星際迷航：發現號

神舟號艦長喬帶邁克去考察一個貧瘠之地的水源，正好遇上了風暴，她們又沒辦法與神舟號取得聯繫，喬只好帶邁克在沙漠上散步，畫了一個星號讓神舟號發現了她們，趕在風暴來臨的前一刻，將她們給救了回去。地球上2256年5月11日，聯邦星艦神舟號被派往聯邦管轄空間的邊緣，調查一個星際繼電器的損傷，洞口的爆炸燃燒無法確定原因。雖然這是一個艱鉅的任務，但眼前的情景讓人不得不對這項任務保持樂觀態度，在兩顆恆星周圍，冰、塵埃、氣體相互碰撞，形成後代稱之為家的星球，警醒着世人所有的生命，都源於混亂和毀滅。薩魯在掃描完繼電器後斷定，那可能是惡意損傷的，像是有人刻意引起他們的注意，所以邁克馬上去向喬彙報這一信息。喬去了指揮倉，得知在中繼器附近的射場確有東西，不知道位置也不知道是什麼，於是邁克決定親自前往看一看，收集更多的信息證實物質所屬。在邁克據理力爭之後，喬同意讓邁克獨自一人去偵察情況，並提醒她必須在19分鐘內完成任務，否則她性命不保。在邁克抵達射場之時，邁克和神舟號就斷了聯繫，內部掃描系統提醒邁克，離最大的輻射還有十二分鐘左右的時間。邁克離射場越來越近，發現那裏並不能算作是碎石場，表面上看是一些石頭上面覆蓋了一層金屬合金的外骨骼，異常錯宗複雜，構造和設計更是令人驚歎。邁克安全着陸，但像是觸動了某種機動反應，很快她就收到了警報，遇上了克林貢人，受到了對方的襲擊。因為信號的干擾，指揮台已經收不到邁克的信息，而康納則在此時發現邁克的血壓上升，必須儘快把邁克救回來，否則誰也救不了她。克林貢人因為聯邦艦隊入侵導致賈瑞克死亡，而對聯邦的人產生很大的敵意，誓要向聯邦艦隊發起攻擊。邁克被及時傳送回神舟號，可還沒等她接受完治療，她就急忙趕去見喬，質問克林貢人在哪裏，可喬他們都不相信有克林貢人。薩魯他們以為，是邁克出現了幻覺，可邁克很堅持，喬於是相信了邁克所説，拉起了紅色警報。神舟號向克林貢林艦號發現信號，可沒有得到任何迴應，而薩魯發現克林貢人的艦上都是用棺材鑲成的，讓他感覺得危險將至，所以讓邁克勸喬撤退。喬還沒有做出最後決定之時，神舟號就接收到一個信號脈衝，造成所有人耳鳴的情況。邁克認為，這個信號脈衝就是克林貢人給的信號，所以她馬上請求離開指揮艙，回房間聯繫沙瑞克。邁克向沙瑞克請教，讓克林貢人偏安一隅的辦法，然後去通知喬向克林貢林開火。邁克的要求讓喬認為，邁克只是因為與克林貢人的過去，才會這樣做，她並不接受邁克的提議，沒想到邁克則當面違抗她的命令。喬把邁克叫回房間談話，結果邁克因為説服不了喬，只能將喬弄暈，然後自己回去指揮。邁克違背了喬的意思，讓康納他們準備瞄準開火，可就在她下令的那一刻，喬又出現了，拿着槍逼邁克退下。邁克正與喬爭辯之時，克林貢艦隊圍上了他們，讓神舟號陷入危機。

邁克從瓦肯星離開，抵達神舟號的時候，她表現出過多的高傲與冷漠，而現在她投入太多的情感，想要挽救神舟號，卻因此犯了錯讓神舟號被24艘艦隊圍攻，喬因此將邁克關了禁閉。喬聯線了克林貢人，説明他們此次是為和平而來的，對克林貢人的犧牲表示遺憾，他們可以和克林貢從談判，可克林貢林並不接受她的善意。特庫巫馬想要向人類以及其他族羣發起攻擊，讓克林貢人的各族團結起來，所以他慫恿了各族領袖，最終爭取到大家的一致意見，聽從他的安排。特庫巫馬在喬聯線之後，説明喬所説的都是謊言，然後便讓人向神舟號發起攻擊，以至於神舟號受損嚴重。康納受傷被叫去醫務艙治療，可他卻去了禁閉室，讓邁克出來加入戰鬥。邁克表示，她已經無能為力了，而這時神舟號又被襲擊了，邁克也被這巨大的震動擊暈了，等她醒來之時得知艙已受損脱離神舟號。沙瑞爾利用一千光年的心靈感應來到了邁克身邊，鼓勵她振作起來加入戰鬥，同時説明邁克有能力阻止這一切。神舟號被克林貢戰艦一路追進了雙子星的碎片環中，而他們為了躲避戰艦根本沒有注意到這一情況，在敵人戰艦突然撤離時，他們才發現了問題。碎片環中的引力場正將神舟號吸入，神舟號的推進器已經沒有用了，喬只能通知所有人準備好撤離。神舟號脱離了危險，系統也恢復了正常，佈雷達上將馬上聯線神舟號，並讓喬打開一個與克林貢人的頻道，要跟克林貢人談判。特庫巫馬錶示，他接受了停火協議，讓佈雷達準備迎接他們的使者，等斷線之後他馬上又派人用他的隱形戰艦，秘密向神舟號靠近。佈雷達還沒有傳達他的意思，影像突然就消失了，薩魯再聯繫之時發現，佈雷達所在的戰艦已經遭受攻擊自毀了。因為這一次的小勝，讓特庫巫馬更得民心，爭取了所有議員的支持，他於是向神舟號宣戰。邁克啓動道德程序，冒着只有43%的生還幾率，從禁閉艙逃了出來，準備加入戰鬥。喬為了取勝，不讓特庫巫馬將他們殘殺殆盡，於是決定親自前往與特庫巫馬一戰，殺死特庫巫馬。邁克逃了出來，阻止喬的決定，她説明殺死特庫巫馬只會讓他的追隨者無止境地向他們發起戰爭，唯有抓住特庫巫馬才能讓他成為戰敗的象徵，以徹底打敗克林貢人。喬質問邁克，為何要叛亂的時候，邁克説明她是為了拯救喬，而就在這時克林貢人打開光源搜索屍體，讓喬想到了抓住特庫巫馬的辦法。利用克林貢人打開艙門的時候，喬和邁克被神舟號送到克林貢人戰艦中一個比較安全的位置，讓他們可以前去抓拿特庫巫馬。喬和邁克受到了襲擊，邁克的頭被緊賢地抓住，邁克好不容易才擺脱了對手，可已經來不及救喬了，喬被特庫巫馬殺死。邁克給特庫巫馬一槍，而這時薩魯已經發現不了喬的生命跡象，要將邁克及時傳送回去，邁克想要帶走喬的屍體，卻已經來不及了。邁克因為喬的犧牲，又沒有將喬的屍體帶回，心中痛苦萬分，在被內部審訊之時，對所有對她的指控，都不想做辯駁，只想承認自己有罪，她因此被判終身監禁。

