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核糖核酸
鎖定
核糖核酸分類
核糖核酸概述
人體一個細胞含RNA約10pg(含DNA約7pg)。與DNA相比,RNA種類繁多,分子量較小,含量變化大。RNA可根據結構和功能的不同分為信使RNA和非編碼RNA。非編碼RNA分為非編碼大RNA和非編碼小RNA。非編碼大RNA包括核糖體RNA、長鏈非編碼RNA。非編碼小RNA包括轉移RNA、核酶、小分子RNA等。小分子RNA(20~300nt)包括 miRNA、 SiRNA、 piRNA、scRNA、 snRNA、 snoRNA等,細菌也有小分子RNA(50~500nt)。
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名稱 | 功能 | 存在 |
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信使RNA(mRNA) | 翻譯模板。 | 所有的生物 |
轉移RNA(tRNA) | 攜帶氨基酸,參與翻譯。 | 所有的生物 |
核糖體RNA(rRNA) | 核糖體組分,參與翻譯。 | 所有的生物 |
核小RNA(snRNA) | 參與真核細胞核mRNA前體的剪接。 | 真核生物 |
核仁小RNA(snoRNA) | 參與古菌和真核生物rRNA前體的後加工。 | 真核生物和古菌 |
微RNA(microRNA或miRNA) | 主要在翻譯水平上抑制特定基因的表達。 | 絕大多數真核生物 |
增強子RNA(eRNA) | 在真核生物的增強子區域轉錄產生的一類非編碼RNA,其功能是對附近的基因表達進行調控。 | 真核生物 |
小干擾RNA(siRNA) | 主要在翻譯水平上抑制特定基因的表達。 | 真核生物 |
小激活RNA(saRNA) | “瞄準”特定基因的啓動子,激活它們的轉錄。 | 某些真核生物 |
piRNA或piwi RNA | 反轉位子的基因沉默,對於胚胎髮育和某些動物的精子發生十分重要。 | 脊椎動物或無脊椎動物的生殖細胞 |
長非編碼RNA(lncRNA) | 在基因表達的多個環節調節基因的表達。 | 真核生物 |
7SL RNA | 作為SRP的一部分,參與蛋白質的定向和分泌。 | 真核生物和古菌 |
7SK RNA | 抑制RNA聚合酶Ⅱ催化的轉錄延伸。 | 脊椎動物 |
RMRP RNA | 參與線粒體DNA複製過程中RNA引物的加工;參與rRNA的後加工;參與切除一種阻滯細胞週期的蛋白質的mRNA的5'非翻譯序列,而促進細胞週期的前進。 | 真核生物 |
轉移信使RNA(tmRNA) | 兼有mRNA和tRNA的功能,參與原核生物無終止密碼子的mRNA的搶救翻譯。 | 細菌 |
crRNA | 鎖定外來核酸,引導Cas蛋白將外來核酸水解。 | 絕大多數原核生物 |
tracrRNA | 與crRNA結合,引導Cas蛋白。 | 絕大多數原核生物 |
嚮導RNA(gRNA) | 參與錐體蟲線粒體mRNA的編輯。 | 某些真核生物 |
類病毒 | 最小的感染性致病因子。 | 植物 |
端聚酶RNA | 作為端聚酶的模板,有助於端粒DNA的完整。 | 真核生物 |
核開關或RNA開關(riboswitch) | 在轉錄或翻譯水平上調節基因的表達。 | 原核生物和少數低等的真核生物 |
核酶 | 催化特定的生化反應,如核糖核酸酶P和核糖體上的轉肽酶。 | 原核或真核生物以及某些RNA病毒 |
環狀非編碼RNA(circRNA) | 作為競爭性內源RNA,參與調控細胞內特定miRNA的功能;還可與細胞內一些RNA結合蛋白結合,調節這些蛋白質與其他RNA之間的相互作用。 | 主要是真核生物 |
Xist RNA | 促進哺乳動物一條X染色體轉變成高度濃縮的巴氏小體(Barr body)。 |
核糖核酸信使RNA
核糖核酸轉移RNA
轉移RNA(tRNA)在蛋白質合成過程中負責轉運氨基酸、解讀mRNA遺傳密碼。tRNA佔細胞總RNA的10%~15%,絕大多數位於細胞質中。tRNA由Crick於1955年提出其存在,Zamecnik和 Hoagland於1957年鑑定。
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1.tRNA一級結構
2.tRNA二級結構
約50%鹼基配對,形成四段雙螺旋,與五段非配對序列形成三葉草形結構。該結構中存在四臂四環:
③反密碼子臂和反密碼子環,特徵是反密碼子環含反密碼子。反密碼子5′端與尿苷酸連接,3′端與嘌呤核苷酸連接。TΨC臂(T臂)和TΨC環(Ψ環),特徵是TΨC環含胸腺嘧啶核糖核苷酸T54假尿苷酸Ψ55胞苷酸C56。
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3.tRNA三級結構
呈L形,氨基酸結合位點位於其一端,反密碼子環位於其另一端,DHU環和TΨC環雖然在二級結構中位於兩側,但在三級結構中卻相鄰。儘管各種tRNA的長度和序列不盡相同,但其三級結構相似,提示三級結構與其功能密切相關。
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核糖核酸核糖體RNA
