寶可夢：鑽石與珍珠

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小光是住在神奧地區的十歲少女。今天是她以新人寶可夢訓練家身份出去冒險旅行的日子。她為了拿到第一隻寶可夢，朝向隔壁鎮的寶可夢研究所前進，但是中途卻迷了路。而此時新人用的寶可夢草苗龜、小火焰猴以及波加曼剛好在研究所內大打出手，導致研究所內的寶可夢們也竄逃出去……

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小光以祝慶市為目標旅行的途中，撞見了受傷的皮卡丘，本來想收服它，但是卻發現皮卡丘已經是有訓練家的寶可夢。此時，火箭隊出現，開始攻擊皮卡丘，小光路見不平救了皮卡丘，而後她帶著體力耗盡的皮卡丘到寶可夢中心，並決定要幫皮卡丘尋找它的訓練家。另一方面，在尋找皮卡丘的小智，遇上了君莎小姐，小智聽從君莎小姐的建議，先到了山梨研究所去，結果……

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使用剛收服到的姆克兒來找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克兒的少年。雖然小智對於這個少年收服寶可夢的態度感到很不悦，但是當少年提出要和小智做三對三的對戰時，小智因為身邊只有兩隻寶可夢所以無法跟他對戰。而此時，火箭隊剛好在附近襲擊皮卡丘，雖然皮卡丘用“伏特攻擊”還擊，但仍然敗給了火箭隊的新機器。發現“伏特攻擊”的電擊而趕到的小智，跳上機器想要救皮卡丘，企圖阻止他的火箭隊也因此自取滅亡。救回皮卡丘的小智在回到山梨研究所後…

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才剛開始一起旅行就已經鬧不合的小智與小光，小光幹勁十足地準備要收服野生的卷卷耳，小智在一旁提醒，結果小光的精靈球丟歪擊中小智，兩人就這樣吵了起來。而此時出現在他們面前的是帶著花苞寶可夢含羞苞的吟遊詩人尚志。小光想要讓小智認同自己的實力，於是就向尚志提出對戰比賽的邀請，不過…

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在前往祝慶市的途中，皮卡丘被火箭隊的熱氣球帶走。小智在姆克兒幫助下，成功的擊落熱氣球。可是，熱氣球墜落的地方是在有點遠的湖泊邊，小智一行人立即往湖泊的方向跑去。另一方面，皮卡丘被野生的草苗龜搭救了。幹勁十足的草苗龜保護皮卡丘，趕走了火箭隊，甚至連隨後趕到的小智一行人也被它誤會成敵人…

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收服到新同伴草苗龜之後，繼續旅行的小智一行人，在他們面前出現了以前曾向小智挑戰的少年真司。他跟小智一樣計劃去鋼鐵道館挑戰，而他現在為了道館賽正在增加自己的戰力。於是小智使用草苗龜，真司使用小火焰猴來對戰。對戰中，火箭隊又過來搗亂，使得小智一行人又分散開來…

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以寶可夢華麗大賽為目標的小光，雖然對波加曼展開特訓，但是進行得不是很順利。這時候波加曼偷偷離開小智和小光等人，獨自進行特訓。然而，還是一直不斷地失敗。這時候，沼王、烏波、蚊香蝌蚪背著渾身是傷的哥達鴨出現在波加曼面前。哥達鴨好像是因為別的寶可夢搶了它們的樹果，所以才受傷的。知道這件事的波加曼，對它們表示“一切都交給我！”但是…

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箭隊的喵喵在便利商店買完東西之後，在商店門口看到一隻滿臉不高興、十分奇妙的寶可夢。喵喵在一瞬間和它眼神相對之後，覺得它形跡可疑而想要早點離開。可是那隻寶可夢，卻一副有氣無力的樣子一直跟在喵喵後面。覺得很不舒服的喵喵，雖然邁步逃命卻……這隻神秘的寶可夢，它的真面目究竟是？

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小智一行人的旅程，總是從慌慌張張的早晨開始。小光唉唉叫著頭髮梳不順，小智則是被長尾怪手惡作劇，手忙腳亂地想要拿回自己的帽子。這時候，幫忙奪回帽子的皮卡丘一股腦地飛奔到車道上，正好迎面遇上君莎小姐的白色機車！眼看就要發生交通事故時，有人衝出來救了皮卡丘。展現出過人跳躍力的人物究竟是誰呢！？

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小智一行人抵達了神奧地區最繁榮的大都會祝慶市。小光邊拿著雜誌邊尋找東西，她似乎是無論如何都想要得到現在最流行的便利手錶寶可表。小光衝勁十足地説“絕對要得到手才行”，可是突然聽到寶可錶停止販售的消息，卻讓她心情低落。這個時候，在她的面前出現了温柔的小丑…

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小光即將在祝慶市，參加她的第一場寶可夢華麗大賽。雖然她換上了比賽用的禮服，情緒非常高昂，但卻因為把重要的首飾弄丟，在比賽之前就開始感到不安。之後，小光和波加曼為了參加大賽，以小智和皮卡丘為對手進行特訓，但是看到這個狀況的長尾怪手，突然打斷練習，展現了驚人的招式…

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參加寶可夢華麗大賽祝慶大會的小光和小智，平安地通過了第一次審查，晉級到第二次審查 華麗對戰賽。小智信心滿滿地表示要照這樣一路贏下去，連黑金道館的徽章也一起得到手，但是聽到他這麼説的少女小望卻對他説“如果把目標放在道館，那麼我希望你不要來參加華麗大賽”…

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在前往黑金市的途中，小智和姆克兒為了準備挑戰神奧地區最初的道館賽，在森林裏進行特訓。他們在森林裏偶然遇見一位觀察兼管理森林中鳥寶可夢的女性夕雁。經由她的推薦，小智一行人也嘗試觀察鳥寶可夢的工作，但是狀況看起來很奇怪。依照夕雁的説法，最近森林裏的鳥寶可夢數量驟減，所以她正在調查原因。一行人決定要協助調查，結果卻遇上了意想不到的事件！

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小智、小光和小剛一行人在前往黑金市途中的山上，遇見了喬伊小姐以及受傷的長鼻葉。畏懼人類的長鼻葉，不斷嚇阻喬伊小姐。小剛活用了身為寶可夢培育家的經驗，讓長鼻葉解除警戒並接受他的治療。之後小剛還代替忙碌的喬伊小姐，將這隻長鼻葉帶回它所居住的大樹，但是途中，有人把長鼻葉和小剛的盆才怪給抓走了。

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為了挑戰在神奧地區最初的道館賽，小智一行人來到了黑金市，可惜的是道館館主外出了。一行人前往郊外的炭坑，並在那裏遇到一名和化石説話、不可思議的男子“瓢太”。原來他就是這個地方的道館館主。小智立刻向他要求進行道館賽，可是卻因為有人搶先一步挑戰，所以必須依序等待。而那名先到的人，竟然就是小智的勁敵真司！小智一行人觀摩了瓢太對真司的道館對戰賽，而他們所看到的是…。

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真司早一步進行的驚人對戰，讓小智見識到道館館主瓢太的實力。隔天早上終於要輪到小智挑戰黑金道館了！心想著瓢太所持有的寶可夢，小智雖然有些猶豫，但還是選出了三打對戰賽的成員。然後，早晨來臨，他與瓢太的道館賽就這樣揭開序幕。瓢太使用的第一隻寶可夢，竟然是在對真司之戰時，最後才派出來的頭蓋龍！面對突然登場的強敵，小智到底該如何應戰！？然後就在同一時間，黑金市的炭坑博物館出現了可疑的人影……

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雖然努力奮戰，小智還是很可惜的敗給了道館館主瓢太。雖然小光勸他使用在關都或城都地方收服的寶可夢再度挑戰，但小智堅持“我絕對會用在神奧收服的成員獲勝給大家看的”。這時候，小剛對小智提議了某個練習方法。然後在同一時間，市區的炭坑博物館那裏，有古代寶可夢開始大鬧，造成一陣恐慌！到底是發生了什麼事情呢！？

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小智在對付火箭隊的戰鬥中，從小光和波加曼的動作得到攻略黑金道館的訣竅。可是，道館館主瓢太的頭蓋龍竟然進化為戰槌龍，威力更加升級，變得更難對付了！然後，小智再度挑戰黑金道館的時候終於又來了，面對瓢太拿出的第一隻寶可夢大巖蛇，小智派出皮卡丘應戰了！滿懷信心挑戰的小智，他的最後王牌到底是？

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小智一行人前往下一間道館的所在地百代市，在途中的草原上遇見了電氣松鼠寶可夢帕奇利茲。那可愛的外表和惹人憐愛的舉動讓小光對它一見鍾情，決定無論如何都要收服它而向它挑戰。靠著波加曼和卷卷耳的努力，小光在苦戰之後總算是成功的收服了帕奇利茲。但是，這隻帕奇利茲卻有著令人頭大的個性！！

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小智一行人來到了一個小鎮附近，但在他們面前，突然出現了一名乘着暴飛龍的神秘女性。她是利用高科技機械將寶可夢如銅像般固定之後，再加以掠奪的邪惡的寶可夢獵人之一！目擊到搶奪寶可夢現場的小智，追上了獵人，沒想到不但遭受反擊，就連皮卡丘也被奪走了！為了擊潰寶可夢獵人的邪惡企圖，並且奪回皮卡丘，小智和同樣被搶走喵喵的火箭隊攜手合作，小智出手阻止，小智一行人究竟會怎樣呢？他們可以救回皮卡丘嗎？這位神秘女性究竟是誰呢？

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在前往百代市途中，再度造訪祝慶市的小智一行人，接受了祝慶電視台的街頭採訪。採訪記者告訴大家有個叫“B按鈕同盟”的社團，他們主張在不進化的情況下培養寶可夢，著重於磨練寶可夢的強韌度及美麗度，讓小智聽了非常感興趣。為了看看傳説中社團領導人所擁有的“最強的鯉魚王”和“最美麗的醜醜魚”，一行人前往“B按鈕同盟”所在的大樓，但是卻有別的自稱“C按鈕同盟”的集團出現…

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繼續旅行的小智一行人，在經過某個村莊時，知道村莊祭典上即將舉辦寶可夢華麗大賽，於是決定前往參加。小光鼓足幹勁，想要以才剛收服到的帕奇利茲出賽。不過途中，邊走邊玩的長尾怪手掉到懸崖下去了，然而把長尾怪手從生死危機中解救出來的，竟然是火箭隊的武藏…

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小智一行人在寧靜的森林裏，遇到一隻受傷的大牙狸。這隻大牙狸，似乎是和同伴走散了，於是小智一行人決定送它回到附近的瀑布去時，火箭隊就突然出現了！可是，他們感覺跟平常不太一樣。而跟在他們後頭出現的竟然是一隻怒氣沖天的大鋼蛇！而大鋼蛇扭動巨大軀體，根本不管四周是什麼只是一直攻過來！小智一行人和火箭隊一起慌張逃命，但是…

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小智和小光在原野上進行寶可夢對戰練習時，突然出現一位女性拜託小智將皮卡丘借給她三天。詢問緣由之後，知道她和老奶奶一起經營蛋糕店，但是在店裏幫忙做蛋糕、名叫糖糖的皮卡丘卻突然不見了，這使得她們無法參加三天後要舉辦的點心大賽，而煩惱得不得了。雖然小智的皮卡丘裝成糖糖的樣子去幫忙老奶奶做蛋糕，但是他們真的能平安無事地迎接舉辦點心大賽的日子嗎？

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小智一行人抵達即將舉辦寶可夢華麗大賽的苑之鎮了。那裏是個百花盛開的美麗城鎮，還流傳著以花為中心的不可思議傳説。就在那時小光發現有人開辦“寶芬製作教室”，於是便勸説小智他們也一起去參加。所謂的寶芬就是用樹果所製作的寶可夢點心，讓以參加華麗大賽為目標的寶可夢們吃下的話，就會產生不同的效果。在有捧花寶可夢羅絲雷朵負責照顧花朵的花店裏，小智一行人立即開始挑戰製作寶芬，但是卻有可疑的身影正在看著他們…

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隔天就要參加寶可夢華麗大賽苑之大會的小光，正請皮卡丘當教練幫帕奇利茲進行特訓。而此時，偶然經過附近的少年，很親暱地跑來打招呼。原來他是小光的青梅竹馬健悟。他比小光還早出發旅行，而且已經讓最初得到的波加曼進化為波皇子了，是個實力相當強的對手。看輕小光的健悟拒絕了小光的對戰挑戰，反倒向小智挑釁。小智接受了健悟的挑戰，於是皮卡丘將和波皇子戰鬥。究竟這場對戰會有什麼結果？還有小光對華麗大賽的挑戰到底會如何演變呢？

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小光和帕奇利茲參加寶可夢華麗大賽苑之大會，一開始就遇上料想不到的意外。雖然小光臨機應變，驚險地完成表演，但是其他參加者也相當強，要通過審查似乎是個難關。然後，小光的青梅竹馬“健悟”也開始表演了。健悟派出的寶可夢是念力寶可夢胡地。他們精采的搭檔表演吸引了觀眾的目光。究竟小光能不能通過第一次審查，晉級到下一個階段呢？

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朝著百代市繼續旅行的小智一行人，中途到了某個村子的寶可夢中心。那是個由喬伊小姐一家人所管理，雖然規模不大卻有著開朗快樂氣氛的寶可夢中心。喬伊小姐的大女兒沙耶香擁有“氣球寶可夢”飄飄球，到附近跑腿辦事時都會搭乘飄飄球飄去。在沙耶香出門辦事的時候，小智被她妹妹小舞帶到森林中的洞窟去。據説那裏有她們姊妹倆的神秘好友，但是…

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小智一行人在旅行途中，接受了電視節目“神奧NOW”的記者“由佳”的訪問。據説她和工作人員，是要去採訪聚集在附近露營區的那些自信滿滿的寶可夢訓練家。小智和小光也立刻就開始尋找能一試身手的對戰對手，就在此時，他們聽到有亂強一把的訓練家二人組的傳聞。前去找人的小智一行人遇見的是已經對戰16連勝的雙胞胎兄弟，勇崎和勇武。小智和小光決定要與他們進行雙打對戰，但是臨時組成的拍檔究竟能不能與他們相抗衡呢？

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朝向下一座城鎮前進的小智一行人，來到位於半途的百代森林，並在大樹下遇見了帶著“蛋寶可夢”吉利蛋、名叫芽米的女性。她把“甜蜜”塗在大樹上，正在收服因此被吸引過來的“包葉蟲寶可夢”結草兒。詢問之下，才知道芽米是為了尋找存在於這座森林深處的“可怕的甜蜜”而來。據説這種效果是“甜蜜”的數萬倍的蜜，就存在於森林中還沒有任何人涉足過的地方。被芽米挑起冒險心的小智一行人，打算和她共同行動，但是…

