末日孤艦第二季

Chandler和他支離破碎的團隊與地下抵抗組織聯手，試圖擊敗Amy Granderson；Rachael 在囚禁期間試圖幫助病人；Sidney 和船員們試圖重新控制他們的船。

Rachel表示一旦從卡拉腹中孩子身上提取到治癒藥，卡拉以及內森·詹姆斯號上的所有人一定會被殺。千鈞一髮之際，艦長帶領夥伴們展開救援行動。Slattery 和 Nathan James 的船員們正在與時間賽跑，以拯救受傷的 Tophet 博士並重新控制他們的船。

Rachel接到導師Dr.Hunter的電話很是激動，眼含熱淚表示自己很健康的活着，並且已經研製出治療惡性疾病的藥物。這艘船前往諾福克，以便船員們可以檢查他們的家人。錢德勒讓他們有機會決定是繼續還是留下。連他都在考慮的事情。

美國海軍平靜號醫務船在兩週前離開諾福克軍港，並且經過特殊改造，Rachel懷疑這就是諾福克那個消失的實驗室。船員發現；錢德勒看到了為艦隊增加另一艘船的機會。

“內森·詹姆斯”號航行中監測到一艘運行相當平靜的潛艇，因距離較遠，而無法判斷其運行航向，同時潛艇也監測到了驅逐艦並打算攔截。錢德勒和他的船員與一艘由英國海軍軍官領導的核動力潛艇對峙。

Dr.Hunter在襲擊前給Rachel發了一段視頻，視頻中Dr.Hunter説自己已經找到了治癒藥的研究方法，但未來得及把配方傳給Rachel就遭到了襲擊。錢德勒追蹤到北佛羅里達的免疫系統；瑞秋遇到了一個秘密配方。

內森-詹姆斯號在牙買加附近收到一個緊急求救信號，Chandler率領一支小分隊展開營救任務。但是他們遭遇一場出人意料的攻擊，Chandler和Tex被困在大海之上。Slattery和其他船員不顧一切地搜尋在海上失蹤的船長和戰友。如果讓敵人搶先找到他們，後果不堪設想。斯萊特里努力躲避潛艇；錢德勒和陸地團隊滲透免疫化合物。

Mike Slattery看到了一段關於第二順位總統繼承人的視頻，她表示如果Scott博士研製出治癒藥，船員們就必須立刻趕回國。然而當船員們趕回國的時候卻發現形勢不容樂觀。他們在研究如何大批量生產治癒藥時遇到了麻煩。與此同時，Chandler艦長等人在視頻中觀察着Slattery對這些消息會作何反應。

瑞秋試圖拼湊亨特博士丟失的公式，她努力解決她的死敵尼爾斯在內森詹姆斯船上的事實，而錢德勒則努力獲取情報並扭轉米切納在拉姆齊家族手中遭受的洗腦。

Scott邀請Niels一起看看她關於霧化治癒藥物的研究，而這一研究需要貽貝。Wolf和Cruz負責去採集貽貝。船員們遇到了Ray Diaz，他是一名大二學生，曾有人告訴他們海軍所發的治癒藥其實是在注射病毒，並給了他們食物和槍支。Chandler艦長希望通過Ray Diaz找到這些賞金獵人。

錢德勒和他的團隊開始為斯科特博士的實驗室尋找補給品和材料，結果卻與賞金獵人和免疫系統發生了爭執。與此同時，雷切爾尋找可傳播的治療方法的努力取決於這位幾乎消滅了人類的科學家。

船員們抓獲了三名俘虜，他們在俘虜身上發現了無法使用的手機，希望得知這些手機的用途，破解手機網絡。與此同時，Scott博士表明自己要研究如何改造疫苗。而艦長等人也在調查着Niels的死因。

雷切爾正在努力研究一種新的、更有效的治療方法，而艾麗莎則解碼從陸地上的免疫系統中回收的手機上的一條信息。

新奧爾良陷入一片火海，船員們盡全力把倖存者從水裏撈出來。船長從眼鏡蛇小隊處得知，被衝上岸的殘骸裏有水雷的碎片，看起來像是綁在了一艘帆船的船體上。情況緊急，船長下令繼續搜救，並隨時報告情況。

肖恩·拉姆齊（Sean Ramsey）廣播了一條消息，暗示海軍捲入了一場毀滅性的災難。

艦長下令不等拉姆齊先發制人，要與他們決一死戰。艦長計劃讓總統先生與最具經驗的船員一起登陸。總統先生作為最高統帥，當然不同意這樣的安排，可他也別無選擇。

內森·詹姆斯號被困在潛艇和免疫者設置的平民封鎖之間。錢德勒在斯萊特里的保護下將斯科特博士送下船。

總統通過廣播號召全國人民到達臨近的港口接受治癒傳染的藥物，並公佈了詹姆斯號未來幾天具體的停泊位置。民眾得知這一消息大受鼓舞，但船員們卻為詹姆斯號的安危表示擔憂。

隨着免疫小派系繼續與治癒藥物作鬥爭，CDR Chandler 和他的團隊呼籲平民在美國各地的港口與他們會面以接受治療。