1.核糖體組成和結構
2.核糖體RNA特點
(3)種類少,原核生物有5S、16S、23s三種rRNA,約佔核糖體質量的66%(其中5S,23SrRNA佔核糖體大亞基的70%,16S rRNA佔核糖體小亞基的60%);真核生物主要有5S、5.8S、18S、28S四種rRNA,另有少量線粒體rRNA、葉綠體rRNA。大腸桿菌16SrRNA的3'端有一段保守序列 ACCUCCU,可與mRNA中的SD序列互補結合。5 SrRNA有兩段保守序列也已被鑑定:
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3.核糖體種類
原核生物只有一類核糖體,真核生物則有位於細胞不同部位的以下幾類:核糖體、遊離核糖體、內質網核糖體(又稱附着核糖體)、線粒體核糖體和葉綠體核糖體(植物)。遊離核糖體和內質網核糖體實際上是同一類核糖體,它們比原核生物核糖體大,所含的rRNA和蛋白質也多。線粒體核糖體和葉綠體核糖體比原核生物核糖體小。不過,這些核糖體的基本結構和功能一致。
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核糖核酸核酶
科學家在研究RNA的轉錄後加工時發現某些RNA有催化活性,可以催化RNA的剪接,這些由活細胞合成、起催化作用的RNA稱為核酶。許多核酶的底物也是RNA,甚至就是其自身,其催化反應也具有專一性。
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已經闡明的天然核酶有錘頭狀核酶、髮夾狀核酶、I型內含子、Ⅱ型內含子、丁型肝炎病毒核酶、核糖核酸酶P、肽基轉移酶等。如何評價核酶的理論意義與實際意義,如何看待核酶與傳統意義上的酶在代謝中的地位,都有待進一步研究。
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1.核酶發現
核酶最早由Cech和 Altman(1989年諾貝爾化學獎獲得者)發現。1967年,Woese、 Crick與 Orgel等基於RNA二級結構的複雜程度提出其可能有催化活性;1982年,Cech在研究四膜蟲rRNA前體剪接時發現其內含子有自我剪接活性;1983年,Altman在研究細菌tRNA前體時發現核糖核酸酶P中的MRNA參與tRNA前體轉錄後加工;1982年, Kruger等建議將有催化活性的RNA命名為“ ribozyme(核酶)”。
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2.核酶特點
(1)核酶的化學本質為RNA或RNA片段。有些核糖核蛋白也有催化作用,但活性中心位於其蛋白質成分上,並不屬於核酶,例如端粒酶。然而,如果核糖核蛋白的RNA含活性中心,則該RNA組分就是核酶,例如核糖核酸酶P分子中的M1RNA。
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3.核酶意義
4.核酶應用
核糖核酸細胞中的分佈
核糖核酸組成結構
1.在化學組成方面,RNA含核糖而不含脱氧核糖。含尿嘧啶而不含胸腺密啶。例外的是,每個tRNA分子含有一個胸腺嘧啶,這是在RNA鏈合成後由尿嘧啶甲基化生的,此外,前面已提到,少數DNA含有少量核糖,但這些個別的例外並不能以此否定兩類核酸組成上的差異。
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3.絕大多數RNA為單鏈分子,單鏈可自身折迭形成髮夾(hairpin)樣結構而有局部雙螺旋結構的特徵,這是各種RAN空間結構的共同特徵。RNA局部雙螺旋結構中鹼基互補配對規律是A對U和G對C。由於RNA分子內部不能全面形成鹼基配對,故其鹼基克分子比A不等於U,G不等於C,不存在DNA鹼基比例的Chargaff規律。
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核糖核酸干擾機制
安德魯·法爾1959年出生在美國加利福尼亞州聖克拉拉縣,本科在加利福尼亞大學伯克利分校主修數學,僅用3年時間就拿到了學位。1983年獲美國麻省理工學院生物學博士學位。他逐漸對涉及生命奧秘的遺傳學產生了興趣,並將其作為自己終身的學術追求。
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高中時代,梅洛的興趣逐漸轉移到了基因工程方面。當時科學家克隆了人類胰島素基因,並將其DNA(脱氧核糖核酸)置入到細菌中,這樣就可以人工合成無限多的胰島素。這一成果為全球數百萬糖尿病患者帶來了福音。梅洛回憶説:“科學研究能夠真正地對人類健康產生影響,這個想法激起了我的興趣。”
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安德魯·法爾稱:“克雷格和我的工作是研究為什麼一些基因會停止運行,我們試圖去控制它們,我們發現了一些東西可以有效地中止它們。這些基因並不能告訴你它們能做什麼,所以如果你能中止它們,你就可以開始瞭解它們能做什麼。不過,最初發現RNA現象的是一位華人學者,非常可惜,他沒有進一步弄清這是為什麼。”
