星際迷航：航海家號

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　　凱瑟琳·珍妮薇上校接到星際艦隊指揮部的命令，指揮最新型星艦航海家號，前往天棘區尋找一艘數日前失蹤的馬奇游擊隊飛船，珍妮薇的安全官杜沃克在這艘飛船上卧底。臨行前珍妮薇還從監獄裏保釋一名囚犯——派里斯上將之子湯姆·派里斯，當航海家號抵達天棘區後，意外地被一股強大的力量拖拽到七萬光年以外的德爾塔象限。

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　　失去了舵手、醫療官和大副的航海家號在德爾塔象限找到了失蹤的馬奇飛船，並得知將他們拖到此處的是一個叫做守護者的生物，守護者不久之後死亡，為防止當地殘暴不堪的凱松人利用守護者的設施對銀河系造成威脅，珍妮薇艦長與馬奇游擊隊聯手，毅然決然地炸燬了他們回家的唯一希望——守護者的太空站。為了重返地球，馬奇游擊隊與星際艦隊通力合作，由查克泰擔任大副，湯姆·派里斯擔任舵手，貝拉娜·朵芮斯擔任輪機長，緊急全息醫療程序擔任醫療官，並在流浪者尼利克斯和其女友凱絲的幫助下，航海家號踏上了返回地球的漫長旅程。

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　　被困於德爾塔象限的航海家號船員面臨重新調配，查克泰推薦自己的船員貝拉娜·朵芮斯擔任輪機長，但她因為天生的暴脾氣和其他人相處不融洽（時不時打斷別人鼻子），令珍妮薇不得不暫緩工作調配。航海家號途經一處黑洞時，接受到不明飛船的求救信號，珍妮薇下令前往黑洞附近展開救援，但船員們不僅沒有發現所謂的遇難飛船，反倒是航海家號自己被困在了黑洞的視界之中。為了脱困，珍妮薇和貝拉娜一同駕駛穿梭機為航海家號引導方向，這給了珍妮薇檢驗貝拉娜實力的一個機會。

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　　凱瑟琳·珍妮薇艦長與湯姆·派里斯一同前往一顆不久前被神秘毀滅的星球上進行調查，不料被一個異常的時間亂流帶到了過去，經過調查發現，原來一羣示威者將企圖引爆一家能源站以示抗議，不料意外觸發連鎖反應造成整個星球文明的滅亡，珍妮薇艦長必須和時間賽跑，搶救未來。

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　　尼利克斯在一顆星球上進行偵查時遇到意外襲擊，一個長期受一種微生物腐蝕的種族——維汀人為了替換自己衰竭的器官而偷走了他的肺，在醫生的全力救治下，尼利克斯依靠一個全息肺活了下來，但為了讓他能恢復，珍妮薇艦長下命令全力抓捕那羣器官盜賊。

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　　航海家號進入了一片星雲以收集 θ 粒子作為燃料，後來卻發現這片星雲是一個活的有機體，而他們的收集過程損害了這個生命體的身體結構，凱瑟琳接受醫生的建議，冒險用航海家號船身作針給其作縫合術。

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　　船員們意外發現了一處通往阿爾法象限的微型蟲洞，併成功同另一端的一艘太空船取得聯繫，但他們很快意識到同他們聯繫上的是星際聯邦的大敵——羅慕倫人。但是後來羅慕倫人同意傳送到航海家號上，與此同時，人們發現那個羅慕倫人來自20年以前。珍妮薇把所有船員的信交給了他，叮囑她20年以後把它們交給航海家號船員的家人

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　　湯姆·派里斯在外星球拜訪一位知名人士時，陷入了一場謀殺指控中，而所有的證據都指向了派里斯，派里斯的刑罰則是，在他的大腦中每隔幾個小時重放一遍受害者的死前記憶，杜沃克必須在派里斯被刑罰弄到神志不清之前證明他的清白。當杜沃克束手無策時，他意外發現他還遺漏了一位重要的證人。

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　　航海家號在一顆小行星內部發現了一種新的元素，當他們傳送到其內部查看時才發現這裏原來是一座墓地，那種新元素是屍體腐化的產物，為了不打擾逝者，查克泰等人打算離開，但是臨走之前，一種異常的空間泡現象吸走了哈里·金，他被傳送到了一顆深信轉世説星球上的棺材裏，而棺材裏原有的“屍體”則被傳送到航海家號上，原來那個空間異常便是所謂的轉世，而哈里被當地人當成了“從另一個世界回來的人”為了儘快返回航海家號，哈里和船員們兩頭分工，試圖揭開轉世之謎。

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　　一個種族擁有能讓航海家號更快速回家的傳送科技，但他們卻不願分享。在輪機員瑟斯卡的慫恿下，貝拉娜·朵芮斯違反最高指導原則，偷出那台傳送器，卻失望地發現它與航海家號設備不兼容。

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　　航海家號接收到來自卡松飛船的求救信號，船員登艦後驚訝地發現所有卡松船員的身體都和船上甲板融合到了一起，僅有一人生還。朵芮斯還在卡松飛船上發現了來自星際聯邦的合金成分，杜沃克懷疑有人暗中將航海家號上的設備交給了卡松人，珍妮薇下令讓輪機組想辦法回收那艘卡松飛船上的數據面板。瑟斯卡少尉違背朵瑞斯的命令，用極其冒險的方式回收卡松飛船的控制面板，結果遭到失敗。醫生和凱絲在治療時發現瑟斯卡其實是卡達西人。朵芮斯成功回收卡松飛船上的控制面板，分析表明，爆炸源頭來自卡松飛船上一台試圖進行改裝的食物複製機，而且其中的零件來自航海家號上。再也無可置疑了，航海家號上出現了叛徒。查克泰、朵芮斯、杜沃克幾個人一塊設局，試圖讓叛徒現出原形……

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　　金哈里在全息甲板上體驗史詩《貝奧武夫》時離奇失蹤，隨後去尋找他的杜沃克和查克泰也意外失蹤，貝拉娜調查認為全息甲板上存在一處故障，會把所有接觸該區域的人從物質轉化成能量。為了救出三名船員，大家把希望放在了唯一不會變成能量的人——醫生身上，於是，醫生開始了他的第一次“外遣”任務，然而發現的結果卻令他大吃一驚，有一種光子生物進入了航海家號。醫生放出了先前捕捉到的生物，所有人都得救了。

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　　一個“外星人”控制了船員們的身體，而查可泰在他的穿梭機被攻擊後進入腦死亡狀態。

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　　貝拉娜·朵芮斯被維汀人分成了人類和克林貢純血統的兩個人，用來研製一款新疫苗。她們決定齊心合力逃出去。但是克林貢純血統的貝拉娜戰死了。

