未來少年柯南

　　柯南和爺爺二人生活在“殘留島”上，一天女孩拉娜被衝上岸灘，兩人將她救回家中。追捕拉娜的“因得斯利亞”人趕至，爺爺為救拉娜而被槍傷，拉娜終被擒上水陸飛機。

　　柯南照顧受傷的爺爺，並從他口中得知了2008年那場破壞地球的戰爭，以及生還者在殘留島上的事。爺爺終傷重不治，柯南埋葬了爺爺，踏上尋找拉娜的征途。

　　受暴風雨阻擋，柯南飄流到另一個荒島，並與島上少年金錫打了起來，結果變成好友。二人計劃潛上“巴拉克”號往“工業島”救出拉娜，但因金錫偷竊食物被發現。

　　柯南代替金錫受打臀處分而病倒，二人因此留在船上當上雜役，初時金錫滿口怨言，柯南一邊忍受病魔折磨一邊工作，後來金錫知道柯南代他受打，深受感動，照顧倒下了的柯南，二人的友情更進一步。

　　“巴拉克”號終於到達了“工業島”，一登陸，柯南欲捉位當日擄走拉娜及害死爺爺的女子孟絲莉，但被“巴拉克”號船長戴斯制止。

　　另一方面，“工業島”行政局長雷普卡，強迫拉娜道出爺爺拉歐博士之下落。柯南救走拉娜，逃往地下城又被擒回。戴斯船長不滿雷普卡所為，決定背叛“因得斯利亞”並帶走拉娜乘“巴拉克”號返回“海霸”島。

　　巴拉克號在濃霧中成功逃走。雷普卡等人乘水上飛機追截，柯南亦乘機偷走潛入飛機，暗地裏與雷普卡等人尋找拉娜下落。

　　柯南自行遊到巴拉克號，救出拉娜，二人患難中見真情。拉娜突有強烈感應到博士就在沙漠中，二人便往沙漠上走。

　　柯南與拉娜在沙漠中遇到風暴，不支暈倒，幸好被貝利先生髮現獲救，帶返基地。貝利刻意隱瞞二人下落，並留下他們在基地中工作。飛蛾突然大量出現。

　　地震、海嘯令貝利困於海底，二人努力救出，就在此刻貝利道出其真正身份是拉歐博士（拉娜的爺爺）。博士當年逃走時因被毀容而順帶一直隱姓埋名，其後三人用小船逃生。

　　博士帶領二人登上飛碟，折返“工業島”救出戴斯、金錫等人。途中遇上孟斯莉之水上飛機，柯南使計令機墜毀。

　　博士和拉娜成功潛入三角塔內，但生命正受威脅。他們救出很多一直被監禁的囚犯，後來得他們協助下，逃出三角塔，大家便高興地飛返“海哈巴”島。

　　博士預感“工業島”將陸沉，決定折返拯救。拉娜、柯南和金錫乘巴拉克號返回海哈巴島。到達後，戴斯被認出為當時擄走拉娜之人，巴拉克號給炸燬，令他傷心不己。

　　拉娜重返“風車村”工作；而柯南則跟隨咖喱叔叔從事養魚工作。金錫因誤捕歐羅飼養的豬而引來事端。

　　柯南和金錫為了不拖累村民，決定深夜潛入歐羅地盤。拉娜為救二人，不惜將媽媽的鍊項，送給歐羅以作交易。拉娜突發了一個噩夢，似是博士呼喚她似的，令拉娜不安。

　　另一方面，柯南、金錫二人與歐羅結怨。歐羅氣結，決與戴斯合作；助他重修“巴拉克”號。戴斯則要燒死柯南和金錫二人。

　　孟斯莉帶領工業島的軍艦欲進佔海哈巴島。歐羅勾結工業島，出賣海哈巴島人民，成功佔據整個海哈巴島。

　　歐羅成為島上村長；柯南、拉娜被追捕。拉娜以自己來救柯南被捉上炮艦送往工業島。柯南潛入炮艦，放上炸彈炸燬炮艦，乘機救出拉娜返回島上。

　　孟斯莉回想童年及美好地球，漸漸喜歡上海哈巴島。海哈巴突然發生海嘯，士兵與村民們一起逃上山上而逃過大難，結果化敵為友，工業島與海哈巴人共同生活，一同努力。

　　孟斯莉與柯南等駕駛博士留下之飛機返回“工業島”拯救其他人民。途中處處受敵，驚險橫生。

　　孟斯莉與柯南因飛機墜毀而被捕。孟企圖説服雷普卡不果，反被判處死。拉娜等人潛入地下城被追殺。幸得難民洛奇救助脱險。

　　雷普卡利用海水注入地下城，以淹死難民作威脅，拉娜唯有就範。孟斯莉被執行槍斃之時，柯南等人及時出現救走她，孟斯莉馬上帶他們往三角塔救拉娜及其他難民。

　　雷普卡快一步帶拉娜乘飛碟一起潛逃。柯南誓死勇救拉娜，雷普卡與飛碟一起被炸燬。太陽能終經博士引導，再次出現於地球，開始重新生活。

　　雷普卡原來並未死亡，他盜取三角塔的太陽能，並潛入控制室，成功開動最後的兵器“毒蛾號”，“毒蛾號”乃具毀滅世界能力的飛機。為阻止雷普卡等人，柯南、金錫與泰時偷入“毒蛾號”，決一死戰。

　　柯南、金錫與戴斯三人冒險潛入“毒蛾號”並與雷普卡作戰，不論雷普卡用盡方法也拿柯南等人沒辦法，反而被三人大肆破壞“毒蛾號”，最後“毒蛾號”被毀滅，雷普卡等人死去，但柯南與金錫戴斯等人在混亂中失散。

　　“工業島”即將下沉，博士著令所有居民乘船離去。拉娜憑心靈感應找回柯南，但博士因年紀老邁而離世。大家回到“海哈巴”過着安靜的生活。戴與孟結婚，其後與柯南、金錫、拉娜等返回“殘留島”再開墾居住樂園，回到“殘留島”時，發現因為地殼變動，“殘留島”已經從原來的小島變成了一片新大陸，眾人雀躍不已，為充滿新希望的未來感到高興。