明鄭

1644年（明崇禎十七年，清順治元年），李自成攻陷明朝首都北京，建立大順政權；不久，位居中國東北方的滿洲清朝八旗軍又擊敗李自成，定都北京，並繼續向南方進攻。

與此同時，明朝遺臣在南京擁立宗室福王朱由嵩，建立了南明政權；在清廷欲取代明朝入主中原的態勢明朗後，南明轉而聯合各地的漢族武力抗清，但軍事不利，弘光、隆武、紹武、永曆諸朝廷先後遭清軍消滅。鄭芝龍所部原是隆武朝的主力，主要在福建境內活動；鄭芝龍降清後，鄭成功陸續接收其勢力，繼續在東南沿海武裝抗清。

1658-1659年間，鄭成功大舉攻打清江寧府（原明南京）失敗，實力大損；迫於形勢，決定奪取時由荷蘭東印度公司支配的大員以供部隊給養。1661年（明永曆十五年正月），鄭成功在金門誓師；他親率將士25000名、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，次月抵澎湖，四月初二日（4月30日）抵鹿耳門。並利用漲潮出敵不意地在鹿耳門及禾寮港登陸。以優勢兵力包圍荷軍防守薄弱的普羅民遮城，並切斷荷軍水陸交通，不久，普羅民遮城守將貓難實叮獻城投降。

四月初七日，鄭成功親率大軍對防禦堅固的荷蘭首府熱蘭遮城進行攻打。經派楊朝棟諭揆一投降無效後，即調集火炮朝城堡炮轟，然而在從大員市鎮朝城堡進攻時，卻遭荷軍居高臨下擊退。之後鄭軍即採取長期圍困，同時將多數部隊派往各地囤墾以解決糧食不足的問題。五月二十八日，荷蘭東印度公司得知台灣戰況後，決定派七百人、戰艦十艘赴台。七月初五日抵達。之後雙方稍有接觸，但均無較大戰事。至八月二十三日（9月16日），雙方再度海戰，鄭軍經一小時激戰，擊毀荷艦二艘、俘小艇三艘、殺敵百餘人，其餘荷艦逃往遠海。

閏十月，荷軍發動作最後一次攻擊，但仍寡不敵眾，之後又有日爾曼傭兵逃脱向鄭成功説明堡內荷軍士氣低落，並指出欲取熱蘭遮城，必先取其衞星碉堡烏特勒支碉堡（位在今安平第一公墓），奪取該碉堡則可居高臨下炮擊熱蘭遮城最脆弱的四角附城。鄭成功遂於該月着手準備攻城計劃。

十二月初六日（1662年1月25日）鄭軍於鯤鯓半島發動總攻擊，以大炮不停轟炸，當日即發出2500發炮彈，其中1700發左右打向烏特勒支碉堡，幾乎將之夷為平地，荷蘭守軍被迫自行炸燬碉堡殘餘部分後撤退。此役徹底瓦解了熱蘭遮城內守軍的士氣，兩天後大員評議會決定議和談判。

大員長官揆一於同年十二月十三日（1662年2月1日）簽字於締和條約投降，至此，台灣台江領地，盡落明鄭之手。

鄭芝龍初建明鄭勢力後，立即成為海上霸主。明朝鄭氏的崛起，雖影響到荷蘭人的貿易，讓荷蘭人數度聯合其他勢力功擊鄭芝龍，但鄭氏勢力仍持續擴張。其規模史載敍述形容：“凡海舶不得鄭氏令旗者，不能來往。每舶例入三千金，歲入千萬計，以此富敵國，自築城安平鎮” ^[6]  ； “從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利，芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯” ^[7]  、“八閩以鄭氏為長城” ^[8-9]  ，至此，明鄭勢力的通商範圍廣及：大泥、浡尼、占城、呂宋、魍港、北港、大員、平户、長崎、孟買、萬丹、舊港、巴達維亞、麻六甲、柬埔寨及暹羅，據估計，明鄭兵力達20萬，擁有超過三千艘船的船隊，成為中國東南海洋世界的唯一強權。