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小智一行人和在百代森林認識的芽米一同尋找傳説中的「可怕的甜蜜」，但是卻在森林中迷路，遲遲找不到目標。這時候，突然冒出了一位男孩子氣的大姐姐。她一看見小智的草苗龜，就情緒高昂地要求進行2對2的神奇寶貝對戰。面對接受對戰的小智所使用的草苗龜，那位大姐姐所使用的是「櫻桃神奇寶貝」櫻花寶。可是，櫻花寶很快就和第二隻神奇寶貝換手了。而那隻神奇寶貝，竟然是和小智一樣的草苗龜！能打贏這場對戰的究竟會是…！？

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小智一行人得到發現「可怕的甜蜜」的重要線索之後，跟在三蜜蜂後頭，往森林深處前進。在三蜜蜂最後飛到的地方有一座大瀑布，而在那後面竟然隱藏著洞窟的入口！在黑暗之中，小智一行人仰賴皮卡丘的鼻子所嗅到的些微甜味前進。在洞窟深處等待著他們的驚人之物為何？小智一行人可以平安達成目的，並脱離洞窟嗎？

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小智一行人正巧遇上熱門電視節目的特別企劃「神奇寶貝扮演大會」簡稱為「神奇扮演」的活動轉播現場。節目的內容是讓神奇寶貝藉由化妝或扮裝的方式扮演成其他的神奇寶貝，並且競爭其扮演相似度，是個像熱鬧慶典的綜藝節目。小智聽説優勝者可以獲得神奇寶貝蛋之後，馬上就讓皮卡丘登記參賽，但是小光和小剛也是鬥志十足！而且，因為火箭隊聽到傳聞後也跑來參加比賽，簡直是糟透了！這個胡搞瞎搞的節目，究竟會變成什麼樣子！？

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小智一行人在森林中，遇見一羣帶著負傷的神奇寶貝的訓練家。詢問之下，原來是附近的河邊有非常強大的泳氣鼬出沒，並且接連打敗它所挑釁的對戰對手。「既然是那麼強的泳氣鼬，那我就要收服它」，小智幹勁十足地往河邊去，卻在那見到小光的勁敵「小望」的身影。她似乎也已經打算要收服泳氣鼬…。

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小智一行人在前往百代市的旅途中，為了讓在對戰特訓後感到疲累的神奇寶貝們休息，就到順路的神奇寶貝中心去。候診室的電視正好在播放著神奇寶貝對戰的畫面，四天王悟松正展開令人讚歎的神奇寶貝對戰。小智和小光，都受到對戰的驚人水準吸引而看電視看得出神，但是突然聽到人聲轉頭一看，悟松本人竟然就在身旁！雖然小智立刻就提出對戰邀約，但悟松卻給了他意外的答覆。

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抵達百代市的小智一行人，在百代的歷史博物館裏被捲入強盜事件之中。犯人在光天化日之下將展示於博物館內的秘寶「金剛玉魂」給奪走了。趕到現場的君莎和「臭鼬神奇寶貝」臭鼬噗一起封鎖了博物館，然而逮捕到的人，竟然是以前在旅途中認識的神奇寶貝吟遊詩人「尚志」！尚志本人當然否認犯案、湊巧在現場的道館訓練家「菜種」也主張他無罪，但尚志完全被當成犯人，所説的話完全不被相信。就在這時候，隨著「我有異議！」的聲音，另一位君莎出現了！

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小智終於要在百代道館挑戰道館對戰賽了，對手是身為草系神奇寶貝使用者的道館訓練家菜種。菜種派出的第一隻是「櫻桃神奇寶貝」的櫻花寶，而小智則是派出了草苗龜。草木茂盛，沒有屋頂的對戰場地對草系神奇寶貝來説是絕佳的條件。究竟小智能不能，一雪之前敗給菜種的前恥，得到在神奧地方的第二個道館徽章呢！？

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朝向下一個目的地，緣之市前進的小智一行人，騎著腳踏車奔馳在單車路上。因為天氣開始變壞，所以一行人往位在單車路附近的神奇寶貝中心去，但在同一時間，小剛帶著的蛋似乎就快要孵化出神奇寶貝了。一行人急忙趕到神奇寶貝中心時，映入他們眼中的是蕭條的神奇寶貝中心，以及失去自信、意志消沉的喬伊小姐。小剛要把蛋交給失意的喬伊小姐照顧，但是…。

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在前往緣之市的路途中，遇上大河的小智一行人，決定搭觀光用的蒸汽船來移動。為了讓神奇寶貝們欣賞從甲板上所看到的漂亮風景，小智一行人將他們持有的神奇寶貝全都從神奇寶貝球裏放了出來。結果，大家都興奮得不得了。因為還要一段時間才會開船，所以小智、小光和小剛決定到附近的商店去買東西。這段時間，由皮卡丘它們在船上留守，但是訓練家一不在，帕奇利茲它們就開始瘋狂大鬧！事情到底會變成怎樣！？

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小智一行人以神奇寶貝道館和華麗大賽會場的所在地、緣之市為目標持續旅行。途中，他們聽説比神奧地方的四天王更強的冠軍「竹蘭」來到了附近。穿過聚集在附近公園裏的圍觀人羣後，小智一行人看到了竹蘭的身影。然而同時映入眼簾的人物，竟然是宿敵真司！　　真司無所畏懼的挑戰地位崇高的竹蘭，要求進行神奇寶貝對戰。從容接受挑戰的竹蘭派出烈咬陸鯊，真司則是派出小火焰猴！究竟在這場對戰中，真司會有勝算嗎！？

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旅行途中，在森林裏突然有夢妖和魅力喵出現在小智一行人面前。在這些似曾相識的神奇寶貝帶領之下，一行人前進到最後居然發現腳受傷的小望。緊急治療之後，小智一行人把小望送回她在附近搭的帳篷。小光這時候才從小望口中得知，下次的神奇寶貝華麗大賽「緣之大會」的第一次審查和第二次審查，都得使用兩隻神奇寶貝來挑戰雙人演出。面對沒有雙人演出經驗而感到不安的小光，小望提議要一起練習，但是…。

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以緣之市為目標持續旅行的小智一行人，在寬廣的原野當中遇上了連續的雷擊。慌忙逃命的小智一行人，見到了「閃電神奇寶貝」落雷獸的身影，而雷擊正是它的傑作。這時出現一位名叫裕輔的青年，他是神奇寶貝訓練師，正在幫落雷獸做控制雷電的訓練，但是落雷獸卻不聽使喚。看見這情況的小剛，主動提議要照顧落雷獸。究竟，這隻連專家都感到棘手的落雷獸，小剛能夠成功地幫它完成訓練嗎？

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在旅行的途中，小智一行人在迷路的狀況下迎接夜晚的到來，並且因為下雨的關係躲入附近朽爛的門廊下。這一躲，才詭異的發現門的對面完全沒有下雨。雖然小智一行人通過充滿謎團的門向前走，然而等待著他們的，竟是愛死小剛的喬依小姐和君莎小姐，還有在突然出現的圓形競技場裏有固拉多與烈空坐正在進行對戰…等等，都是些非常不可思議的光景。更驚人的是，小智和小光受邀參加世界第一訓練家和協調訓練家的決賽…這種像夢一般的事情，會是真的嗎？

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小智一行人在旅途中，發現了困在高聳懸崖半空中而動彈不得的「河馬神奇寶貝」怪河馬。雖然一行人總算是成功幫助怪河馬脱困，但沒有安心多久，祝慶電視台的採訪人員就出現了！　　原來他們在為節目拍攝追蹤怪河馬生態的紀錄片時，發現有一隻怪河馬走散，然後在尋找途中遇到了小智一行人。為了讓迷路的怪河馬回到同伴身邊，小智一行人決定要幫忙，但是…。

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以成為神奇寶貝大師為目標，在神奧地方旅行的小智一行人。又再度遇上神奇寶貝獵人J為惡的場面。

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旅途當中，小光得到情報指出，可以在森林對面的神奇寶貝中心取得神奇寶貝表的新的應用程式。可是，追加應用程式的限定優惠時段只到今天傍晚！！　　為了趕時間，小光和小智一行人決定穿越聽説是捷徑的洞窟。但是突然間，他們在洞窟裏遭到成羣的隆隆石和隆隆巖襲擊，小智一行人和神奇寶貝們，全都分散開來了。而且在洞窟外頭，是一座岩石迷宮。究竟小智一行人能夠平安脱離迷宮，得到神奇寶貝表的新的應用程式嗎？

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小智一行人在旅途中，被帶著「念力神奇寶貝」凱西、名叫小麥的女孩子搭訕。她竟然主動説要用凱西的瞬間移動帶大家到緣之市去。覺得很幸運的小智一行人，在瞬間移動之後，出現在他們眼前的卻只有一座湖。向小麥詢問理由之後，才知道她想要到沉入湖底的學校去尋找神奇寶貝球…。

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終於抵達緣之市的小智一行人，和神奇寶貝吟遊詩人「尚志」久違重逢。看來，他好像也要和「蟋蟀神奇寶貝」音箱蟀一起參加華麗大賽。而且，華麗大賽會場前方的廣場，因為在練習雙人演出的協調訓練家們而變得非常熱鬧。其中，也包括想以魅力喵與無殼海牛來贏得優勝的小望。這次的緣之大會，是使用兩隻神奇寶貝的雙人演出，以及雙人對戰！在強敵環繞的大會中，小光能夠贏得第二個緞帶勳章嗎？

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小智一行人總算是抵達了緣之市。然而，緣之道館的道館訓練家外出旅遊了，所以道館賽只好延期。取而代之的，是大家一起參加緣之市有名的雙打對戰大會。為期三天的大會中，集合在會場的神奇寶貝訓練家將以登記參賽時拿到的卡片為依據組成雙打，以贏得優勝為目標，就像是神奇寶貝聯盟一樣熱鬧非凡！小光是和自稱擁有必勝神奇寶貝對戰方程式的考平一組，而小剛則是與帶著長翅鷗的美麗大姐姐焰華搭檔。然後，被選為小智搭檔的人，竟然是宿敵真司！

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步調無法一致的小智與真司這組雙打，有驚無險的打贏了第一輪。為了準備第二輪比賽，真司強迫小火焰猴進行更加嚴格的訓練。小智一行人看不下去，於是質問真司為什麼要把小火焰猴逼到那種地步。一問之下，真司靜靜的道出他與小火焰猴的相遇、以及「貓鼬神奇寶貝」的貓鼬斬與小火焰猴的過去…。

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第二輪也派出小火焰猴，總算是晉級到準決賽的小智與真司，但是真司對小火焰猴的對戰表現不滿意，終於決定放走小火焰猴。看到這種情況的小智，邀小火焰猴一起旅行、一起變強，就這樣收服了小火焰猴。在雙打對戰大會中，小光與考平這組雙打，很快就打贏第三輪比賽，確定晉級到最終對決。此外，小剛與焰華VS小智與真司的第三輪比賽，靠著真司單方面進行的對戰贏得勝利。以雙打來説完全不合拍的小智與真司這組雙打，終於要在最終對決和默契配合一流的小光與考平這組雙打進行對戰！究竟是哪一組雙打會稱霸最終對決？另外，小智會在最終對決派出哪隻神奇寶貝呢？

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在前往下一間道館所在地帷幕市的旅途中，小智一行人跟往常一樣，和神奇寶貝們一起用餐。但是，新同伴小火焰猴對於這種和真司旅行時迥異的氣氛感到困惑。　　面對這樣的小火焰猴，小智邀它一起為道館賽進行特訓，練習的對象是小光與波加曼，但是，小火焰猴輸了。這時候，小火焰猴想起真司嚴苛的視線，擔心會因此受到責備而害怕不已。然而小智一行人的態度卻完全和它想的不同！小火焰猴會從這樣的小智他們身上感受到什麼呢？　　並且，大家突然遭到成羣的貓鼬斬襲擊，小火焰猴之外的神奇寶貝們都陷入危機！　　面對成羣的貓鼬斬，小火焰猴最後能夠救出大家嗎？

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旅途中，經過某座小城鎮塔吉西鎮的時候，發現到百代道館的館主菜種的身影。看來，她正鎮上的孩子們進行寶可夢對戰普及推廣活動。然後，火箭隊出現了，在菜種的提議下，小智一行人以菜種和小次郎為對手進行雙打對戰。對戰後，菜種對小次郎表明刺球仙人掌有變強的資質，卻沒有被髮揮來的事實，提出要代為照顧的建議。小次郎在這件事影響下，和刺球仙人掌展開猛烈特訓。即使全身傷痕累累，刺球仙人掌還是一心想繼續練習。可是，因為一直沒有成果，小次郎失去了自信。這時候，菜種再度出現在小次郎面前！

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在旅途中經過的寶可夢中心裏，小光他們與好久不見的小望重逢了。而且，也得到下次華麗大賽將在隨意鎮舉辦的情報。小光他們為了參加華麗大賽而和小望一起練習。小光派出要在下次大會首度出場的泳圈鼬和小望練習，一旁則是小智與小剛為了準備道館賽，正用長尾怪手與小火焰猴做練習。結果，長尾怪手與泳圈鼬都因為在意對方的練習而無法專心進行訓練。這時候，小望提議讓長尾怪手與泳圈鼬做交換。究竟小智和小光對於這個提案，會有怎樣的回答呢？

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小智與小光正為了下次大會努力進行特訓時，泳氣鼬的音爆打中了附近一座以石頭堆砌而成的塔。　　然後，周遭天色突然變暗，落雷命中了其中一塊被打飛的石頭。而那顆石頭竟然是楔石，封印神奇寶貝花巖怪從中現身了。驚險逃過花巖怪襲擊的小智一行人前往附近的村落，並且從那裏的村人口中聽到古老的傳説，內容是帶著皮卡丘的波導使者，將為惡的花巖怪封印在石頭建造的靈魂之塔中。　　小智一行人知道封印被解開後，認為自己需要負責，於是決心要封印花巖怪，但是...

