新水俁站

JR九州站區為一高架車站。站台有兩座，分別為一座側式站台和一座島式站台 ^[1]  。其中島式站台位於上行方向軌道（11號站台為副本線），而側式站台則位於下行方向軌道。由於設有副本線站台，因此可供列車待避通過本站的列車。但除了臨時班次外，正常班次並沒有使用此副本線。基於安全考慮，站台安裝了低站台門。 ^[1] 

本站位於地面，是一無人駐守車站，且沒有站房，只需經過鐵路道口即可進出車站。本站站台採島式站台1面2線設計，由於站台較窄且會有貨運列車經過，站台上裝設了柵欄，防止乘客誤掉到軌道上。