1661年3月1日，佔有金廈兩據點的鄭成功，為了更多領土，於鄭成功囑意下進攻台灣，最後於翌年陽曆2月1日攻下熱蘭遮城，將荷蘭人驅逐出台灣，建立了台灣歷史上第一個漢人政權。而該政權王位於1662年鄭成功去世後，傳鄭經、鄭克塽二代後，至1683年降清為止。

明鄭圍降荷蘭東印度公司部隊後，又迅速屯兵擴大領地，統治範圍以今台南地區為主。

明鄭在政治上以明朝之一部自居，奉南明永曆帝為正主，以永曆為年號，但實際統治者為延平郡王。鄭成功仍在大陸發展時，曾獲永曆帝特准設置六官方便施政，並可委任官職，武官最高許達一品，文職可達六部主事。鄭成功每次拜封官員，都請寧靖王朱術桂和明朝宗室在旁觀禮，以示尊重體制。 ^[18]  鄭成功來台後，依然優禮明朝宗室，接待魯王世子朱桓、瀘溪王朱慈曠、巴東王朱江等多名宗室到台灣。永曆十七年（1663年），繼位延平郡王的鄭經也迎寧靖王到台灣，於承天府府署（今台南市赤崁樓）旁的西定坊建立寧靖王府邸，並供歲祿。但是，明鄭未再擁立明朝宗室稱帝和監國。

明鄭除了擁有台灣領土政權外，也於1673年－1680年間，以軍力佔擁有中國閩南部分領土。

鄭成功抵台約一年後便即亡逝，延平郡王之位續傳鄭經。鄭經接位後，持續西進，1673年，三藩之亂爆發，繼承鄭成功於台灣建立政府體制的延平王鄭經，接受靖南王耿精忠請援，率軍由台灣西渡福建。鄭經先調遣兵萬人、船百餘艘先行至廈門，耿軍派人往接。開始時，鄭軍軍容不似鄭成功時代之壯盛，耿精忠一開始甚為輕視。但鄭經以廈門為根據地，陸續攻下漳州、泉州與潮州三府，進而攻下閩粵交接的重要據點惠州。鄭經於攻下多座城市，商請耿精忠如約撥船及地方安插兵士。耿精忠不答，雙方開始交惡。

1680年代始，廣東平南王尚之信、福建靖南王耿精忠相繼為清軍所平定，雲南平西王吳三桂亦死亡，明鄭勢力敗退僅能守住廈門。1680年，清將萬正色遣人遊説鄭軍水師副總督朱天貴（原為耿精忠部將）率艦300艘，將士2萬餘人降清，鄭經放棄廈門並率殘餘兵力回台，至此，明鄭在中國閩南的勢力再度消失。

回台後，鄭經無心政事，聽從陳永華上議，令鄭克臧為監國以處理國政。不過隨後陳永華即遭奪兵權，同年抑鬱而終。翌年，鄭經因病去世於台灣台南，本遺命監國鄭克臧繼任政權，但鄭克臧遭馮錫範、劉國軒等人襲殺、改擁鄭經12歲次子鄭克塽繼位。

鄭經去世後隔年的永曆三十六年（1682年）九月，本從軍明鄭；後降清朝的大將施琅上疏康熙請求徵台，康熙答應並授全軍權予施琅。再翌年6月，施琅奉康熙詔，進攻澎湖。經過澎湖海戰後，七月中旬，施琅順利擊潰劉國軒海軍，攻佔澎湖。

澎湖海戰後，鄭克塽於廷上徵眾臣議，朝臣分成死守台灣、遷呂宋島再戰與降清三派。永曆三十七年（1683年）九月；經商議後，鄭克塽採劉國軒建議，呈降表予清。明鄭降清不久，朱術桂自殺、施琅入台納降。自此，明鄭滅亡；從永曆十五年（1661年）四月鄭成功入台到鄭克塽永曆三十七年（1683年）九月降清為止，明鄭計在台灣經營共23年。