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小智一行人在前往隨意鎮的旅途中，遇見在跨越峽谷的石橋工地前爭論的培育家石蘇小姐與設計師。看起來，好像是必須在三天內完工才能趕上橋樑開通典禮，但是工程卻因為石橋建造大師閃到腰而中止了。雖然由設計師代替大師指揮建造石橋、石蘇小姐負責切割造橋用的石頭，但是石頭切割專家「水獺神奇寶貝」大尾狸卻完全不肯工作，令人非常困擾。看到這狀況的小智一行人決定幫忙切割石頭，可是，工作從來不偷懶的大尾狸不願意工作的原因到底是什麼？

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持續旅行的小智一行人，在天冠山山麓遇見帶著「羅盤神奇寶貝」朝北鼻的少年淳雄。接著，淳雄突然要求和小智進行神奇寶貝對戰！面對淳雄的野性對戰風格，小智也熱血沸騰了！兩人展開了令人喘不過氣的激烈對戰。然後，就在小智要往對岸的岩石去的時候，淳雄突然中斷對戰。詢問之下，他才説出原因在於對岸不屬於天冠山的範圍，朝北鼻在那邊無法進化成大朝北鼻。看來，淳雄的夢想是要以大朝北鼻挑戰神奧聯盟的樣子。而小智對擁有相同目標的淳雄產生認同感，再度展開對戰！究竟最後，朝北鼻能夠進化成大朝北鼻嗎？

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旅途中，在森林裏迷路的小智一行人，在找到地圖上也沒有記載的古城之後，決定去借宿一晚。他們在那裏遇見了自稱天才偵探的少女瑪蓓兒與「眼光神奇寶貝」倫琴貓。聽説是怪盜美女組要偷走城裏的寶物「古代護身符」，而小智一行人因此被誤認為怪盜了。這時城主馬修出現，拜託大家幫忙衝動的瑪蓓兒，但是...小智一行人能夠平安無事的守住寶物嗎！？美女組的真面目是什麼！？這時候，美女組的身影悄悄接近了！！

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小智一行人終於抵達隨意鎮了。就在為神奇寶貝華麗大賽‧隨意大會進行特訓的時候，小光的青梅竹馬健悟出現了。健悟好像正要前往隨意遺蹟的樣子。跟著他一起走的小智一行人，在祭祀帝牙盧卡與帕路奇犽的遺蹟前展開對戰。而在同一時間，遺蹟內部正在進行某種可疑的儀式。接著突然之間，「象徵神奇寶貝」未知圖騰開始暴動，遺蹟發生了異變！　　而且，這個異變讓小智一行人被關進遺蹟裏去了。　　究竟最後，小智一行人能夠平安從遺蹟當中逃脱嗎？

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明天終於要舉行神奇寶貝華麗大賽‧隨意大會了！

在神奇寶貝中心前的廣場，小光與神奇寶貝正為了做最終調整而努力訓練。雖然小光準備得很順利，但是這次，獲得新夥伴斗笠菇而更加成長的青梅竹馬健悟、靠難以想像的拼上全身絕招風靡觀眾的武藏莉娜等強敵齊聚一堂！上次在緣之大會第一次審查中落敗的小光，活用了之前的反省重點，挑戰雪恥戰！最後小光，能夠平安通過第一次審查、在這次大會中拿到第二個緞帶勳章嗎？

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小智一行人在前往下一間道館帷幕道館的旅途中，在小剛的提議之下前往女僕咖啡廳「山中小屋」。在店裏迎接他們的是女僕小春、小夏和小秋。小智一行人馬上點了山中小屋名產「奶牛神奇寶貝」大奶罐的鮮奶，在店內農場喝過小春和小夏的大奶罐提供的現擠鮮奶後，感到非常滿足！然而，就只有小秋的大奶罐因為個性任性完全不肯聽話，讓她很傷腦筋的樣子。這時候，小剛的培育家之魂被點燃，決定幫小秋進行神奇寶貝撫養方法的特訓。究竟大奶罐會不會變得聽小秋的話呢？另一方面，在小秋與小剛進行特訓時，小智與小光，還有神奇寶貝們到店裏幫忙了！雖然店裏變得很忙碌，但這樣真的沒問題嗎？

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小智一行人在旅途中，決定前往小光的兒時玩伴、湯紅的老家經營的温泉！久違重逢的湯紅與小光興奮不已！大家馬上就為了休息而衝進露天温泉，然而温泉的水量稀少，温度也很冷，完全不是可以泡湯的狀態。詢問原因之後，才聽説由山上源泉引來的温泉，大約從上週開始就流不出温泉水了。因此，湯紅打算使用「豬神奇寶貝」的三隻小山豬來找出新的温泉。小智一行人決定幫忙，而他們馬上就有所發現了！沒想到，那裏是個新超級渡假村的建設工地！可是，這裏的温泉不知道為什麼，與湯紅老家的温泉幾乎一模一樣！這到底是怎麼回事？

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旅途中，小智一行人在某個綠意盎然的城鎮，與草苗龜一起進行能源球的特訓！結果突然之間，「牙蠍神奇寶貝」天蠍王與成羣的「飛蠍神奇寶貝」天蠍跑來襲擊他們！然後，這羣神奇寶貝在把附近的樹果與水果，甚至連小智他們的午飯都搜括一空後逃走了。這時候，君莎小姐與喬伊小姐出現。看來君莎小姐她們是想把迷路闖進城鎮的天蠍王與天蠍羣抓起來，送回原本居住的森林裏去。小智一行人決定幫忙君莎小姐她們，但是...。

究竟他們能不能平安讓天蠍王與天蠍羣回到森林呢？

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在前往帷幕市的旅途中，來到廣闊沙地的小智一行人，決定大家好好玩一玩。神奇寶貝們在沙地上興奮玩樂的時候，沙地突然開始搖晃，腳底的沙子隨著大片飛沙隆起。然後，「重量神奇寶貝」河馬獸從沙中現身。好奇心旺盛的帕奇利茲爬到河馬獸頭上研究那張大嘴，結果竟然滑進嘴巴里去了！小智他們緊張萬分的要去救帕奇利茲，但是河馬獸又鑽進沙地失去蹤影，讓大家束手無策。這時候，以前被小智一行人送回羣體去的怪河馬出現在他們面前！

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終於抵達帷幕市的小智一行人，在郊外的森林裏，發現像格鬥家的女孩在和「波導寶可夢」路卡利歐進行激烈對戰，於是在一旁觀摩。結果電擊獸從樹蔭中冒出來對皮卡丘惡作劇還搞到大打出手！這時候出現了一位來找電擊獸的撫養家青年，沒想到他竟然是真司的哥哥雷司。接著，雷司向大家介紹，那個像格鬥家的女孩就是帷幕道館的館主──阿李。小智立刻要求進行道館賽，但是卻遭到拒絕。似乎是因為真司的緣故，讓阿李失去了擔任道館館主的自信。

將這個狀況與自己的情況重疊的小光，對阿李提出某個提案！

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為了讓阿李找回自信，小光將要挑戰第一次道館對戰賽。她在決戰前以小智的皮卡丘及泳圈鼬為對手，努力替波加曼它們進行對戰賽的特訓！而小智為了要讓姆克鳥學會新絕招，在雷司撫養的「猛禽寶可夢」姆克鷹幫忙之下，持續進行訓練！

此時，阿李正在道場般的木造道館場地中，為了準備明天的對戰賽，與路卡利歐進行精神統一。終於到了道館對戰賽當天！究竟阿李能不能重新振作起來呢？還有，阿李VS小光的道館對戰賽，結果將會如何？

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多虧小光的幫忙，阿李找回遺忘掉的對戰樂趣以及身為道館館主的自覺，並且接受了小智進行道館賽的要求！接著，帷幕道館的道館賽終於開始了！使用格鬥屬性寶可夢的阿李，第一隻派上場的寶可夢是「怪力寶可夢」豪力！相對於此，小智以正在進行新絕招特訓的姆克鳥挑戰對戰賽！面對有著與路卡利歐的完美默契配合作為後盾的阿李，小智會展開什麼樣的戰鬥呢？還有，對戰賽的結果將會如何？

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結束了帷幕道館道館賽的小智一行人，在前往新目的地的前一晚，因為雷司説有東西想給大家看而跟著他出門。大家爬上通往郊外高台的石梯後，到達了一個被光線照耀得如夢似幻，有大小隕石發出光芒的公園。看到作為帷幕市象徵的隕石造就的不可思議景象，一行人大受感動，而他們面前出現了企圖搶奪隕石的直升機部隊...。

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小智一行人在幫天蠍進行對戰特訓的時候，聽到不知從何傳來的神奇寶貝叫聲。那原來是鈴當響的聲音，而追著鈴當響出現的人，是神奇寶貝魔法師??。她好像是和三隻鈴當響一邊進行魔法秀一邊旅行。雖然美麗的合聲很重要，但是其中一隻鈴當響很愛撒嬌，讓她很傷腦筋的樣子...。

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小智一行人在旅途中，遇見一隻負傷的利歐路。雖然小智想要靠過去幫它療傷，但嚴加警戒的利歐路在突然發出「波導彈」後逃走了。

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小智一行人在旅途中，遇見一隻負傷的利歐路。雖然小智想要靠過去幫它療傷，但嚴加警戒的利歐路在突然發出「波導彈」後逃走了。這時候，正在追蹤利歐路的寶可夢保育家創一出現了。與創一同行尋找利歐路的小智一行人，遭到寶可夢獵人們的襲擊...。

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火箭隊追着小智一行人來到位於湖畔的寶可夢中心。結果，武藏的毒粉蛾發現一隻顏色不同的毒粉蛾飛到湖上了。此時，自稱大樹的少年出現，對武藏表示「我的毒粉蛾與你的毒粉蛾看來是陷入了愛河的樣子呢！」聽説這個季節，受到映照於湖面的滿月光輝導引，戀愛的毒粉蛾們會聚集到湖上，越過天冠山進行遷徙的樣子。而且，今天正是那個滿月之日！

知道毒粉蛾戀愛了，讓武藏想起年少時期心酸的戀愛回憶。這時候，突來的落雷擊毀湖邊的岩石，使得湖水外流，這樣下去會讓毒粉蛾無法進行遷徙的！在這種狀況下，武藏到底會採取什麼行動！？而毒粉蛾的戀情又會如何發展？

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旅途中，在森林裏享用午餐的小智他們，遇見帶著「小鼠寶可夢」皮丘與「鼠寶可夢」雷丘的少年──阿莊。突然間，阿莊誤以為小智的皮卡丘是野生的寶可夢，為了要收服它而打算以雷丘進行對戰。阿莊好像是想要培育最強的皮丘、皮卡丘、雷丘進化組合的樣子。

小智與皮卡丘在明白狀況之後，與阿莊進行了對戰，但是受到雷丘活用體格的「破壞光線」而被打敗。隨後，陷入瀕死狀態的皮卡丘在寶可夢中心接受治療後，總算是恢復了意識，而他一醒來就拼命的向小智表達想與雷丘進行復仇戰的意志。但是，認為保持現狀無法贏過雷丘的小智，拿出了某樣道具！

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在前往濕原市的旅途中，小智一行人在某個城鎮的寶可夢中心休息。正巧，交誼廳的螢幕上，播出了立志湖畔將舉行寶可夢華麗大賽‧米可利杯的消息。沒想到，是爬上豐緣地區冠軍大師地位，現在已登峯造極取得華麗大賽大師這個不可動搖地位的米可利，要在神奧地區舉行寶可夢華麗大賽。於是，連續在2場大會的第一次審查中落敗而失去自信的小光，決心要以米可利杯做為復出戰！這時候，得知米可利趁着休假來到附近的小智一行人，在附近的湖泊偶然看見「愛憐寶可夢」美納斯與米可利的身影，但是…

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小智一行人為了迎接某個人而來到立志湖畔附近的立志港。接着伴隨着「好像好久不見了」的聲音現身的人…竟然是小遙！小遙與小智等人因為久別重逢而歡欣不已。沒想到，原來小遙也登記參加了米可利杯。而一行人前往小遙預約的立志湖畔人氣NO.1餐館「七星級七星飯店」用餐。不過，在這家飯店，必須要以雙打對戰贏過喜歡寶可夢對戰的老闆千秋以及他的未婚妻千夏，才能夠吃得到料理。於是，小智與小剛、小光與小遙各自組成雙打！究竟小智一行人，能不能吃到豪華料理呢？

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小智一行人來到將連續三天舉辦神奇寶貝華麗大賽‧米可利杯的會場湖濱渡假村，就在那裏，見到為了參加米可利杯而來的小望。這次大會在巨蛋中央特別設置了有著巨大水池的舞台，讓會場觀眾也興奮不已！接著，迎接評審委員米可利後，米可利杯終於開始了。不過，因為連續2次大會失敗而失去自信的小光，在正式上場前顯得緊張不安。小望帶了新夥伴「飛魚神奇寶貝」螢光魚、小遙派出「龜神奇寶貝」卡咪龜，而小智則是以米可利建議的泳氣鼬挑戰華麗大賽！大家都在米可利杯成為勁敵。究竟最後，小光能夠通過第一次審查嗎？

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平安通過米可利杯第一次審查的小智一行人，回到湖畔度假村的旅館，回顧各自的旅行彼此交流。這時候，小智與皮卡丘到附近的湖邊散步，而湖泊中心突然有什麼在發光，並出現有著類似生物姿態的影子。然而就在要靠過去的那一瞬間，影子消失了。遇上這種奇妙體驗的小智回到旅館，與小光他們針對湖的傳説進行討論。然後，終於要迎接米可利杯的第二天！確定在第二次審查打頭陣的小光以卷卷耳挑戰華麗大賽！另一方面，小智遭到使用「燈神奇寶貝」電燈怪的難纏協調訓練家阻擋。小智、小光、小遙及小望各自的對戰賽，到底會如何演變？

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終於到了米可利杯的最後一天，贏得勝利晉級到準決賽的小光、小遙、小望，還有以些微差局擊敗小智的海鬥等四位選手，展開了絢麗的華麗對戰賽！！準決賽的對戰分組是小光VS海鬥、還有小遙VS小望。小光為了實現與小望在最終舞台戰鬥的約定，做好萬全準備與波加曼共同迎接對戰賽。對手海斗的神奇寶貝是「流氓神奇寶貝」鐵螯龍蝦。小光能擊敗海鬥，晉級到最終舞台嗎？還有，小望的魅力喵與小遙的「蝴蝶神奇寶貝」狩獵鳳蝶展開激烈對戰！究竟最後，稱霸米可利杯拿下優勝的人到底會是誰！？