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二人發現的是一個有關控制基因信息流程的關鍵機制。人們的基因組通過從細胞核裏的DNA向蛋白質的合成機制發出生產蛋白質的指令,這些指令通過mRNA傳送。他們發現一種可以用特定基因降解mRNA的方式,在這種RNA干擾現象中,雙鏈RNA以一種非常明確的方式抑制了基因表達。這項技術被用於全球的實驗室來確定在各種病症中哪種基因起到了重要作用。
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植物、動物、人類都存在RNA干擾現象,這對於基因表達的管理、參與對病毒感染的防護、控制活躍基因具有重要意義。RNA干擾是一個生物過程,在這個過程中雙鏈RNA以一種非常明確的方式抑制了基因表達。自1998年發現以來,RNA干擾已經作為一種強大的“基因沉默”技術而出現。RNA干擾作為研究基因運行的一種研究方法已被廣泛應用於基礎科學,它可能在將來產生更多更新的治療方法。科學家認為,RNA干擾技術不僅是研究基因功能的一種強大工具,不久的未來,這種技術也許能用來直接從源頭上讓致病基因“沉默”,以治療癌症甚至艾滋病,在農業上也將大有可為。
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核糖核酸功能
核糖核酸mRNA
mRNA含A、U、G、C四種核苷酸,每三個相聯而成一個三聯體,即密碼,代表一個氨基酸的信息,故按數學中排列組合法則計算,可形成43=64個不同的密碼。根據實驗結果,推得64個密碼與氨基酸的對應關係如下表。
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64個密碼中,61個密碼分別代表各種氨基酸。每種氨基酸少的只有一個密碼,多的可有6個,但以2個及4個的居多數。此外,UAA、UAG、UGA這三個密碼是肽鏈合成的終止信號,不代表任何氨基酸。在真核生物中,AUG既是甲硫氨酸的密碼,又是肽鏈合成的起始信號;而在原核生物中,GUG(在真核生物中是纈氨酸的密碼)和AUG樣,都是甲酰甲硫氨酸的密碼和肽鏈合成的起始相號。可見,除GUG外,所有的密碼從細菌到高等生物都能適用,這一點為生物的共同起源學説提供了有力的佐證。
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必需指出:①在mRNA整個分子中,從起始信號直至終止信號,其密碼的三聯體是連續的,密碼與密碼之間沒有間隔的核苷酸;②起始信號AUG並非是mRNA的起始(5′端),而可以和5′端間隔若干個核苷酸;而且終止信號也不在mRNA的3′端。
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核糖核酸tRNA
作為“搬運工具”的tRNA有很多種,體內20種氨基酸都有其自已特有的tRNA,所以,tRNA的種類不少於20種。tRNA在ATP供應能量和酶的作用下,可分別與特定的氨基酸結合。每個tRNA都有一個由三個核苷酸編成的“反密碼”。這個反密碼可以根據鹼基配對的原則與mRNA上對應的密碼配對,而且只有當反密碼與mRNA上的密碼相對應時才能配合,否則就“格格不入”。所以在翻譯時,帶着不同氨基酸的各個tRNA就能準確地在mRNA分子上“對號入座”,依次與典密碼相合,這就保證了氨基酸能排列成一定的順序。
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tRNA上的反密碼當然應能識別mRNA上相應的、互補的密碼,並與之配對。然而用提純的tRNA來進行實驗時,發現一種tRNA能夠識別幾種密碼。例如,丙氨酸tRNA,其反密碼為IGC(5′>3′),可以識別三種密碼。
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核糖核酸rRNA
rRNA與多種蛋白質分子共同構成核蛋白體。核蛋白體相當於“裝配機”,能促使tRNA所攜帶的氨基酰基縮合成肽。核蛋白體附着在mRNA上,並沿着mRNA長鏈的起始信號向終止信號移動。至於rRNA在蛋白質生物合成中的具體作用還不清楚。
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- 參考資料
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- 1. 呂傑,程靜,侯曉蓓編著.生物醫用材料導論:同濟大學出版社,2016
- 2. 唐炳華.分子生物學:中國中醫藥出版社,2017
- 3. 趙國芬,張少斌主編.基礎生物化學:中國農業大學出版社,2014
- 4. 黃濟羣等主編.生物化學:廣東科技出版社,1990
- 5. 盛文林主編.人類在生物學上的發現:北京工業大學出版社,2011
- 6. 生物化學教研室編.生物化學:中國人民解放軍第一軍醫大學,1980
- 7. 楊榮武. 基礎生物化學原理[M]. 北京:高等教育出版社, 2021.
- 8. 衞生部關於印發《處方常用藥品通用名目錄》 .中國政府網[引用日期2023-06-30]