在攻守台灣之前，鄭氏的主要基地在廈門。這座小島因當年的隆慶開關而逐步發達起來，併成為鄭芝龍打造私家班底的有利場所。 ^[15]  在擊敗了荷蘭以後，鄭芝龍牢牢控制着北至朝鮮、日本、南至新加坡、西至印度洋的航線，艦隊規模一度達到三千艘之多。至此鄭芝龍完全掌握了南中國海的制海權。 ^[16] 

永曆十五年（1661年）鄭成功攻入台灣，五月佔普羅民遮城，改赤崁地方為東都明京，台灣總地號為“東都”。設承天府，下轄天興縣、萬年縣二縣，另設澎湖安撫司。其中，天興縣治設於佳里興，（今台南市佳里區）轄區涵蓋今嘉南至台北的台灣西部區域。另外，萬年縣縣治設於二贊行（今台南市仁德區二行裏），轄區除了包含台南一部外，也涵蓋高屏地區。而於行政區劃定後，鄭成功即派楊朝棟擔任府尹、莊文烈及祝敬分別擔任天興縣知縣及萬年縣知縣。這是台灣首度實施郡縣制度。

1646年，鄭芝龍依附清朝，惟其子鄭成功仍繼續支持南明政權。因兩次擊退清軍有功，鄭成功被明昭宗敕封為延平王。1655年，因為昭宗特准鄭成功設置六官及察言、承宣、審理等官方便施政，同時允許鄭任免各官，武官可達一品，文職可達六部主事。並分別於1658年及1659年兩度攻擊清政權浙江舟山及南京兩重要軍事據點，惟均未獲得決定性成功。至此，鄭成功擁有閩浙部分轄土、民政、軍事等權。鄭成功每次拜封官員，都請朱術桂等明朝宗室在旁觀禮，以示尊重體制。 ^[3]  鄭成功同時將廈門改名為思明州，並建造演武亭，以便鄭成功親自督察官兵操練。

明鄭軍隊為鄭芝龍所創立的私人軍隊，後來歸鄭成功掌管，並曾於南方發動過兩次所謂“北伐”。鄭成功在治軍上非常的嚴苛，對於怯戰者、畏戰者、貪瀆者、叛逆者都是殺無赦，而且常常株連全家。從1649年起至1661年未攻打台灣前，鄭成功所誅殺的將吏就有75員，因此明鄭軍隊有“怯者不敢獨退，勇者不敢獨進，膽勇成列，心力俱齊”的描述，在與清軍的對陣當中，勝率極高。 ^[2] 

1662年，鄭成功除固守金門數萬水師之外，親自率領約25000名明鄭士兵攻打台灣大員，打敗荷蘭東印度公司的部隊，展開對於台灣的統治。

攻台前的明鄭軍隊，主要使用福船，亦稱大船。這種船有如此的描述：“為樓三層，乘風衝擊，不可遏抑，其高若墉不可抑攻；其堅若鐵石，矢石不能貫，炬不可爇”。當時明鄭於中國東南沿海有着絕對的制海權，沒有嚮明鄭繳交過路費的外國商船幾乎不可能通行。

曾攻打過南京的明鄭軍隊於未據台前，於1640年代大本營即駐於廈門，其編制為內司鎮（藩主直轄） 前鎮、後鎮、一鎮、二鎮、三鎮、四鎮、五鎮、樓船鎮、左、右武衞營、左、右虎衞營、驍騎鎮（騎兵營）、神器營（炮兵營）、親丁鎮等。

攻下台灣的明鄭軍隊，隨鄭成功去世及喪失金廈據點後軍力大幅受損，除鄭經於閩南西征所建立的軍隊外，以屯兵方式為主的台灣明鄭時期軍隊約數萬名。並於台灣如簡化成五軍戎政（五軍戎務）、總督軍務、管軍提督、將軍、親軍衞鎮、陸師鎮、水師鎮及監軍數部份。 ^[1] 