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小智一行人在前往濕原市的旅途中，在某個池邊遇到追着「薄翼寶可夢」蜻蜻蜓的新人訓練家大成。看樣子，大成與他命名為恰比的波加曼才剛剛開始旅行。聽説他為了收服第一隻碰到的寶可夢，連續追蹤了三天，但是卻總是被蜻蜻蜓給逃掉。知道狀況後，小智一行人決定幫忙大成進行第一次收服。在接受對戰建議的同時，終於成功擊倒蜻蜻蜓的大成正要投出寶可夢球的那一瞬間，有人從池底出現了！沒想到、那竟然是企圖搶奪蜻蜻蜓的火箭隊！

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為了下一場道館賽進行特訓的小智一行人遇見了真司。小智與真司果然一見面就因為彼此對神寶可夢的看法不同爭論起來。激動起來的小智要求進行對戰，但是真司拒絕接受並準備離去。這時候，小火焰猴對真司提出對戰的訴求。被小火焰猴打動而開始對戰的真司，派出了圈圈熊…。

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終於抵達濕原市的小智一行人，馬上前往道館。雖然他們當場對道館館主吉憲提出進行道館賽的要求，卻因為對方有事而遭到拒絕，反倒還陪著吉憲去處理事情。而一行人搭乘火車到達的地方，是濕原大濕地。走着走着，從一望無際的廣闊草原中傳來奇妙的叫聲，還有無數的不良蛙隨之出現。原來這天是一年一度，舉辦「不良蛙祭典」的日子…。

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小智與寶可夢們在道館賽之前進行最後調整。過程中，正在集中精神的泳圈鼬被皮卡丘練習時發出的絕招命中，因此受了傷。這時候出現的人，是帶着浮潛鼬出現的濕原道館館主吉憲…。　　在終於開始的道館賽中，面對吉憲派出的先鋒暴鯉龍，小智決定以皮卡丘挑戰。雖然團隊合作留有不安因素，但是…。

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在前往緣之市的旅途中，小智一行人在草原遇見「星形寶可夢」皮寶寶與美麗的女僕莫妮卡。這時突然下起大雨，於是大家前往莫妮卡工作的宅第避雨。大方歡迎他們的屋主羨慕先生，平常會到各地去收集寶可夢，讓它們在引以自豪的後院裏玩耍，還對訓練家及培育家開放後院。接着，一到點心時間，眾多寶可夢就從後院聚集到宅第，高興的開始吃點心。這時候，不知從哪裏冒出來的「豬寶可夢」小山豬出現，把大家的面寶吃掉了。小光雖然為這隻大胃王小山豬製作了面寶，但是…。

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小智一行人在旅途中吃午餐時，天蠍跑來向小智表示要做對戰練習。感受到天蠍想要變強的心情，小智開始替它進行特訓。但是，受到以前與真司的天蠍王對戰產生的影響，對於對戰有恐懼感的天蠍在面對泳氣鼬及草苗龜時怕得逃跑了。這時候，他們與正要前往立志湖調查傳説中神奇寶貝的勁敵小茂久違重逢，並且決定由他來當天蠍的練習對象。可是，即使有小茂的明確建議也無法克服恐懼感的天蠍，讓小智很煩惱。突然間，小茂表示「使用這個的話恐懼感也會減輕吧」並且拿出某個道具。這該不會是…。

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標題：緣之時裝大會！通往神奇寶貝風格設計師之路！！　　抵達緣之市的小智一行人，前往緣之道館挑戰上次因為道館訓練家不在而無法進行的道館賽。但是，這次又因為道館訓練家不在所以無法對戰，讓小智非常沮喪。這時候，偶像寶可夢風格設計師芭莉絲與「兔子神奇寶貝」長耳兔一同現身。接著，看到小光的卷卷耳之後，她建議小光去參加明天舉行的緣之時裝大會。緣之時裝大會是開放給所有人蔘加的寶可夢手工流行飾品發表會，而且，贏得優勝的話還可以登上神奇寶貝流行志成為特寫人物。結果小光要讓卷卷耳參加，小智也不知怎麼的決定讓皮卡丘出場，但是…到底會怎麼樣呢？

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小智一行人在前往神和鎮的途中，在深谷中唯一的道路上遇見三隻可達鴨。想要通過這條路的小智一行人，不明究理地碰上可達鴨們一起攻擊擋道的路霸行為。想要設法通過的小智一行人挑戰對戰，卻對可達鴨們的合力攻擊毫無招架之力。考量到可達鴨當路霸或許是有什麼原因，小智一行人將要…。

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小智一行人在旅途中，決定要到天冠山山麓去參加山梨博士主辦的寶可夢暑期講座。暑期講座是個聚集由四面八方而來的訓練家，讓大家在一週內共同生活，與眾多寶可夢接觸學習的地方。而且各個訓練家會分為紅組、藍組與綠組進行班級對抗，競爭得分。第一天的課程兼具自我介紹的功用，是讓每個人從山梨研究所管理的寶可夢球當中選出一顆，與當中的寶可夢培養感情後，再彼此進行寶可夢對戰！！但是會選到哪種寶可夢當夥伴，都要看選到的寶可夢球。小智選到的寶可夢球是…？

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寶可夢暑期講座第三天的課程是觀察寶可夢。大家要與在講座附近的湖泊裏的水屬性寶可夢接觸交流，並且依照班別向老師報告觀察結果。小智一行人立刻前往湖邊，以素描或是一起游泳的方式觀察自己選擇的水屬性寶可夢。然後突然間，湖泊遠處有青色光芒在閃爍，而小智一行人發現小葵的小貓怪不見了。這時候，分在藍組卻一起跟來的考平，告訴大家這座湖有著傳説，內容是「當不可思議的青色光芒閃爍之時，寶可夢就會消失不見」。究竟小貓怪身在何方？還有，青色光芒的真面目到底是什麼？

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神奇寶貝暑期講座第五天的課程，是學習與幽靈系神奇寶貝的正確接觸方式。規則是各班同學兩兩分組，取得放在附近山上遺蹟的課程獎牌並帶回校區，換句話説就是試膽大會。於是，小智與小葵一組，小光和小剛則分別與班上同學一組。另一方面，藍組的考平不知道為什麼，受到應該沒有參加講座的小女孩邀約搭檔。活動當中，以遺蹟為目標前進的小光，目擊到據説會把人帶往靈界的「握爪神奇寶貝」夜黑魔人襲擊考平的場面。但是，應該與考平同行的小女孩卻不見蹤影。這到底是怎麼一回事？

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寶可夢暑期講座最後一天的課程是暑期講座最大的活動──寶可夢鐵人三項。這是活用在一週內學到的事物與經驗，與寶可夢合作越過三道難關抵達終點的競賽。首先是在起跑地點選擇講座所準備的寶可夢球，與當中的寶可夢共同穿月森林前往湖泊。然後在湖邊選擇下一顆寶可夢球，與水屬性寶可夢渡過湖泊，最後是要與自己平時搭檔的寶可夢一起通過終點。追在考平的藍組之後，排名第二的小智他們紅組，企圖靠這場寶可夢鐵人三項反敗為勝。究竟最後，贏得優勝的到底會是哪一班呢？

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以神和鎮為目標的小智一行人在旅途中，帶著特訓過度累倒的波加曼前往神奇寶貝中心。此時，在神奇寶貝暑期講座度過悠哉生活，又靠充足打工薪資維持三餐不缺還睡午覺的富足生活的火箭隊，正在爬坡追蹤小智一行人。但是，一下就累的他們決定到附近的餐廳吃豪華午餐。這一去，讓武藏發現喵喵的異變，它頭上的「金幣」竟然被贅肉埋起來了！而且還發現武藏與小次郎也胖到圓嘟嘟的。這種情況下，朝著「犀利、冷酷而且飢餓的惡人中的惡人」這個火箭隊原始形象，決心迴歸原點的武藏他們開始進行特訓，但是…。究竟火箭隊能不能抓到小智的皮卡丘呢！？

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旅途中，前往某個城鎮的神奇寶貝中心時，小智一行人與正和陌生對手進行華麗對戰賽的小望重逢、並且開始觀戰。但是小望毫無招架之力的敗在使用夢妖魔的訓練家手下了。原來，她的對手正是緣之道館的道館訓練家梅麗莎。梅麗莎是為了以訓練家的身分收服神奇寶貝、累積對戰經驗並創造專屬對戰風格而旅行。曾以協調訓練家身分有活躍表現的她追求的是，華麗大賽的美感！以及道館賽的激烈！集兩者於一身的原創對戰風格。面對如此表態的梅麗莎，小智要求進行神奇寶貝對戰，小光則是華麗對戰賽，但是…

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在前往神和鎮的旅途中，小智一行人在山中小屋休息。這時候，得知附近藥鋪評價不錯的小剛，在將整理好的照顧事項清單交給小智後就出去採買了。依據記事內容，首先要幫神奇寶貝沖澡。小智與小光很快就分工把神奇寶貝們打理乾淨。再來是午餐時間。小光親自下廚做鬆餅給大家吃，順利的處理好這項工作。這時，小智與小光發現帕奇利茲因為發高燒而難過不已。但是，在附近沒有神奇寶貝中心，小剛又不在的情況下，不安的兩人開始互相指責「都是小智用冷水去衝它！」「是小光的鬆餅害它吃壞肚子！」就此大吵一架。帕奇利茲到底會怎麼樣呢！？

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抵達神和鎮的小光一行人，在華麗大賽前與小光的母親彩子通電話，談到她以前的勁敵百合。百合是20年前，連戰連勝的協調訓練家彩子初次輸掉的對手，目前已從協調訓練家界引退，以幫訓練家及神奇寶貝做風格設計的頂尖神奇寶貝風格師身分走遍世界。小光得知百合的店在附近於是去拜訪，卻因為人不在而撲空，只好直接前往華麗大賽會場。接著，神奇寶貝華麗大賽‧神和大會開始了！小光和卷卷耳在休息室等待參加第一次審查，這時休息室的螢幕上顯示出第一次審查的首位協調訓練家。沒想到，那竟是睽違20年後復活的，帶著「櫻花神奇寶貝」櫻花兒的百合！

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華麗大賽結束後，小智一行人正要出發前往緣之市。這時候電視上播出臨時新聞插播，內容是「從百代市送往神和鎮歷史研究所的傳説中的寶玉『金剛玉魂』，遭到銀河隊襲擊搶奪」。同時得知冠軍‧竹蘭來到歷史研究所的小智一行人決定去見她。久違重逢的竹蘭，將她擔任研究所館長的祖母芥子蘭與研究神奧時空神話的赤日介紹給大家認識。在赤日的提議下，芥子蘭讓小智一行人觀看研究所保管的另一顆寶玉「白玉魂」。突然間，激烈的晃動伴著研究所外的爆炸聲一起出現。原來，這都是銀河隊搞的鬼！

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想奪走傳説中寶玉「白玉魂」的銀河隊突然出現在小智一行人面前，對手有指揮作戰的鎮星、帶著「山貓神奇寶貝」東施喵的夥星，以及無數的大嘴蝠。為了從銀河團手中保護寶玉，竹蘭派出烈咬陸鯊與「海牛神奇寶貝」海牛獸，小智一行人也和神奇寶貝們合力對抗。於是，「白玉魂」爭奪戰越加激烈。突然間，協助研究所警備工作的警官搶走「白玉魂」打算逃跑，而他們竟然是變裝成警官的火箭隊。究竟最後「白玉魂」的去向如何？還有，高呼「創造新世界」口號的銀河隊目的為何？現在，被稱為神的神奇寶貝帝牙盧卡與帕路奇犽，以及兩顆寶玉的關係即將揭曉！！

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小智一行人在前往緣之市的旅途中，決定拜訪小葵在隨意鎮經營「撫養屋」的老家。為久別重逢欣喜不已的小智一行人，向小葵詢問在路上聽説的「隨意鎮出現圍巾怪物」的謠言，得到了那只是謠言的否定。然而，就在小智説出「在森林裏看到類似身影」的那瞬間，小葵就想到有急事要辦而衝出門。覺得擔心的小智一行人決定跟過去，結果發現站在小洞窟入口前的小葵。看來在雙親出門這段時間，小葵以撫養家身分受託照顧的神奇寶貝就在這個洞窟裏，而那與傳言中的圍巾怪物似乎有關係…這到底怎麼回事！？

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小智一行人在旅途中經過的城鎮，莫名聚集了大批人潮，原來是四天王中的阿柳要進行公開練習！觀摩之後，小智一行人因緣際會的受邀前往阿柳的訓練中心。那裏的蟲系神奇寶貝們都過著悠閒地生活。參觀時，小光發現一張照片，在上面的是還很年幼的阿柳與「芋蟲神奇寶貝」刺尾蟲。據説那是阿柳初次收服的對象，如摯友一般的神奇寶貝。但是，周圍怎麼看都沒有像是那隻刺尾蟲的神奇寶貝。面對詢問刺尾蟲去向的小智一行人，阿柳也只是含糊應對。難以啓齒的四天王的過去，那到底是怎麼一回事呢？

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為了觀賞冠軍大師防衞戰，繞到某間神奇寶貝中心的小智一行人遇上好久不見的真司。可是，為了小火焰猴吵起來的兩人，決定進行對戰！小智以草苗龜挑戰真司的「老大神奇寶貝」烏鴉頭頭！而對戰一開始，面對烏鴉頭頭的強力絕招，小智這方逐漸被逼入絕境。這時候，接下烏鴉頭頭攻擊的草苗龜，竟然進化成樹林龜！雖然想一口氣發動攻勢，樹林龜不如以往俐落的動作卻令小智困惑。但是，一旁有個冷靜看著那樣的樹林龜的身影。那是真司的土台龜…。

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為了這次一定要和梅麗莎進行道館賽，小智一行人再度來到緣之市。此時突然有個陌生訓練家撞了過來！但是，那個訓練家撞到人還毫無歉意，叫著「在搞什麼啊！」就跑走了。一時目瞪口呆的小智他們也記起「目的是道館賽！」而重新鼓起鬥志，結果卻又白跑！因為挑戰一再受阻而失望的走在路上時，又再度與人相撞了！抬頭一看就發現眼熟的身影。他的名字叫阿馴，看來是與搭擋帝王拿波一起以成為世界上最強的訓練家為目標，而且還説崇拜的對象是真司！？小智到底要怎麼辦呢？

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小智終於要迎接與緣之道館的館主梅麗莎的道館賽！梅麗莎派出的第一隻是「影子寶可夢」的耿鬼，小智則選擇了泳圈鼬。雖然泳圈鼬自負在對戰時有絕對的自信，卻因為耿鬼那幽靈屬性特有的動作而陷入嚴峻苦戰！更雪上加霜的是，梅麗莎的寶可夢使出最擅長的絕招「催眠術」！為了防堵這個戰術而再三特訓的小智與寶可夢們，終於面臨測試秘密計策的時刻，但是…。究竟最後，小智能不能從梅麗莎手中取得勝利，拿到第五個徽章呢？

