最高指揮官：虛假聯盟

承接《最高指揮官》的劇情，耳尖的玩家會在結局聽到關於新威脅的消息，這支異星種族正是「瑟拉芬」，然而從官方網站釋出的遊戲預告影片來看，「瑟拉芬」並非如同主程式中所描述的這麼友善。「塞布蘭國」的「量子人工智慧（QAI）」不知為何居然背叛布雷克曼博士，在地球開啓了一道「量子裂縫」。

數以萬計的異形軍隊從裂縫湧入，「UEF」所在的地球首當其衝，面對敵人大軍壓境毫無招架之力，只能捨棄地球逃往其他行星。然而，「瑟拉芬」的目的是要淨化整個銀河系，這也意味着同樣是人類的「萬古啓示」和「塞布蘭國」將無法倖免於難，於是三方陣營只能結成同盟共同抵抗外星異形的威脅。

只是「無盡之戰」造成的仇恨並不容易因為同仇敵愾而一筆勾消，玩家在遊戲中不只要對抗強大的「瑟拉芬」，也必須「處理掉」同盟內不穩定要素才能確保人類的生存。

新種族武力盛大

「瑟拉芬」使用的科技與其他人類陣營不同，連兵種單位的造型也十分獨特，他們利用「負能量」作為武器，甚至在武器中包含一種怪異的「能源生物」，比如説「瑟拉芬」的重型火炮能發射的能源彈藥會釋放出這種「能源生物」攻擊敵人，他們的突擊機器人也具備這種特色，即使被摧毀，留下來的能源生物仍然會持續攻擊附近敵方單位一段時間。

「瑟拉芬」入侵地球的巨大飛行物則是實驗性轟炸機，這種轟炸機投射的能量炸彈等同於小型核彈，威力奇大無比，光是一架就足以移平整座基地，而且它還配備三門防空自動炮，就算面對大批空優戰機也有自保的能力。

人類陣營的精進

為了對抗異星種族的威脅，三方人類陣營在軍事科技上也互有交流，每個陣營多了十種新單位，其中包含一個全新的實驗性單位。舉例來説，「塞布蘭國」終於有了屬於自己的科技等級三炮艇，相信對「UEF」的重型炮艇有更好的反擊能力。

此外，像是點防禦、魚雷發射器等防禦性單位也強化至科技等級三，海軍單位有新的「反潛艇」船艦、「匿蹤力場產生器」船艦……等，空軍單則有能運送更多部隊的「重型運輸艇」等等。

而從透露的新實驗性單位，「塞布蘭國」的蜘蛛機器人已經不夠看，布雷克曼博士最新研發的「巨石」是蜘蛛機器人的兩倍大，這種外形像螃蟹的兩棲作戰單位配備兩門質子加農炮和防空武器，以及魚雷發射器和反魚雷爆彈，光是一具就能殲滅整批海軍艦隊，不僅如此，它也是座機動工廠，能夠生產地面單位和小型船艦，一但「巨石」生產成功，將會是敵人難以招架的強兵利器。