數碼獸十字軍

異世界數碼世界，如今這個世界正陷入巨大戰爭漩渦中。原因便是保證數碼世界秩序的主計算機“世界樹”突然消失了蹤影。
　　因為支配者的消失，在數碼世界各地有實力的數碼獸為了成為“下一任世界的支配者”而展開了紛爭，秩序正在從數碼世界上消失，混沌席捲成旋渦的戰亂包圍世間。
　　看到事態嚴重性的天女獸為了將戰亂的世界引導向正確的方向，決定從人類世界召喚可以使用卡片驅使數碼獸的馴獸師來到數碼世界。
　　接着，馴獸師們被召喚來，戰爭轉移到嶄新的局面後經過了一段時間。在與這個戰亂之世隔絕一般的和平森林，住着心地善良的埃癸奧獸，他在森林中與獨角馬獸羣一同過着恬靜的生活。

但是這份平安卻被突如其來地打碎。率領奧加獸軍團的兇惡數碼獸泰坦獸攻入了森林！被命運引導的埃癸奧獸捲入了戰爭之中……

而在本作故事背景方面，描述在數碼獸世界裏，許多數碼獸們紛紛在各地組成自己的軍團，由於軍團之間延續不絕的激烈戰爭，使得整個數碼獸世界因此而荒廢衰敗。而玩家們所扮演的，則是被對現狀感到憂慮的天女獸特地召喚而來的受選戰士“十字軍”（Crusader/クルセイダー），並在天女獸的託付之下接下數碼獸們的能源之源“能源之卡”（Energy Card/エナジーカード），展開一統爭執不斷的《檔案島》（File Island/ファイル島）上羣雄割據的數碼獸們的使命之戰！