時鐘機關之星

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　　地球毀滅後，作為時鐘機關之星再生已經過了1000年了。某天的區劃·東京，是個機械宅且過着被時鐘和齒輪包圍的生活的見浦直人的家中，一個黑箱突然降了下來——！從中發現的，是美少女自動人形琉珠。雖然想嘗試依靠“聲音”來修理因故障而無法動彈的她，但…。

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　　“1級技師行會”的天才技師瑪麗·蓓兒·佈列格為了調查京都大支柱的異常而被派遣，然而卻察覺到了軍隊可疑的動作。另一方面，琉紫作為轉學生來到了在直人的高中。對於不起眼的直人與美少女琉紫的組合全校發生了大騷動…！？

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　　瑪麗目擊到了本該故障的琉紫動起來的姿態。得知了修理琉紫的人是直人，為了迴避京都的崩落便提出協助。然後在去往大支柱時，瑪麗注意到了想要陷害自己的黑幕的存在…。

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　　聽説琉紫的妹妹於地下沉睡着，直人決定去協助。最終決定潛入大支柱的深處，拼命前進，但是崩落的時間在一刻一刻地逼近。此時，直人被迫作出可能會失去琉紫的決斷—！

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　　直人和瑪麗等人平安無事地阻止了京都崩落企劃，但是琉紫的妹妹，昂克兒已經不在在那裏了。回到日常的瑪麗，在家裏收到使用違法電磁技術的電波通信。新的陰謀被隱藏在，挑釁瑪麗的那個內容裏。

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　　直人和瑪麗一行人在區劃·三重的最下層與昂克兒對峙。但是，其姿態已面目全非。與兵器化的昂克兒戰鬥時，直人和琉紫掉進了大深度地下層…。在追擊絕望的瑪麗的時候，被隱藏的巨大兵器的存在逐漸明朗起來——。

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　　為了從去往東京的巨大兵器手中救出人們，直人和瑪麗等人作為恐怖分子劫持區劃·秋葉原。在讓居民避難後的無人城市中，巨大兵器和“軍隊”相互碰撞，而琉紫與兵器化的妹妹昂克兒戰鬥——。

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　　因為把直人當作主人，昂克兒從“毀滅之物”的詛咒中解放。從昂克兒持有的立方體出來，向瑪麗傳送短波通信的人，貝爾摩德出現了。從貝爾摩德那得知巨大兵器·八束脛是使用了電磁技術的東西。然後秋葉原因為那個電磁波，所有的齒輪都停止了…。

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　　為了修理因電磁波的影響停止動作的琉紫和哈爾達，直人和瑪麗等人前往區劃·上野的康拉德的住所。然後從貝爾摩德得知八束脛的真正目的。在八束脛直到再次行動的有限時間裏，能把無法行動的琉紫和哈爾達修好嗎——！？

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　　為了讓區劃·秋葉原脱磁，直人與瑪麗等人決定攻佔於國家中樞全日本的區劃中心“天御柱”。與持有哈爾達的想法的兵器一同突破區劃·櫻田門，併發出以星宮蓮子作為人質的“犯罪聲明”，其目標是——？

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　　與瑪麗曾經的學友星宮蓮子一同注視政變的去向的直人，得知了“神之杖”將於八束脛被日本政府投放。投放時刻緊迫，政變的黑幕，源內發射了八束脛的主炮——！為了阻止源內的暴走，直人和瑪麗。兩個天才面對挑戰…！

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　　直人和瑪麗正嘗試世界的再構築時，昂克兒為了阻止八束脛的暴走獨自對抗。琉紫、哈爾達、貝爾摩德也一邊各自戰鬥着，一邊祈願兩人創造的奇蹟。打算破壞“Y”構築的世界的源內，兩個天才能夠與之對抗嗎——！