寶可夢：太陽&月亮

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小智和皮卡丘前往阿羅拉地區旅行，自然資源豐富的阿羅拉地區也極具魅力。在那裏，小智與新的寶可夢們相遇，並且瞭解到了寶可夢學校。興奮不已的小智在夜晚被一個不可思議的聲音所引導...

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因為被阿羅拉地區所吸引，小智和皮卡丘選擇留宿在庫庫伊博士家，並且進入寶可夢學校學習。有一天，小智的同班同學為小智舉辦了一場秘密歡迎會。在熱鬧的歡迎會上，阿羅拉地區的守護神卡璞・鳴鳴來訪了...？

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小智從庫庫伊博士那兒得到了一隻被稱為“洛託姆圖鑑”的會説話的寶可夢圖鑑，拿到圖鑑後，小智帶着皮卡丘和洛託姆圖鑑與他的同學們一起興高采烈地前往森林捕捉野生寶可夢。另一方面，火箭隊三人組收到坂木的指令，也來到了阿羅拉。

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小智一邊在寶可夢學校上學，一邊見識着阿羅拉地區的寶可夢。一天，小智遇到了一隻餓着肚子的木木梟，為了收服木木梟而前往森林的小智一行人，在森林深處發現了小篤兒的巢穴！正當他們在觀察木木梟與小篤兒的時候，火箭隊突然出現了。

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小智在寶可夢學校上學，這次課的內容是瞭解海洋中的寶可夢。庫庫伊博士作為特別講師，宣佈上課內容是釣魚，可是小智沒有釣竿。這時水蓮提出可以到家裏拿一支魚竿借給小智，於是小智就跟着她走了。半路上，水蓮突然在一個地方停了下來。

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週末到了，庫庫伊博士要出門一趟，讓小智一個人在家。因為木木梟害得小智的衣服被打濕了，小智試圖順便幫博士洗衣服，可是卻弄得一團糟，自己做出來的料理也黑暗得吃不下。把冰箱的食物都用完的小智決定買點東西回去，於是小智來到了購物街，偶然看見了馬瑪內與託戈德瑪爾。

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在前往寶可夢學校上學的途中，小智遇到了野生的火貓寶可夢的火斑喵。這隻火斑喵在搶走了小智的便當後逃走了。前去尋找火斑喵的小智，碰巧看到了火斑喵在與阿羅拉寶可夢貓老大沖突後傷痕累累的樣子並立即決定將火斑喵帶回家處理傷口。然而，這只不親近人類的火斑喵再一次逃了出去。小智緊隨其後追了過去，這時...

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小智等寶可夢學校的學生從大木校長那裏接到了，照顧並觀察在拉納基拉山發現的寶可夢蛋的課題。夜間照顧蛋的任務被交由無法接觸寶可夢的同學莉莉艾擔當，小智決定到莉莉艾家裏陪她一起照顧寶可夢蛋。原來莉莉艾的家居然是連對戰場地都有的大豪宅。非常興奮的小智與莉莉艾的管家進行了寶可夢對戰。

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阿羅拉地區流傳着，要想成為獨當一面的寶可夢訓練家孩子們就要進行“諸島巡禮”，小智也想要挑戰諸島巡禮。島上的田地發生了因拉達和小拉達而荒蕪的事件，小智因此前去與島上頗有聲望，同時也是自己將要挑戰的諸島巡禮的關鍵人物——哈拉見面。小智很快向哈拉提出了挑戰諸島巡禮的請求，卻被哈拉回絕道：“在此之前需要試試看是否有挑戰諸島巡禮的資格。

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小智迎來了與島嶼之王哈拉的大考驗。擅長使用格鬥屬性寶可夢的哈拉，其充滿力量的戰鬥風格讓小智感到棘手。另一方面，小智派出了皮卡丘和木木梟的組合迎戰。在對戰中，哈拉與鐵掌力士使出了Z招式，小智也用Z招式還擊。戰鬥的結果是？

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寶可夢學校放假的日子來臨了，小智一大早就和庫庫伊博士一起努力地進行Z招式的特訓。之後偶然遇到了在父母家的牧場幫忙的卡奇，於是，小智為了與卡奇進行對戰，決定去卡奇家幫忙，在那裏遇到了各式各樣的寶可夢！

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在阿羅拉地區過着懶散又沉長的生活的火箭隊，一天突然接到了本部的來電，被問到如今在阿羅拉地區的活動是否順利。雖然勉強矇混過關，但他們也深感如此下去不妙，於是決定要去捕捉新的寶可夢。於是火箭隊來到了海邊，而小智一行人恰好因為上課也來到了海邊...

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小智從同學瑪奧那裏得知附近將要舉行寶可夢鬆餅競速大賽，這是訓練家與寶可夢協力在不弄倒的前提下以最快速度搬運堆積在盤子上的鬆餅的賽跑。頗有興趣的小智與皮卡丘一同參加了比賽。可是，衞冕冠軍諾雅的雷丘卻似乎和皮卡丘較上了勁，處處挑釁皮卡丘，加上火箭隊三人組前來搗亂，小智能順利完成比賽麼？

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在大家的悉心照料之下，寶可夢蛋終於孵化了。小智等人非常興奮。作為管理人一直努力至今的莉莉艾更是感動。但由於自己無法接觸寶可夢，莉莉艾很快又消沉了下來。這天放學回家路上，火箭隊盯上了帶着白晃晃的莉莉艾...

