中正在進行最新鋭的MS制定式的公開展示。聯合的軍人葛拉漢和片桐，也在來賓席上觀看著表演。此時剎那駕駛着能天使高達自空而降，彷佛要和制定式對峙般地佇立在會場中。個性衝動的制定式駕駛員柏齊，就拔出了音速刀向能天使斬去。另一方面，人類革新聯盟在軌道電梯的高軌道站舉辦宴會，但恐怖分子的MS卻正在接近。

由天人對全世界發起的武力鎮壓宣言，各國的首腦們都採半信半疑的態度，對於天上人的存在以及如何對應不斷討論。而天上人為了向世界宣告自己的存在，於是決定以行動介入長年持續的民族紛爭。另外，世界經濟聯合的古萊哈姆對於在競技會場出現的高達產生了相當大的興趣。

在天上人結束了第2件任務後，整個世界的情勢也更為混亂了。此時，絹江雖然試圖找出那位自稱天上人的老紳士來歷，卻發現更加謎團重重，讓她深感困惑。 從太空返回地球的謝爾蓋，為了確認戰場上所遺留下來的線索而前往錫蘭島。葛拉漢和片桐則是因聯合方面對高達的存在深感憂心，授命加入特殊任務部隊。

托勒密號上的乘組員們，透過螢幕觀看人革連領地內所舉辦的陣亡人員追悼會。眾人憂心人革連反而會因此加強軍事力量，不過提耶利亞只冷冷地説道，唯有持續進行武力介入，才能達到根除紛爭的目標。而實際上，人革連高層派了一位少女加入施米洛夫的部隊中，作為對抗高達的王牌。葛拉漢等人的部隊也有數名優秀駕駛員加入。 就在世界各國逐漸取得對抗鋼彈共識的過程中，原本隸屬聯合旗下的南美國家“塔利比亞”，突然主張該國應擁有能源供給權，並且宣告將自聯合中獨立。為了牽制塔利比亞國內的震湯局勢，聯合也派遣了部隊前往該國。在這個舉世矚目的情勢中，敢達展開了行動。

在世界局勢極端混亂的情況下，阿札迪斯坦王國的瑪莉娜公主為了向各國尋求經濟援助，決定出國進行外交之旅。日本學生沙慈與露易絲為了參加因獲得獎學金才能成行的研修旅行，前往人革聯的低軌道太空站。沙慈與露意絲因為線性列車中所暫時產生的擬似無重力狀態而興奮不已。另一方面，阿里路亞為了下一個任務所需，也搭上了線性列車重返太空

位於歐洲南部，以軍需產業為主要經濟來源的國家、摩拉利亞共和國，受到天上人陣營行動的影響而令經濟陷入困境。AEU認為摩拉利亞的技術與軍事力量，對於開發太空是不可或缺的，因此決定伸出援手，表明願意對該國提供支援，並且進行聯合作戰演習。得到這項情報的天上人，決定對此採取介入行動。在執行這項重大任務前，能天使高達獲得了GN長刀、GN短刀兩項新武器，力天使高達也加裝了GN全覆護盾。然而，過去曾負責管理剎那行動的傭兵──亞里·艾露·撒祖斯，卻現身在摩拉利亞的民營軍事公司中。

在與摩拉利亞軍及PMC交戰的過程中，沙瑟斯所駕駛的制定式與能天使高達互相對峙。在沙瑟斯高超的駕駛技術下，剎那隻能單方面地遭受攻擊。對手彷佛完全看穿自身攻擊模式的行動，令剎那回想起身為少年兵時的回憶，並且做出了驚人的行動。

在與摩拉利亞軍及PMC交戰的過程中，撒祖斯所駕駛的制定式與能天使高達互相對峙。在撒祖斯高超的駕駛技術下，剎那隻能單方面地遭受攻擊。對手彷佛完全看穿自身攻擊模式的行動，令剎那回想起身為少年兵時的回憶，並且做出了驚人的行動。

聯合和AEU對天上人不斷進行軍事介入的行動始終靜觀其變，人革聯則不改其對立態度。施米洛夫投入了大量的探測裝置，試圖以資源優勢來達成偵搜行動。而他真正的用意，在於捕獲高達。