六個月後，因為二鋰礦產生了壓電性，摧毀了礦井底部，有50個犯人瞬間消失，所以邁克和其他一些犯人將被送往圖倫星系。在星際基地18號，穿梭艇遇上了蟲子，駕駛員不得不親自去處理蟲子，否則穿梭艇的能源會被全部蠶食，最後他們都會被飄在星際之中，等氧氣消耗殆盡。駕駛員出去清除蟲子的時候，自動駕駛程序遇到了故障，駕駛員被飄走了，讓穿梭艇上的犯人都開始不安了起來，紛紛想要把手銬打開自救。邁克一行人被安全送往發現號，發現號的安全主管親自來接收他們，看到叛亂者邁克，讓她忍不住上前數落邁克幾句。邁克在發現號上看到了舊同事凱拉，可凱拉見到她之時，卻有意當不認識邁克一樣走開了。邁克把飯端到了座位上，還沒有坐下就遭遇了其他幾句犯人的襲擊，而她則用瓦肯武術輕易解決了。蘭德里讓邁克住手，説明艦長加百利要見邁克，讓邁克跟着她一起離開。加百利説明，他知道邁克出現在他的艦船名單上之時，他翻開了邁克所有的檔案，重新瞭解邁克的能力。加百利表示，在他的艦船上，沒有人可以吃免費的午餐，所以他要求邁克利用她的能力，為發現號工作，更不管邁克是否願意。邁克被送回了房間，她的室友候補軍官西爾維婭非常興奮的回來表示，很開心有了新室友，然後才説明邁克佔了自己的牀。邁克去工作的時候，遇上了薩魯，得知薩魯已是發現號的大副了。薩魯把邁克帶到了工程部，邁克才知道發現號是科研艦，等薩魯想要離開之時，她才把心中後悔當日喬戰死的那一幕告訴薩魯。薩魯表示，他相信邁克已經後悔了，但在他的心裏覺得邁克是非常危險的，邁克有讓人害怕恐懼的基因。邁克想要求回到穿梭艇去，可薩魯不能滿足她的要求，他只能聽從加百利的安排。邁克去工程部報到後，被保羅上尉安排解一組代碼，邁克發現那並不是核心代碼。邁克把其中一段代碼錯誤交給保羅，想要指責他沒有給自己全部代碼，而保羅則非常不滿地表示他不會把核心機密給一個叛亂者，然後進了用呼吸系統艙識別的密艙中。半夜，邁克偷取了西爾維婭的呼吸，進入了那個神秘艙，看到了裏面不一樣的美景。加百利接到了高度機密信息，然後去派遣保羅帶一隊人馬去搜救他們的兄弟姐妹，還勒令他一定要將邁克帶上，只是保羅特別不滿這個決定又只能聽從。保羅一行人在搜救戰艦上，看到了疑似克林貢人才會使用的武器，可那些死傷者身上的傷口讓人看了非常的匪夷所思，更不懂究竟是什麼樣的武器才可以穿過戰艦上的金屬。終於在一處黑暗處，邁克他們遇上了戰艦上的對手，發現那是一隻可怕的巨獸，而且很快他們就被巨獸逼到指揮艙去。巨獸幾乎要穿門而入，邁克他們又找不到逃脱的辦法，於是邁克自己爬上空氣槽引開巨獸，讓其他人可以回到穿梭艇，然後等她跳下穿梭艇之後，一同離開了那艘有危險的戰艦。邁克回來後，再次去見加百利的時候，她表明了自己被送往發現號的原因。邁克説明，加百利在研究一項被禁止的生物武器，而加百利需要她的幫忙，才故意把她帶到發現號，給她這一系列的考驗。加百利沒有否認邁克所説的，特意帶着邁克去看他的實驗室，説明他研究的不是屠殺武器，而是有機推進飛行系統。給邁克展示完自己的研究之後，加百利説明，他是選擇了邁克，但並不是邁克所想的那些原因，他需要邁克幫他結束與克林貢人的戰爭。

邁克穿上了制服，正在為自己整裝之時，西爾維婭為她拿來了一個屬於她的箱子，結果邁克一聽是有關喬的遺囑，就馬上把箱子給收起來。邁克被叫去見艦長，正好在電梯裏碰到了薩魯，薩魯不高興加百利的決定，不高興地跟邁克聊了幾句。加百利正在進行模擬訓練，因為船員表現較差模擬訓練失敗，加百利便讓薩魯安排大家繼續練習，而他則把邁克帶去實驗室。加百利讓邁克看他抓住的困在發現號上的那個巨獸，説明它殺死了十幾個克林貢人，他們需要巨獸為聯邦艦隊而戰。特庫巫馬的戰艦在與神舟號一戰之後，因為要進行修理停了下來，結果戰艦上的克林貢人經過六個月的時間，快要被飢餓打敗了，所以科爾只能去棺材那裏求特庫巫馬告訴他該如何做。與特庫巫馬有血親的克林貢人，説明神舟號上有處理器，科爾應該去那裏取回處理器，讓他們的戰艦早日起航覓食。邁克利用巨獸喜好光線的特點，想利用太陽光研究巨獸的反應，可蘭德里卻不贊同邁克的做法，認為他們的主要任務是研究巨獸如何殺人的，而不是理解它的感情，所以她讓邁克不要走偏了。蘭德里不顧邁克的反對，想對巨獸使用鎮定劑，結果發現鎮定劑對巨獸一點用也沒有，蘭德里還因此被巨獸咬傷了。邁克把蘭德里送去了醫務艙，可還是來不及救回蘭德里，加百利只好讓邁克找出點有用的東西，不讓蘭德里白死。邁克把薩魯找來，用薩魯對她的恐懼測試巨獸的反應，她得出了巨獸的主要功能不是攻擊，而它殺死蘭德里只是因為本能的自我保護。薩魯聽了邁克的話，對邁克更加不滿了起來，他説明他之前批評邁克與職位不符是錯誤的，他認為邁克與加百利真是天生一對的搭檔。邁克為了證實自己的想法，親自打開了隔離區的門，餵食給巨獸，結果巨獸並沒有攻擊她，反而友好地聞了她身上的味道。稍後，邁克去找保羅，讓巨獸與保羅養殖的鮑子生物在一起，結果發現它們之間有能量轉移，是一種非常和諧的共生現象。瞭解了巨獸的能力之後，保羅利用儀器將巨獸身體裏的能量發揮出來，助他們漂亮打贏了一仗，完成了一次小飛躍，讓克林貢人嘗試到他們的厲害，救下了被困的人員。入夜的時候，西爾維婭非常感慨地表示，邁克救了殖民地的許多人，而邁克卻一點表示也沒有，這時邁克牀下的信號箱又響了。西爾維婭勸説邁克，讓她勇敢地面對喬的最後囑咐，認為喬跨過銀河來找她，一定有重要的事情要交代，讓她不要害怕去聆聽。邁克打開了箱子，聽到了喬的最後遺言，全是喬對她的鼓勵，喬還把家傳之寶送給邁克，助她去探索宇宙奧秘。

