影子摩西島

位置：阿拉斯加-福克斯羣島

起義後的獵狐犬部隊由利奎德·斯內克（Liquid·Snake）任總指揮，部分高層隊員為誘餌章魚（Decoy·Octopus）、意念螳螂（Psycho·Mantis）、狙擊雪狼（Sniper·Wolf）、火神渡鴉（Vulcan·Raven）和左輪山貓（Revoler·Ocelot）。他們的要求是讓美國政府交出被稱為“傳説中的傭兵”——大首領的遺體。

美國政府所採取的對策是，讓前FOXHOUND隊員索利德·斯內克（Solid·Snake）單獨潛入他們的基地，試着解決事件。索利德·斯內克被賦予的任務是，確認獵狐犬部隊是否擁有核發射能力，若果真擁有的話則阻止其發射，另外還要救出人質。作為後方支援部隊，美國政府召集了獵狐犬部隊原司令官羅伊·坎貝爾（Roy Campbell）等人。

在潛入影子摩西島之後，索利德·斯內克雖然成功與人質取得了接觸，但人質卻相繼神秘死去。拯救人質任務失敗的索利德·斯內克得知了島上正在開發Metal Gear Rex-“霸王”這件事，在獵狐犬新兵梅麗爾·希爾佛伯（Meryl·Silverburgh）以及Metal Gear霸王的開發者哈爾·艾默裏克（Hal·Emmerich）的幫助下，斯內克決定找到PAL，然後阻止核發射。除獵狐犬隊員的抵抗之外，還突然出現了一位極度渴望戰鬥的迷之機械忍者（Grey·Fox），這無疑使影子摩西島的狀況變的更加混亂。索利德·斯內克也曾一度被獵狐犬俘虜入獄。在用計逃出後，他得到了PAL，並與機械忍者一起成功破壞了Metal Gear Rex。

在這次作戰中，索利德·斯內克是暗殺病毒“死狐”的攜帶者一事得到了證明。五角大樓企圖利用死狐病毒將叛軍和作為人質的阿姆斯軍工的總裁一併抹殺，毀滅一切證據。最後索利德·斯內克在身體帶有死狐病毒的狀態下去了阿拉斯加，而Metal Gear Rex的技術數據則經由山貓之手泄露到了黑市上。