面對人革聯部隊執拗的追擊，高達尖兵們陷入了苦戰。面對不斷惡化的戰況，戰術預報士皇感到苦惱不已。

剎那與天人成員歷經千辛萬苦，終於化解了人革連的高達捕獲作戰。提耶利亞對於皇的戰術疏失公開表示強烈不滿，但這其實是源於他犯下暴露雙靈敢達存在的過失，因自責焦躁而生的遷怒。在先前的戰鬥中，阿里路亞與敵方的超兵索瑪．皮利斯產生了某些共鳴，令他開始獨自回想自己的過去。

遵循自古以來的習俗教化，過著傳統生活的保守派，以及企圖改善不斷惡化的能源問題，讓國家更為富強的改革派，在阿札迪斯坦王國內部產生了對立。瑪莉娜雖然被擁立為改革派代表人物，但在內政與外交的推展上卻不如預期，仍然限於困境中。

自身的想法與行動，造就了事與願違的結果，令剎那悔恨不已。隨著聯合國部隊派兵進駐，阿札迪斯坦王國內保守派與改革派對立的情況也越來越激烈。剎那發現其中有第三勢力介入的跡象，因此決定繼續調查。

各陣營正在籌畫一場世界級的大規模軍事演習，而天上人成員們也發現其用意在於誘出自己，不過他們仍決心繼續進行武力介入任務。雖然他們在執行計畫前的閒暇時刻仍談笑風生，但仍無法掩飾內心有所不安的神情。

由三大陣營攜手合作的大規模高達捕獲作戰終於開始了。雖然明白名義上是聯合演習，實際上是企圖誘使高達現身的陷阱，但天上人仍將計就計地進行武力介入。歷經長時間毫不間斷的攻擊後，高達尖兵們疲憊不已。在人革聯MS部隊的猛烈攻擊下，力天使與主天使陷入無法動彈的困境，而能天使與德天使也無法突破AEU部隊的包圍網。

“監視者”負責監督天人的動向，僅在全體意見一致時，握有反對天人行動的否決權。在他們齊聚一堂時，亞歷漢卓‧科納回顧了天人至今所執行過的各種武力介入行動。

由於來歷不明的新高達尖兵以及名為座天使高達的機體突然現身，令托勒密號的乘組員們感到困惑不已。在雙方首度面談之際，其言行舉止也讓剎那等人感到憂心忡忡。當他們結束會談，離開托勒密之後，隨即接到了下一個任務，那就是以座天使高達突襲MSWAD基地。

剎那對於座天使高達隊執行武力介入的方式抱持著疑問。然而隨著座天使高達的出現，令原本對抗天上人的手段與戰力近乎崩潰，這點也讓三大陣營領袖不得不重新思索新的對應方式。就在世界情勢逐漸朝向天上人理念發展的過程中，王留美為了打探座天使高達隊的來歷與動向，與亞歷漢卓進行了接觸。

對於座天使的單方面毀滅性的攻擊,剎那開始省思天上人的理念就逕為何。對於座天使牽連一般平民的行為，剎那認定他們是助長紛爭的一方，決定駕駛能天使突襲座天使。從三對一的劣勢中拯救了剎那的人，是經由人性面思考，認同剎那看法的提耶利亞。

各陣的反高達行動原本已暫時受挫，不過在收到了某份情報後卻有了轉機，令三大陣營取得了共識，讓這三大國家羣締結了軍事同盟。整個世界為了打倒高達這個理由而逐漸統合起來。而令人感到諷刺的是，這全是拜座天使先前的惡劣行徑所致。

逐漸統合為一的世界，這正是天上人所追尋的目標。在時勢產生驚人變動的情況下，皇為了預防萬一而有所安排。在提耶利亞為了自身存在意義，以及與吠陀之間的關係感到苦惱時，洛克昂給了他提示。

在皇的作戰指示，以及新武裝的支援下，剎那等人總算脱離險境。不過他們也付出了相當大的代價。隨著世界逐漸統合，高達也從企圖捕獲的對象，成了必須殲滅的目標。面對世界統合軍的壓倒性戰力，就連三架座天使也被打得毫無還手之力。不過就算身處此等絕境，剎那的眼神依舊未曾失去光

撒祖斯駕駛著座天使二型將剎那與東尼迪玩弄於股掌之間。在這場戰鬥中，天上人原以為取得足以進行反擊的最後王牌，然而卻也相對失去了無可比擬之物。前往地球的剎那與雷瑟，利用突襲用貨櫃十萬火急地趕往托勒密所在的宙域。為了殲滅鋼彈，聯合國軍的宇宙艦隊鎖定了托勒密。各大陣營的駕駛員們，也各自懷抱著不同的決心，迎向這場最終決戰。