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經過飛行船航程，小智一行人抵達水脈市。可是，埋伏在那的火箭隊的圈套，讓小智一行人和手邊的神奇寶貝都走散了。想著「先找到就能收服！」的武藏、小次郎為這大好良機而狂衝！小智等人也急忙追趕上去！另一方面，在小智等人正在搜尋的皮卡丘面前出現的，是火箭隊的喵喵。雖然理所當然的警戒，但喵喵的樣子和平常不同：？它竟然説要退出火箭隊，成為小智一行人的同伴！於是，皮卡丘它們和喵喵一起行動。究竟喵喵的真實心意為何？皮卡丘它們能夠平安回到小智一行人身邊嗎？

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水脈市由眾多島嶼組成，小智一行人造訪了其中設有水脈道館的島嶼。雖然提出道館賽的要求，但現身的人卻是有嚴重黑眼圈的道館弟子。告訴小智一行人道館訓練家不在的弟子，甚至在打了個大呵欠之後就直接站著睡著了！正當大家感到不可思議開始觀察的時候，對方卻突然發出慘叫驚醒、然後跑走了。不明所以的小智一行人，到鎮上的警局去問詢問君莎小姐才知道，這座島上的人似乎都因為每晚做惡夢導致睡眠不足。而且，詢問緣由後更聽到了驚人的答案！原因竟然是「暗黑神奇寶貝」…。

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暫時停留在水脈市的小智一行人，和久違的大木博士聯絡時，聽説了只在「森之洋館」飯店才吃得到的「森之羊羹」的事，立刻決定要去吃羊羹。但是，不巧碰上旅館停業，而且還聽説旅館有妖怪出沒！就在大家準備放棄的時候，應該沒人的旅館大門自動打開了！小智等人大吃一驚，唯獨皮卡丘發現到什麼，跑進旅館裏去了！慌忙追過去的小智他們，不得已地在寂靜的旅館中前進，面前的地板上卻出現不該在這的微波爐。和不可思議地觀看的小智等人不同，只有皮卡丘感到興味盎然。這時，微波爐突然襲擊過來了！

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小智他們在等待道館訓練家歸來的同時努力特訓。小光也為了讓小山豬進化而成的"野豬神奇寶貝"長毛豬在下次華麗大賽出道而展開特訓，但是長毛豬卻不聽小光的話！它甚至還被食物的味道吸引，隨便跑到別地方去。這讓小光對往後能否與它好好相處感到不安。這時候，小智一行人看到了寫著「神奇寶貝交友訓練營」的海報！上面竟然説，只要和神奇寶貝一起參與課程，就能夠和它們感情變好！這樣就萬無一失！小光這麼想著，馬上就前往訓練營，但是…。

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得知道館館主已經回來，小智一行人立刻前往水脈道館。在大家抵達道館前的時候，聽見裏面傳來很大的爭吵聲！進去一看，在對戰場地裏的人竟然是水脈道館的館主‧東瓜，以及鋼鐵道館的館主‧瓢太！原來，這兩個人是父子！剛才的爭吵聲是都擅用由化石復活的寶可夢、還同為道館館主的這對父子，在爭論誰比較喜歡化石的聲音。而且光是爭吵還不夠，事態最後發展到對戰！東瓜以自豪的護城龍迎擊瓢太的戰槌龍！雙方都毫不相讓的大激戰！到底會怎麼樣呢！？

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期盼多時、與道館訓練家東瓜的水脈道館賽終於要開始了！小智選擇小火焰猴、泳圈鼬與天蠍王展開對戰！東瓜派出的第一隻是銅鏡怪！而小智則以適性良好的小火焰猴挑戰！小火焰猴使出火屬性絕招一口氣搶功，但是對上東瓜固守防禦等待機會的戰術，一直沒法造成決定性的傷害！然而攻擊還是最大的防禦！小智堅持不減緩攻勢，強勢地繼續攻擊！是防守的東瓜，還是進攻的小智會贏呢。兩人互不相讓的信念彼此衝突，決定了第六個徽章的去向！！

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為了前往舉辦下一場華麗大賽的木通鎮，小智一行人來到水脈市的碼頭。正要吃午餐的時候，神奇寶貝食物被突然出現的"電光神奇寶貝"勒克貓搶走了！小智與皮卡丘追著勒克貓進入了下水道。他們在那看到，勒克貓把神奇寶貝食物送給迷路的"球鯨神奇寶貝"吼吼鯨！勒克貓是住在下水道里的神奇寶貝們的領導者，它想要幫助吼吼鯨。小智知道勒克貓的心意後，主動表示要幫’忙讓吼吼鯨回到海里！可是，與勒克貓它們合作進行的計劃，規模非常大！真的能順利做到嗎！？

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小智一行人在水脈市的神奇寶貝中心，等待前往木通鎮的船。這時他們接到一通電話。竟然是在鋼鐵島修行的阿馴打來的！不過，阿馴看來跟平常不太一樣。一問之下才知道，原來阿馴的帝王拿波突然間開始胡亂攻擊。阿馴一心想著「要查出原因！」，為了幫忙他，小智一行人也決定前往鋼鐵島！抵達鋼鐵島後，他們看到了四處大鬧的"鋼系神奇寶貝"們。神奇寶貝襲擊神奇寶貝的景象，讓小智他們啞口無言。面對試圖阻止暴走的小智，鋼系神奇寶貝們發動了攻擊！！此時，路卡利歐與一位波導使者現身保護了小智！！

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與波導使者亞玄一起調查鋼鐵島異變的小智一行人，得知造成鋼系神奇寶貝暴走的原因，是覆蓋了整座島的低周波。同時，亞玄那以波導之力防禦低周波的夥伴‧路卡利歐，因為無法阻擋突然發生、直衝天際的強大能源波，還是失控暴走了！追著路卡利歐而去的小智一行人，看到的竟然是在調查巨大遺蹟的銀河隊幹部‧夥星。接著，發現是可疑裝置產生出能源的小智他們，現身對抗銀河隊。銀河隊的目的是什麼？究竟他們能不能拯救鋼系神奇寶貝呢！？

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小智一行人搭上船，前往下一場神奇寶貝華麗大賽的舉辦地木通鎮。波加曼與皮卡丘在船內遊玩，不過，它們在小智等人稍不注意的空檔，被潛入船內的火箭隊帶走了！火箭隊喊著「好棒的感覺啊～！」準備逃跑，但是海象突然惡化，讓皮卡丘它們趁機逃脱了！皮卡丘它們漂流到了一座無人島。為了回到小智等人身邊，它們努力的奮鬥，這時卻看到島上的神奇寶貝們在拼命搬運石頭的樣子！跟去一看，目的地有不可思議的繭和對它有反應的大量岩石…這個繭到底是什麼！？而皮卡丘它們能平安回到小智等人身邊嗎？

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小智他們抵達了要舉行神奇寶貝華麗大賽的木通鎮。不過，整個城鎮都處於熱鬧的祭典狀態，到處都在販賣"海洋神奇寶貝"霏歐納的商品！原來這個時期，似乎可以在木通鎮看到霏歐納。而且據説能看到霏歐納的話，幸運就會降臨。對鼓足幹勁、馬上要挑戰華麗大賽的小光來説，這是獨一無二的機會！她想著「絕對要看到霏歐納」，搭上了可以賞霏歐納的船。接著，遠方出現發光的身影…。小光他們到底能不能，遇見霏歐納得到幸運呢！？

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小光他們結束為了明天舉行的神奇寶貝大賽‧木通大會所做的特訓。在期待已久的點心時間，看到最喜歡的面寶讓帕奇利茲非常開心！然而，面寶卻在眼前被"洞穴神奇寶貝"尖牙陸鯊踩爛了！氣到發抖的帕奇利茲，似乎因為食物的怨恨而發動了新絕招"憤怒之牙"！但是像要制止它一樣，一名協調訓練家出現了！這位少女名字叫烏拉拉，她的目標是與尖牙陸鯊一起參加華麗大型慶典，所以才來參加木通大會。而且烏拉拉不知為何對小光顯示出敵意！那種態度讓小光忍無可忍，決定在木通大會和她一決勝負，可是…。

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小智一行人為了到切鋒市進行道館賽而持續旅行。途中，想要搶皮卡丘的火箭隊出現了！雖然皮卡丘使出"十萬伏特"驚險渡過危機，卻因為衝過頭在空中失去平衡！就在小智他們因為來不及接住皮卡丘而焦急的時候，騎著機車的君莎跳上半空中直接接住皮卡丘！在千鈞一髮之際救了它。可是，戴著墨鏡、肩上停著"音符神奇寶貝"聒噪鳥的這位君莎，氣質好像跟其他君莎不太一樣…。然後，這個自稱狂野君莎的人物，拜託小智一行人幫忙進行逮捕火箭隊的搜查，可是…

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小智一行人，朝著切鋒市前進，在雪地中繼續他們的旅程。但是，下個不停的雪讓他們迷路了。這時，在小智等人面前，出現了一隻向他們招手的"雪國神奇寶貝"雪妖女。跟過去一看，竟然有一棟小木屋！雪妖女準備了温暖的熱湯、還有神奇寶貝用的浴缸。波加曼高興的跳了進去，但是下一瞬間就被凍住了！原來小木屋是個陷阱！小光質問它為什麼要這麼做，結果從更裏面傳來火箭隊喵喵的聲音。照先落入陷阱的喵喵的説法，要救波加曼就得先幫雪妖女。到底雪妖女的目的是什麼！？

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火箭隊像往常一樣為了搶皮卡丘而騷擾小智一行人。但是，他們又失敗了。被皮卡丘打飛，身心都疲憊不堪的火箭隊發現一間拉麪店，馬上就衝進去要填飽肚子。而他們在那裏遇上意想不到的人物！原來那間店的店長是武藏和小次郎在火箭隊培訓所時期的學弟！而且他還想挖角喵喵到他的店裏工作。對總是失敗的火箭隊感到厭煩的喵喵，竟然接受了！而且連聽喵喵表明決心的武藏都説要退出火箭隊！只剩下小次郎一個人。究竟火箭隊會變成什麼樣子呢！？

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旅行途中，小智一行人經過強風鎮。在那個鎮上，正在進行由飛行系神奇寶貝爭奪圓環的「神奇圓環」競技大會。對「神奇圓環」興致勃勃的小智他們，決定要派姆克鳥登記參加大會！小智與姆克鳥巧妙的使用絕招通過第一輪比賽。在等待第二輪的空檔，小智一行人等在螢幕前要觀看其他參賽者的比賽。此時映入眼簾的，竟然是真司與烏鴉頭頭！兩隊都順利的晉級，終於在決賽碰上！小智VS真司。以「神奇圓環」強風鎮大會為舞台展開的比賽，最後將是誰勝誰負！？

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朝著切鋒市前進的小智一行人，正穿越廣大的森林。半路上發現水壺已經沒水可喝的小光，一個人去裝水。此時，波士可多拉突然出現出現在小光眼前，並且發動攻擊！慌張逃命的小光在混亂中摔落山崖，被河水沖走了！努力游上岸的小光，為了找小智他們而進入森林。結果，波士可多拉又出現了！認為逃跑無法解決問題的小光決心應戰，她選擇的是唯一能與重量級的波士可多拉對抗的象牙豬！但是象牙豬又不聽話了。小光與象牙豬，到底能不能渡過這次危機呢！？

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為了挑戰切鋒道館，在雪地中持續旅行的小智一行人為樹林龜進行特訓。這時候，就像先前的晴天是假象一樣，吹起了暴風雪！大家慌張走避，卻瞬間就被冰住！接著，出現一隻喜孜孜地看著小智他們的神奇寶貝。它是"樹冰神奇寶貝"雪笠怪！看樣子，它是為了引起人類注意才惡作劇。小智等人靠小火焰猴的火焰融冰脱困，卻又因為雪笠怪惡作劇而引發大混亂！不過，大家很難對沒有惡意的雪笠怪生氣，只有無奈地讓它同行。小智一行人與雪笠怪的旅程，到底會怎麼樣！？

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得知立浪鎮要辦寶可夢華麗大賽的小光，正在為華麗大賽做特訓。小光的寶可夢們就像平常一樣，活力十足的跑出寶可夢球。但是，只有波加曼莫名的沒精神。大家都擔心它是不是哪裏不舒服，波加曼卻還是逞強表示沒事。這時候，波加曼的身體突然開始發光！大家都為這進化的徵兆感到興奮，波加曼卻不知為何使用「忍忍」放出進化的能量！很高興看到波加曼進化的小光，無法理解它的行動。究竟拒絕進化的波加曼，真正的想法是什麼！？

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立浪大會終於要開始了！只差一個緞帶勳章就能參加華麗大型慶典的小光充滿鬥志。加上青梅竹馬的勁敵健悟也要出場，讓她忙着練習。而立浪大會從第一次審查就展開激戰！比小光少一個緞帶勳章的健悟説絕對要在這場大會追上來，高分貝向小光做出宣戰佈告！而他也如宣言般以最佳表演展現出豪力的力量。相對的，小光也堅持絕不讓出第五個緞帶勳章，與融入新動作演出的雙尾怪手做出默契十足的表演！勁敵之間互不相讓的對抗。立浪緞帶勳章會落入誰手中！？

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阿馴充滿鬥志的要與帝王拿波一起稱霸寶可夢乒乓大會。雖然還是新手，不過小智他們也報名了寶可夢乒乓，是由寶可夢與訓練家兩人一組打球的競賽。小智選擇皮卡丘，小光則與雙尾怪手搭檔挑戰大會。他們利用開賽前的空檔進行加強特訓，而雙尾怪手在練習中利用兩條尾巴使出了強力殺球！看到這一幕的大會上屆冠軍O選手，似乎認為雙尾怪手有着過人的天分。在萬分期待下，寶可夢兵乓大會終於開始了！不同於對戰和華麗大賽的興奮就在這裏！令人屏息的激戰，優勝的桂冠究竟會落入誰手中！？

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在旅途中經過防空鎮的小智一行人，遇見了只喜歡可愛的寶可夢、有着怪異「個人規則」的少女馬麗玲。根據她的規則，小光的卷卷耳是合格的，波加曼卻算不可愛。被莫名其妙的「個人規則」耍得團團轉，再加上波加曼被輕視，讓小光怒上心頭，接受了馬麗玲提出的對戰！可是，馬麗玲不但不對"櫻桃寶可夢"櫻花寶發出攻擊指示，還在看到櫻花寶忍耐傷勢的時候大喊「讓人心疼的可愛！」。看到馬麗玲的對戰方式，高喊「這是不對的！」大聲抗議的人，竟然是小剛！