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一天晚上，回到家中的小智發現看家的巖狗狗居然受了傷。小智和庫庫伊博士對此十分吃驚，無人在家的時候巖狗狗是怎樣行動的呢？為了找出它受傷的原因，小智在家中安裝了監控，秘密監視着巖狗狗的動向。監控中的巖狗狗居然跑到了外面。慌忙追趕的小智，親眼目睹了意外的景象。

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這天，小智一行人與寶可夢們在海邊玩耍。正當小智的木木梟與水蓮的球球海獅一起進入水氣球裏玩鬧時，突然一陣狂風吹來，木木梟與球球海獅連同氣球一起被吹向了遠方。兩隻寶可夢正因迷路困惑不已，這時野生的火斑喵出現了。看樣子，火斑喵似乎能把兩隻帶回原來的地方，只是這個時候火箭隊出現了...

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有一天，小智去了寶可夢學校後，發現了很麻煩的事情，貴重的電Z突然不見了，就在小智慌忙的尋找時，看到偵探劇阿羅拉偵探拉奇的洛託姆決定化身成偵探去尋找小智的電Z，然而電Z卻出現在了...

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小智等人受到了同班同學瑪奧德邀請，去瑪奧家裏品嚐瑪奧家裏所經營的餐廳的新菜單。然而，瑪奧卻為製作燉菜的特殊材料感到為難。在小智一行人的幫助下，瑪奧找到了金黃色花蜜作為燉菜的材料，成功做出了新的菜品。

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放學後，小智去了馬瑪內的家裏。在聽取馬瑪內意見的特訓起到效果後，授予Z手環的不可思議的寶可夢再次出現了！為了測試小智的能力，第二次的對戰馬上就要開始了，小智的復仇即將開始。

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有一天，小智聽説了附近有一個俗稱“寶島”的小島後，便和皮卡丘一起前往小島探險。難得擁有了和皮卡丘兩人共處的時間，小智和皮卡丘的牽絆也進一步加深了。在黃昏的時候，出現了懸浮在空中閃耀着光芒的寶可夢！？

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又有一天，小智在路上和曾經遇見過的火斑喵再會了，在火斑喵的住處見到了和火斑喵共同生活的長毛狗的身影。與此同時，火斑喵向小智尋求幫助，長毛狗的身體狀況似乎越來越差了...

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小智在河邊與同班同學卡奇進行了特訓，發現了在沙子上移動的不可思議的鐵鍬。卡奇猜測了鐵鍬的主人。此時不可思議的事情發生了，鐵鍬竟然飛走了･･･！？

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小智、庫庫伊博士以及小智的同班同學們一起去看演唱會，目標是DJ雷歐和他的阿羅拉三地鼠組合。通過偶然的事件，小智認識了這個組合。然而令人意想不到的是，第二天這個組合竟然宣佈要解散!?

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有一天休息日，小智很是煩惱。最近在寶可夢學校要舉行開放日活動。意想不到的客人小智的媽媽花子也將到來，而小智將在活動上作為代表發言！這該如何是好？

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火箭隊依然追逐着小智的皮卡丘。有一天在寶可夢學校窺探寶可夢課程的火箭隊，對小智使用的Z招式感到驚歎。為了能夠儘快學習Z招式，火箭隊前往尋找C純晶。這時，同樣看上純晶的骷髏隊出現了･･･火箭隊和骷髏隊，惡惡相碰!!

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小智的同學馬瑪內的父母商議着搬家。一定要和學校的同學分手嗎？鬱悶的馬瑪內連上課也沒了心思。對馬瑪內的狀態感到擔憂的小智等人展開了行動･･･？

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小智在寶可夢學校休息的時間裏，聽到了在街巷中所出現的一個超強訓練家的傳言。小智決心一定要與他一戰，傳説中的訓練家出現了！立即打算與之戰鬥的小智，莉莉艾卻突然迎來･･･？

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阿羅拉地區大受歡迎的體育活動寶可夢棒球賽，小智和皮卡丘對這一比賽大為興奮！第二天，寶可夢學校的授課老師庫庫伊博士驚喜發表！今天的課程學習寶可夢棒球，而且是有名的職業選手奧魯奧魯來傳授！白熱化的比賽開幕了！誰能贏!!

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小智和寶可夢學校的同學們利用休息日的時間前往森林中露營。他們烹飪料理、在河邊玩耍、盡情享受露營。然而接下來，他們一個又一個接連倒地･･･這個森林有着這樣的傳説，有着不明物體會吸走人身上的能量･･･

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小智如同往日一樣前往寶可夢學校上學，庫庫伊博士提出了突然的發表，作為授課的一環，希望同學們將各自的寶可夢互換，以便能夠對自己的夥伴之外的寶可夢也有所瞭解。皮卡丘前往了莉莉艾家，不過，莉莉艾卻不敢觸碰皮卡丘…

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作為上課的一環，小智和他的同學們前往阿卡拉島。這時一位皮膚黝黑的女性出現了，她的名字叫做麗姿，是島嶼的女王。小智和麗姿在一起前往島嶼的途中遇到了困難…!?