邁克做了一個惡夢，夢到自己像巨獸一樣被箝制住衝當引擎嚎叫的樣子，這讓她突然想到了至從上次使用孢子引擎之後，一直呆滯的情況，認為它得了抑鬱，所以叫醫生寇波幫巨獸做一下測試。康韋爾上將勸加百利，不再使用孢子引擎，可加百利根本不聽康韋爾的勸，還表示自己的戰艦自己説的算。加百利乘飛船外出之時，遇上了克林貢人的07戰艦，最後飛行員被殺，加百利被綁架。康韋爾認為此次的綁架是有針對性的，很可能是克林貢人發現了孢子引擎系統，想把加百利抓去問這個信息，所以她把加百利被綁架的消息告訴薩魯，由薩魯全權處理營救計劃。寇波做了測試，證實每一次的躍進都讓巨獸的身體受損，所以他跟着邁克一起去向保羅説明情況。保羅聽到寇波的描述之後，並沒有同意他的説法，而是指責他有太多的事情做卻沒有做。寇波離開之後，保羅説明利用巨獸的想法是邁克提出的，現在邁克又來提對巨獸的傷害，根本沒有這個資格，讓邁克沒辦法辯解。加百利醒來之時，已經在敵人戰艦的監獄之內，而他還沒有了解目前形勢的情況下，就看到同監獄內的另一名星際艦隊成員被克林貢人毒打的情況。加百利正跟同伴商量，要如何拿到中繼器讓他的飛船起動求救信號之時，克林貢人又來了，直接把加百利帶走，逼問發現號上的秘密。邁克説明，不重視對巨獸的傷害，很可能不但救不了加百利，還可能帶來不可想象的後果。保羅聽了邁克的意見之後，跟邁克一起重新研究對巨獸有利的方法，可剛有一點眉目的時候，薩魯正好要來通知保羅啓動孢子引擎，得知了邁克參與的事情，所以他生氣地勒令邁克不準再插手，要求保羅準備再一次躍進。加百利受完酷刑後回來，便明白獄中的哈利是敵人的卧底，於是一回來就把哈利的寵物斯圖爾特抓住，將它體內的竊聽器給拿出來，然後殺了那隻寵物。哈利在自己的詭計被拆穿之後，怕下次選擇承受痛苦的時候，被他們選上，於是為自己的行為狡辯，讓加百利相信離開這裏需要他的幫助。克林貢人再次出現之時，泰勒主動要求選擇他承受痛苦，然後等被打之時，與加百利一起合作制服了克林貢人。哈利看加百利他們搶到了武器，便開心地讓他們帶自己一起離開，可沒想到加百利卻稱哈利出賣了他們，他們不會帶上哈利一起離開。加百利把哈利關在了監獄內，與泰勒一起逃了出去，經過一番奮戰之後，才找到了飛船的泊區，成功逃脱了敵人的戰艦。薩魯用職權命令保羅啓動孢子引擎，結果因為傷害過大，巨獸本能的處於極端隱生狀態。寇波檢查了巨獸，發現巨獸的生命體徵只有1%，要求薩魯放棄躍進，可薩魯卻不肯聽勸，逼着保羅必須想辦法繼續躍進。在薩魯準備再次躍進之時，加百利的飛船靠近了發現號，薩魯在確定加百利的身份之後，將加百利和泰勒傳送回戰艦中。加百利得救，薩魯馬上下令躍進，質問保羅是否準備好，結果他們發現保羅的生命體徵處於遇險狀態。薩魯去實驗室找保羅，結果發現保羅在引擎內，而且顯示已經沒有生命體徵了，隨後保羅又突然醒了過來。薩魯得知自己做錯了，於是回去向邁克道歉，説明他是氣邁克得喬親自教授，而他連替代邁克的機會也沒有。邁克知道薩魯與她的矛盾根源之後，將喬送給她的傳家寶，送給了薩魯，説明薩魯做得很好。薩魯最後求邁克，讓邁克救一救隱生的巨獸，邁克於是將巨獸釋放。

加百利在調查泰勒之後，與泰勒玩了一回槍，並在玩槍的過程中，再對泰勒的事情進行了解，最後他確定留下泰勒。在看玩槍結果的時候，加百利發現自己只擊斃了24個人，泰勒於是謊稱自己只擊斃了22個人，結果還是讓加百利發現，他謊報了結果，但他喜歡泰勒的優秀，所以讓泰勒當發現號的安全主管。邁克在吃飯的時候，身體裏與沙瑞克共享的那一部分靈魂告訴她，沙瑞克出事了。加百利在聽了邁克的描述之後，去諮詢瓦肯星人，得知沙瑞克被派去當大使，監督克林貢人的聲明的合法性，結果在伊利迪亞星附近的星雲中失蹤了。瓦肯星人已經在實行搜救行動，但加百利聽了之後，還是不顧他們的反對，將發現號行駛至伊利迪亞星附近，準備營救沙瑞克。保羅對瓦肯星人的靈魂共享非常的有興趣，他提出了使用思想融合器，借邁克來尋找沙瑞克的下落。邁克接受了保羅的提議，她跟加百利要求帶上西爾維婭當她的神經加速力，加百利批准了邁克的請求，並派泰勒為帶邁克行駛飛船，擔當邁克的護盾。邁克剛離開，康韋爾就來指責加百利，説明他在進行一項未授權的救援行動，等於是在叛亂，而他還讓一個犯人前去救人，可加百利卻一點也不聽她的勸。邁克因為自己知道沙瑞克在昏迷時的所想，讓她更想要救下沙瑞克，因為沙瑞克最後的記憶，就是她太像人類被瓦肯星拒絕的事情。邁克使用思想融合器，闖進了沙瑞克的思想意識裏，她想將沙瑞克帶走，可沙瑞克卻不允許邁克在那裏，説明那是他的潛意識，他一定要趕走邁克。邁克與沙瑞克打了起來，泰勒發現事有異常，於是命令西爾維婭將邁克叫醒，把邁克給帶了回來。邁克不明白為何沙瑞要趕走她，泰勒於是提醒邁克，認為沙瑞在瀕臨死亡的那一刻，想到的是邁克被拒的那一天，一定有什麼重要的事情隱瞞着邁克，因為人在臨死前想到的只是自己最愛的人，或者是心存愧疚的事情。邁克經泰勒提醒之後，馬上再使用思想融合器去見沙瑞克，逼沙瑞克把自己隱瞞的事情説出來。沙瑞克説明，邁克沒有被瓦肯遠征隊錄取是因為他的緣故，因為遠征隊只允許沙瑞克在斯波爾克和邁克之中，選擇其中一人加入遠征隊，最後沙瑞克選擇了斯波爾克，而斯波爾克最後沒有去遠征隊，沙瑞克因此為自己做了一件對誰都不利的錯誤決定，而感覺愧對邁克。邁克知道真相之後，讓沙瑞克接受她的幫助，就像當初沙瑞克救她一樣，邁克這才把沙瑞克救了回來。康韋爾與加百利上牀之後，撫摸熟睡的加百利背後的傷口，結果加百利神經緊張地差點殺死康韋爾，讓康韋爾明白加百利在心理評估時説謊了，而且騙過了所有人。康韋爾非常生氣地罵了加百利一頓，並結束了他們的關係，然後匆匆離開了，讓加百利想要解釋都沒有機會了。康韋爾最後告訴加百利，説明她再回來之時會再找加百利談話，等再做過其他項目的考核之後，再確定加百利是否能繼續任職。康韋爾代替沙瑞克去坎克里四號星，見克林貢人的長老們，結果沒想到她剛表明身份，自己的兩個手下就被他們殺死了。