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小智一行人終於抵達切鋒市，並且與好久不見的小望會合。這時候，突然有「冰粒」朝着小智他們飛來！而發出攻擊的是"樹冰寶可夢"暴雪王，還有一名訓練家！這人的身份，竟然是切鋒道館的館主‧小菘！受到粗暴歡迎的小智等人，在知道這是小菘風格的招呼之後，毫不在意的請她帶路參觀市內。小菘帶着大家來到了訓練家培育學園，原來她是這裏的老師！小智他們對道館館主開的課很感興趣，但是上課時竟然開始進行寶可夢搶答式機智問答！不過這種令人驚訝的課程，其實有它的秘密存在……。

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終於到了切鋒道館賽的日子！與專攻冰屬性寶可夢的道館館主‧小菘的對戰，是在神奧地區的第一次4VS4道館賽！小智以樹林龜、姆克鷹、天蠍王及小火焰猴挑戰。氣勢十足的小菘派出的第一隻是"尖爪寶可夢"狃拉！而小智則選了樹林龜。原本就很敏捷的狃拉，利用冰對戰場地更加快速度，以速度壓制樹林龜！無論適性或速度都對樹林龜不利，可是它逮到瞬間的機會，發揮出真司的土台龜教它的重量級戰鬥方式！雙方戰況勢均力敵。小智能夠得到冰河徽章嗎！？

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在切鋒市的寶可夢中心住宿的小智他們，遇到了真司的哥哥雷司。小智等人正為這久違重逢感到驚訝，沒想到又有更意外的人出現！關都的開拓之腦、金字塔法老神代竟然出現在當地！小智他們很高興的談起在關都的對戰，可是真司一聽説小智曾經打贏神代，馬上就變了臉色，讓人根本無法聯想到平常冷靜的真司。接着真司突然要求神代進行對戰！真司心裏究竟藏着什麼樣的想法！？

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一輛汽車開到剛看過真司與神代對戰的小智一行人身邊，從車上下來的是守護切鋒神殿的巫女。照她的説法，神殿發生了大事！神代與小智他們趕往神殿，而在那看到的，是正襲擊神殿的寶可夢獵人J與手下！他們的目標是傳説中在神殿沉眠的雷吉奇卡斯。如果它落入J的手中就糟了！可是，他們慢了一步，被強制喚醒的雷吉奇卡斯氣到發狂，開始暴走了！而且雷吉奇卡斯前進的方向是切鋒市！到底小智他們能不能解除這場危機呢！？

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為了前往睿智湖，小智一行人搭上了列車，並且在車上認識了一名叫做帥哥的男子。有點糊塗的帥哥買了太多特產車站便當，於是在車上把便當分送給乘客。小智他們就跟着送便當的帥哥一起到了駕駛室。那裏有"燈寶可夢"電龍在幫忙駕駛！就在大家因為寶可夢的活躍而感動的時候，發現前方的訊號燈變成紅色，於是列車緊急停車！駕駛認為沒有通知就變色的訊號很可疑，於是請車長去調查。這時，帥哥也要求同行。但是，帥哥的行動當中隱藏了某個秘密…。

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小智一行人為了實現與真司全面對戰的約定，來到湖面波光粼粼的睿智湖畔。兩位風格完全相反的寶可夢訓練家，終於要展開激戰。兩人的全面對戰，應該會是雙方氣勢十足的衝突。但是，不只是真司，連小智都冷靜觀察對手的寶可夢，活用替換機制，帶出意外的發展。對戰在小智的樹林龜與真司的烏鴉頭頭對峙的瞬間，出現了變化。看到以前剛從草苗龜進化時無力招架的對手，樹林龜的鬥志如烈火般狂燃！真司與小智，無法相容的兩位訓練家在對戰最後發現的是…。

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真司與小智展開了一場彼此信念之爭的對戰！在雙方各有一隻寶可夢被擊倒的局面下，與真司的鴨嘴炎獸對峙的是──小智最好的搭檔皮卡丘。以信任的力量渡過以往無數危機的小智與皮卡丘，勇敢地挑戰鴨嘴炎獸！真司一直否定小智的對戰風格，但是小智與寶可夢們的羈絆在他眼前引發奇蹟！對戰尾聲，真司的圈圈熊就要打倒小智的小火焰猴時，迴應小智的信賴，發揮潛力的小火焰猴出現異變！這該不會是…。勁敵對戰終於分出勝負！結果將會如何！

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在全面對戰中輸給真司的小智，為了讓受傷的寶可夢們治療休養而前往寶可夢中心。輸給真司的事實、同伴們痛苦的模樣，雜亂的思緒折磨著小智。看到這種狀況的小光，與波加曼一起計劃，展開幫小智打氣的行動。另一方面，喬伊小姐持續治療寶可夢，在一旁幫忙的小剛為了傷勢嚴重的猛火猴去尋找樹果。小剛走到了睿智湖畔。他在那裏看到的，竟然是漂浮在湖面上的、傳説寶可夢‧由克希的影子！

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小智一行人朝睡蓮鎮繼續旅行。小光為了準備華麗大賽，與象牙豬努力練習。但是，並不習慣表演絕招的象牙豬失敗連連，最後還鬧彆扭跑到森林裏去了！它被急忙追上的小光説服，正要回去找大家的時候，草叢裏出現有東西在動的聲音！象牙豬與小光警戒起來，接着眼前突然出現"藤蔓寶可夢"巨蔓藤，還以「吸收」攻擊過來！象牙豬因為力量被奪走而動彈不得，但是巨蔓藤卻不知為何靠了過來，留下了香柚！奪走力量又幫忙回覆。這到底是怎麼回事！？

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朝睡蓮鎮持續旅行的小智一行人，被街上的海報吸引。那是在神奧地區大受歡迎的節目「神奧‧寶可夢大勝利」的參加者募集廣告！身為節目忠實粉絲的小光，毫不猶豫的與小智還有小剛一起登記報名。但是，這個大會其實是火箭隊辦的冒牌活動！測試運動神經、和寶可夢的默契以及超越苦難能力的「神奧‧寶可夢大勝利」，是火箭隊鼓足了勁要招募優秀團員的手段！而他們注意到兩個人！雖然火箭隊想讓那兩人加入，但他們卻有著某個秘密…。

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在前往睡蓮鎮途中，小智一行人經過將神奧地方分為東西兩邊的高山‧天冠山，在山麓看到粉紅色無殼海牛。可是，他們正在應該只有藍色無殼海牛的天冠山東側。知道這件事後，一行人決定帶粉紅色無殼海牛越過天冠山。無殼海牛與小光的波加曼成了朋友，意氣洋洋的出發。這時候，它們掉進天冠山山邊的洞穴！小智等人急著追去，卻在洞裏發現人工開鑿的隧道。一邊覺得不可思議一邊前進的他們，看到了光線！但是，走出隧道的小智一行人眼前出現意想不到的景象！

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旅途中，小智一行人經過某個樹果園。被一堆珍奇樹果包圍的波加曼興奮不已，但是它突然撞到東西！原來是"水鼠神奇寶貝"瑪力露的尾巴。氣憤的波加曼想回頭數落對方，卻在和瑪力露視線相對時，樣子突然變得很怪！全身無力的搖來晃去，眼睛滿是愛心。難道是戀愛嗎！？它對瑪力露展開猛烈攻勢！它們開始慢慢親近，不過事情果然沒那麼順利。出現了像要破壞和樂同行的兩者感情一般的電擊！笑得囂張的電擊怪現身。突來的三角關係！波加曼的戀情將如何發展！？

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小光的媽媽‧彩子被選為雙葉祭典的委員！？聽説這件事的小智一行人來到小光的故鄉雙葉鎮。當地正進行祭典的準備，彩子也忙得不可開交！準備告一段落後，小智一行人在小光家接受款待吃晚飯。屋裏陳列著彩子在協調訓練家時期贏得的諸多獎章。再度看到這些東西的小光，心中產生某種感情。那就是，想讓媽媽看看自己成長後的力量！華麗大型慶典之前，必須超越的高牆。對手是以魅力喵、月精靈進行華麗演出的母親‧彩子，小光的魅力表演能發揮到什麼地步呢！？

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在熱鬧滾滾的雙葉祭典中，小智一行人努力的幫忙彩子。今天的重頭戲是大木博士的神奇寶貝講座！但是到了約好的時間博士還沒出現。擔心他的小智等人到附近的沼澤區一帶去接他。結果卻在那看見博士被帶走！那是牛蛙君！？同一時間，在雙葉祭典拼命打工的火箭隊，打算假扮成大木博士販售商品大賺一筆。小次郎打扮得和博士一模一樣，開始營業！正準備全力做生意時，竟然因為裝得太像被當成本尊拉上演講台了！意外不斷的演講！到底會怎麼樣呢！？

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幫忙雙葉祭典活動的小智一行人，正在鎮上四處逛攤位的時候，阿馴出現了！與小光一樣住在雙葉鎮的阿馴，也是為了雙葉祭典回來。久違重逢，小智與阿馴決定進行對戰！在帝王拿波與皮卡丘展開激戰的時候，阿馴突然發現在天上飛行的東西！那是"精靈神奇寶貝"天然鳥！一發現它，阿馴就以驚人氣勢追去！據説是那隻天然鳥有秘密的樣子。他們跟去的地方，竟然是個馬戲團！？大家在那裏看到的是，前所未見的、神奇寶貝們驚人的模樣…！

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雙葉祭典的壓軸活動，對戰大會！而且，優勝者可以和神奧地方最強的開拓之腦──桄榔戰鬥！聽到這個消息，小智當然不會放過，阿馴、小光，甚至連小剛都登記參賽了！在這場激戰不斷的大會中稱霸的是，發揮善於實戰長處的小智！他延續這股氣勢，挑戰最強的男人‧桄榔！而對手選的神奇寶貝是"?錐神奇寶貝"超鐵暴龍！那強猛踩踏大地的姿態充滿魄力！面對這個對手，小智選的是同樣以力量為主的樹林龜！激戰將至！這場戰鬥絕對不能錯過！！

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小智一行人以舉辦下一場華麗大賽的睡蓮鎮為目的地。途中，他們發現一座巨大的塔，意外地進去了！可是那座塔，其實是火箭隊的秘密基地！小智等人被關在牢籠當中，讓火箭隊為了作戰成功大為得意！這時，隔壁的糧食倉庫傳來聲音。過去一看，竟然發現"針球神奇寶貝"波克筆的身影！送來幸福的神奇寶貝…本該如此的波克比，卻超愛惡作劇！它花招百出，不只是火箭隊，連小智等人都一再落入圈套。而且最後還引發大危機！最邪惡的波克比的最糟惡作劇到底為何！？

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前往睡蓮鎮的小智一行人在旅途中經過的城鎮，發現一隻夾在建築物縫隙中的瑪力露！大家急忙救出它之後，它的訓練家正好找來。這名戴著令人印象深刻白帽子的少女，叫做琴音。她是為了在這個城鎮舉辦的特展，與名叫一成的少年一起從城都地方來的。琴音的夥伴是"葉神奇寶貝"菊草葉，一成的則是"大顎神奇寶貝"小鋸鱷。第一次見到城都的神奇寶貝，讓小光非常興奮！而她也得到機會，參加以神奇寶貝的蛋作為獎項的對戰大會！小光鬥志十足，而最後結果會如何！？

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小光正為了華麗大賽進行特訓。而加入他們旅程的琴音與一成看得目不轉睛。但是，大概是看得過於專注，琴音的瑪力露不知何時不見了！大家在四周找尋，結果發現草原另一頭有個大發電廠！一行人戰戰兢兢的進入，卻突然被巡邏的小磁怪們用電擊招呼！為了躲避小磁怪追擊而進入的房間，竟然是廠內的監控室，而且其中一個畫面照到了瑪力露！看來它是迷路誤闖發電廠的倉庫了。可是，在小智一行人踏入倉庫的那瞬間，遇上了要命的意外！結果到底會怎麼樣呢！？

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與琴音、一成同行的小智一行人，在途中經過的神奇寶貝中心，聽到傳聞説有一隻很兇暴的"陸鯊神奇寶貝"圓陸鯊。兇暴就表示很強吧！這麼認為的小智積極展開圓陸鯊收服行動！但是，一旁同樣燃起鬥志的男子，竟然是平常温和的一成！互不相讓的兩人開始競爭！相對於靠衝勁亂找的小智，冷靜動腦的一成利用圓陸鯊如同在陸地游泳的特徵，使出釣魚作戰！這招很成功，他們與釣到的圓陸鯊展開對戰！不過這隻圓陸鯊，比想像中還兇暴！收服大對決，會是誰贏呢！？

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寶可夢華麗大賽‧睡蓮大會終於開幕！從小智與桄榔的對戰中得到靈感的小光，帶着秘策前往會場。這次的勁敵，是火箭隊的武藏扮成的武藏莉娜！可是她看來跟平常不太一樣…。其實這個武藏莉娜，是為了代替感冒倒下的武藏，由小次郎扮成的小次莉娜，但是華麗大賽還是照樣開賽！小光讓波加曼展現華麗魅力，通過第一次審查。小次莉娜也以喵喵驚人的表演，意外過關！雙方終於激烈衝突！小光選擇進行出道賽的象牙豬！小光究竟能不能拿到最後的緞帶勳章！？

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與琴音、一成告別的日子到了。小智一行人來到據説過去歷代冠軍都戰鬥過的地點睡蓮圓形競技場。最後要來場神奧VS城都的雙打對戰！小智‧小光派出猛火猴與火球鼠，琴音‧一成則選擇菊草葉與小鋸鱷展開對戰！剛開始琴音、一成藉着有適性優勢的小鋸鱷的攻擊、以及不擅應付火屬性的菊草葉支援，掌握了節奏！可是，小智與小光也靠對戰經驗豐富的猛火猴，解救了小光陷入危機的火球鼠，展現出卓越的默契配合進行反擊，戰況平分秋色！究竟勝負將如何發展！？

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為了得到第八個徽章，朝湖濱市前近的小智一行人在森林裏迷路了。這時候，"反抗寶可夢"騎拉帝納突然隨着地鳴聲出現，襲擊小智他們！才剛因為驚險逃脱而鬆一口氣，這次卻換成眼前出現洶湧大水！小智一行人被沖走，痛苦地掙扎！但是，這些意外其實都是"黑暗寶可夢"黑暗鴉製造的幻覺！解救了大家的是位帶着"尖叫寶可夢"夢妖的女性。而且她似乎和造成幻覺的黑暗鴉有深厚的關聯…。這到底是怎麼回事！？