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小智等人終於登上了阿卡拉島。今日的課程是與寶可夢長毛狗一起尋找寶物。他們各自選好了作為搭檔的長毛狗後開始尋找寶物，但是水蓮選擇的長毛狗卻不願聽從她的話，陷入苦戰的水蓮能順利找到寶物嗎？

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小智等人繼續在阿卡拉島享受時光。今天是自由活動的日子，小智和水蓮去附近的池塘釣魚。重量級的物品上鈎了！但是太大了實在太難釣上來，加油！

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小指等人蔘加了阿卡拉島上的祭典活動。活動的主要內容是為寶可夢戴上維拉之冠。小智在即將為自己的寶可夢戴上維拉之冠的時候，突然出現的一個球狀寶可夢將維拉之冠奪走了！

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作為課外活動的一環，小智等人嘗試了島的傳統料理，開始積極地收集料理所需要的食材。雖然面臨着種種困難。但小智最終依然收集到了食材。這時，小智卻收到了挑戰!!

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小智終於迎來了島嶼女王麗姿的大考驗終於到來。麗姿的考驗是2VS2的雙打比賽，麗姿用巧妙的戰術以及寶可夢壓倒性的力量和速度壓制着小智。這該如何是好？

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麗姿的大考驗結束之後，阿卡拉島的課外授課也即將結束。一天晚上，小智的巖狗狗失蹤了。小智慌張地尋找，當晚卻沒有找到。第二天，小智等人繼續尋找巖狗狗，這時，某隻寶可夢出現了!!

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今天火箭隊也依然以得到皮卡丘為目標，向小智發起了挑戰。在戰鬥的時候，武藏與謎擬丘和同伴走散了。更為糟糕的是，謎擬丘的畫皮破了。為難的武藏所採取的行動是･･･！？

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瑪奧的父親經營的餐館竟然迎來了電視節目的專訪！採訪過程中，開來了很多汽車，也迎來了很多位客人，餐廳陷入了繁忙的狀態。這時，因為一點小事，瑪奧和她的父親爭吵了起來，並離家出走了！

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有一天，小智和水蓮遇到了在海邊進行精彩表演的花漾海獅和它的訓練家。據説他們是在海洋上週遊世界的旅人，為了尋找一隻沉沒的舊船而來。對此很感興趣的智和水蓮，決定和他們一起去找那隻船。但是，火箭隊出現了･･･

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汽車拉力賽大受歡迎，其中有利用蟲電寶作為汽車動力的拉力賽。小智和馬瑪內一起組隊參加了比賽！但是，馬瑪內的蟲電寶卻始終跑不動･･･最後能夠獲勝嗎？

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寶可夢學校開展了成立20週年紀念典禮，小智久違地回到了關都地方。在那裏，小智看到了懷念的寶可夢，也看到了小剛、小霞和大木博士，很是高興。。然而意想不到的是，寶可夢們竟然在大木研究所裏迷路了･･･。

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課外授課依然在繼續。今天是體驗道館挑戰的課業，小剛和小霞作為特別的講師。喜歡對戰的小智和卡奇，向小剛和小霞提出了認真進行道觀對戰。小智、卡奇、小剛和小霞的對戰開始了！

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一天晚上，小智有個不可思議的夢。第二天早上上學時，小智遇到了一個從未實際見過的寶可夢！這是小智在夢中照顧過並立下約定的寶可夢。撿到的這個寶可夢是在洛託姆圖鑑中完全沒有記載的謎之寶可夢。小智並不知道該如何照顧這隻寶可夢，因此和寶可夢學校的同學們陷入了苦惱中。

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小智和寶可夢學校的同學們費盡心思地照顧着撿到的寶可夢小星雲，非常辛苦。令人驚訝的是，小星雲竟然能夠瞬間移動！令小智等人更加辛苦的是，小星雲將他們瞬間移動了･･･

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小智等人收到邀請，來到了收納受傷寶可夢的保護設施以太樂園，對於遇到保護設施內的眾多寶可夢而感到興奮。然而在那裏卻發生了意外，一隻百變怪逃走了。小智等人努力尋找，但卻沒有找到･･･

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有一天的午後，發生了意想不到的事情，小智與莉莉艾的哥哥格拉吉歐再次相遇了。格拉吉歐身邊帶着一隻陌生的寶可夢，但是這隻寶可夢卻不太想見生人。這其中的原因竟然與格拉吉歐的過去有關？

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今天是開心快樂的住宿會的日子，寶可夢學校的同學們來到了庫庫伊博士的家裏。大家一起打遊戲、吃飯，住宿會的場面很是熱鬧。在大家都入睡後，意想不到的事情發生了。

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莉莉艾想要找回過去的記憶，以知道自己不敢觸碰寶可夢的原因。小星雲使用了瞬間移動，將莉莉艾和小智傳送到記憶中的地點。莉莉艾開始逐漸克服了內心的恐懼･･･。

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恢復了過去記憶的莉莉艾，生活很是充實。但在這背後，扎奧博因為工作失敗被暴露而處於不利的狀態。為了逆轉這一局面，扎奧博劃誘拐小星雲實行他的秘密計劃!!

