核爆默示錄

　　成瀨荊、深作葵、野村妙子這三個女孩的降落在發生了毀滅事故影響的前首都。這些女孩的使命是，救援核爆末世錄後還在舊都生活的人類。　　在搜索倖存者的時候，一位穿着防護服身影的倖存者出現在她們面前。他看到了成瀨荊的，想甩開救助。成瀨荊給他一劑污染抗體疫苗，生存者從而保住性命。繼續搜索倖存者荊們，另一方面，三島教頭正通過對電視的直播，對舊首都悲慘的現實向全國民眾報道。

　　荊一行人發現了川端一家，並救出了川端夫婦的孩子未來，可惜川端夫婦不幸遇難雙雙去世。

　　妙子飼養的狼發現了一串鑰匙，經證明是神秘的“派送人”的車鑰匙。後來發現神秘的“派送人”竟然是導致核爆事故的機器的研發人司馬傳次郎。

在污染區生活的菖蒲婆婆失蹤了，荊一行人自告奮勇去營救，卻發現了一個高級戰鬥機。好在荊成功救出蒲菖婆婆，但事件又一次陷入謎團。

　　經過長時間的較量，荊利用地對空導彈將隱形戰鬥飛機射中使之迫降。通過教官荊得知這架飛機是一家名為“Yellow cake”的處理高位廢棄物的公司所有。原來這家公司一直幹着昧良心的勾當：將國外的高位廢棄物扔進舊首都。

司馬博士感到自己罪孽深重想要贖罪，便摘下面罩讓自己感染輻射而死，最終被荊等人救下。

　　教官決定派出專用直升機來處理那些高位廢棄物，就在處理剛剛完成，一架直升機遭到了不明人物的炮擊墜毀。主角們在路邊發現了遭到車禍的兩位倖存者，得知不明人物是原本身負救援任務的第一師團。在躲避第一師團的攻擊時，受到了兩位倖存者同伴的救援得以逃脱，但是妙子在逃跑中腹部受傷，請求救援時，被告知救援三天後才可以到。主角們被帶到倖存者們的基地（行星），妙子也得到了救治。

　　在行星中，主角們為了防止第一師團的攻擊，準備了武器防止入侵。而第一道門的警報響了起來，葵以為是妙子的狼也追隨她們過來了，跑去開門，沒想到是第一師團，葵也被她們抓了起來。沒想到，第一師團並沒有發起攻擊，而是發出了要主角們加入她們的公告後就撤退了。荊決定去救葵，結果遭到了第一師團的攻擊，被教官派去救援保健班的掃除班正好趕到，救了荊，但是仍然沒有救到葵。荊打算再去營救葵，經過一番苦戰，結果荊被第一師團白衣服長官抓住打算同歸於盡。掃除班遙人也終於趕到了地點，救到了葵，看見了倒在地上的白衣服長官和倒在血泊中的荊。

　　遙人看見了倒在血泊中心臟已經停止的荊，經過一番急救，荊的心臟又重新跳到了起來。荊被緊急送往了行星，在妙子對其的手術後，終於清醒了過來。葵覺得是自己害了荊，陷入深深的自責之中，把自己關進了雜貨間，無論任何人叫都不肯出去。白衣長官被抓住關進了警察局，在遙人的一系列審問之後，得知了第一師團的目的是利用所有的核廢棄物引爆，來使全世界陷入毀滅。倖存者中有一名孕婦要生產了，主角們決定帶他去醫院準備生產，結果發現路上都被輻射區域阻擋。

　　在去往醫院的路上，發現是掃除組的另外兩名隊員歌音和詩音，在打開高位廢棄物，來阻擋他們的行動。在和她們一系列的戰鬥之後，得知他們已經背叛，轉入了第一師團的陣營中。

　　因為風的關係，被污染的區域（zone）正在向行星移動，主角們為了保護倖存者，打算躲避zone，撐到救援趕到，但是zone已經包圍了四周，已經無處可去了，最後決定利用電車來突破zone。為了保證行動不被發現，分成了兩組，一組去趕去修已經壞了的電車，另一組吸引歌音和詩音。

　　佯攻組成功的引誘了歌音和詩音，在公園發生了激烈的戰鬥，找到了孕婦孩子的父親，成功和他聯手。

　　在公園，第一師團動用了最後的秘密武器——鐵蜘蛛，經過一番苦戰，終於以荊和葵都昏迷為代價，幹掉了鐵蜘蛛。等荊醒來時，已經到了下午四點，按照計劃，電車還沒有過來接他們，遙人決定過去幫忙，最後以遙人的犧牲為代價，電車終於開向了荊等人的方向。

　　荊等人在等電車時遭遇了歌音和詩音，經過一番打鬥之後，終於全員都趕上了電車。

　　就在大家還來不及為衝破zone趕到高興，歌音和詩音駕駛者已經損壞的鐵蜘蛛追了上來，在荊的努力之下，破壞了鐵蜘蛛並救下了歌音和詩音。經過了一個晚上，救援終於來了，帶走了倖存者，主角們又踏上了新的旅途。