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小智一行人繼續旅行，朝湖濱市而去。皮卡丘與波加曼一如往常的跟在一旁。突然間，皮卡丘‧波加曼發生了異變！它們彼此都眼冒愛心，緊抱在一起不肯放手！小智與小光再怎麼努力也拉不開它們。為了解決這個異常狀況，一行人前往寶可夢中心。然而，在寶可夢中心裏，卻看到陷入同樣狀態的寶可夢與困惑的訓練家！這原因不明的狀況，讓喬伊小姐也束手無策。可是，看著這些寶可夢的小剛，發現了某個共通點！這無法理解的狀況，到底是怎麼發生的！？

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持續旅行的小智一行人，在某個草原上發現受傷的寶可夢。靠過去一看才發現那是火箭隊的喵喵！在療傷時詢問緣由才知道，它是在城鎮外圍一座叫作「多多羅鐵工廠」的巨大建築物裏，被銀河隊打倒的！而且武藏、小次郎，還有國際刑警帥哥都被抓住了！這個重大事件，讓小智等人決心與喵喵一起潛入多多羅鐵工廠！搶奪帷幕市的隕石、調查隨意遺蹟、襲擊神和鎮，還有掌握神奧時空傳説關鍵的天冠山。所有的點連成線，銀河隊終於為最後高潮展開行動！究竟小智一行人能不能粉碎那巨大的野心呢！？

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為了實現野心，確實進行準備的銀河隊，下一個目標是居於神奧各地湖泊的3只傳説寶可夢。而負責指揮作戰的，竟然是寶可夢獵人J！立刻將帷幕市隕石做成的「銀河炸彈」投下的J，試圖抓住3只湖中寶可夢！察覺到自身有危險的湖中寶可夢，求救的悲痛思緒沒有傳達出去嗎…。然而，相隔遙遠的小智一行人，確實感受到那股意念了！為了阻止銀河隊以及寶可夢獵人J，小智等人挺身而出！同時，神奧最強的冠軍‧竹蘭現身了！賭上神奧地區命運的決戰時刻，逼近眼前了！

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銀河隊的野心，那就是使用3只湖中寶可夢的特別力量，召喚出「被稱為神的寶可夢」帝牙盧卡與帕路奇亞，藉着強大的能量融合創造新世界。如果這個野心實現，神奧地區將會徹底消失。能解救這個危機的只有亞克諾姆、由克希、艾姆利多，還有能與它們同步的小智等人。但是，赤日將「神之力」移到自己手上了！而那股力量發動的時候…。赤日的理想，還有小智等人的願望終於正面衝突！時空傳説所引發的最後戰鬥。最終將會如何！？

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為了得到第八個徽章，小智一行人朝著湖濱市前進，並且為了道館賽特訓！這時候，連續使出「挖地洞」絕招的猛火猴，竟然發現埋在地下的藏寶箱！在樹叢間偷看大家驚訝反應的，是最愛寶物的火箭隊！雖然想要馬上出手搶奪，但是小次郎的樣子卻不同以往。原來那個藏寶箱，似乎是小次郎小時候埋的！而且，裏面放的還是絕對不能讓人看到的東西！無論如何都得把它從小智等人手中搶回來！這個藏寶箱內的秘密是什麼！？還有，等在最後的驚人真相是什麼！？

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旅途中，小智一行人來到某個處處是尖聳峭壁的地區。而"剪刀神奇寶貝"巨鉗螳螂與"風鈴神奇寶貝"風鈴鈴正在那裏進行激烈的空中戰。在觀戰的時候，巨鉗螳螂的訓練家‧光藏與他的孫子瑪悠出現了。一聊才知道，光藏是被稱為「空中對戰大師」的空中戰鬥專家，還是培養飛行系神奇寶貝的名人。小智立刻與天蠍王一起向他提出對戰的要求。但是，一開始對戰，天蠍王就因為無法應對當地特殊地形造成的風而不斷失誤。這讓光藏也説出嚴厲的失望評語。悔恨落淚的天蠍王，在經過特訓後再度挑戰，但是…。

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持續旅行的小智一行人，來到了某場華麗大賽的會場。小光最棒的勁敵‧小望，正在那裏進行賭上第5個勳章的對戰賽。小光當然不用説，再加上從切鋒市趕來的小菘一起加油，小望漂亮地贏得勝利！搶先一步取得了華麗大型慶典的出場資格！看到勁敵實力更上一層樓的小光再度堅定決心，確定下個目標是淺葱大會！但是，這場大會採用的是小光不擅長的雙人演出。對目前實力感到不安的小光，馬上為了編出新的組合絕招開始特訓！而這場特訓引發了意想不到的狀況！！

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朝著淺葱鎮繼續旅行的小智一行人，目擊到彷佛煙火的燦爛光芒在天上爆開！急忙趕往發射地點的他們，在那裏見到"哼唱神奇寶貝"七夕青鳥以及一位老婆婆。照婆婆的説法，她是在指導龍系神奇寶貝學習「天龍流星」。同時間，那裏出現一隻野生神奇寶貝…。是圓陸鯊！看樣子，它是想要學習「天龍流星」。從龍婆婆那邊問到方法的小智與圓陸鯊立刻開始特訓！但是，不管是幾次都不順利。不過，這隻圓陸鯊身上其實潛藏著驚人的力量！！

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離開教導龍系神奇寶貝使用絕招的龍婆婆住處後，小智一行人穿越森林，抵達了某座城鎮。小智在城鎮入口發覺異樣。好像有誰在戳他的腳！？仔細一看，出現的竟然是在龍婆婆家看到的圓陸鯊！看樣子它是喜歡小智才跟過來的。小智問它要不要一起走，並且投出神奇寶貝球！收服到新同伴了…這種想法維持不到幾秒，圓陸鯊就從球裏跑出來了！這讓大家覺得很不可思議。這時出現的人物，是燃起鬥志要收服圓陸鯊的阿馴！收服到這隻圓路鯊的人，會是阿馴還是小智？

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持續旅行前往淺葱陣的小智一行人，途中遇上在森林裏大鬧的"磁場神奇寶貝"自爆磁怪！晃動巨大的身體、失控亂衝的自爆磁怪以驚人衝勁往下方的城鎮前進！要是那樣在街上鬧事…。急忙跟上去一看，街上果然受害嚴重！想要設法阻止它的小智一行人，與君莎小姐合作進行對戰！但是，面對自爆磁怪壓倒性的力量，只能無力的敗下陣來。正當大家為了找出原因解決問題，進行作戰會議時，又出現了同樣失控的巨金怪！這兩隻一看到對方就開始激烈衝突！這種異常狀態，小智他們有辦法阻止嗎！？

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持續旅行的小智一行人，途中在小河邊休息，寶可夢們則在河岸邊玩耍。這時候，腳踩滑的圓陸鯊掉進河裏了！不過，急忙跳入河中的泳圈鼬成功救起它！就在大家安下心來的時候，突然有兩個影子衝出來！他們的真實身分，是寶可夢格鬥家‧喜十郎與他的搭檔魔牆人偶。因為很欣賞精彩的救援戲碼，所以他要求與泳圈鼬對戰！小智與泳圈鼬當然不會拒絕，馬上就開始對戰！雖然小智氣勢十足的進攻，卻遭到魔牆人偶強勁的「雷光掌」擊倒。誓言雪恥的小智他們，為了泳圈鼬的新絕招「冰凍拳」展開特訓，但是…。

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標題：燃燒吧！卡比獸！神奇寶貝全能競技賽王者！！

小智一行人繼續旅行，前往即將舉辦華麗大賽的淺葱鎮。路途中，他們在路中央發現了一個彈簧墊，皮卡丘與波加曼都很興奮得跳上去玩！此時，"睡覺神奇寶貝"卡比獸從天而降，把皮卡丘他們都彈飛了！在一頭霧水的小智等人面前出現一個人，他是卡比獸的訓練家‧悠太！他堅持以科學訓練方式鍛鍊神奇寶貝。比起科學之力，更相信羈絆的小智，對於不同類型的訓練家充滿興趣，立刻要求對戰！但是，悠太拒絕了他的要求，提議用對戰以外的方式對決！那就是被稱為神奇寶貝全能競技賽的競賽！這場對決，誰會獲勝！？

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終於，小光要爭取第5個緞帶勳章的寶可夢華麗大賽‧淺葱大會舉辦的日子到了！這場大會採取雙人演出！象牙豬與火球鼠這對新組合練習的「烈焰冰」，當然也讓小光特別投入。這時"加油寶可夢"正電拍拍與負電拍拍出現了！可愛的寶可夢出現，小光也覺得很有興趣…才這麼想，她卻一看到它們就陷入恐慌慘叫！最後甚至還暈過去了！看起來，小光對正電拍拍、負電拍拍，似乎有不好的回憶。而且這2只，竟然還是對手烏拉拉的寶可夢！淺葱大會突然掀起波瀾！緞帶勳章將會落入誰手中！？

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通過第一回合晉級的小光，終於要和勁敵‧烏拉拉正面交鋒！小光選擇的是經過猛烈特訓準備「烈焰冰」的象牙豬與火球鼠。相對的，烏拉拉則是派出小光最怕的正電拍拍與負電拍拍！小光搶先發動攻擊！藉由讓象牙豬吞下冰粒提升威力的作戰，華麗的先發制人！象牙豬與火球鼠正要接着使出絕招趁勝追擊，可是烏拉拉其實還有一招最後王牌…。對雙方來説都是攸關能否參加華麗大型慶典的關鍵之戰！究竟獲勝的會是烏拉拉，還是小光呢！這場對戰，絕對不可錯過！

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朝著下一個目的地湖濱市前近的小智一行人，在路上遇到阿馴。他看來很自豪，而理由就在徽章收集盒當中！阿馴的收集盒中竟然有在湖濱道館獲勝的證明‧燈塔徽章！自信滿滿的阿馴，就那樣興致高昂的挑戰對戰！他選擇的當然是帝王拿波。相對的，小智派出了猛火猴！但是，適性上較不利的猛火猴捱了帝王拿波一記強烈的水電炮，直接被打飛到森林裏去了！正當小智他們要趕過去時，森林深處冒出驚人的沖天烈焰！一行人面面相覷，這該不會是…。

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為了得到第8個徽章，朝著湖濱市前進的小智一行人，正在為對電系較佔優勢、屬於地上系的圓陸鯊進行絕招「天龍流星」的特訓！可是，這招「天龍流星」有著不管練多少次都會打到波加曼的傷腦筋毛病。從圓陸鯊成為同伴後，波加曼連續被「天龍流星」命中無數次。毫無例外地，今天也直接命中！波加曼的憤怒指數飆到最高點！！最後甚至離開了小智他們身邊！深感憤怒悲傷的波加曼，在森林中徘徊。而周遭有可疑的身影在看著它。波加曼一抬頭，就看到自稱「神奇寶貝救助委員會」的集團出現！然而他們的真面目是…。

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小智一行人抵達神奧地區最強的道館館主電次所在的湖濱市。大家馬上就前往湖濱道館，卻在那看到難以置信的景象！道館前面，竟然放着一大堆徽章，而且還不用戰鬥就能拿到！認為努力戰勝得到徽章才有意義的小智很生氣，想要硬闖進入道館，卻被高科技道館的警衞機器抓住了！這時候，烈焰猴隨着一閃而過的光芒出現，解救了小智的危機！對突發狀況感到驚訝的小智一行人，接着面對了更大的衝擊！那隻烈焰猴的訓練家，竟然是四天王當中的大葉！神奧最強的道館館主與四天王。這2人到底是什麼關係！？

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湖濱塔支持著湖濱市居民們的生活，而可疑人影正悄悄接近這個城市的象徵…。小智正在湖濱道館進行激烈的對戰，道館的電力卻突然消失了！照電次的判斷，應該是湖濱塔發生異常狀況、造成市內的電力供應中斷！電次帶著大家急忙趕去一看，塔竟然連同地基一起消失了！驚愕的小智等人發現神秘的輪胎痕跡，追上去之後看到了眼熟的三人組身影！沒錯，這起搶奪事件的犯人就是火箭隊！為了征服神奧，他們打算利用這座塔。這起事件，到底會有什麼結果呢！？

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小智一行人繼續旅行，前往即將舉辦華麗大型慶典的湖畔度假村，並且抵達某個沿海小鎮。在那裏等待他們3人的是小光的媽媽！原來她有事情需要請人幫忙。至於要幫忙做的事，竟然是當寶可夢學校的老師！工作內容則是負責一天的教學，指導還無法成為訓練家的孩子們，學習有關寶可夢的知識。小智等人對此都興致勃勃，很樂意地前往學校幫忙！可是，在集合起來的孩子當中，有個怎麼教都不肯乖乖聽話、愛惡作劇的少年…。小智一行人努力的試着改變他的態度，可是事情卻往意想不到的方向發展！

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持續旅行的小智一行人在河邊稍作休息，卻發現從河的上流漂來一隻"大顎寶可夢"大力鱷。仔細一看，它的背上似乎有什麼東西！急忙上前查看的小智等人看見的，是一名失去意識的少年！清醒過來的少年説他是寶可夢保育家夏也，正在執行某項特別任務！可是，寶可夢保育家最重要的道具、本來在夏也手腕上的「捕獵遊標」消失了！小智一行人見狀，主動提意要幫忙。到底這個任務，能不能完成呢！？

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繼續旅行的小智一行人，正為了各自的目標進行特訓！這時候，他們在附近的河裏發現一艘小船，而且船上來有一個睡著的女孩子！再這樣漂流下去會遇上大瀑布！但是，查覺到危險的小剛立刻跳下水，在千鈞一髮之際成功救出那女孩！大家就這麼等到她醒來，才知道她叫做米依。這個散發出不可思議氣質的少女，讓小智他們難以招架。照米依的説法，她因為某種理由必須趕到某個地方去，所以希望大家忙的樣子。但是這個叫做米依的少女，其實懷抱著不得了的秘密！

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持續旅行的小智一行人，在某個城鎮遇見一個叫尤西奇的少年。這名少年是初出茅廬的訓練家，他説把重要的搭檔"火種寶可夢"鴨嘴寶寶交給撫養家照顧好快速變強。但是，照他的説法，那個撫養家聽來實在很可疑。大家趕去撫養家開業地點一看，果然不出所料！那是冒牌撫養家！這讓尤西奇不知所措。但是這個地方，似乎有位熟知寶可夢的一切，叫做菊阿野的人在！而大家也在街上遇到她。不過，只有小剛發現到，菊阿野其實是位不得了的人物…。