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　　與泰萊克斯（Talaxian）人爆發種族戰爭的哈康尼亞（Haakonian）人的一員找到了航海家號，這讓尼利克斯感到不安，因為他的家人都是被哈康尼亞人殺害的。

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　　杜沃克訓練了一羣未有完全融入航海家號集體的馬奇游擊隊成員。

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　　航海家號在航行中發現不明來源的鐵鏽（太空中沒有空氣和水，無法生成三氧化二鐵——即鐵鏽），經過調查，他們意外發現了一輛漂浮在德爾塔象限的福特1937皮卡，珍妮薇認為一定是有什麼人將其帶到德爾塔象限，這也許能為他們找到一條回家的捷徑。而湯姆·派里斯在調試車載老式收音機時，接收到一段古老的SOS信號，航海家號追蹤源頭到了一顆星球上，卻發現從地球來的不只是一輛老爺車、一段神秘的訊號，還有羣來自1937年地球、被封凍數百年的人類——其中包括失蹤的著名女飛行員阿米莉亞·伊爾哈特。這裏已經有了一個新的人類文明，航海家號不得不決定是走還是留……

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　　查克泰獨自一人駕駛穿梭機離艦紀念他父親的忌日，不料誤入卡松-尼斯楚人的領空，按照習俗，一名卡松少年駕駛飛船前去刺殺查克泰作為成人禮的儀式，查克泰費盡周折擊毀飛船，並抓住卡松少年，在和他的相處過程當中，兩人有了一定了解。查克泰還是被卡松人抓住，卡松首領命令他殺掉卡松少年——因為他未能完成自己的成人儀式，查克泰臨機應變，挾持首領，帶着少年駕駛穿梭機向一顆月球逃難，少年和查克泰成了朋友，少年在關鍵時刻保護了查克泰……

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　　航海家號遭受卡松人襲擊，醫生被自動激活，藉助新安裝的全息投影設備，醫生得以在航海家號內部自由活動，並四處奔走，盡一個緊急全息醫療程序的職責幫助船員，但在與卡松人戰鬥中，醫生意外發現自己負傷流血，而且能感覺到疼痛，這還不算，電腦的身份核對結果顯示他自己是一個活生生的人——劉易斯·齊默曼博士，緊急全息醫療程序的發明者，而航海家號上的其他船員都是些全息投影，就在醫生感到混亂且手足無措時，一個自稱雷金納德·巴克利（注：《星際迷航：下一代》中的客串角色，曾在航海家號上擔任計算機系統工程師，相當神經質且膽小怕事，但又希望自己擔當大任，《星際迷航：航海家號》劇情發生時他已經調任至木星站，給劉易斯·齊默曼當副手，共同開發緊急全息醫療程序）的人出現，聲稱醫生就是劉易斯·齊默曼，而航海家號上的一切只是全息投影。

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　　一種生活在太空的生命形式讓凱絲進入了奧康帕人的性成熟期，這為她與尼利克斯的關係平添不少壓力。

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　　哈里·金一覺之後，意外發現自己不知什麼原因身處舊金山的家中，驚慌之下，哈里試圖找出自己為何會身處地球，他從服役記錄中發現幾個月前自己沒能登上航海家號，而是調至星際艦隊總部從事星艦設計工作，現在的自己已經和女朋友結了婚，生活幸福美滿。哈里不敢相信眼前的一切，在過着美好生活的同時也感到惶恐不安，認為對不起航海家號上的同伴。他找到了該為時空錯亂負責的外星人，對方告訴他，要想修復時間線就必須冒着時空紊亂的風險，重現異常開始的那一刻，哈里在馬賽找到湯姆·派里斯——後者因為在深空九號鬥毆，也沒登上航海家號——想要讓他幫忙，但此刻的派里斯完全是個扶不起的阿斗，不肯幫忙，更糟糕的是，因為非法入侵航海家號數據庫，哈里被星際艦隊當成間諜四處追捕。湯姆·派里斯和哈里金登上了原型艦黃石號，逃了出去。就在星艦即將爆炸時，啓動了緊急傳送……一瞬間哈里回到了航海家號上。

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　　一片異常的空間扭曲了航海家號的內部。無論什麼都對它無效。在它離去時，它下載了航海家號的所有數據……

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　　尼利克斯與湯姆·派里斯為了凱絲而爭風吃醋，但卻被派在一起執行一次外勤任務。

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　　一個外星人讓航海家號上的船員產生了幻覺，只有凱絲和醫生能對其免疫。

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　　查可泰遇見了一羣頭上和他有着相同刺青的外星人。這解開了地球上印第安人的來歷——原來這些外星人曾經去過地球……

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　　一名奧康帕人幫助凱絲開發自己的精神能力，與此同時，船員們也找到了守護者的雌性同伴。但是那名奧康帕人和守護者的雌性同伴有一個巨大的陰謀……航海家號最終幸而脱險。

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　　卡松-尼斯楚（Nistrim）派偷走了航海家號上的一個傳送器模塊，企圖兼併其他的卡松宗派。

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　　反抗　　Resistance　　1995年11月27日　　在地面上獲取一種化學物質時發生衝突後，杜沃克與貝拉娜被當成當地的反抗組織成員而被逮捕。

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　　原型　　Prototype　　1996年1月15日　　船員們發現了一具漂浮在太空中的機器人，他們修復了它。卻發現被捲入了一場機器人的戰爭當中。貝拉娜毀壞了親手修復的機器人……

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　　聯盟　　Alliances　　1996年1月22日　　珍妮薇嘗試與卡松人組成一個聯盟，來改善航海家號在第四象限的處境。

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　　極限　　Threshold　　1996年1月29日　　湯姆·派里斯駕駛科克倫號穿梭機打破了曲速十級的極限，但卻對他本人產生了奇特的副作用。他進化得及其快……

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　　融合　　Meld　　1996年2月5日　　為了讓航海家號船員蘇德爾（Suder）的不良情緒得到壓制，杜沃克與他進行了心靈融合。但是這對杜沃克產生了副作用……

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　　無畏號　　Dreadnought　　1996年2月12日　　貝拉娜·朵芮絲曾經改編過卡達西一艘人工智能無人飛船的程序，而這艘性能強大的無人飛船卻在第四象限中被發現。無人飛船載有的彈頭即將毀滅一個無辜的星球，貝拉娜進入飛船，想要解除它。但是電腦騙過了她。情急之下貝拉娜用相位槍直接轟擊飛船的彈頭……

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　　賜我一死　　Death Wish　　1996年2月19日　　船員們遇到了一個企圖終結自己不朽生命的Q連續體成員。

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　　生命信號　　Lifesigns　　1996年2月26日　　醫生幫助了一名被噬菌感染的維汀女性。醫生後來維汀女性相愛了。

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　　調查　　Investigations　　1996年3月13日　　船員們試圖找出船上將情報出賣給卡松-尼斯楚（Nistrim）派的叛徒。尼利斯發現了這個叛徒……