1683年鄭氏王朝覆滅後，鄭家軍將領與軍隊悉數被強迫內渡中國，而據《欽命太保建平侯鄭造報官員兵民船隻總冊》，最後防守台灣的明鄭官兵共有37500名。

17世紀20年代的明朝末期大陸居民開始大規模地移居台灣，這極大地促進和推動了台灣社會的經濟與文化的發展。當時福建人顏思齊，鄭芝龍為抗拒官府欺壓，而率領閩粵居民遷居台灣，一方面從事農耕，貿易，另一方面則組織武裝力量防範與抗擊倭寇與荷蘭人。崇禎元年閩南大旱，百姓無以為生，鄭芝龍發動組織起數萬災民到台灣墾荒定居，台灣島上各地逐漸形成了許多村落。台灣自此進入了大規模的開發時期。 ^[13] 

在經濟方面，明鄭於台灣經濟史仍佔有一定比例。其中，以經貿與農業為主。於農業經濟方面，為了解決軍隊兵糧問題，不論鄭成功或鄭經基本上都貫徹“寓兵於農”的策略，也是諸將士平日分散各耕地，按鎮分地、按地開墾。這種具有營盤田、文武官田的土地私有制，於定則徵賦的經濟模式下，大量提供經濟產能。根據統計，包含承襲荷據已開墾的“王田”、後續開發的營盤田、官田、私田等，明鄭時期拓墾的田地超過一萬八千四百五十四甲以上。此等經濟開發，雖造就農耕文化盛行的漢人，卻也同時讓台灣少數民族面臨比荷據時期更嚴重的生存危機。

到了明鄭中後期，陳永華的中央政府體制，除了可以行使及於全島的主權力量，體制層次分明，讓台灣宛然一獨立國家，也着實變成一個個別經濟體。從鄭成功開始到鄭經時期，台灣一直髮行折二型的“永曆通寶”，通行全島以及閩南地區。

為了軍需民食，台灣農產重心由糖轉米，這個農業經濟的性格轉變一直影響台灣。1665年，陳永華的農業水利更促使漢人移民到高雄的方向發展。除此，陳永華引進同安製鹽法至台灣來發展鹽業經濟，除此尚有鹿皮、鹿角、鹿脯等土產的外銷，因此多鹿的台灣，來自台灣少數民族團體的捕鹿業，也是早期台灣的重要經濟產業活動。

鄭家本質上是一個兼具軍事和商業智能的海商-軍事複合體集團，正是憑藉強大的軍力作為支撐使鄭芝龍得以壟斷占城、呂宋、北港、平户、長崎、孟買、萬丹、舊港、馬六甲、柬埔寨、暹羅等地的貿易。此時鄭家旗下已擁有包括漢人、日本人、朝鮮人、越南人乃至非洲黑人各不同種族的士兵二萬人，擁有超過三千艘大小艦船組成的艦隊。 ^[16] 

鄭氏在十七世紀的東亞海域上有一定的地位，但相對於鄭氏的貿易組織方面，除部分文獻指出五商的名稱及約略概況。以牙行與埠頭的關係來看，山五商為牙行，海五商為埠頭；以鋪商與船裔的關係來看，山海五商為鋪商，而東西洋船隊為船商。五商的區別是以地區為劃分的，若以商品種類劃分則會產生管理上的問題。由五商尚有軍事上的功能，是以為了安全起見，山海五商的互動關係，應是以一對一方式進行。在貿易路線上，鄭氏是以三角貿易為主，直線貿易為輔，在直線貿易上以日本航線最為重要，而在三角貿易則是台廈到東南亞經日本再回台廈這一路線為主。 ^[12] 