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在以太基金會事件之後，小星雲不再移動了。這時更大的問題發生了！莉莉艾和他的哥哥格拉吉歐一樣離家出走了。面對接踵而來的問題，小智決定與島嶼之王哈拉商談。

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為了見到傳説中的寶可夢索爾迦雷歐，小智等人前往波尼島的日輪祭壇。在那裏，索爾迦雷歐並沒有出現，等待着小智等人的竟然是阿羅拉地區的四位島嶼守護神。在驚訝的小智等人面前，守護神們採取了行動･･･!?

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藉助了索爾迦雷歐的力量，小智等人穿越了究極之洞，到達的是究極異獸所居住的世界！小智等人試圖救出露莎米奈，但是擋在他們面前的是被究極異獸操控的寶可夢們！

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為了將露莎米奈救出，小智等人繼續戰鬥，一直沒有放棄。然而，本應倒下的露莎米奈的寶可夢們再次復活，小智等人陷入了大危機！結果到底會如何呢？

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寶可夢學校的大家終於解決了究極異獸的事件，生活又回到了安寧。直到有一天，庫庫伊博士告訴了小智一件重要的事情･･･。

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寶可夢學校的同學們進行着戰鬥的練習，這時大木博士來到了寶可夢學校。這次，大木博士帶來了樹枕尾熊，樹枕尾熊和胖丁發生了一段很有趣而又意想不到的故事。

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今天是寶可夢學校的休息日，庫庫伊博士、芭內特博士與小智一起出門，將看家的任務留給了洛託姆。不過，因為意想不到的事情，洛託姆的形態改變了，變成了清洗狀態，隨後又變成了旋轉狀態和加熱狀態…。洛託姆最後能平安無事地回到原來的樣子嗎!?

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火箭隊與好壞星的初戀對象超壞星見面了！知道這一情況的小次郎打算成全超壞星與好壞星的戀情。這段戀情最終的去向是!?

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有一天，在森林裏迷路的詩婷和詩涵被神秘的寶可夢所解救。瑪奧和水蓮回憶起了他們也曾被稱作“森林中的老爺爺”的同一只寶可夢所解救過。於是，小智等人為了表示感謝而前往森林，他們能夠成功見到“森林中的老爺爺”嗎…!?

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在拉納基拉山，小智等人看到了一片廣闊無垠的世界，因而感到十分興奮。小智等人與雪上運動專家莎拉相遇了。受到莎拉的邀請，小智等人蔘加了寶可雪橇跳躍大會！到底誰能夠獲得大會的冠軍呢？

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花園上突然出現了究極異獸！在露莎米奈的指示下，小智等人出動了。目的自然不必説，捕獲究極異獸，並將它們送回原來的世界！果然第一次出動的結果是…!?

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因為武藏吃了它特意留存的重要冰淇淋，喵喵一氣之下從秘密基地跑了出去。在那裏，喵喵偶然遇到了阿羅拉・喵喵。阿羅拉・喵喵很機靈，因此武藏和小次郎想把它也納入火箭隊。但是喵喵卻是竭力大反對…!?

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阿羅拉地區有着傳統的四人對戰，名曰皇家對戰，在電視上看到這一戰鬥形式的小智很是興奮，想前往會場參加。於是，小智與皇家隊戰中曾獲得全勝的蒙面訓練家皇家蒙面人發起了挑戰。最終獲得勝利的會是誰！

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小智和皮卡丘在進入市場時，與始終在爭奪的寶可夢投擲猴相遇了。投擲猴看起來像是在不同的島嶼上爭鬥着以決定誰才是老大。小智覺得不能對輸掉戰鬥的投擲猴視而不見，向其他投擲猴展示力量吧…

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有一天，小智等人在寶可夢學校進行着對戰練習，畢業生伊利馬到訪了。據認識他的瑪奧等人説，伊利馬是寶可夢學校開辦以來的秀才，有着種種傳説。為了確認傳説的真實性，小智等人與伊利馬見面了。到底是什麼樣的傳説呢!?

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今天寶可夢學校的授課內容是，學生們去參觀寶可夢乒乓大會！在特別講師伊利馬的鼓勵下，小智等人也嘗試了這一運動。在前次比賽中伊利馬失敗了。在這次比賽中，伊利馬會獲得冠軍嗎??