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　　絕處重生　　Deadlock　　1996年3月18日　　在穿越一處空間裂縫時，航海家號產生了一個複製品。正當兩艘航海家號努力合體時，維汀人侵入了一艘航海家號。其中一個珍妮薇下令摧毀自己的船……

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　　杜沃克探索一顆月球上的礦產時，遭遇極端天氣墜機，他意外地在那裏發現了一羣同樣遭遇船難的孩子，杜沃克試圖穩住孩子們的情緒，但他們依然感到十分恐懼，因為根據他們的傳説，這顆月亮上有一個怪物，會在半夜裏抓走一些孩子，杜沃克掃描周圍環境，並沒有發現任何生命信號，於是沒放在心上，把孩子們哄去睡覺，但是，第二天早上醒來，竟然發現有兩個孩子悄無聲息地失蹤了。原來，這個種族從衰老出生，越長越小……

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　　航海家號駛近一顆遭遇生態危機而進入冰河期的星球，船員們發現當地住民通過低温冬眠使自己躲避危機，但不知什麼原因，預設的復甦時間早已超過，而裏面的人卻沒有被喚醒。當恆温倉被傳送上飛船後，船員們更是驚訝地發現，這些人在冬眠狀態下大腦似乎受助夢繫統（通過計算機反饋刺激大腦活動，形成內容特定的人工夢境）影響，處於極度恐懼的狀態，有的人甚至因為驚嚇而死，為了找出原因，哈里和貝拉娜進入機器冬眠，卻發現計算機裏產生了一個代表着恐懼的小丑在不斷地折磨着人們。

　　杜利克斯　　Tuvix　　1996年5月6日　　一次傳送器故障將杜沃克與尼利克斯合成為一個新的個體。這個個體與船員相處得很好。但珍妮薇下令把他們分開……

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　　珍妮薇與查可泰在感染了一種病毒後，留在一顆行星上隔離。如果他們離開了那裏的環境，病情就有可能惡化。為了不影響航海家號的返鄉旅程，珍妮薇下令讓杜沃克接過指揮棒，繼續走完剩下的旅程，聽到這個消息的船員們均十分反對，尤其是哈里，他強烈要求杜沃克留下來，但杜沃克卻認為為了船員們的利益，繼續旅行是合乎邏輯的，眼看航海家號走得越來越遠，哈里甚至開始打算在船上發動叛亂，與此同時，珍妮薇和查克泰遭遇惡劣天氣，正為了生存而拼盡全力。正在這時，航海家號聯繫上了一艘維汀船，上面載有那名維汀女醫生和治療這種疾病但藥物。航海家號與維汀船匯合，卻發現陷入了圈套中……但那名女醫生沒有放棄，秘密地將藥物傳送給了航海家號……

　　大敵當前（上）　　Basics, Part I　　1996年5月20日　　西斯卡與卡松人奪取了航海家號的控制權，並將她的船員放逐在一顆原始的行星上。船員們想盡一切辦法生存……

　　大敵當前（下）　　Basics, Part II　　1996年9月4日　　船員們必須在這顆荒涼的行星上生存下來，而醫生、蘇德爾（Lon Suder）與派里斯則嘗試重新奪回星艦的控制權。

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　　在航海家號遇到一團17級的巨型星雲後，杜沃克開始感受到身體不適，甚至出現一段奇怪然而真實的幻覺，醫生認為那段幻覺可能是被抑制的記憶，星雲的形象刺激大腦將其再現，他建議通過心靈融合將記憶完全釋放，珍妮薇自願擔當融合對象，然而當珍妮薇進入杜沃克的記憶中時，她看到的並非幻覺，而是光蘇魯上校——這是杜沃克年輕時在聯邦星艦精進號上服役的記憶！

　　患難與共　　The Chute　　1996年9月18日　　湯姆·派里斯與哈里·金被囚禁了。

　　蝗蟲　　The Swarm　　1996年9月25日　　航海家號在穿越一處傳感器網絡的時候遭遇了一大羣飛船，而醫生的全息矩陣也出了問題。

　　不義之財　　False Profits　　1996年10月2日　　船員們遇到兩名被外星人奉為上帝的佛瑞吉人。航海家號準備帶走他們。但是兩名佛瑞吉人陷進了一個不穩定但蟲洞，不知去向……

　　遺贈　　Remember　　1996年10月9日　　貝拉娜經歷了奇怪卻逼真的夢境。

　　聖靈之怒　　Sacred Ground　　1996年10月30日　　凱絲在接觸了一處聖殿的能量場後陷入昏迷狀態。珍妮薇艦長決心通過宗教儀式來拯救凱絲

　　回到未來（上）　　Future's End, Part I　　1996年11月6日　　一艘來自29世紀的聯邦時空艦萬古號想要摧毀航海家號，避免一場時空大爆炸導致了一場時間悖論的發生，它意外地將它自己與航海家號送回了20世紀地球的兩個時期。

　　回到未來（下）　　Future's End, Part II　　1996年11月13日　　珍妮薇必須阻止一名20世紀的企業家駕駛時空艦前往29世紀，否則29世紀的太陽系將會被摧毀。與此同時，航海家號得到了一位20世紀但女天文學家的幫助……

　　暴政必亡　　Warlord　　1996年11月20日　　凱絲被一名外星暴君控制了。

　　Q的由來　　The Q and the Grey　　1996年11月27日　　Q造訪了航海家號，請求凱瑟琳·珍妮薇幫他結束Q連續體中的內戰。

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　　巨型病毒 開展外交活動的珍妮薇和尼利克斯返回航海家號，卻發現船上似乎遭受外星生物襲擊，船員集體失蹤，在珍妮薇尚摸不着頭腦的時候，尼利克斯又失蹤了，孤身一人的珍妮薇抄起武器，一路擊殺外星生物，前往醫務室找到醫生，原來，航海家號響應了一處爆發病毒的採礦殖民地的呼救，這種病毒會通過叮咬生物而逐漸變大，成長為巨型病毒，不幸的是，乘着醫生返回航海家號的功夫，這種病毒也跟着溜上來了……醫生和珍妮薇使用全息的虛擬人來吸引這種病毒，並消滅了它們。

　　公平交易　　Fair Trade　　1997年1月8日　　航海家號航至了尼利克斯所知星域的邊界，這裏有一處交易空間站。但是尼利斯卻鬼迷心竅地幫助黑幫盜取航海家號的曲速等離子體……

　　意亂情迷　　Alter Ego　　1997年1月15日　　船員們在全息甲板中舉行了一次夏威夷宴會（luau），杜沃克卻發現了一個不同尋常的“全息”人物。這個全息人物被一個空間站控制了，那個空間站的主人愛上了杜沃克……