1661-1683年間，台灣海峽兩岸分別為清朝和鄭氏政權所統轄，儘管居住在海峽兩岸的 人們在政治上是對立的，可正是由於政治上的原因，加上經濟上的原因和人文方面的原因，當時海峽兩岸的海上交通去是相當繁忙的，但大多數與軍事活動有關。在 清政府實行嚴厲的封鎖政策下，人們克服了制約海峽兩岸海上交通的各種因素，兩岸的交通和貿易活動始終沒有停止過。 ^[14] 

當清政府推行遷界禁海政策時台灣鄭氏政權卻在大力發展海上貿易：這一時期的台灣和日本、暹羅、越南、菲律賓、柬埔寨等國家均存在貿易關係。台灣把鹿皮、鹿脯、樟腦、硫磺、蔗糖等土特產銷往國外，換回自己所需要的刀劍、盔甲和生活日用品。鄭氏家族統治台灣的21年間台灣一直與海外國家有着密切的經濟聯繫。 ^[16] 

除了農業外，英國、日本等國與台灣進行貿易往來，維持了台灣的經貿熱絡。例如英國東印度公司就曾與鄭氏政權簽訂通商條約。

參見：料羅灣海戰

明鄭在鄭芝龍時期，就與國力蒸蒸日上的荷蘭（七省聯盟已獨立但尚未從西班牙的統治下獨立）進行的一場大海戰，最終荷蘭失敗，這次海戰是中國人第一次在海上大敗西方海軍的戰役。 ^[10]  海戰後，荷蘭得到了鄭芝龍方面穩定供貨保證。自此之後，東印度公司與中國（鄭芝龍）方面維持穩定的貿易行為直到明朝滅亡為止。 ^[11]  荷蘭人從印度、巴達維亞和日本運來的商品與白銀，更是成為鄭氏後來長期抗清的物產基礎。但逐漸縮水的收入，也讓巴達維亞當局不斷縮減福薩摩駐軍。這就為後來鄭成功的泰山壓頂式勝利埋下伏筆。 ^[15] 

1639年，日本歷經島原之亂開始鎖國政策，只准荷蘭及中式帆船進出，鄭芝龍籍此機會擴大貿易網，在明朝滅亡前後的十年時間內，掛着鄭氏旗號的中國商船絡繹於大陸沿海、日本、台灣、呂宋、澳門及東南亞。華船（大部分是鄭芝龍的）進出日本的數字比荷蘭船多出七至十一倍。 ^[4] 

南明永曆十六年（1662年）四月，通過意大利籍神父李科羅向菲律賓的西班牙總督遞交國書，譴責其殺戮掠奪華僑的罪行，令其“改邪歸正，俯首納貢”。但西班牙人反因此在馬尼拉進行了第三次對華僑的屠殺。 ^[5]  鄭成功聞訊大怒，決定揮師征討，為華僑報仇。他一面撫卹安置從菲律賓逃到台灣的華僑，一方面組織籌備軍隊，派人暗中與在菲律賓的華僑聯絡，以便到時可裏應外合，但尚未出兵即過世。

明末清初這一時期奉明朝旗號的台灣鄭氏政權與大陸的清王朝形成了隔海對峙的狀態。玄燁繼位後為封鎖遏制台灣的鄭氏政權就大力推行遷界禁海政策：劃定一個瀕海範圍（從瀕海三十里左右到瀕海四十里、五十里乃至到二三百里不等）設立界碑或修建界牆。處於這一範圍之內的沿海居民則被強制遷移。這使台灣鄭氏海軍朝發夕至的福建沿海三十里到二三百里不等的整個中國沿海地區成為了一個無人區。鄭氏從鄭成功的父親鄭芝龍起就是靠經營海上貿易起家的，所以清廷試圖用堅壁清野的方式斷絕台灣鄭氏從島外獲取給養的可能性。 ^[16] 