邁克在發現號上漸漸找到了自己的一席之地，也開始慢慢了解了發現號上的所有人，開始慢慢融入他們當中，但她的個人經歷讓她在想要融入的同時，又不自覺的發現自己與他們的不同而想逃離舒適的環境。邁克去舞池看大家跳舞，和泰勒相處得很愉快，兩人正想去艦橋報到之時，不小心撞到了保羅。邁克因為將保羅的東西撞倒，向保羅不停地道歉，可保羅卻非常友好地表示，這不是什麼錯，邁克不用道歉，然後便開始質疑邁克和泰勒的關係，讓他們兩人都不得不跟他廢話，直接去報到。發現號傳送回來一頭巨鯨，邁克奉命去治療這隻巨鯨，可沒想到巨鯨的嘴裏吐出一個入侵者，不停地向發現號上的人襲擊。加百利準備對付入侵者之時，才知道入侵者是哈利，而他是因為當時加百利沒有救他，來向加百利報復的。哈利説完想説的話之後，拿出了一個武器，瞬間炸燬了被關押的艙，離開了發現號。邁克再次與泰勒他們去派對的時候，因為黃色預警被叫到了艦橋，這才知道發現號附近又發現了巨鯨，加百利本想繞道而行，可薩魯查出巨鯨生命體徵不穩定，根據瀕臨絕種物種的保護條例，他們必須救巨鯨。巨鯨被傳送回來之後，發現號馬上起動了孢子引擎，而所有的指令都已經不受控制了，加百利只能派泰勒去工程部，結果發現哈利躲在那裏。泰勒想要殺哈利，解決工程部的危機，可沒想到沒有成功，最後保羅出現從背後給哈利一槍，隨後又是一聲巨響之後，一切又回到了派對之時。邁克在派對上又一次被叫去艦橋，保羅好不容易找到了邁克，然後告訴邁克，他們被困在了一個三十分鐘的時間循環中。邁克不理解保羅所説的，而保羅只能説明這是他的混種基因的緣故，讓他記得這三十分鐘內一次次循環的所有記憶，確定是哈利製造了這個時間環，想把孢子引擎搶走賣給克林貢人。加百利收到紅色警報，準備去醫務艙之時，被哈利給劫持了，逼他交出孢子引擎。還沒有解決哈利的事情，第四次循環又開始了，這一次保羅一説邁克就相信了，所以保羅讓邁克把這個事情告訴泰勒，讓泰勒想想有沒有辦法對付哈利。邁克不認為泰勒會相信她所説的，但保羅認為泰勒喜歡邁克，他一定會相信邁克所説的。邁克正想跟泰勒説之時，警鈴又響了，泰勒又一次被叫走了。保羅教邁克，讓她答應泰勒邀請她跳舞的要求，利用這個時間讓泰勒把哈利的事情説出來。在與泰勒談了之後，邁克終於明白，哈利的身上有一塊晶體，只要解決了那個就能破除他的時間環。邁克他們去艦橋之時，哈利已經控制了那裏，泰勒想向哈利開槍，可沒想到並不能打中哈利，反而被哈利的晶體給瓦解了。邁克看到泰勒被瓦解，便想去跟哈利打一場，被薩魯給攔下了，不想讓她白白犧牲，而哈利則拿出晶體想要繼續傷人，保羅只好説明，他就是孢子引擎。邁克特意去見哈利談判，趁哈利不注意的時候，將哈利的晶體吞了下去，讓時間再次循環。時間再次循環之時，哈利的陰謀沒有得逞，這一次所有人都知道他的出現，而且加百利直接就與哈利談判，要交出發現號和邁克，只為保住所有船員。哈利以為自己成功了，將克林貢人傳送到發現號上，可沒想到在去傳送間時，他才知道他被邁克他們給騙了。泰勒重新安裝了艦長椅，哈利坐上去傳送的座標信號是傳送給斯特拉和她的父親，而現在他們兩人正被傳送到發現號，打破了哈利想在他們兩人的世界裏消失的計劃，最後哈利被斯特拉父女給帶走了，發現號上的一切又恢復了正常。

加加林號艦長申向發現號發求救信號，説明他們被六艘戰艦圍攻，加百利收到信息之後，馬上就去支援申，可沒想到他們的發射被阻止，而克林貢人的戰艦出現隱形狀態，讓他們無法發現目標。加加林號被敵人給摧毀了，加百利不得不進行躍進模式，可敵人已經離開了，戰爭暫時平息。保羅從引擎上下來之時，突然覺得暈眩，把西爾維婭叫成艦長，西爾維婭想問他的情況之時，他馬上否認自己叫錯了，怪西爾維婭工作時間做白日夢。邁克與泰勒、薩魯去帕沃星考察，正談論着薩魯比別人更異常敏鋭的視覺聽覺之時，薩魯表示他被帕沃星上的噪音所影響，而這時異常的情況發生了。森林中突然飄出一股藍色的微生物，薩魯他們都不知道這是什麼，更聽不懂它們的語言，薩魯只能感覺得它們是沒有威脅而且渴望交流的。邁克他們在帕沃星留了下來，在薩魯研究如何與它們溝通之時，泰勒跟邁克暢想戰爭結束之後的計劃，兩人情不自禁吻了起來。薩魯被帕沃星的噪音擾得不行，讓他的精神也開始不停的變差起來，夜裏睡覺的時候，薩魯被噪音吵得沒辦法睡，只能去請求帕沃星的朋友消除噪音，結果感應到它們的要求，説明從生物學上它們就註定一種用途，那就感應死亡的來臨，而現在它們正感應着死亡將近，所以非常地害怕。第二天一早，薩魯精神非常好地去找邁克他們，並説明他修改了發射頻率，增強了信號與發現號取得了聯繫，然後將邁克他們身上的信號器騙走銷燬。薩魯説明，帕沃星人已經掌握了讓世界和平的方法，而且能讓所有物種一起進步，所以他們要留在此地幫助帕沃星人。邁克沒辦法理解薩魯的話，認為他整個人都改變了，可泰勒卻覺得薩魯的有些觀點是正確的，因此與邁克大吵了一架。薩魯前來送飯之時，邁克沒有在那裏，泰勒便謊稱邁克跟他吵了一架出去散心了，然後詢問薩魯有關帕沃星的事情。薩魯要讓泰勒感受一下帕沃星的和平，結果識破了泰勒想讓他分心的事，這才意識到泰勒和邁克合夥騙了他。薩魯把泰勒制服，馬上就跑去找邁克，正好看到邁克在發求救信號，於是跟邁克打了起來，破壞信號器。邁克為了讓薩魯清醒，不得不用電槍打了薩魯兩槍，讓薩魯清醒過來，可薩魯還是一直喊着他做錯的話語。突然泰勒被帕沃星人帶來了，薩魯馬上求它們原諒，説明他做錯了，他只是想保護它們。邁克告訴帕沃星人，説明他們也是為和平而來的，但不能阻止戰爭，就不可能有和平，他們需要帕沃星的幫助，帕沃星的生物這才用它們的能源，將通信設備修好，邁克三人就這樣就被傳送回去了。拉瑞爾主動去向科爾臣服，説明她有辦法讓康韋爾開口，然後去審訊康韋爾，讓康韋爾與她合作逃出去。康韋爾同意了拉瑞爾的做法，在逃出監獄的時候，被克林貢人發現了，他們便演了一場戲，打了一陣子，然後拉瑞爾在克林貢人面前將康韋爾打死，聲稱要自己去處理屍體。拉瑞爾將康韋爾拖進棺艦之時，發現自己的許多同伴都被科爾處死了，所以她向他們發誓，自己總有一天會殺了科爾為他們報仇。帕沃星向克林貢人發出邀請，科爾於是下令將航線駛向帕沃星，而這時加百利發現了克林貢人朝他們而來，怪責邁克引狼入室。邁克説明，這是克林貢人搞的鬼，因為他們的存在的目的，就是讓世界不和平，而這時長距離傳感器，探測到克林貢飛船的棺艦，正以高曲速進入星系。