在GN-X的窮追猛打下，各高達都已滿身瘡痍。雖然萬分悲傷，但高達使者們仍勇敢前往戰場。洛奧的思念、阿里路亞的心情、提耶利亞的決心，加上剎那帶著燭火燃起最後光輝般的氣勢，迎向僅有無盡黑暗的戰場。

生命持續在漆黑的太空中消逝。艦艇受創沈沒、MS爆炸四散。剎那為了展示自身的信念、否定已被扭曲的時勢，而毅然決然地投入最後之戰。

地球圈聯邦‧獨立治安維持部隊“A-LAWS”，以不人道手段對反政府勢力“卡達魯”執行鎮壓、殲滅任務。純源的幹部克勞斯告知希琳，要加快在建設中的殖民地“榮譽”的同志救出作戰。成為技師的沙慈在那個殖民地工作，卻因為同僚是卡達魯的成員而蒙上不白之冤，遭到A-LAWS的保安局人員逮捕，被送到高重力區進行強制勞動。

得知萊爾是卡達魯成員的剎那，對萊爾表示若他有改變世界的意思，就加入天上人。另一方面，A-LAWS軍本部也因為高達再度出現而顯得慌張。卡蒂．馬涅欽、安德列等人接連受到荷馬‧片桐司令徵召。此外還出現了神秘的面具男子身影。

阿里路亞被拘禁在反政府勢力收監設施裏。面對監督審問的皮里斯，阿里路亞對“瑪莉”的呼喚未能傳達給對方。托勒密號組員得知了阿里路亞被關押在收監設施的事。面對一直不肯明確表態加入天上人的皇，剎那開口要求她訂立援救計劃。

A-LAWS為了展開下次作戰，召來林特少校。卡蒂在分析前次與托勒密號的作戰時，感覺到某些東西。純源的幹部克勞斯等人意圖與天上人進行接觸，而憂心瑪莉娜行蹤的希琳，也要求與他們同行。林特將水中用MA編入作戰的追擊，正逼近航向轉往阿拉伯海的托勒密號。

聯邦政府反過來利用天上人的出現，宣揚A-LAWS的重要性。這全是利馮茲進行情報操作下的指示。此外，利馮茲不只掌握變革者，還利用某個人物在世界上引發更大的波瀾，試圖推動統合計劃。與卡達魯會合的天人，得到克勞斯表明願意全力協助的聲明。另一方面，在非自願狀態下一再被捲入戰事的沙慈，採取了某種行動。

純源的士兵們因為A-LAWS的攻擊而倒下。士兵臨終前低喃的語句，令皇想起可憎的過去並因此昏厥。同一時間，從林特口中聽取戰果報告的卡蒂，也因為過當的作戰而面色凝重。親眼目睹攻擊慘況而感到消沉的皮利斯，收到謝爾蓋的來信。為皮利斯的心情著想的字句，令她感受到謝爾蓋的關心，卻也再度認清自己身為超兵的立場，重新立定投身戰場的決心。

雖然靠著恢復意識的皇的作戰，讓托勒密號脱離戰線，但是卻無法捕捉到與皮里斯的先驅式一同墜落的墮天使。另一方面，迫降在海岸線的阿雷路亞與皮利斯離開MS，直接對峙了。

與自己有相同容貌的維珍尼出現，令提耶利亞感到驚愕。但是，維珍尼所洩露的變革者情報，更是動搖提耶利亞的內心。之後，取得A-LAWS的高官們將於宴會齊聚的情報，天人成員讓剎那與提耶利亞潛入其中進行偵察任務。

剎那與提耶利亞和撒祖斯所駕駛的權天使對峙。雖然提耶利亞憤怒地攻向洛奧的仇人，卻被對方的攻擊力壓倒。萊爾從提耶利亞的言談中，得知撒祖斯就是殺死兄長尼爾的仇人。

在反對聯邦蠻橫再生計劃的中東諸國當中，以蘇伊爾王國的國力最為強大。憂心蘇伊爾起義引發中東諸國追隨的聯邦，決定派遣A-LAWS到蘇伊爾，並下令正規軍的謝爾蓋在蘇伊爾國境周邊監視狀況。另一方面，期待蘇伊爾起義的卡達魯，成功敲定與蘇伊爾國王為共同戰鬥進行會談。