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在寶可夢妖怪學校的課堂上，皮卡丘的前面出現了一個神奇的寶可夢!?這隻寶可夢似乎很在意皮卡丘，就帶上皮卡丘去了寶可夢學校的外面。發現皮卡丘失蹤了的小智慌慌張張地尋找，但是與此同時火箭隊也出現了…

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今天寶可夢學校的大家迎來了寶可夢中心的職業體驗日。然而，在寶可夢中心工作的喬伊小姐感冒了。小智等人決定代替喬伊小姐努力工作！在那裏，骷髏隊突然出現了…

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有一天馬瑪內在與家人露營時，在竹林裏發現了被埋沒了的神秘的銀色金屬（？）。馬瑪內和託戈德瑪爾一起挖出來一看，發現瞭如同臉一般的東西。馬瑪內認為，這或許是在自己喜歡的故事“星船輝夜”中登場的輝夜…

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在卡奇的牧場裏出現了一個自稱是布爾甘的男人，其自稱要買下牧場並建造一家度假酒店。卡奇們拒絕了這個男人的邀請，隨後這個男人便以各種手段騷擾卡奇的牧場。憤怒的卡奇們開始向這個男人宣戰…

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在美樂美樂島的某個森林中。野生的滴蛛開始了它的旅程，動身去尋找水源。滴蛛在旅行中有着各種各樣的經歷，如在外面的世界第一次看到大海，又如在和其他滴蛛在爭奪水源的戰鬥中敗北。在那樣的情況下，滴蛛和偶然的水蓮戀愛了！？

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在進行着料理修行之旅的瑪奧的哥哥烏魯，突然回到了老家的艾納餐館。烏魯，是為了參加在阿羅拉地區舉辦的一年一度的“阿羅拉・麪包節”而回來的，但是在這背後似乎有着什麼隱情…。你預感會在艾納餐館發生什麼事？

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有一天，小次郎的好壞星學會了拍落這一惡屬性的招式。因為先前已經獲得了惡Z，所以火箭隊一直在商議着得到Z手環的辦法。火箭隊從坂木那裏聽説去烏拉烏拉島的島嶼之王那裏，可能可以得到Z手環。火箭隊、Z手環!?

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小智等人繼續挑戰下一個島嶼，但是卻沒有找到任何前去的交通工具。在少女阿塞蘿拉的幫助下，小智等人好不容易才到達島上，這難道是對小智等人的考驗嗎？？

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為了讓寶可夢更強大，小智想請烏拉烏拉島島嶼的守護神卡璞・哞哞協助特訓。多虧了阿塞蘿拉的指引，小智順利地到達了卡璞・哞哞的身邊，但是卡璞・哞哞卻很難對付…

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終於學會了Z招式的武藏，今天又來抓獲皮卡丘了。面對從未遇到過的考驗，小智和皮卡丘也通過訓練變得更加強大。習得了Z招式的武藏和小智之間認真的戰鬥開始了！

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最終，小智終於迎來了默丹的考驗。烏拉烏拉島的大考驗是，用一隻寶可夢連續打敗三隻寶可夢。小智和鬃巖狼人經歷了特訓後，能夠在實戰中發揮出特訓的成果贏得考驗嗎！？

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小智等人去了美樂美樂島觀賞煙花大會。偶然的情況下，看到了在節目中原本並未設置的謎一般的煙花（？）。第二天，小智等人在學校討論這件事的時候，究極防衞隊突然發出了緊急行動的指令。這似乎與謎一般的的煙花有關係、果然…

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今天是寶可夢學校的學生們留宿學習的日子。在輝克拉尼天文台，觀察着流星寶可夢小隕星。之後，小智等人遇到了一顆偶然隕落到地面的小隕星。這是一隻能和小智等人友好相處的小隕星，實際上小隕星寶可夢有着一個秘密…

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想要回到美樂美樂島的小智等人，在一個自認為是捷徑的洞窟中迷路，莉莉艾和大夥們走散了。在那裏，莉莉艾遇到了阿羅拉穿山鼠。聽説阿羅拉穿山鼠們似乎有想贏的人，莉莉艾想成為幫助它們的力量…。最終，小智等人能成功從洞窟中走出來嗎!?

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從電視上看到在阿羅拉地區大流行、在皇家對戰中活躍的皇家蒙面人而興奮的小智，和庫庫伊博士等人一同去會場看比賽。皇家蒙面人的對戰對手使用了卑鄙的手段，無法忍受的小智和炎熱喵一起上了擂台!?

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某一天的寶可夢學校。同學們在庫庫伊博士的提議下舉行了“寶可舞蹈”比賽。現在大家都在想和自己的搭檔寶可夢合作的舞蹈，那到底會是怎樣的展示會呢！？

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今天寶可夢學校的課程上，以太樂園的扎奧博作為特別講師。為了讓同學們對科學感興趣，扎奧博準備了無論是多大的機器啓動開關後都能變小的機器。當扎奧博進行現場展示時，機器卻不動了。剛想着機器終於發動了，小智卻變小了…

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有一天的傍晚。來到集市的小智、遇到了一位擅長畫畫的少女。她的名字叫茉莉，並且似乎能夠通過繪畫感受到寶可夢的心。當她第一眼看到毒貝比的時候，就知道毒貝比很喜歡畫畫。茉莉在毒貝比那裏，還感受到了什麼…。毒貝比的心情究竟是如何的？？

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在寶可夢學校的操場上，出現瞭如同巨大跳箱一樣的東西。小智等人原以為這是為了上課而準備的道具，於是立刻跳了起來…。這時收到了究極防衞隊緊急出動請求！現場到底發生了什麼事…！？