在棺艦向發現號駛來，加百利正準備搞清楚那上面有什麼之時，比特拉爾上將勒令加百利將發現號躍進星際基地46號。加百利在下了命令之後，讓保羅去醫務艙做檢查，並要他存檔檢查數據，加百利要確定保羅身上的孢子引擎接入裝置沒有出問題。加百利擔心發現號抵達星際基地前，克林貢人在那之前已經到達帕沃星，所以他要邁克他們給自己對策。邁克説明，他們懷疑克林貢隱形飛船，形成了一個巨大的重力場，它能夠彎曲光線以及飛船周圍的其它電磁波，所以發現號的傳感器探測不到它們的存在。邁克説明，隱形膜有一些小缺陷，因此看起來不顯眼的電磁輻射，實際上發生了與重力場有關的，極其細微的轉變。薩魯説明，如果能發現兩者之間的確切關係，就能編寫一套算法，得到所有隱形飛船的位置，但這個變化難以探測到，薩魯認為可以將傳感器安置在克林貢飛船上向發現號傳回數據。薩魯所説的建議要完成，必須派遣一小分隊傳送到克林貢飛船上，而傳送小分隊的辦法，就是將發現號作為誘餌，讓克林貢旗艦遠離帕沃星，他們就會關閉隱形膜和發現號交戰，而這個時機便是傳送小分隊的最好方法，只是收集這個數據需要幾天。加百利聽過邁克他們的方案之後，説明他們沒有幾天的時間去等，但他們有孢子引擎，所以加百利馬上去醫務艙看保羅的檢查結果。寇波説明，保羅的大腦內葉發生了重組，這時孢子引擎產生的副作用。加百利聽到有副作用，馬上讓寇波把報告發給自己，然後帶走保羅讓保羅看一下他多次躍進的數據。保羅看到加百利如此重視自己的躍進數據，非常的感動，所以他決定冒險一試孢子引擎。寇波尊重保羅的決定，為了讓保羅沒有危險，他只能將一個安全袖套套在保羅的手上，然後再讓保羅去躍進。邁克和泰勒登上了克林貢艦隊，可在進入之後邁克發現離艦橋不遠處有人類生命體徵，所以她不想放過這個救出同類的機會。泰勒不想讓邁克偏離他們的計劃，可邁克堅持救人，泰勒也只能幫助邁克，可沒想到這個生命體徵來自於康韋爾。在邁克救醒康韋爾之時，泰勒因為看到了曾經摺磨過他的拉瑞爾，突然想起被折磨的那些慘況，因此暈眩了過去。康韋爾確定泰勒是得了創傷後遺症，短時間內沒辦法再幫助邁克完成任務，邁克為了任務能夠完成，她只能把武器交給康韋爾，自己去艦橋安裝傳感器，怕萬一有事的時候發現號可以將康韋爾和泰勒傳送回去。邁克將傳感器安裝好之時，發現號開始進行躍進，保羅的情況也變得危急，加百利只能鼓勵保羅堅持住。康韋爾為了能讓泰勒振作起來，只能現場對泰勒進行治療，好讓泰勒可以振作起來。在進行第69次躍進的時候，寇波覺得保羅的身體已經沒辦法繼續任務了，他向加百利請求終止任務，可加百利卻為了能完成任務，勒令寇波在完成躍進之前保住保羅的命。康韋爾説了許多，都沒有讓泰勒清醒過來，而克林貢的人又突然闖入，康韋爾只能向克林貢人開槍抵擋一陣，然後告訴泰勒，邁克遇到了危險。泰勒想到了邁克，這才重新振作了起來，與克林貢人打鬥。邁克在艦橋上遇到了科爾，主動出面與科爾談判，説明自己就是殺死特庫巫馬的人，逼着科爾跟她單打獨鬥比一場，給薩魯爭取時間傳輸數據完成算法。就在薩魯完成任務之時，邁克與科爾的打鬥也進入到白熱化，邁克聽到傳送提醒之後，便搶了科爾身上佩戴的屬於喬的徽章，回到了發現號，讓科爾特別的憤怒。發現號順利完成任務，加百利把上級的獎章留給保羅，因為是保羅讓這次的躍進任務完成。保羅沒有接受加百利的好意，但他表示他將進行最後一次躍進，等他回去之後他將退出，他要讓星艦上最好的醫生檢查一下他究竟是出現了什麼狀況。在進行最後一次躍進之時，發現號並沒有回到星際基地，而保羅也出現了狀況。

在黃色警報之時，薩魯發現導航序列發生了故障，根據數據顯示，發現號躍進了預定的座標，位置對於銀河中心來説也是準確的，但其他東西都出現在了不該出現的地方。加百利還沒有對薩魯提供的情況進行分析之時，泰勒趕來了，他只能批評泰勒沒有及時出現，而這時他們發現一艘艦船在靠近發現號。向發現號靠近的是瓦肯人的艦船，加百利他們認為肯定是這艘艦船摧毀了克林貢人的艦船，所以想跟他們取得聯繫問明情況，沒想到這時對方突然對武器充能，加百利馬上讓人啓動防護裝置，及時躲過了他們的攻擊，但這僅僅是一個開始，對方發出了迴應，聲明他們是瓦肯叛軍。薩魯發現，攻擊他們的庫珀號的量子特徵，與他們的不一致，而宇宙中所有的量子能量都是一樣的，加百利因此明白過來，他們可能不在自己的宇宙中。孢子引擎出現了問題，保羅出現間歇性緊張，經常説胡話的狀況，加百利因為他的情況很糟，決定將他轉給別的醫生，寇波怎麼也不肯答應，認為自己是最有資格照顧保羅的人，可加百利卻堅持讓寇波執行命令。泰勒駕駛飛船前去突襲擊上收集數據，因為那裏的情況觸發了他被虐的記憶，讓他差點沒辦法正常完成任務。加百利呼叫了幾聲之後，泰勒才清醒過來提起數據，發現艦上的屍體是瓦肯人和安多利人。泰勒想要知道自己究竟受過什麼折磨，於是跑去質問被關的拉瑞爾，拉瑞爾則讓泰勒把門打開，然後再告訴泰勒一切真相。泰勒相信了拉瑞爾，打開了監獄大門，拉瑞爾馬上跟泰勒親熱了起來，讓泰勒憤怒地掐着她的脖子，可沒想到泰勒突然就被拉瑞爾控制了，一切聽從拉瑞爾的話去做。泰勒突然又清醒了過來，知道自己被拉瑞爾控制的事情，他更加憤怒地罵了拉瑞爾，然後激動地跑了。邁克被加百利要求，去了解泰勒的情況，所以特意安慰泰勒。泰勒告訴邁克自己沒事，可邁克剛走，他就突然把自己手中的杯子捏碎了，整個人很緊張。庫珀號再次聯繫發現號，很多緊急的情況都同時出現，加百利想先處理別的緊急情況，再與庫珀號聯線，可沒想到庫珀號卻威脅要開火，加百利這才不得不聯線。在聯線的前一刻，邁克發現，發現號上的艦長並不是加百利，而是提利，所以加百利不得不讓提利冒充艦長，替他與庫珀號聯線，謊稱機器故障不能離開。加百利讓提利穿上艦長的制服，邁克則將現在的資料通知加百利，説明資料上顯示，她是神州號的艦長，負責對付叛變的布蘭號的艦長加百利，而且加百利的艦船船員全軍覆沒。加百利根據這個情況，設局安排了一套對付眼下情況的方法，泰勒不想在這次的任務中有失誤傷害到其他人，所以去找寇波檢查身體。一切準備就緒之時，發現號便與庫珀號視頻，邁克發現庫珀號的艦長康納竟是熟人，是原神州號戰死的人。加百利得知這一情況，馬上把自己的頭撞出血，然後才讓邁克把他帶出去，將戲演完。寇波得出了泰勒的檢查報告，發現泰勒從表及裏都被克林貢人改造了，所以現在的泰勒不再是泰勒了，他不能放泰勒出去。泰勒堅持要去執行任務，在被寇波阻攔之時，他突然情緒激動而引發身上的另一人格，將寇波殺死後趕去艦橋執行任務。康納前來接收加百利這個叛亂之人，邁克堅持要自己押加百利去禁閉艙，沒想到康納卻還想用酷刑折磨加百利，邁克無奈只能反對。邁克讓泰勒保護好加百利，自己跟康納去調閲自己的檔案，而康納則在此時想要殺了邁克，結果被邁克所殺。邁克的行動受到了追棒，所有人都圍着她，她只好暫時成為庫珀號的艦長，可因為被所有人圍着，她沒辦法拿到想要的資料。