　　瀕死體驗　　Coda　　1997年1月29日　　珍妮薇似乎陷入了時間循環中，但最終都以她的死亡告終。一個外星人扮作珍妮薇的父親，吸引她進入所謂的“極樂世界”……

　　血熱病　　Blood Fever　　1997年2月5日　　沃裏克（Vorik）經歷了龐發（Pon farr），他向一同工作的貝拉娜求愛。貝拉娜被傳染了……他們在探索一顆星球時發現這裏有及其隱蔽的外星人，自稱在一次慘烈的攻擊後躲了起來……最後，決鬥解決了沃裏克的問題，並且人們發現攻擊這顆行星的是——博格。

　　聯合　　Unity　　1997年2月12日　　查可泰響應一顆行星的求救而來到該星，卻發現自己捲入了兩羣人的衝突當中。此時，航海家號也發現了一艘被廢棄的博格方塊。該星球的前博格人利用神經收發器救了查克泰，被告知了這些人要建立一個合作體，這樣可以避免衝突，但在航海家號上的人看來，這無異於創建一個新的博格集合體。查克泰在返回航海家號時被強制連入，幫助他們啓動了博格方塊。那些前博格人連到了一起，並且摧毀了博格方塊……

　　陰暗面　　Barkling　　1997年2月19日　　醫生想把他人的個性嫁接到自己的程序中，但“升級”的結果卻讓他發展出了邪惡的個性。

　　浮生　　Rise　　1997年2月26日　　航海家號幫助一顆行星解決小行星撞擊的問題，杜沃克與尼利克斯緊急着陸在該星上並打算修復磁懸浮的天梯。但是，他們卻在天梯頂部發現了一個秘密存儲器，與此同時，一場謀殺在天梯內展開來……

　　幸運兒　　Favorite Son　　1997年3月19日　　哈里金在得了一種奇怪病後，被一顆全是女人的行星聯繫了。哈利金在這裏過得很愉快。後來他決定回到航海家號上，並且發現這裏男人很少但原因：女人們為了收集到足夠的基因，不惜殺死男人……

　　從前與未來　　Before and After　　1997年4月9日　　在未來她死後不久，凱絲開始逆時間旅行。醫生使用了生物時空艙穩定了凱絲。

　　家庭體驗　　Real Life　　1997年4月23日　　醫生在全息甲板上創造了一家人。但是他發現，一個真正的家庭遠遠比他的想象複雜。後來他的“女兒”在事故中去世了……

　　起源問題　　Distant Origin　　1997年4月30日　　一個先進的蜥蜴種族發現了他們自己的真正的起源。他們其實來自於地球，由鴨嘴龍進化而來。但是長老院不承認這一點，因為這危及到了她的統治……航海家號船員和一名蜥蜴科學家差點被關到監獄中……為了拯救航海家號，最後那名科學家屈服了……不過他發誓要改變這裏的一切，他相信，總有一天，所有蜥蜴種族的人都會將地球當作他們的家……

　　最糟場景　　Worst Case Scenario　　1997年5月14日　　貝拉娜·朵芮絲髮現了一個不完整的全息甲板程序，在裏面查可泰與馬奇游擊隊的成員聯合反抗珍妮薇。這個程序原來是杜沃克編寫用於訓練的。珍妮薇下令杜沃克把它編完。可是這時全息的塞斯卡造反了……

　　消失的船員　　Displaced　　1997年5月7日　　航海家號的船員接二連三地消失，而同時卻出現了相等數量的外星人。一個種族佔領了航海家號並將它用作自己的巡邏艦。船員們發現他們被送到了一個獨立的人造生物圈中，他們計劃奪回航海家號……

　　與蠍謀皮，上　　Scorpion, Part I　　1997年5月21日　　航海家號必須穿越博格的星域，但一個新種族的出現卻為雙方都帶來了麻煩。

　　與蠍謀皮，下　　Scorpion, Part II　　1997年9月3日珍妮薇與博格人達成了協議：幫助他們使用修改過的納米探針擊退來自液態空間的8472種族，以換取安全通過博格星域的承諾。博格人派出個體九之七與他們一同工作。

　　天賦　　The Gift　　1997年9月10日 絲的精神能力發展到了危及航海家號的地步。她在臨死前用盡她的能量將航海家號向阿爾法象限推了10000光年

　　榮耀之日Day of Honor　　1997年9月17日貝拉娜想慶祝自己的克林貢榮耀日，然而不好的事接二連三地發生，甚至飛船的曲速核心因為一次事故被彈出了。湯姆派里斯和貝拉娜被困太空，貝拉娜向湯姆派里斯表白了……

　　復仇者　　Nemesis　　1997年9月24日查可泰在一場外星戰爭中被洗腦，幫一方打仗。

　　歧視　　Revulsion　　1997年10月1日一個全息人物聯繫上了航海家號，醫生因為見到另一個全息人物而倍感興奮。但是這個全息人熱衷於殺害有機人，一同去地貝拉娜陷入危險中……

　　渡鴉　　The Raven　　1997年10月8日九之七陷入博格記憶的重現中，她找到了小時候她生活的飛船，她希望自己能更具有人性。

　　所謂科學Scientific Method　　1997年10月29日船員們被莫名其妙的疾病所困擾，而一羣看不見的入侵者正在近距離地觀察他們。珍妮薇冒死衝進了脈衝雙星系統來甩掉他們……

　　黑暗一年，上　　Year of Hell, Part I　　1997年11月5日航海家號建造了一間新的天文觀測室，這讓他們走上了一條新的航線，也讓他們遇到了能抹去歷史的克瑞尼姆（Krenim）時間艦。

　　黑暗一年，下　　Year of Hell, Part II　　1997年11月12日航海家號受到了嚴重的損壞，因此不得不躲進一片星雲中並留下骨幹船員進行修復；同時克瑞尼姆艦的指揮官也在與查可泰和派里斯尋求妥協。這艘時間艦獨立於時空之外，無數次地改變歷史，但是沒有一次完美……航海家號撞上了這艘時間艦，讓歷史回到了正常的軌道上……

　　突發想法　　Random Thoughts　　1997年11月19日朵芮絲在訪問一個心靈感應種族居住的世界時被逮捕，罪名是暴力的思想。

　　乘風翱翔　　Concerning Flight　　1997年11月26日一羣外星人偷走了航海家號的一些有技術價值的部件，像是電腦核心，移動全息發射器……它們在一個星球上被出售。珍妮薇和全息人物達芬奇奪回了這些部件，珍妮薇也第一次乘坐了達芬奇的滑翔飛行器……

　　迷途森林　　Mortal Coil　　1997年12月17日尼利克斯在星雲裏採集樣品的過程中突發事故死亡，九之七使用博格探針讓他復活。但復活後的尼利克斯發現很難去適應，尤其去相信死亡後並不能見到自己親人的事實。