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小智和他的寶可夢學校的夥伴們來到了寶可夢的度假温泉“寶可夢天堂度假村”。正當大家準備休息時，在那裏瞄準了寶可夢的火箭隊出現了…。

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有一天早上，小智發現庫庫伊博士和芭內特博士一直沒有精神。阿羅拉地區少有的陰天下，小智來到了寶可夢學校，在和同學們交談時，聽聞大家的父母也都沒有精神。為了調查這個謎團，究極防衞隊出動了。那裏有新的成員出現！？

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突然出現在究極防衞隊面前的是露奈雅拉和另一個神秘的寶可夢。露奈雅拉與它展開了激烈的戰鬥，此時火箭隊的特殊部隊也登場了！另外，索爾迦雷歐也出現了…！露奈雅拉最終的命運會如何呢！？

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為了拯救阿羅拉的危機，小智等人朝着究極之洞的另一面出發了。在那之前，等待着小智等人的是…。另外，火箭隊的真正目的到底是什麼呢？？圍繞着阿羅拉的異變，各自的想法交錯！！

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究極防衞隊終於找到了“光輝大神”的傳説。但是，卻不知道怎樣才能拯救阿拉拉的危機…。小智們在煩惱的時候，卡璞・鳴鳴行動了！需要配合大家的力量，找回阿羅拉的和平！去吧！去吧，究極防衞隊！！

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小智等人來到了遍佈着皮卡丘的“皮卡丘山谷”。在那裏，小智等人遇到了一位非常喜歡皮卡丘的不可思議的女性皮卡菈。當小智被皮卡菈和山谷中的皮卡丘所歡迎時，瞄準皮卡丘的火箭隊出現了…。

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皇家對戰最強的英雄皇家蒙面人要在美樂美樂島舉辦握手會了！知道了這一消息的小智和庫庫伊博士商量着前往握手會。庫庫伊博士不希望別人知道皇家蒙面人的真實身份就是自己，這個問題怎麼辦！？

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今天寶可夢學校的日程是、在體育館進行舞台劇發表會。小智和寶可夢學校的夥伴們在緊張的同時在大家的家人面前表演了戲劇。在那裏，撿到小智掉落的戲劇劇本的火箭隊闖入了…。發表會到底會變成什麼樣呢！？

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某一日的水蓮家。詩婷和詩涵告訴水蓮她們想去鬼屋。在寶可夢學校裏，水蓮向大家提到了此事，偶然從烏拉烏拉島來的阿塞蘿拉提出了一個想法，在寶可夢學校建立一座破舊的宅邸！到底能做什麼樣的鬼屋呢！？

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以維拉火山為中心產生了強烈的磁異常！因為可能會對偵測究極異獸出現的系統產生影響，究極防衞隊前往調查原因。最終，小智等人能夠查明磁異常的原因嗎！？

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小智等人來到了以太樂園。正好在同一時候，火箭隊也偶然來到了以太樂園。火箭隊的目的是把樂園中被保護的寶可夢們全部竊取過來。在那樣的情況下，卻不知為何出現了一隻死纏不放的童偶熊…！？

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在森林中，小智偶然遇到了國王·哈拉的孫子·哈烏。哈烏知道了小智是為了迎接考驗而前往森林進行特訓後，決定和小智展開對戰。木木梟和投羽梟，到底贏的是哪一方！

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小智等人來到了人氣電視劇《阿羅拉偵探拉奇》的拍攝現場，在那裏他們偶然獲得了節目製作人的喜愛，就這樣被邀請出演節目的新角色，洛託姆很高興…。

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在海邊獨自吃果實的伊布。好像誰在大街上看見了它。但是正在被壞心眼的貓老大追趕！伊布的命運究竟是！？

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一天，小智在前往寶可夢學校的途中與阿羅拉的守護神——卡璞・鳴鳴再會。小智立刻向卡璞・鳴鳴提出挑戰。在戰鬥中皮卡丘和卡璞・鳴鳴的電擊激烈碰撞的那個瞬間，醒來後的小智和皮卡丘在一個陌生的地方…。在那裏，他們遇見的是一個青年，和那個青年在一起的寶可夢捷拉奧拉！

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以某件事為契機，小智和皮卡丘被放飛到了一個陌生的地方。那個地方沒有人影，街道也荒廢了…。小智和皮卡丘得知其原因是被某位強大的寶可夢破壞了，小智決心與迪亞共同戰鬥！小智與孤獨作戰的迪亞能拯救嗎！？

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寶可夢學校上完課後，小剛和小霞帶着驚喜來到了學校。為了第一次來到阿羅拉地區的2人，學校的大家決定做觀光向導。到底會是怎樣的觀光呢？

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阿羅拉迎來了小剛和小霞。今天小剛懷着希望，去阿卡拉島見島嶼女王麗姿。麗姿知道小剛原來是道館館主，就向小剛挑戰！熱烈戰鬥的結局到底是…。

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小智一行人前往波尼島。馬瑪內準備讓蟲電寶進化。小智從旁人口中得知目前波尼島沒有島嶼之王而無法進行大考驗，因為前任島嶼之王在不久前告老退休了。小智首次遇見了哈普烏，被誤以為是偷蘿蔔的小偷。並與她對戰，最終敗給她。