哈靈頓呼叫工程部，説明她還在修理十二號甲板的電子故障，而工程部則告訴她，十一號六區也有同樣故障，所以哈靈頓在修好之後準備前往之時，看到了黑暗中突然被燈光照射的保羅。保羅抱着被殺的寇波，一直説着一些有關森林的胡話，讓哈靈頓嚇到了。邁克在神州號上醒來，薩魯成了邁克的奴隸，每天都伺候着邁克洗漱，邁克不知道這是什麼情況，只能先這樣維持自己的生活。邁克很認真地學習神州號上的一切，可她卻擔心，自己有一天就變成了他們，心裏非常的害怕，幸好她的身邊還有泰勒陪伴，讓她平靜了許多。提利用一個安全頻道聯繫了邁克，想讓邁克堅持下去的同時，看望一下邁克的情況。薩魯把邁克需要做的事情告訴邁克，同時想讓邁克看看神州號上是否有他們一族的人，邁克不敢説出薩魯在這裏是她的奴隸，於是否認有他們的同族人，而薩魯則為了讓邁克專心完成任務，沒有把寇波被殺的事情告訴她。因為寇波屍體在保羅的懷裏，薩魯他們以為是保羅殺了寇波，提利只能用保羅的身體檢查，説明保羅是在精神錯亂的情況下，失手殺了寇波。因為加百利在神州號上被酷刑折磨，邁克為此快要失去理智了，她不得不加快自己的行動計劃，想要想辦法與掌控這個宇宙的聯盟的首腦克林貢人談判，爭取談判成功讓他們脱離這個宇宙，讓他們的宇宙得到和平。邁克帶着泰勒，孤身前往去見火狼，在那裏受到了克林貢人的攻擊，泰勒想要還擊，邁克馬上阻止他，不想因為還擊挑起戰爭。邁克舉槍投降，要求去見火狼，這才知道他們的基地使用了動態偽裝，所以沒有人能發現他們的位置。邁克説明了他們的來意，火狼於是讓沙瑞克前來，判定邁克對他們是否有害，測試一下邁克的心中所想。邁克見到沙瑞克很意外，沙瑞克探知邁克的記憶，只看到那個與他心連心的邁克，所以他向火狼説明，邁克是無害的。火狼説起了克林貢人的禱告語，泰勒聽了之後又影響到他身體裏的另一人格，一而再而三的想起自己身為克林貢人的誓言，終於他被另一人格控制，想要殺死火狼，最後被火狼所傷。火狼因為泰勒的攻擊，生氣地想要殺死泰勒，邁克只能前去阻止，沙瑞克於是替邁克説情，説明邁克跟他們一樣，都想離開這個宇宙。火狼相信了沙瑞克所説的話，質問邁克他們應該如何做，邁克於是讓火狼在一小時內疏散這裏的人，然後把他們已經失效的情報交出來，邁克於是拿着情報回神州號。回去之後，邁克要求泰勒把隱瞞的事情告訴她，泰勒這才把自己受拉瑞爾的控制的事情告訴邁克，説明他已經不再是他，而是拉瑞爾創造的另一個人。泰勒在跟邁克解釋一切的時候，想起了自己被重新塑造的所有一切，也感覺到拉瑞爾與他是如此接近。邁克不相信泰勒會被控制，想要勸説泰勒回去給寇波醫治，可沒想到泰勒卻告訴她，寇波已經被他殺了。邁克聽到泰勒的話，拿起槍對準泰勒，而泰勒則通過拉瑞爾的記憶，看到了邁克殺死他們的首領的一幕，把邁克當成了敵人。在泰勒想要傷害邁克之時，薩魯帶人前來救了邁克，把泰勒控制住了。按照神州號上的規定，泰勒必須被判死刑，可邁克還是不忍心讓泰勒去死，所以將邁克傳送回發現號，並在傳送前故意打了泰勒一拳，把數據藏在他的身上帶回去。邁克因為泰勒的打擊，跟加百利商量撤退之事，可加百利不肯答應，因為他們的任務還沒有完全，他怕薩魯不能分離數據，到時他們暴露了，發現號將無處藏身。

邁克拿到了薩魯的數據，得知挑戰號穿梭到這個宇宙，是一種叫做相隙空間的現象造成的，但這個空間在哪以及座標位置就只能在記錄中尋找，而現在的這份報告是被篡改的，所以他們必須找到原始報告才能解決眼下的問題，脱離這個空間。帝國宮殿的皇帝是喬，邁克見到喬之時特別的驚訝，她虔誠向喬行禮之後，便按照喬的旨意，帶加百利前往。加百利認為，原始報告肯定在帝國宮殿裏，而他們這次的被召見也是他們的轉機，所以邁克為避免加百利前往宮殿受酷刑折磨，先給加百利打了一針麻痹針減少痛楚。提利讓保羅體內的孢子療法重新開始，讓保羅體內的所有神經系統都開始活躍了起來，提利認為在保羅的腦海裏肯定有什麼在發生，她要求薩魯任由其發展，但薩魯還是有一些擔心。薩魯讓提利盡力治好保羅，因為挑戰號神舟號上的邁克他們，還需要他們的幫忙。保羅在真菌室見到了另一個自己，得知他的肉身被困在發現號上昏迷，而他的意識卻已經抵達了宮殿。在宮殿內的另一個保羅，曾利用菌絲高速導航聯繫保羅，保羅這才明白為何他會看到宮殿。邁克把加百利帶到了喬面前，聲稱她是來給喬結束這一場遲來的審判，而加百利則在喬的面前正氣凜然不屈服的樣子，讓喬一怒之下便打了加百利，然後將加百利帶下去折磨。泰勒在醫務艙不受控制，一會兒是克林貢人，一會兒又是泰勒，醫務人員對泰勒用盡了鎮定劑都沒辦法讓他平靜下來。泰勒見到薩魯前來的時候，突然平靜了下來，問邁克的情況，薩魯險些就相信了他，結果差點被泰勒攻擊，薩魯只好再命人給泰勒打一針。邁克小心翼翼地應對喬，喬剛開始一直在向邁克示好，可沒想到喬已經看穿了她的意圖。喬出奇不意地拿出了刀，説明她知道邁克和加百利已經聯手了，而且他們在密謀殺死她，所以她不會讓邁克如願的。喬説出了邁克前來的目的之後，便讓守衞把邁克押去會議室，集結所有人對邁克進行審判。兩個保羅正在對話之時，寇波突然出現叫了保羅一聲，讓保羅的意識馬上跑去尋找寇波，另一個保羅只好去阻止。喬對邁克進行審判的時候，邁克告訴喬，説明喬根本就不愛她，因為她並不是喬認識的那個邁克，而是來自另一個宇宙的邁克，並提供證據給喬。喬看到了邁克身上的來自星際聯盟的東西，相信邁克是來自於平行宇宙的另一個邁克，於是把在場聽到這些話的守衞全部殺死，並讓未死的意林保密處理現場。薩魯必須找出幫助泰勒的方法，他在去給拉瑞爾送飯的時候，想要從拉瑞爾身上套出他們對泰勒所做的事情。拉瑞爾告訴薩魯，他們利用了泰勒的身軀，重塑了泰勒的意識和靈魂，讓他成為他們的武器。邁克向喬説明了情況，想讓喬放了加百利，並想得到喬的幫助離開這個宇宙，可喬卻始終不肯幫忙，邁克只好利用喬對同一宇宙背叛喬的邁克的感情求喬，可喬還是拒絕了。在邁克的説服下，喬最終答應跟邁克做交易，只要邁克交出他們的引擎系統草圖，她就放邁克自由。薩魯把泰勒被痛苦折磨的視頻給拉瑞爾看，讓拉瑞爾幫助泰勒，可拉瑞爾還是不肯幫忙，薩魯於是將泰勒傳送到監獄裏，讓拉瑞爾親眼看着克林貢人與人類在同一軀體內戰爭受折磨的泰勒，終於讓拉瑞爾同意，答應幫泰勒身體裏的兩個人分離出來。保羅的意識跟寇波談了許久，終於知道所有的一切，在寇波的鼓勵下，保羅重新振作了起來，恢復了自己的意識醒了過來，可當他前往真菌室想要阻止另一個保羅破壞的時候，發現自己晚了一步。邁克在與喬的詳談之中，無意間得知了加百利的意圖，因為喬對光的敏感，讓她終於明白過來，她所見到的加百利本身就來自於喬他們這個宇宙。