　　南柯一夢Waking Moments　　1998年1月14日航海家號的船員陷入不能甦醒的夢境中，只有查可泰能救他們。

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　　瓶中信Message in a Bottle　　1998年1月21日醫生的程序經由一個外星人的通訊網絡而發送到了位於阿爾法象限的實驗星艦普羅米修斯號上，但卻發現星艦被羅慕倫人佔領了。只有他和那艘船的緊急醫療全息程序能重新奪回船的控制權。

　　獵殺者　　Hunters　　1998年2月11日一則來自星際艦隊的信息被截留在了希羅吉恩人的由量子奇點驅動的中繼站上，珍妮薇設定航向去找回這則信息。最後所有中繼站在爭端中被摧毀……

　　獵物Prey　　1998年2月18日航海家號營救了一名希羅吉恩人，他告訴船員他的獵物逃跑了。這個獵物正式8472種族的。珍妮薇決定將這名8472送回液態空間……

　　反思　　Retrospect　　1998年2月25日醫生讓九之七固執地相信，一個為航海家號裝配新武器的商人，盜取了她身上的博格技術。

　　殺戮遊戲，上　　The Killing Game, Part I　　1998年3月4日希羅吉恩人把裝置植入船員體內，並獵取那些相信自己是全息程序角色的船員。

　　殺戮遊戲，下　　The Killing Game, Part II　　1998年3月4日希羅吉恩人把裝置植入船員體內，並獵取那些相信自己是全息程序角色的船員。

　　變臉Vis à Vis　　1998年4月4日一艘帶着某種原型推進系統的外星飛船向航海家號求助，好動的派里斯主動要求去幫助飛行員修復飛船。但是這名飛行員為了生存，強制與派里斯交換了身體，留在了航海家號上……

　　在機密指令被激活後，珍妮薇開始不經解釋就下達命令。這條命令是關於摧毀Ω分子的。這種分子威力如此之大，以至於幾個就能養活一個文明。不過它一旦爆炸，會使一大片空間變得無法進行曲速航行。九之七認為這種粒子是完美的，想要穩定它……

　　一艘隱形飛船的外星女性想要見查可泰，並要求航海家號為她提供庇護。

　　航海家號在克瑞安（Kyrian）博物館中被描述成了一艘邪惡但戰艦。在700年後，一名克瑞安（Kyrian）博物館的館長希望航海家號遺失的醫生備份能證實他們的歷史記載。但是醫生推翻了這一切，為航海家號正了名。

　　湯姆·派里斯與哈里·金駕駛穿梭機降落在一顆環境惡劣的Y級行星上，以獲取飛船航行的氘燃料。但是一種化合物複製了船員，這些複製船員竟然可以在這顆行星上呼吸……他們最後留了下來。

　　航海家號要穿過一片佈滿致死輻射的星雲，這迫使除了九之七外的所有船員都要進入休眠狀態。而在醫生掉線後，九之七必須面臨孤身一人的境遇，她因害怕產生了幻像。就在九之七極端害怕時，飛船成功通過了星雲……

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　　派里斯與尼利克斯任務歸來時帶來了一名通曉4,000多種語言的乘客。他協助解碼了星際艦隊發送的信息，這似乎為航海家號的回家指明瞭道路。這條信息指引他們找到了一艘先進的聯邦飛船，帶有量子滑流技術。正當船員興奮時，九之七解碼了據那個乘客説無法解碼的信息，這條信息表明星際艦隊無計可施，更沒有派什麼飛船……一切都是偽造的，外星人乘客最後只抓到了珍妮薇和九之七，回到了外星人被博格佔領的母星，企圖讓集合體同化他們……航海家號使用滑流引擎追趕了過去……

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　　航海家號在穿越一片佈滿θ射線的黑暗空域時丟失了能量。這一切都源於一個種族污染了這個空域，而這個空域的生命受到了致命傷……

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　　醫生的移動全息發射器在一次傳送過程中被損壞了，九之七拿走修理，卻不慎將博格納米探針與發射器融合，創造了一名擁有29世紀科技的博格個體——小一。怎麼處理這個博格人成為了船員們頭疼的問題，最終，珍妮薇決定坦誠對待小一，併成功讓他融入到了船員中去，博格人接受到小一無意中發出的信號，他們覬覦29世紀的科技，企圖攔截航海家號，剛剛才明白友情的小一為了拯救朋友們，毅然犧牲自己的生命……

　　貝拉娜故意將自己置入非常危險的境地，與此同時，船員們也打算建造一艘新的穿梭機——德爾塔飛艇。船員們開着德爾塔飛艇去一個氣態巨行星搶救他們的探測器，以防被外星種族搶走……

　　查可泰等人發現了一羣人類形態的8472種族。這羣8472種族模擬了星際艦隊總部來訓練侵入地球。查克泰被他們扣留了。後來珍妮薇主動要求和好，解除了納米探針武器。雙方保持了聯繫並交換了技術。

　　納奧米·懷德曼的母親在外勤任務中受傷，三個外遣隊員被埋在了岩石下，尼利克斯因此負責照看納奧米。納奧米是一個非常敏感的小孩，幾次差點發現其他船員為她隱瞞真相。後來納奧米明白了真相，她很傷心，尼利斯在全息甲板找到了她。後來救援隊挖開了岩石，把外遣隊員救了出來。

　　在未來的十五年後，查可泰與哈里·金試圖阻止航海家號在一顆冰原行星上墜毀。他們冒着被銀河級挑戰號擊中的危險，用一個博格器件給過去的九之七發送信息，使航海家號退出量子滑流，免於受損。

　　九之七出現了類似多重人格的症狀，這些人格來自她曾經同化過的人。這源於一個感染病毒的用來聯繫博格個體的博格節點。船員廢了重重功夫，終於癱瘓了這個節點。但是投放這種病毒的種族很不高興，認為航海家號使他們喪失了摧毀博格的機會。

　　船員們從一艘癱瘓的飛船中救出了一名受傷的外星生物，它卻把自己緊貼到了貝拉娜·朵芮絲身上。醫生創造了一個卡達西全息醫生來幫助他。但是這個卡達西人很殘忍，用活人做實驗，所以貝拉娜拒絕治療。後來外星生物被移除後，醫生刪除了卡達西醫生的程序

　　湯姆·派里斯“少尉”無視命令，執意干涉一顆水行星上的世界。

　　在穿過德沃爾（Devore）星域時，航海家號被例行檢查是否藏有心靈感應者。航海家號將一批心靈感應的難民和船員藏到了模式緩衝器裏，檢查過後再物質化。後來一個檢察員投靠了他們，幫助他們找到了一個蟲洞。難民乘坐穿梭機進入了蟲洞……