1670年、1671年鄭經兩次試圖征討菲律賓，但恰在此時大陸爆發了三藩之亂，吳三桂以興明討虜大將軍的名義致書平南、靖南二藩及各地故舊將吏，聯絡鄭經共同起兵反清。

三藩起兵之後許多地方大員也紛紛響應，一時間各地的漢官、漢軍、漢民舉起反清大旗，西南土司政權、察哈爾蒙古布爾尼、青海墨爾根台吉等少數民族首領也在這時起兵反清。西藏的五世達賴同樣對吳三桂持善意中立的態度並屢次為其做“裂土罷兵”的調停。此時仍用着明朝崇禎年號的李氏朝鮮王朝也正坐觀局勢蠢蠢欲動。在短短數月之內滇、黔、湘、桂、閩、川、粵、贛、陝、甘等省紛紛陷落。清廷實際所能控制的地區僅限於東北和華北地區。這對台灣的鄭氏政權是可遇不可求的天賜良機。鄭經曾多次與清朝展開談判要求仿朝鮮不削髮、不入貢之例。然而康熙帝加以駁斥：朝鮮系從來所有之外國，而鄭經乃中國之人。台灣乃中國之土地，非藩屬之國所可比。 ^[16] 

鄭經在三藩之亂期間更希望清廷與三藩鬥個兩敗俱傷使自己得以坐收漁利。整個三藩之亂期間鄭經的表現更多是首鼠兩端、隔岸觀火。這時大陸的局勢的確是相當混亂，所以一時還看不清最終究竟會鹿死誰手。鄭經當然不希望康熙能順利平定三藩，因為康熙一旦平定三藩就可能對台灣鄭氏動手了。 ^[16] 

不過鄭經同樣不希望看到以吳三桂為首的三藩勢力奪取天下，事實上鄭經更希望利用清廷和三藩的戰爭擴張自己的勢力。吳三桂、耿精忠在起兵之初都曾邀請鄭經出兵配合，然而鄭經和三藩之間的矛盾猜疑使雙方的合作從一開始就磕磕絆絆。清廷在福建冊封的靖南王本來就在相當程度上承擔着打擊台灣鄭氏政權的職責。靖南王耿精忠起兵反清後邀請鄭經出兵配合，然而在此之前耿精忠作為清廷冊封的靖南王與台灣鄭氏政權之間積怨頗深。 ^[16] 

鄭經儘管實際上只是一個打算割據一方的機會主義者，然而至少在名義上他還得打着鄭成功立下的抗清復明的旗號。在台灣鄭氏政權的輿論宣傳中吳三桂、耿精忠可都是背叛明朝的大奸臣、大漢奸，昔日不共戴天的仇人要合作又豈會是一件容易的事。耿精忠邀請鄭經出兵時曾許諾提供戰船。接受邀請的鄭經任命世子鄭克臧為監國，同時命陳永華在台輔政，而鄭經自己則率兵從台灣出發抵達廈門，隨後就要求耿精忠將漳州、泉州交給自己統領。 ^[16] 

耿精忠起兵之初為增加自己的勝算才邀請鄭經共同出兵，然而等鄭經到達廈門時耿精忠已幾乎攻下整個福建。這時耿精忠對與鄭經合作的慾望已大大降低。耿精忠認為鄭經的兵力太少，所以對自己幫助不大，反而要自己交出漳州、泉州。這時的耿精忠當然不願做這樣的虧本買賣了。耿精忠的食言令鄭經勃然大怒，於是鄭經出兵佔領了海澄、同安等地。耿精忠隨即以斷絕與鄭經的貿易作為報復。儘管有這樣一些不愉快，然而畢竟都有康熙這個共同的敵人。

隨着戰局的變化使鄭經與耿精忠實現了和解：康熙十四年（1675年）正月耿精忠按之前的約定提供5艘戰船給鄭經。隨後雙方以楓亭（今仙遊縣楓亭鎮）為界線：北方屬耿精忠、南方屬鄭經。吳三桂、耿精忠起兵時廣東的平南王尚可喜並沒隨吳三桂反清。鄭經在結束與耿精忠的鬥爭後派部將劉國軒擊敗了尚可喜的長子尚之信。尚之信在吳三桂、鄭經東西對進的戰略壓力下發動兵變圍困其父府邸。尚之信在奪取廣東最高指揮權後隨即宣佈響應吳三桂叛亂。