加百利從囚禁他的囚室裏逃了出來，然後去救他所有的船員，準備跟他們一起重新奪回帝國。加百利先去醫務艙，準備把平行宇宙中的那個保羅帶走，沒想到保羅卻不在那裏。加百利沒有看到保羅，以為保羅逃了，結果讓他發現隱身的保羅，將保羅給逮捕了。喬知道了加百利開始叛亂計劃，她正等着收拾加百利，而邁克則覺得喬容易受到加百利的影響，想讓喬聽從自己的計劃，讓自己參與進去。喬不接受邁克的説法，要將邁克關禁閉室，邁克無奈只好在被關之時反抗，從守衞中搶了槍逃跑，但喬還是沒有放棄活抓加百利的想法。保羅恢復了正常，他努力想要挽救發現號上的菌絲體作物，可已經無能為力了，而他更擔心平行宇宙中自己的另一個副本，已被菌絲網絡所污染，因為這會帶來災難性的後果。加百利控制了保羅，讓保羅通過廣播傳達他的意思，提醒所有人追隨他反抗喬，同時保證邁克的安全，因為邁克是他們成就帝國新輝煌的關鍵。喬通過廣播，找到了主播室裏的加百利，於是帶人前往捉拿加百利。加百利想要對付前來的喬，卻發現他們有護體牆擋着動不了，在保羅的幫忙下，加百利攻破了那道牆，然後投了一個閃光彈，喬他們這才離開。邁克想盡辦法，終於跟發現號取得了聯繫，把加百利屬於人族，並且有預謀地利用了他們躍進了這個宇宙的事情如實告訴薩魯，保羅這才明白上次躍進的數據被加百利篡改了，所以他們才沒有在星際46號基地停靠。加百利在利用完保羅之後，將保羅推進了菌絲網絡核心毀滅，因為保羅的存活給他構成的威脅太大。加百利藉着通話尋找邁克的下落，利用通話分散邁克的注意力，讓蘭德里去逮捕邁克。蘭德里追到邁克所在之處時，才知道邁克使用了變更了信號載體，早已經不在原地了。邁克去找喬，説明兩個宇宙中的她都背叛了喬，但她不會再讓這樣的事情發生，她會幫喬阻止加百利。喬不相信邁克的話，認為邁克所説的，正如她對加百利那麼重要一樣，都是被邁克給迷惑了。邁克極力為自己解釋，讓喬相信她是幫助喬的，喬這才問邁克的計劃。邁克帶着喬去見加百利，説明加百利必須處死喬，他才能將皇位坐穩，而她的目的只有一個，就是用自己換回自己的船員，所以她要求加百利放發現號安全離開，她就留下來。提利在與保羅的共同研究下，終於想到了一個突發奇想，帶發現號離開的辦法。提利把這個想法告訴保羅之時，保羅突然明白，他可以反向設置座標路線，這樣便能帶發現號離開。加百利聯繫了薩魯，將邁克的意思告訴薩魯，而邁克則在通話的時候，偷襲加百利的人，讓薩魯朝帝國開火，給了邁克他們可趁之機。邁克與喬聯手對付加百利，喬被加百利步步緊逼，幾乎打不過加百利。邁克解決了蘭德里，幫助喬對付加百利，因為加百利不能殺邁克，讓邁克佔盡了上風。在加百利敗於邁克之時，他認定邁克不敢殺他，沒想到喬卻在背後刺死了加百利。邁克雖然取得了成功，但發現號並不能鎖定她的位置，無法及時將她傳送回來，而此時加百利的人又闖進來了。喬是一個戰敗的皇帝，她必須拼死最後一戰，邁克不能讓喬死，於是在喬打鬥之時，聯繫了發現號，在關鍵時刻將喬一起傳送回發現號。邁克平安歸來後，薩魯他們便開始對帝國展開攻擊，而此時保羅正在啓用提利的構想，想利用孢子引擎將他們帶離這個平行宇宙。在寇波的幫助下，保羅終於找到了方法，帶着發現號駛離了平行宇宙，可時間卻顯示，他們限在阿爾法現象裏已經超前9個月了。薩魯讓人通知星際聯盟他們回來了，同時更新地圖，可沒想到地圖卻顯示，這場戰爭中克林貢人取得了勝利。

薩魯前來見邁克，見到喬就馬上叫出艦長，而喬則説明她是皇帝，並將薩魯示為奴隸，薩魯這才明白邁克騙了他。薩魯將喬關了起來，並讓所有人保密叛軍的事情，然後去醫務室看泰勒的情況。在前往醫務艙的途中，薩魯把泰勒所經歷的事情，一一跟邁克説明白。邁克沒辦法去見泰勒，在醫務艙門口轉身離開了，而醫務人員則告訴薩魯，目前的泰勒他們無法斷定是人類還是克林貢人，必須讓薩魯去向泰勒發問才能知道真相。泰勒把自己所經歷的一切，以及沙瑞爾的陰謀，都如實地告訴薩魯，同時説明他想盡一切可能彌補自己的過錯。泰勒因為自己幾乎殺死邁克，沒辦法面對邁克，只能向薩魯打聽邁克是否安好。薩魯控制了泰勒在發現號上的權限，但給泰勒足夠的自由，然後去處理發現號上的事情。薩魯剛到艦橋，突然有莫名的闖入者，他正想問闖入者是何意圖之時，康韋爾和沙瑞爾出現了，追問加百利的下落。康韋爾不能確定眼下艦上的人是否是表裏如一的，於是讓沙瑞爾進行查驗，證實薩魯是真的薩魯的同時，她得知加百利已經死了。康韋爾把眼下的情況，跟邁克他們分析了一下，然後説明她要將平行宇宙上的所有信息封鎖在發現號內的原因，就是不想引起星際戰亂。康韋爾想讓保羅再帶他們躍進那裏，但保羅卻表示他沒辦法做到，因為他們回來之時用盡了最後的孢子，而沒有孢子他什麼也做不了。在會議結束之時，邁克跟康韋爾坦白自己把喬帶回來的事實，並帶着康韋兒去見喬。見到一個完全一模一樣的人，康韋爾被嚇到了，在與喬的一番辯論之後，她離開了關押艙讓邁克好好照顧喬。保羅見到了泰勒，泰勒馬上向保羅道歉，保羅只表示泰勒殺死了一個好人，可泰勒對此也無可奈何。泰勒前去餐廳用餐，沒有任何一個人想理泰勒，都用異樣的眼光看着泰勒，提利於是過去跟泰勒一起吃，打破大家對泰勒的看法。發現號回到了基地，卻發現基地蓋上了克林貢人的徽章，而原本在基地上的8萬生命都不復存在，唯一能掃描到的便是克林貢人的生命體徵。康韋爾非常生氣地去見拉瑞爾，把蓋有德赫爾家族徽章，以及克林貢人濫殺無辜的事情，都跟拉瑞爾説明，指責拉瑞爾一直頌揚的所謂特庫巫馬的統一思想是錯的，事實證明克林貢人並沒有做到，所以她需要知道如何結束這場戰爭，可拉瑞爾卻表示無法結束戰爭。邁克提出了一個新的計劃，以爭得戰爭的勝利，而這項計劃也必須藉助孢子引擎帶他們躍進，所以保羅拿出了最後一株菌絲樣本，準備去吠陀星系讓其成長。沙瑞爾去見喬的時候，喬對邁克的計劃表示懷疑，並説明她有辦法保證聯邦的勝利，但唯一的條件便是要得到自由。沙瑞爾見過喬之後，又去見了邁克，兩人説了許多後，像是最後告別一般告別了，這讓邁克有些擔心。邁克去找提利，想在提利那裏確認，他們這一次的戰爭是會勝利的，而提利則提醒邁克，她在加入星際戰隊之時，就已經註定了要面對戰爭與迫害。提利勸説邁克，就算是最後的訣別，讓邁克去見一下泰勒，因為此時的泰勒很需要邁克的幫助，可邁克卻因為泰勒想要殺她的原因，始終沒辦法做到。保羅的構想成功了，在吠陀星系內，他們正在讓孢子慢慢成長起來。邁克看到成功的希望之後，終於去見了泰勒，怪責泰勒隱瞞她實情，並沒有在壓力過大之前，將所有一切跟她坦白。泰勒不接受邁克的指責，説明邁克現在所説的，只是為他們的分手找一個藉口而已。邁克聽到泰勒的話，覺得特別的寒心，她把自己在被泰勒掐着脖子之時，看到泰勒眼裏多想殺她的慾望，讓她實在沒辦法接受。在一切準備就緒之後，康韋爾讓人打開了所有頻道，對全艦人員行最後的行動前動員，以達到萬眾一心攻克這場戰爭的目的，同時宣佈讓喬成為他們的艦長領導這次的戰爭。