　　醫生髮現自己的某些記憶被隱藏了。這些記憶是一年半前，有兩個人同時受傷，時間只夠治療一個人，醫生選擇先救他的朋友哈里金。事後醫生陷入了無限的苦惱中……艦長不得不下令刪除這些記憶。在醫生的強烈要求下，他恢復了這段回憶……

　　派里斯最近的全息甲板探險《質子船長曆險記》出現了難以預料的情節。一些來自五維的光子生物認為全息甲板上的情景是真的，船員們才是模擬。光子生物和故事人物混沌博士在全息甲板開戰，船員們幫助消滅了混沌博士，這些光子生物後來再也沒出現過。

　　杜沃克與派里斯迫降在位於異像中的一顆行星，那裏的時間相對於外面流逝得極快。他們遇見了一名名叫諾絲（Noss）的女性。在亞空間馬上就要封閉時，航海家號成功傳送了他們出來。

　　一個大型的空間有機體用心靈感應誘使航海家號駛入它的消化腔中。所有船員都認為這是通向地球的蟲洞，並且收到了來自“家鄉”的好消息。只有九之七和小納奧米認為這不是真的。航海家號進去後，船員都昏過去了。後來九之七和另一艘陷入的飛船合作，使這個有機體感到“肚子疼”，將他們排出了消化道。

　　珍妮薇計劃從一艘受損的博格球體上盜取一個超曲速線圈，來減短回家的旅程。

　　計劃實施時，九之七重新加入了集合體。她來到了女王身邊工作，因為博格需要她這種獨一無二的特質。後來珍妮薇乘坐德爾塔飛船使用超曲速找到了這兒，救出了九之七。

　　航海家號幫助瓦羅族（Varro）的一艘世代飛船修復曲速引擎，而金則與對方的一名船員陷入熱戀之中。瓦羅族飛船後來解體了，變成了一個個單獨的自由的子節點。

　　在“一艘”航海家號上，朵芮絲與派里斯結婚了，而此時，星艦受到來自子空間輻射的威脅，所有的船員開始分解。

　　查可泰為了通過幻象探索（vision quest）與外星人取得聯繫，而躺在了醫務室中。

　　航海家號被某種族的船艦追逐，而一個名叫智囊團的外星人團體願意向她提供幫助。但是一切都是由這個智囊團引起的。

　　船員們迴應了被輻射污染的馬龍飛船逃生艙的求救呼號。

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　　困於無法融入集體的九之七向“愛情教授”醫生“約會”以獲取幫助，學習如何融入人類集體，但在磕磕碰碰不斷的教學過程中，醫生居然發現自己朦朦朧朧地愛上了九之七，併為這段單相思而苦惱不已。另一邊，尼利克斯因為不小心讓外星大使醉酒而陷入外交上的麻煩。

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　　珍妮薇在和尼利克斯閒聊歷史時回憶起她的一位祖先，來自印第安納的香農·奧唐奈（Shannon O'Donnell），她曾在千禧年除夕夜的最後一刻説服一位釘子户——亨利·珍妮薇拆除自家書店，為世紀工程千禧門的建設鋪平道路。這次談話竟然激發了船上所有人探尋歷史的興趣。

　　聯邦時艦相對號的艦長布拉克斯頓（Captain Braxton）把九之七送回過去，以阻止航海家號被破壞。

　　船員們發現了一個嵌入石頭的人工智能裝置，但隨後這個裝置卻奪取了醫生的控制權，原來這是一種大規模殺傷性武器。

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　　航海家號接收到來自同樣被困於德爾塔象限的分節號的求救信號後，立刻趕往救援，他們發現分節號此刻正遭受某種不明生物的攻擊，損失慘重。航海家號及時將護盾延伸，保護了分節號。兩艘船的船員們相互介紹後立刻着手開始修復工作，但九之七發現了一些疑點，分節號船長蘭森似乎故意污染船上的實驗室，阻止他人進入，他對船上系統的奇怪“改進”也沒有作出任何解釋。同樣感到困惑的珍妮薇派出醫生進入分節號實驗室，卻發現了一個驚人的事實：分節號船員正試圖屠殺外星生物，並從他們身上提取能夠加快航行速度的燃料。

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　　分節號船員叛變，他們在蘭森的帶領下劫走了九之七，還破壞了航海家號的護盾系統，令航海家號暴露於外星生物的攻擊之下，幸好損失不大。珍妮薇怒不可遏，認為蘭森觸犯了她竭力維護的所有信仰，發誓要抓住這個兇手，並開始不惜一切代價追捕分節號，查克泰一邊努力穩住珍妮薇的情緒，另一邊試圖聯繫最初幫助分節號接觸神秘外星生物的安卡利人。另一邊，想方設法從九之七身上套取情報的蘭森開始對自己所做的一切感到悔恨，當他打算向航海家號投降自首時，卻遭遇了一場意料之外的兵諫。

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　　三名與九之七的過去有關聯的博格個體暗中登上航海家號，試圖訪問九之七的記憶，被九之七發現並攔下。船員們審問了這些博格個體，原來，在幾年前一次意外中，九之七和這三個個體被困於一顆星球上，雖然最後他們被集合體救回，但不知何故，那三名個體被連接成了一個子集，能夠相互感應對方的思維，他們恢復了人性，並達成共識，一起設法脱離集合體，尋找九之七，試圖從她身上搞清楚連接是如何形成的，以及如何解除。

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　　貝拉娜的穿梭機遇到一場離子風暴後經歷了一次瀕死體驗：她發現自己和母親身於克林貢“死亡之舟”中，並正向克林貢的地獄漂去，就在她想弄清楚發生了什麼事的時候，醫生喚醒了她，但擺脱死亡的貝拉娜依然惴惴不安，因為根據克林貢傳説，她的母親將進入地獄為不信奉克林貢信條的自己抵罪，貝拉娜決定讓醫生重現瀕死體驗，去死亡之舟上救出母親。

　　醫生為自己的程序中加入做白日夢的功能，但外星人卻藉此入侵了他的程序，利用他收集情報並策劃一次襲擊。

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　　湯姆·派里斯買下了一艘外星穿梭機，將其命名為“愛麗絲”，結果派里斯在檢查過程中被愛麗絲的程序控制，開始不務正業，整日沉迷於修理穿梭機。貝拉娜試圖查明事情真相卻險些被愛麗絲殺害，珍妮薇下令徹查事件，結果派里斯私自駕駛愛麗絲出逃，飛向了一個危險的天體：粒子噴泉。

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　　從一次外交任務返航的杜沃克被一名隱形的入侵者攻擊，並受到了神經上的損害，要救治他就必須找到武器原型，航海家號聯繫附近星球的大使尋求幫助，得知此事是一個極度封閉且妄想的種族所為，在一位專門研究該種族的外交人員幫助下，珍妮薇下令搜索這羣外星人。而為了讓杜沃克恢復正常，尼利克斯也絞盡腦汁去幫助他。