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當哈普烏在進行的研究項目的時候，來到波尼島遊玩的莉莉艾觀察着生活在那裏的各種各樣的寶可夢。突然，她的哥哥格拉吉歐出現在她的面前。莉莉艾非常開心能夠跟她許久不見的哥哥團聚，但是之後小智和格拉吉歐就用各自的鬃巖狼人展開了一場對戰！

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馬瑪內想要讓他的蓄電池寶可夢蟲電寶進化成鍬農炮蟲。在發現波尼大峽谷裏存在一種神秘的力量後，他就帶着蟲電寶去了峽谷。與此同時，水蓮和她的海獅寶可夢球球海獅異乎尋常地熱衷於學習她的師父伊雅和她的獨唱者寶可夢西獅海壬的招式。

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據説波尼島的守護神卡璞・鰭鰭出現在島上的聖地彼岸遺蹟裏。不出所料，當小智在這片神聖的土地上和卡奇進行對戰時，小智引起了卡璞・鰭鰭的憤怒，最終小智被抓走。為了解救他，卡奇必須在一個限定時間內奔跑，並從阿卡拉島的守護神卡璞・蝶蝶手中拿回鱗粉。

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格拉吉歐來到波尼島的理由是因卡璞・鰭鰭擁有能夠讓他們見到已經過世的人的不可思議的力量，然後聽到了這個的瑪奧…

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哈普烏成為了波尼島的島嶼女王，然後小智在她那裏接受了大考驗，到底小智能不能突破大考驗呢？

小智一行人去參加阿羅拉地區很受歡迎的和寶可夢一起玩的寶可高爾夫。

小智一行人在結束了波尼島的自由研究之後乘船返回了美樂美樂島。然而卻有一個不明的生命體(美錄坦)跟着他們上了船。等到他們抵達港口的時候，那些美錄坦就開始惡作劇。最終連小次郎放在火箭隊的秘密基地的收藏品、學生們的工具還有寶可夢學校都被它吃掉。

小智一行人請求大木博士進行調查。博士調查後的結果證明這個不可思議的生命形態是命名為"美錄坦"的新種寶可夢。然而，當火箭隊快要接近捕獲美錄坦時，麻煩出現了。

為了支持並參加猜謎阿羅拉寶可夢（日文︰クイズ　ポケモンdeアローラ），小智一行人來到了電視台。在這時，小智發現有一隻叫做小鯉的天才童星鯉魚王的樣子很奇怪。

擁有Z純晶的訓練家們被叫做費洛美螂的究極異獸襲擊，目擊了那個現場的喵喵愛上了費洛美螂。

由於庫庫伊博士在發表會上宣佈建立阿羅拉寶可夢聯盟，導致在電視上看到實況轉播的骷髏隊老大古茲馬來到了寶可夢學校。據説庫庫伊博士和古茲馬之間有仇，而古茲馬的來襲也令小智強烈要求與其進行對戰。

莉莉艾和格拉吉歐正在追查聽説已經去世的父親莫恩的記錄。看到這一幕的母親把兩人帶去了莫恩的房間…

小智一行人去拜訪馬利埃靜市。在拜訪期間，謝米，美錄坦和小渚因為追着被風吹走的瑪奧的髮夾而消失了。

小智一行人來到了位於馬利埃靜市的關都之道館，在那裏，他們見到了一羣穿着忍者服的道館訓練家。

為了得到第一名的獎品蟲Z，馬瑪內參加了鍬農炮蟲競跑。但是到了競跑的那一天，火箭隊出現並想抓住鍬農炮蟲。

在海邊玩耍的小智一行人面前，出現了傳説的寶可夢蓋歐卡，它不知為何沒有精神，發現它被寶可夢獵人盯上的小智一行人展開了幫助…

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在美樂美樂島森林裏的智揮猩的店裏，瑪奧因為要去拿大蘑菇來到了這裏，又送給智揮猩一個波尼蘿蔔，但這時又遇見了一些寶可夢客人……

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又在陽光明媚的一天，火箭隊總部給武藏他們發來了聯絡，要求立馬將在阿羅拉地區收服的穿着熊上交總部。小智一行人也要去操場上特訓……

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為了阿羅拉寶可夢聯盟，小智一行人前往卡奇家進行Z招式的特訓。卡奇的搭檔爆焰龜獸和鍬農炮蟲進行特訓並安撫調皮的嘎啦嘎啦，把大家當作親兄弟一般，然後小智和馬瑪內終於知道卡奇和爆焰龜獸相遇的過去。

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在阿羅拉發生了幾起物品被切成碎片的事件。確認這些罪行是究極異獸紙御劍所為之後，小智一行人所在的究極防衞隊出動了。

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有一天，芭內特博士發現拿着“寶可夢超級招式圖鑑”的庫庫伊博士和炎熱喵一起的照片。那個時候，在森林特訓的小智他們遇到了時拉比。然後小智和炎熱喵被時拉比的“時空穿越”而回到過去所震撼！

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當小智和炎熱喵從過去回來的時候，他們看到皮卡丘它們都充滿傷痕和十分疲憊。在他們去的這段期間到底發生什麼事了?