這時的形勢對三藩叛軍一方正處於最好的時候。吳三桂趁機提出了會師長江的計劃：他自己率軍從江西長江沿線挺進攻擊；鄭經水師直接從海上到長江口；耿精忠部隊從浙江到蘇南。這時鄭經所面臨的形勢似乎也很好：尚之信起兵反清後將惠州割讓給了鄭經。這時鄭經在大陸已擁有漳州、泉州、潮州、惠州四座府城，然而這時的鄭經也面臨一大困境——鄭經周圍都是盟友。由於沒有清軍的領土讓鄭經奪取，所以鄭經很容易因為領土爭奪和盟友起衝突。 ^[16] 

當時耿精忠為會合吳三桂進攻江南打算徵召汀州總兵劉應麟出師。不願派兵的劉應麟則暗中聯絡鄭經攻下了汀州。這件事造成鄭、耿同盟再次破裂，這時康親王傑書一路南下，耿精忠因此陷入面臨鄭、清雙方包圍的絕境。耿精忠在這種形勢下只好向清軍投降。耿精忠投降之後鄭經必須直接對抗清軍主力：他先派3萬人進攻福州，結果在烏龍江被清軍擊敗，其他領地也相繼失守，鄭經只得退回廈門蟄伏不起。耿精忠的投降成為了三藩之亂的轉折點。 ^[16] 

康熙集中優勢兵力重點打擊作為三藩主力的吳三桂，利用三藩及附和響應者內部的矛盾對各路叛亂勢力進行分化瓦解。到了康熙十五年（1676年）陝西王輔臣和福建耿精忠在清軍進攻下先後投降。廣東的尚之信（尚可喜長子）也於康熙十六年（1677年）投降。至此陝、閩、粵及江西都先後平定，吳三桂侷促於雲、貴、川、湘等地，直到此時康熙仍堅決貫徹集中優勢兵力打殲滅戰的戰術指導思想——僅以湖南作為進攻的重點，在扎穩基本盤的前提下穩紮穩打逐步推進。 ^[16] 

1678年吳三桂在永興地區展開反擊戰連連擊敗清軍；鄭經也在福建地區再次攻破海澄。這一度給清軍造成非常大的壓力，然而隨着清軍援兵的到來迫使鄭經退回台灣。1678年八月吳三桂病死後其部將迎立其孫吳世璠繼位並退居雲貴。此後清軍先後收復湖南、廣西和四川。鄭經返台後縱情酒色、怠聞軍政，將台灣事務均委與長子鄭克臧與大臣陳永華。康熙二十年（1681年）3月17日40歲的鄭經在台灣承天府去世。重臣馮錫範發動政變刺殺了監國鄭克臧，隨後立鄭經次子鄭克塽為延平郡王。 ^[16] 

康熙二十一年（1681年）冬清軍攻破昆明，吳世璠自殺，至此三藩之亂平定。康熙二十二年（1683年）7月8日清政府派福建水師提督施琅率水陸官兵2萬餘人、戰船200餘艘從銅山向澎湖、台灣進發。施琅指揮的清軍水師先行在澎湖海戰對台灣水師獲得大勝，從而迫使鄭成功之孫鄭克塽率眾歸順清政府。 ^[16] 

鄭成功領兵進攻泉州，沈佺期亦率數千鄉民響應。沈佺期從此成為鄭成功得力幕僚。鄭成功逝世後，沈佺期於永曆十八年三月隨鄭經入台灣。是時，台灣初闢，瘴氣為害，將士多不合水土，病者十之八九，沈佺期便以救死扶傷為己任，憑過去所學醫術，詳察病理，親自上山採藥，施送救治，拯救了許多病危軍民的生命。此後近20年，沈佺期在台灣行醫濟世，帶徒授醫，被台灣同胞尊為“醫祖”。 ^[17]