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標題：波克基斯飛舞！公主殿下的神奇寶貝華麗大賽！！

湖畔度假村前進的小智一行人，途中經過了片慄鎮。因為那裏正好也舉行了華麗大賽，所以大家前去觀摩。這時有位女性攔住他們表示要找小光！這位叫作芙莉佳的女性説要拜託小光的事，竟然是與公主交換身分一天，這種不得了的請託！一行人決定先去聽聽公主的説法，而他們見到的，是長得和小光一模一樣的莎露比亞公主！？而且莎露比亞公主對華麗大賽憧憬不已，無論如何都想要參家看看！驚人的互換身分出場，結果將會如何！？

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華麗大型慶典終於近在眼前了！收服新同伴‧波克基斯的小光馬上就開始特訓！波克基斯優雅飛舞的姿態，讓小智一行人很佩服，但是隻有小光顯得不太高興。看樣子高雅的波克基斯，有個在使出絕招前做出優雅動作的習慣。可能是因為這樣，表演和對戰都不能盡如人意的表現，讓小光很煩惱。

小光努力的想改掉它的習慣，可是就是進行得很不順利。這時候，看上那份優雅的火箭隊登場！波克基斯面臨大危機！究竟小光能不能度過這個危機呢！？

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朝著湖畔度假村繼續旅行的小智一行人，正在某個廣場進行特訓！結果，波加曼跑到在準備午餐的小剛身邊，把大家的飯都吃掉了！一行人驚訝的要阻止它，但是波加曼卻吃個不停。這時候，竟然又出現一隻波加曼！哪邊才是小光的波加曼？困惑不已的小智他們，聽見了一名訓練家的招呼。聽到這個聲音的瞬間，其中一隻波加曼發出光芒，便換了模樣！沒錯，其實這隻波加曼，是"變身神奇寶貝"百變怪變成的。百變怪的訓練家‧瑪姬娜，自信滿滿向小智要求對戰，可是…。

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漫長的緞帶勳章收集之路。然後，總算到了華麗大型慶典！華麗又激烈的戰火終於被點燃了！抵達湖畔度假村的小光一行人，首先前往的是參加者齊聚一堂的開幕酒會。在那裏，他們看到過去好幾次對陣激戰的小望，以及眾多勁敵的身影。在各自懷抱熱情的狀況下，第一次審查就要開始了！小光選擇火球鼠與卷卷耳，以美麗的絕招組合展現冰與炎交織而成的表演！在前所未有的緊張感包圍下，小光與神奇寶貝們到底能不能突破第一次審查呢！？

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小光漂亮的晉級到第二次審查，接下來終於要進行華麗對戰賽！小光與神奇寶貝們都氣勢十足。這次是要以象牙豬、帕奇利茲搭檔配合，不斷特訓的"冰燦水晶燈"一決勝負。阻擋在小光面前的對手，是在第一次審查演出至今無人見過的強烈表演的烏拉拉！在興奮狂熱的會場，對戰開始！首先發動攻勢的，是順著高昂氣勢出手的烏拉拉。尖牙陸鯊與火精靈的組合招式爆發威力！相對於隨後一口氣趁勝追擊的烏拉拉，小光他們一直難以抓到機會扭轉情勢。要讓這種狀況逆轉，只能以大絕招放手一搏…。究竟這場對戰，會由誰獲勝！？

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華麗的祭典、華麗大型慶典也即將步入最後高潮！進入準決賽的4位選手展開火熱的對戰！首先是小望VS尚志。雙方都實力堅強的這場比賽，是場如預料般激烈、美麗的對戰。小望選的是葉伊布與夢妖魔。相對的，尚志則是派出音箱蟀與長耳兔。對戰一開始，擅長以草屬性和蟲屬性進行對戰的尚志，讓長耳兔展現出人意料的表演！他大幅拉開與小望的分數差距，讓觀戰的小光非常不安。但是，為了實現「在最終舞台見面的約定」，絕對不能輸的小望展開猛烈的反擊！究竟這場對戰中，最後露出笑容的會是誰！？

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對於出場參加華麗大賽的訓練家們來説最大的夢想、頂尖協調訓練家。終於，賭上這個光榮寶座的最終舞台開始了！至今為止，小光不斷通過與強力競敵們的激戰。而將在最終舞台戰鬥的，是小光最好的朋友、也是最強的勁敵小望。兩人在第一次見面的祝慶大會有過約定，「總有一天要在最終舞台交手」。他們彷佛是要確認彼此對這約定的心意一樣，展開一場激烈而華麗的對戰！不論是哭是笑，這都是最後的表演！究竟最後贏得光榮稱號的，是小光，還是小望呢！？

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華麗大型慶典結束後，為了取得最後的徽章而前往湖濱市的小智一行人，一如往例的遇上了火箭隊。不過，他們的作戰計畫這次還是失敗，被打飛到天空的彼端。在陌生的土地上清醒過來的武藏他們在四周查探…發現應該在的喵喵不見了！？其實，昏倒在路邊的喵喵對救了它的魅力喵一見鍾情！已經被迷得神魂顛倒了。「我好幸福啊喵…」可是，這快樂的時間一下就過去了。被順利會合的武藏等人無情地帶回去的喵喵，因為忘不掉魅力喵，想出一個不得了的主意。隔天早上，武藏他們起牀後，喵喵已經不見蹤影，只留下一封信告知「我要退出火箭隊」……。

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期待已久、與湖濱道館道館訓練家‧電次再戰的日子到了！找回幹勁氣勢的電次的實力，強到被稱為神奧地方最強的道館訓練家。小智派出不斷特訓的皮卡丘、烈焰猴及土台龜挑戰！兩邊的第一隻是土台龜與電擊魔獸。在屬性上具有壓倒性優勢的土台龜搶先趁勢發動攻擊！然而，就在小智的土台龜將使出攀登岩石的瞬間。電擊魔獸的手發出淡淡光芒，對猛衝過去的土台龜使出急凍拳！小智被電次完整的對策擺了一道。緊張的刺激比賽！究竟勝負將如何演變！

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準備前往舉辦神奧聯盟的鈴蘭島的小智一行人，在湖濱市遇到了健悟。他好像正在和某人進行華麗對戰賽。那個對手竟然是，城都地方的淺黃道館道館訓練家‧阿蜜！小智一行人因為意外的重逢而大吃一驚。聽到健悟正為了準備下次的華麗大型慶典進行特訓，讓小光對自己之後該怎麼辦感到迷惘。看到小光的模樣，健悟説出了令人意想不到的話。

他説，要是自己在對戰中打贏小智，就要小光跟他一起旅行！無視於對突發狀況不知所措的小光，對健悟來説極度重要的對戰開始了！到底會有何結果呢！？

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小智一行人終於搭上前往神奧聯盟的舉辦地‧鈴蘭島的船。在興奮地等着見到未知勁敵的小智身邊，出現了一名訓練家！他的名字叫麥可，似乎是為了與聯盟不同的目的搭上這艘船的。照麥可的説法，他是尋找在世界各地沉睡的「寶物」的尋寶者！而且，他鎖定的下一個寶物，竟然就沉眠在鈴蘭島附近！　　 尋找寶物的關鍵，是麥可在海底找到的地圖。在地圖上面還畫了神秘的寶可夢插圖……。會在此相遇也是一種緣分，小智一行人決定幫忙麥可，當作聯盟開賽前的熱身！但是，那個寶物沉眠的小島隱藏着驚人的秘密！究竟麥可與小智一行人，能不能找到在島上沉眠的寶物呢！？

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終於抵達神奧聯盟的舉辦地點鈴蘭島。在神奧地區各處與道館館主對戰勝出的強者們，現在都集結於此！接下來的對戰，是比以往更不容任何一絲大意的對戰，這麼一來成員選派也必須慎重行事才行。因此，小智決定從過去旅行中收服到的所有寶可夢們當中進行選拔。好久不見的同伴們，有小鋸鱷、龍蝦小兵、卡比獸、月桂葉與火球鼠！可是感人的重逢連續碰上意想不到的意外！卡比獸在會場的廚房亂吃東西！小鋸鱷它們在公園的噴水池大鬧！終於抵達的重大舞台，這樣真的沒問題嗎！？

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小智在第一輪的對手，是寶可夢吟遊詩人尚志！他在華麗大型慶典也有出場，與小望的一場激戰仍令人記憶猶新。尚志、小智，各自追求的強、過去旅行所得的一切都在場地上直接碰撞！擅長用蟲屬性和草屬性的尚志，第一隻派出的是羅絲雷朵。小智則派出適性較有利的姆克鷹！但是，先掌握主導權的是尚志與羅絲雷朵！面對以獨特的節奏‧戰術展開的猛烈波狀攻擊，姆克鷹一直難以抓到進攻機會。失去最初的第一隻，在這場短期決戰中是壓倒性不利的事。或許是這份焦躁影響，比賽出現意料外的發展…！

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在與尚志的激戰中獲勝的小智也順利的突破第2輪！舞台移到聯盟的第三輪比賽。決定對戰對手的瞬間到了，小智的對手是"有著百變對戰風格"、老奸巨猾的考平！對手確定了，讓小智鼓足鬥志。不過在他身旁有個更熱血沸騰的男子…那就是阿馴！確定對戰對手是他一直崇拜的真司，似乎讓他無法抑制感情。另一方面，真司則是跟平常一樣面不改色。雖然兩個的反應是明顯的對照，「在對戰中持續獲勝、拿下優勝」這個目標卻是一致的。對戰果然出現令人熱血沸騰的發展！雙方都毫不讓步的精彩比賽。究竟哪一方會贏得勝利呢！？

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小智看着勁敵們的激戰，而他的下一個對手是考平！與自在變化的對戰風格交手，到底會出現什麼樣的對戰呢。第3輪比賽開始了！彼此最初派出的寶可夢是壺壺與圓陸鯊！小智打算以具有速度優勢的寶可夢，一口氣分出勝負。剛開始這個作戰方式很成功，順利的壓制了考平的寶可夢們！但是，這畢竟是強敵環伺的神奧聯盟，絕對沒有那麼簡單。考平派出黑夜魔靈的瞬間，對戰的情勢就大大改變了！原因就是黑夜魔靈的絕招「騙術空間」！究竟這個絕招的恐怖之處為何！？

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從踏上在神奧地區的旅行開始，就是最大且最強的宿敵‧真司。戰鬥方式、對待寶可夢的方式、培養方式，一切的一切都與小智正好相反。兩人過去曾經好幾度發生衝突，不過在睿智湖的全面對戰之後，小智對真司、真司對小智，都開始慢慢認同對方。這樣的兩人，約定要再進行一次全面對戰的地方，就是神奧聯盟。過去絕不會相交的兩條線，在夢想的舞台上交會了！史上最大的全面對戰，小智VS真司！對兩人來説的真正神奧聯盟，終於要開始了！

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從對戰開始就勢如破竹的小智目前領先真司。可是，從真司的第3只寶可夢"蠍怪寶可夢"龍王蠍出現在場地上開始，戰情就急轉直下！它以巨大的尾巴和強猛的「飛彈針」將小智的寶可夢逼入絕境。為了破除這個惡劣情勢，小智派上場的是，最重要的搭檔皮卡丘！另一邊，真司也讓龍王蠍戰時下場，派出新的寶可夢。隨着詭異氣氛一同現身的是"雪國寶可夢"雪妖女！兼具幽靈屬性的雪妖女，像是在嘲笑小智他們似的在空中飛舞！小智他們到底能不能再度掌握情勢取回主導權呢！？

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在最高的舞台上進行的對戰終於步入最後高潮！彼此在過去的旅途中，各自找出來作為目標的「強」。小智、真司，兩個人對於身為訓練家的生存方式，求得答案的瞬間來臨了！小智的烈焰猴在場地上擺好架勢等待下一個對手。它看着過去曾是自己訓練家的真司，眼神中充滿了與小智一同旅行後產生的自信。相對的，真司將深受他信賴的夥伴‧電擊魔獸送上場地。烈焰猴的音速拳是對戰再度開始的訊號！命定該相遇而相遇的兩人最後的對戰，在這前方等待的結局是…。

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與最大的宿敵真司展開激戰並獲勝的小智，挺進到準決賽。而他的對戰對手，是已經被稱為本屆大會最強選手的訓練家達克多。這個男人，竟然只憑一隻寶可夢就通過先前所有的比賽晉級到這理！而且那隻寶可夢是"暗黑寶可夢"達克萊伊，可是不管對手是誰都不能退卻。優勝已經近在眼前，接下來只能繼續獲勝！準決賽就這個開始了，小智的第一隻選了赫拉克羅斯！另一方的達克多，果然還是派出達克萊伊！這是在適性上對小智有利的開場。但是達克多展現出來的，是將這些因素全都抹滅的驚人對戰…。

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結束神奧聯盟比賽的小智、小光及小剛3人，搭船前往小光的故鄉雙葉鎮。漫長的旅程也逐漸接近尾聲…。正開始感到寂寞的時候，出現了一隻皮丘，令3人忍不住露出笑容。這也難怪，因為之後接連有皮寶寶、寶寶丁、露力麗與熊寶寶等可愛的寶可夢跑來！甲板突然間充滿了温馨氣氛。可是，在那艘船的下方、海底出現要發生恐怖事件的前兆。因為火箭隊刺激了過着和平生活的毒刺水母，發怒的毒刺水母羣朝海面而來了！寶可夢們當然不可能知道這種事情。接着，事件發生了…！

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小智一行人，來到了小光的故鄉雙葉鎮。時間似長又短的神奧地區之旅，也終於要迎接終結的時刻了。離前往關都地區的船出航還有一點時間。3人對別離感到可惜，寶可夢們也都忍耐著同樣的寂寞。但是，無論如何都壓抑不了情緒的波加曼，雙眼不斷溢出淚水…。

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在小智在合眾地區旅行之時，留在雙葉鎮家中的小光也正在為了大型慶典而進行特訓。看到了這一情況的彩子向小光提出了挑戰！在與原本是頂級協調家的媽媽對戰之後，小光越發堅定了前去豐緣地區旅行的決心。然而，她為該攜帶哪些夥伴去旅行而猶豫起來，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中，小光遇到了為選擇哪隻初始寶可夢而煩惱的新人訓練家シンコ。在シンコ的面前，波加曼與小火焰猴吵起架來，並衝出了研究所……

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某一天，次郎所掌管的深灰道館面臨了有史以來最大的危機。正在為了寶可夢醫生學校的入學考試而努力的小剛，能夠克服這次的危機嗎…！？