在伊恩等人為00的支援機0強化戰機進行調整時，A-LAWS又使用了新兵器。那驚人的威力令A-LAWS、以及利馮茲面露喜色。對他們的做法感到憤怒不已的提耶利亞，終於將變革者的存在告知天人的組員。

遭到A-LAWS突襲的托勒密號試圖緊急脱逃，但是卡蒂的戰略與新型MS令尖兵們陷入苦戰。這時候，00的雙重動力裝置發揮出真正的能力。

A-LAWS的MS部隊，逼近對衞星兵器“死兆炮”發動攻擊的卡達魯宇宙艦隊。希林格的MS則是向剎那接近。不過，那是擔任誘餌的剎那所做的刻意引誘。

遭受變革者發動的猛攻，托勒密號在受損的情況下降落到地球上。剎那前往地球尋找托勒密號，沙瑟斯駕駛的權天使高達卻在此時出現了。

接受了卡達魯的補給，托勒密號邊航行邊進行整修。為了突破聯邦的包圍網，00的戰力是必須的，但是剎那至今仍未歸艦。托勒密號只能採取守勢應戰，然而此時卻傳來聯邦內部發生政變的情報。

A-LAWS突然撤退，這是因為收到聯邦內部發生政變的情報。從卡達魯方面捕捉到政變消息的剎那，將00的行進路線轉向非洲。但是在那等著剎那的是，駕着新機體再度現身的武士道先生。

狀況越發危急，而托勒密號在修理不完全的狀態下無法打破現狀。這時候，負傷的剎那為了完成現在應做的事，忍着傷勢準備出擊。接着，剎那對沙慈説出了某句話。

在軌道電梯崩塌的“崩柱事件”過後4個月，荷馬等人接到一直保持沉默的天上人重新開始活動的報告。另一方面，提耶利亞對擔心聯邦將落入A-LAWS管控下的托勒密號組員提議，此刻應實行奪回韋達的作戰。皇為此訂立了以捕獲變革者為要點的作戰。

沙慈在混亂的戰況中，尋找露意絲的機體。皮里斯也為了替施米洛夫報仇而搜尋着安德列駕駛的機體。與希林格交戰時，剎那解放了雙重動力裝置的力量，使得00強化模組放出的粒子遍佈戰鬥宙域周邊。

即使被軟禁在托勒密號，裏凡穆還是一臉從容的微笑，對皇等人的問話也輕視般的不斷做出敷衍的回答。這時候，菲特發出通訊告知蜜蕾娜被帶走的消息。

留美髮出的連絡在隔了一段時間後送達，內容只有拉格朗日5所在宙域的座標。托勒密號的組員們感到可疑，但剎那卻提議要過去。伊恩也因為琳達他們在那附近的天上人秘密工廠開發新裝備而表示贊同，於是一行人前往留美的連絡訊息中所指定的座標。希林格等人在先前的戰鬥中對00強化組件的力量感到咬牙切齒，開始懷疑在MS的性能之外，有什麼東西其他的影響。

將聯邦軍也統合在內的A-LAWS的大艦隊，為了殲滅天上人而不斷集結。古德曼等人在最後的決戰前意氣昂揚。在托勒密號上，認為戰鬥應有個了結的剎那等人彼此訴説決心。在最後決戰前的短暫時光中，菲特將在實驗室中培養的一株花交給剎那。那是過去，在當遊擊兵的少年時期也看過的、開在中東地方的花。

維珍妮終於展現出對利馮茲造反的意思。另一方面，A-LAWS與天人之戰將卡達魯、聯邦軍也捲入，戰況極為激烈。此時，巨大的光束突然包圍戰場。

侵入敵方母艦的提耶利亞在那裏得知驚人的事實。雖然托勒密號堅持採取防衞戰，但是在敵人毫不休止的猛攻下被迫一路居於劣勢。同伴們一個又一個倒下。彷佛是呼應着那生命之火一般，剎那發出怒吼。

剎那的00強化模組與利馮茲駕駛的MS再生加農對峙。面對自稱要領導人類的利馮茲，剎那展開攻擊。另一方面，在托勒密號上，身體狀態恢復的雷瑟回到艦橋，為了支援剎那而再度出動船艦。即使擔心瑪莉的安危，阿里路亞仍駕駛墮天使再戰，與撒祖斯做出了斷的萊爾則駕駛中度損傷的智天使再度回到戰場。