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　　航海家號發現了一處能夠加快航行速度的亞空間通道，但其持有者拒絕提供幫助，並攻擊航海家號，航海家號迫降在了一顆處於核冬天行星上，他們在那裏的地下意外發現了亞空間通道的建造者——一羣戰爭遺民，他們自900年前戰敗後就一直處於低温休眠狀態。

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　　九之七幫助船員躲避了大規模亞空間能量的衝擊，而這些能量中卻包裹着一艘古老的地球飛船——戰神四號，這是一艘在2023年發射到火星的載人飛船，途中遭遇異象，連同指令長約翰·凱利一同失蹤。航海家號在遭遇故障後受損，崇拜凱利的查克泰主動請纓登陸戰神四號，但同行提供技術援助的九之七對此冷淡，認為戰神四號只是一艘過時的飛船，沒有任何實際意義。戰神四號的回收過程不如想象中的順利，德爾塔飛船嚴重受損，查克泰受重傷，九之七不得不前往戰神四號上回收可用於修理的零件，她發現戰神四號進入異象後約翰·凱利還活着，並且一直在作努力探索異象，同時尋找回家的路，影像日誌記錄下了這位英雄的最後時日：不餒的精神和不懈的努力，令九之七深感震撼。

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　　在對航海家號上的數據進行同化吸收後，九之七開始懷疑這艘船並非是因為意外而來到第四象限的，她找到查克泰，告訴他航海家號的遭遇可能是星際艦隊的陰謀，之後又聯繫珍妮薇，説馬奇游擊隊策劃了守護者的意外，令兩人互相猜忌對方，好讓九之七能夠達成自己的目的……

　　雷金納德·巴克利為了聯繫上航海家號的船員而模擬了飛船的全息程序，卻再次對全息人物上了癮。

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　　哈里·金與湯姆·派里斯在全息甲板創造了一處愛爾蘭的村落晴港，並通過了一個全天候開放協議，讓船員們隨時能進來歇腳，前來湊熱鬧的珍妮薇意外對其中一個角色一見鍾情。

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　　航海家號被困在了一顆行星的軌道上，而時空上意外出現的差動讓航海家號上的幾秒鐘就相當於該行星上的幾天，航海家號見證了這個星球上文明的成長，而這顆星球上的人民也奉航海家號為神靈，最終，在一名試圖登陸的外星宇航員的幫助下，航海家號終於成功脱離軌道。

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　　航海家號上來了一批極度封閉、自負的客人，他們的飛船因為航海家號的掃描而受損，船員們只能給他們提供援助，這些外星人一上船就吹鬍子瞪眼，吹毛求疵，對航海家號上的所有東西都看不上眼，醫生在給他們治療時，無意中哼起了《I've Been Working on the Railroad》的小調，立馬吸引了這批外星人的注意，原來他們的文明中只有科學而沒有藝術，因此覺得醫生的歌奇妙，他們邀請醫生去表演，結果默默無聞的醫生一下子變成了萬世巨星，一發不可收拾，他開始荒廢工作，甚至打算向珍妮薇遞交辭呈，留下來繼續表演。不過就在他打算離開航海家號的時候，這羣木頭木腦的外星人作出了一件令他意想不到的事。

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　　查可泰、湯姆·派里斯、哈里·金與尼利克斯在完成一次外勤任務後開始經歷奇怪的幻覺，覺得自己身處於戰場之中，珍妮薇讓三個人坐在一起，試圖復原出幻覺中的場景，經過拼湊後，發現那是一段外星戰爭中的大屠殺的記憶，為了證實三人並沒有參與屠殺，珍妮薇下令駛向任務區域，結果航海家號半數船員眼前也浮現出了這段記憶……

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　　九之七與杜沃克在登陸享受假期的時候被綁架，杜沃克重傷，為了幫助他治療，九之七不得不同意參加一場格鬥比賽，在比賽期間，一位已經被綁架並參與比賽19年的希羅吉恩人主動指導九之七格鬥技巧及制勝訣竅，兩人結下深厚友誼，但是，在決賽來臨時，九之七驚訝的發現自己的對手正是那位希羅吉恩人，並且對方希望九之七在格鬥中結束自己的生命。

　　德爾塔飛艇被一羣博格兒童佔領，查可泰、金、派里斯與尼利克斯全部成了俘虜。

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　　在不間斷地運行了愛爾蘭村莊的全息程序後，程序出現了問題。村民能夠注意得到船員們對全息程序下達指令並作出修改，他們開始把航海家號的船員們當成了來世精靈，並打算將他們趕出晴港。

　　一名死去的船員重新出現，並聲稱自己是被一名收養她的外星人復活的。

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　　伊琪布的家人找到了，儘管很不願意，但船員們和伊琪布本人都不得不接受他必須離開航海家號，回到父母身邊的事實，其中反應最激烈的是九之七，她想方設法要讓伊琪布留下來，但似乎希望渺茫，但就在她打算接受現實的時候，梅薩蒂不經意間説出了伊琪布被同化時的一個細節，令九之七大感吃驚。

　　三名效率低落的船員與珍妮薇一同去執行任務。

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　　航海家號不停遇到向他們索要賠償的人，珍妮薇經過調查發現，原來幾周之前尼利克斯和派里斯出外遣時遇到了兩個“修道士”，他們乘人不備，盜走了德爾塔飛艇上的數據庫，並化裝成珍妮薇和杜沃克的模樣，四處招搖撞騙，弄走了這個星域的大量資源，又氣又好笑的珍妮薇指使船員抓住這幫江湖騙子，恢復航海家號的名譽。

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　　駕駛德爾塔飛艇墜毀在一顆青銅文明星球上的朵芮斯因為衝擊而昏迷不醒，同行的哈里·金則乘坐逃生艙失蹤。一位劇作家發現了朵芮斯和德爾塔飛艇，他根據飛艇上的日誌記錄來創作劇本，並將朵芮斯視作靈感女神。朵芮斯一開始並不情願，但她得知作家正試圖通過戲劇表演勸説一位諸侯停止戰爭，便決定幫助他完成最終的結局。

　　一個很老但很強大的凱絲回到了航海家號上，企圖改變自己的過去。

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　　雷金納德·巴克利通過MIDAS發來了一條壞消息：醫生的創造者劉易斯·齊默曼博士患上了一種急性次細胞衰竭，危在旦夕，而星際艦隊的醫生們對此束手無策。醫生認為他可以利用博格技術治好齊默曼博士的病，於是徵得船員們同意，傳送到木星站，另一邊，受接到醫生的巴克利興奮不已，立馬把他送到齊默曼博士那裏，哪知熱臉貼了冷屁股，齊默曼博士極度不配合，想方設法阻撓醫生的治療。原來，醫生的程序，也就是1型緊急全息醫療程序，是齊默曼博士寄予厚望的作品，他甚至用自己的形象來塑造這套程序，結果，這批EMH因為個性固執，脾氣不好，態度惡劣（全是齊默曼自己身上的毛病）被全數退回，分配到飛船上擦等離子管道。此事令他深感丟人，因此不願意面對醫生。為了讓齊默曼配合治療，巴克利在醫生身上做了些手腳……