喬開始行使艦長之職，仍舊按照人族的觀念處理，讓邁克感覺到了恐懼。薩魯同樣意識到喬的危機，於是假裝要邁克幫忙處理光學網絡問題，想跟邁克説明，一個完全沒有聯邦理念的人，他們要如何遵從她的命令行事，結果喬馬上就勒令邁克回到自己的崗位。喬訓了對她表示懷疑的邁克之後，讓邁克帶她去見拉瑞爾，然後開始對拉瑞爾動手，逼拉瑞爾説出他們應該着陸的地點，可沒想到拉瑞爾拒絕告知。邁克叫停了喬，帶着喬去見泰勒，想利用泰勒進入克林貢人的記憶，找出他們想要的信息。泰勒向喬説明了有關克羅諾斯星上的所有信息，喬於是宣佈讓泰勒加入他們的計劃，同時讓提利也參與進來，一起駕駛無人機駛入克羅諾斯星。提利對喬仰慕已久，見到喬時她特別的激動，可聽到喬的話她馬上就感到了恐懼，因此不敢對喬多説什麼，只能聽命行事。喬他們進入了與他們有些相似的獵户星那裏，見到了那裏不成規矩墮落的一面，很快他們就被人攔阻。喬一聲令下，提利便拿起槍對準對方，説明他們是來交易的，然後提交了他們的貨物。喬到了酒吧之後，便讓邁克與她分開來行動，各自想辦法進入聖殿。邁克和泰勒去了賭場，喬則帶着酒吧裏色情表演的那對男女去玩，讓提利看着探測器。在賭場內，邁克他們遇上了克林貢人，泰勒於是用克林貢人的語言和他們交談，邁克見到此狀又突然感覺到害怕，她害怕那個成為克林貢人的泰勒。提利拿着探測器，被酒吧附近的其中一人要求吸一口毒品，結果就這樣暈了過去。提利醒了過來，看到讓她吸毒的男人正在撬探測器，她於是自己打開來看，發現他們並不是在無人機上，而且身下正好有一顆氫彈，很快就會有火山爆發。提利還沒有説完，就被喬給打暈了，等邁克前去找她之時，她才將所知的一切告訴邁克。邁克知道喬想在克林貢人那裏製造一場天災，馬上聯繫發現號，並讓薩魯聯繫康韋爾，想要阻止喬的計劃。在邁克他們的堅持下，康韋爾改變了主意，同意邁克去阻止喬，而此時喬正將炸彈安置在了核心處，掌控着聯邦以及克林貢人的命運。邁克去阻止喬，喬不肯聽邁克的勸，邁克便讓喬殺死她，並提醒喬這樣做的後果，就是終身受到聯邦的追殺。喬接受了邁克的提議改變了啓爆裝置，邁克這才讓泰勒把拉瑞爾帶來，想用克羅諾斯星的命運，威逼拉瑞爾勸服克林貢人停止戰爭，恢復他們克林貢人原本的繁榮。在泰勒的勸説下，拉瑞爾同意邁克的要求，而泰勒也覺得他再繼續留在聯邦沒有任何 作用，於是在與邁克告別之後，跟拉瑞爾一起離開了。邁克的計劃成功了，戰爭得以停止，邁克也終於可以回去見自己的母親和沙瑞爾。沙瑞爾告訴邁克，她已經被聯邦主席赦免了，然後為邁克戴上了上校的徽章，讓邁克去接管她的戰艦。邁克在發表了自己的一番慷慨激昂的誓言之後，完成了指揮官的培訓計劃，跟保羅他們一起迴歸到發現號繼續工作。

派克船長和他的兩名軍官從企業號上過來，按照星際艦隊的命令指揮發現號。進取號一直在調查在30,000光年內出現的七個紅色信號，除一個之外所有信後都消失了。船上的系統受到輸入信號的某種損害。派克命令發現號繼續進行最後一個信號的定位。事實證明，這是一顆小行星，周圍環繞着一片碎片場和嚴重的引力扭曲，不允許其向下傳送。沒有紅色信號的跡象了。船與小行星的相互作用會導致其航向改變，並且即將與脈衝星發生碰撞。但是，一艘墜毀的星際艦隊船上的船員可能還活着。

斯波克在實際出現的兩個月前草繪了七個信號。邁克爾·伯納姆想與她的養兄弟見面，以瞭解更多有關這個謎的信息，但派克透露斯波克在五號星際基地的精神病房中。然後出現另一個紅色信號。由於它位於β象限中，距51,450光年遠，因此派克授權使用孢子驅動器。發現號到達一個地球一樣的星球，有11,000名人類居住。

瓦肯的一艘外交飛船要求一個人傳送到發現號。令邁克爾·伯納姆驚訝的是，訪客不是薩雷克，而是阿曼達·格雷森。斯波克的母親説她試圖在五號星際基地的設施中探望他，但沒有被接納。然後，她偷走了他的醫療檔案，並要求伯納姆解密。然而，伯納姆在這個棘手的問題上尋求派克船長的允許。派克聯繫了五號星際基地，只是得知斯波克因謀殺三名醫生而被通緝。船長現在命令伯納姆查明文件中的內容。阿曼達承認，她從未對斯波克充滿愛心，因為她同意將他提升為瓦肯人。當有翼人物出現在數據中時，她將其識別為“紅色天使”，幻影可以追溯到年輕的邁克爾逃離家鄉的那一天。