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為了進行Z招式的特訓，小智一行人來到了莉莉艾的家。在那裏，莉莉艾向大家介紹了由於某種原因而不能移動的幻之寶可夢瑪機雅娜。

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小智一行人來到了阿羅拉寶可夢聯盟的舉辦地—瑪納羅競技場，不料骷髏隊也來了，而且還在會場搞破壞，另外庫庫伊博士與古茲馬之間的關係、恩怨也即將揭曉。

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預選皇家對戰開始。這是一場151組的寶可夢與訓練家的對戰中，取得勝利的16組的可以晉級決賽的生存賽。當強大的選手出場時，小智他們是否能進入決賽呢？

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寶可夢訓練家的實力者聚集，阿羅拉寶可夢聯盟的決勝比賽開始。第1回戰的第一回合是小智對扎奧博。小智要如何接招扎奧博的戰略？第二回合是伊利馬與古茲馬的激戰，第三回合是哈烏對大木校長。然後第四回合，瑪奧與水蓮的超越友情的火熱對戰也開始了。

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決勝比賽的1回戰的第五回合是馬瑪內VS茉莉。接著第六回合竟然是武莎吉娜VS德小次朗的火箭隊之間對決。

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為了準備島嶼之王哈拉的孫子哈烏的第二回決戰，小智與木木梟在進行特訓。在那邊的銃嘴大鳥與小篤兒決定教授小智們“羽毛舞”。對上哈烏的寶可夢狙射樹梟非常不利的木木梟，能發揮出羽毛舞嗎？

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小智與哈烏的戰鬥持續中。兩人都已經使出了Z招式，那麼，接下來這場戰鬥會如何發展呢？還有，下一場的馬瑪內對決卡奇，又會是誰勝誰負呢⋯⋯？

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卡奇對馬瑪內的比賽即將結束，第二輪的第四場比賽——水蓮對古茲馬即將開始！

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卡奇的妹妹星兒被骷髏隊襲擊，而拯救她的正是卡奇的對手格拉吉歐！

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卡奇VS格拉吉歐的比賽即將結束，下一場是打算破壞寶可夢聯盟的古茲馬和小智之間的比賽！

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企圖破壞聯盟的古茲馬以及一直以來都支持聯盟的小智，這兩個人，在聯盟大會上對上了。這場為聯盟而打的仗，究竟會是聯盟捍衞成功呢？還是⋯⋯？

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經過一番激戰，最終站在戰鬥場地上的是小智和格拉吉歐兩人。這對勁敵，即將在寶可夢聯盟上擦出最激烈的火花。這場最終決戰，究竟是誰贏誰輸呢⋯⋯？

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小智與格拉吉歐的對戰即將進入尾聲。究竟勝利的女神最後會對誰微笑呢⋯⋯？

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在頒獎典禮即將進行的時候，究極異獸惡食大王突然現身。面對著大肆破壞會場的惡食大王，小智與皇家蒙面人以及四大島嶼之王將要如何迎戰呢？

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成為阿羅拉寶可夢聯盟初代冠軍的小智。接下來終於輪到與皇家蒙面人庫庫伊博士進行表演賽了！阿羅拉歷史上第一位的寶可夢聯盟冠軍小智VS不僅是博士，還是眾所周知的連戰連勝之強者寶可夢訓練家的庫庫伊博士，矚目的對戰現今，就要開始了！！

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庫庫伊博士和小智的戰鬥進入白熱化狀態。阿羅拉史上第一位冠軍的小智，要與庫庫伊博士派出的強力寶可夢們戰鬥，用普通的策略是行不通的。小智的鬃巖狼人VS庫庫伊博士的勇士雄鷹。接着，庫庫伊博士新的寶可夢妙蛙花登場！激烈對戰中，小智派出變強的木木梟應戰！

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小智對庫庫伊博士的對戰，演變成了炎熱喵和熾焰咆哮虎的對戰。到底炎熱喵能否戰勝熾焰咆哮虎呢？

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作為庫庫伊博士的搭檔，突然參加對戰的卡璞・鳴鳴，與之對戰的是小智的皮卡丘。雙方的Z招式激烈碰撞!

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阿羅拉聯盟瑪納羅大會閉幕後，大家都回歸日常生活。在寶可夢學校，大家聽聞了庫庫伊博士即將休長假的計劃。小智聽了大家的夢想和對未來的規劃之後，下定了某個決心。

在聯盟中沒有看到的小智VS卡奇的戰鬥也將實現！在聯盟中磨練了本領提高了水平後，競爭對手之間的這場戰鬥引人注目，誰將是勝利者？

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小智為了自己的將來做出了重大決斷。他決定要回去真新鎮了，但是他還沒想好怎麼和其他人説這件事……就在這個時候，在小智面前出現了一隻令人懷念的寶可夢…

另一方面，火箭隊也接到了來自總部的聯絡，令他們感到很苦惱。他們和穿着熊母子分別的日子也即將到來。

而莉莉艾的目標也有很大的進展！到底各自邁向未來的的道路是什麼！？