　　在航海家號穿過一片星雲時，星艦的主電源需要被關閉，這讓尼利克斯有空給那羣博格小孩講鬼故事。

　　九之七經歷了一段奇怪的夢境。

　　珍妮薇、貝拉娜與杜沃克滲透進一艘博格方塊中，為了解救能感受到自己個性的博格個體。

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　　送幾個從博格集合體中解救出來的小孩回家後，九之七博格植入物中的節點發生故障，醫生無法治癒，需要進行移植，伊琪布因為自己年輕，可以適應而自願捐獻節點，但醫生認為這麼做伊琪布自己可能會小命不保，於是否定了這個方案。大家決定冒險接近博格飛船，從博格人身上偷一個節點下來，但不料因為節點離體時間過長，九之七無法使用，時間一點一滴地流逝，伊琪布開始做出大膽的決定……

　　航海家號的船員駕駛着德爾塔飛艇參加了一次低曲速的飛船競賽；而湯姆終於贏得了貝拉娜的心。

　　在收到一條來自星際艦隊的數據流後，非馬奇游擊隊的船員開始遭到襲擊。

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　　一個外星小偷把醫生的程序偷走並賣給了一家外星醫院，迫於壓力和希波拉底誓言，醫生只好留下來救治病患。很快，他發現這裏的社會受到一台計算機的控制，根據人們的地位、可能的社會貢獻進行評估，把人們被分為不同的階級，發明人——也是這裏的實際控制者聲稱是為了節約社會資源。這裏的很多人都患有疾病，需要一種特殊藥物治療，大多數人因為等級不夠，無法獲得足夠的治療而死去，而等級高的人他們可以享受揮霍不完的藥物，醫生受到良心的譴責，決心改變這裏的一切……

　　航海家號收到了一個雷金納德·巴克利的全息程序，然而這背後隱藏着佛瑞吉人的陰謀。

　　醫生被迫將自己的程序存放在了九之七的博格植入物中，這讓他第一次體驗到了真正的知覺。

　　一艘外星飛船在一次襲擊中失去了指揮官，哈里·金開始指揮這艘船。

　　希羅吉恩人改進了航海家號送給的全息技術，並導致了一場全息人物的叛亂。

　　全息人物首領唆使醫生幫助他們“獨立”

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　　航海家號突然遭受猛烈撞擊，致使曲速核過載，擊中查克泰，他被緊急傳送到了醫務室，醫生髮現他的身體受到時空異象的影響，便合成了一種疫苗來中和。甦醒的查克泰回到艦橋，意外地發現船上的時間軸斷裂，不同區域的時間各不相同：艦橋上的時間依然停留在航海家號從阿爾法象限起航之前，醫務室的時間是航海家號抵達德爾塔象限的頭一年，傳送室的時間是守護者陣列被毀滅之後，二號貨艙的時間是博格人同航海家號合作時（博格人只求恢復時間軸以重返集合體，無意同化船員），天體實驗室的時間是未來數年後……來自不同時間的人們答成共識，並藉助醫生的疫苗穿過裂隙，修復時間，但麻煩的是修復時間軸的關鍵——輪機室時間停留在被瑟斯卡和卡松人佔據的那一刻，後者已經獲取疫苗，並試圖篡改時間。

　　湯姆·派里斯與貝拉娜·朵芮絲準備要一個女孩，但貝拉娜兒童時期的不好經歷讓她下定決心要拿掉小孩的克林貢DNA。

　　航海家號從一艘受損的外星飛船中救出了一羣罪犯。

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　　航海家號遭遇一艘隱形飛船的攻擊，根據傳感器顯示，他們遇到的是一艘古老的D-7級克林貢戰鬥巡洋艦！九之七利用這種古舊飛船的弱點成功地癱瘓了它，並且同克林貢人通訊，原來，在很久以前，這羣克林貢人便出發去尋找他們的救世主，他們還不知道聯邦和克林貢簽署了和平協議，因此貿然進攻航海家號，雙方達成和解後，克林貢艦長聽説船上有克林貢船員，萬分驚訝，要求見一見她，因為他相信他們要找的救世主就是湯姆與貝拉娜未出生的孩子。

　　航海家號被拖進了一片死寂的空間，困在裏面的船靠打劫其他船隻為生。

　　航海家號的船員被洗腦，並在一顆工業行星上開始了新的工作。只有查可泰、金、尼利克斯（當時他們正在一次外勤任務中）與醫生（當時他被關閉了）可以救他們。

　　查可泰要去營救那些喪失記憶的船員。

　　阿七在全息甲板上訓練自己的社交能力。

　　Q把他的兒子（Q2）留在了航海家號，讓他向船員們學習。

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　　醫生以船員為原型，創造了一部全息小説，並聯系出版商，打算在第一象限發表。不過醫生的這部小説內容中除了以他本人為原型的角色外，其他人物都是負面的。船員們認為就這樣發表對航海家號的聲譽會產生惡劣影響，試圖阻止醫生髮表，但醫生不予認可，認為小説和現實是分離的。無奈之下，湯姆·派里斯強行篡改了小説內容，把裏面的人物形象倒了個，讓醫生扮演反派。醫生終於後悔自己的魯莽，趕忙聯繫出版商要求延期，哪知道那個無良商人在沒有通知醫生的情況下就提前出版，還理直氣壯地告訴醫生他是全息程序，沒有著作權，因此無權要求撤回小説……

　　幾年來船員們第一次接到了來自星際艦隊的任務：尋找失蹤的探測器。

　　九之七與查可泰被困在了一顆有原始人的行星上。

　　航海家號發現了一處塔萊克斯人的殖民地，他在幫助殖民地建立護盾的同時，和一名塔萊克斯女性相愛了。他難以在留下與離開之間做出選擇。最終，尼利克斯選擇留下。

　　一羣外星人強迫醫生幫助他們盜取航海家號的曲速核心。

　　來自未來的凱瑟琳·珍妮薇中將帶來了25世紀的先進技術，帶領航海家號進入了一個星雲，欲借博格超曲速樞紐返回地球。珍妮薇艦長否決了這一計劃，並想給博格一個重重的打擊。

　　珍妮薇中將決定犧牲自己，來做到一舉兩得。航海家號終於與博格人攤牌，兩位珍妮薇執行了一項冒險的計劃，珍妮薇中將被同化後釋放了病毒，在癱瘓掉博格人的同時利用他們的超曲速通道重返地球。