東京殘響

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　　在核燃料再處理設施的壁面被寫上的文字“VON”。那就是一切的開始。然後在夏天時，有人在視頻投稿網站上傳了一則神秘信息。自稱為sphinx一號，二號的兩個人宣告。“新宿方面某些地方會有很大的煙火…”

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　　襲擊都廳的恐怖行動。被捲入事件的理沙，知道自己見到的那兩個人…十二和九居然是犯人，讓她慌亂不已。就在警視廳一片混亂的時候，sphinx一號二號又上傳了新圖像。

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　　為了追蹤sphinx1號2號，文書課的刑警柴崎也加入了其中。正在調查兩個事件時，sphinx又發表了第三個目標。柴崎的推理是否能找到放置炸彈地方呢？

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　　柴崎為了尋找犯人的線索，來到了擁有核燃料再處理設施的青森。就像在等待回到東京的柴崎似的sphinx又發表了新的謎題。一方，十二出現在離家出走的理沙面前。

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　　理沙被帶到九和十二的據點。但是對於處置理沙的方式，九和十二意見不合。被sphinx駭入，導致搜查情報外流的警視廳，出現一位來自美國的人物。

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　　來自美國的少女五反將一軍，擾亂了sphinx的恐怖行動。九的直覺告訴他是五在妨礙地下鐵恐怖攻擊。十二則擔心五是否對他們有怨恨。就在這時，有自稱是sphinx的人，發出了新的犯案預告。

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　　在羽田機場的電子屏幕上出現了西洋棋的問題。那是五給九的挑戰書。十二利用攝像頭的死角進行反擊的準備。而且柴崎也趕到了機場。枱面下正展開圍繞着炸彈的激烈攻防戰。

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　　柴崎被告知要無限期停職，但他還是繼續獨自搜查和恐怖份子的目標有着共通點，且有所關聯的團體「新進和平塾」，並對其相關人員進行詢問。這時九和十二正打算換個新據點，而待在舊據點的理沙收到了一個包裹…。

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　　到理沙的五，把九與十二給叫了出來。到底該不該救理沙。兩人的時間是有限的。另一方面，持續調查的柴崎發現了雅典計劃的存在。雅典計劃到底是什麼？好不容易找到的計劃關係人士青木，終於對柴崎説出了真相。

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　　九到警察局去自首。九跟警方説他放置了定時原子炸彈，如果要解除的話就要接受他的要求。另一方面，柴崎前往阿西娜計劃的中心人物－間宮俊造的所在地。如今一切的真相，都將暴露在陽光下。

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　　由於五中途出手妨礙，導致九沒有辦法抵達記者會會場。這使得九安排自動播放的最後犯案預告和原子炸彈發射裝置雙雙啓動。九和十二還有理沙，在混亂無人的東京仰頭望向天空。