宇宙警探élDLIVE

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　　能聽見無論是誰都聽不見的不可思議的“聲音”的中學生・九之瀨宙太，因為會無意識地與那個“聲音”對話，被周圍認為是個喜歡自言自語的怪人。由於今天也自言自語而被同班同學的美少女·其方美鈴輕藐的宙太十分低落，不過此時，突然看見不可思議的光芒。然後注意到自己在“宇宙警探·élDLIVE 太陽系方面署”之中……！？在那裏以署長雷恩·布里克為中心，各種各樣的外星人們，日夜為了守護宇宙的和平而工作着。

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　　突然，因為宙太而出現的奇妙的生命體“共生體”——。那是隻有宙太能聽見的“聲音”的本體。沒有個體名的這個共生體，喜歡宙太口中無意説出的“多爾”這個名字，宙太和多爾的共同新生活開始了。宙太和多爾作為élDLIVE部員工作，兩人成為了美鈴的同事。但是，美鈴對宙太的態度仍舊批判性的冷淡。在此之中，兇惡的外星犯罪者越獄事件發生了……。

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　　偶然與盜竊犯相遇的宙太，緊急與多爾發動共生技。然而不但犯人逮捕失敗，還把美美阿姨捲進來並讓她受了傷。從美鈴那得知盜竊犯是外星人的宙太，決定獨自逮捕犯人。想追蹤外星人持有的固體特有的體味“SPH”，於是拜託“SPH調查室”的梅里埃斯。但是這個犯人，似乎不只是個盜竊犯……。

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　　在學校的早會中，美鈴與多爾聞到了奇妙的氣味後昏倒的事件發生了。並且還收到了活躍於宇宙的巨大犯罪組織“德米勒”所屬的艦船正朝太陽系駛去的報告，élDLIVE太陽系方面署突然變得慌張起來。同時，宙太他們學校有幾個轉校生，宙太他們被安排了，探尋這與此次事件是否有關係的任務。

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　　小學時的宙太，因為岩石崩塌事故失去了關係很好的三個兒時玩伴——。因為自己提議的原因，兒時玩伴們捲進事故而一直懊悔，宙太不斷責備自己，但在那樣的宙太面前與本應該死去的兒時玩伴·溝口健一模一樣的少年出現了！宙太困惑於意想不到的事件，不管如何希望也無法傳達的謝罪心情變得膨脹起來，但……。

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　　宙太他們被賦予了保護要員的任務。保護的人物是宇宙最強的科學家之一，拉烏博士。接受雷恩署長的指令，這次，進行共同作戰的搜查5課的領隊，貝羅妮卡和搜查員妮諾琪卡匯合的宙太他們，試圖馬上與拉烏博士接觸。但是，一副衝擊的光景在那樣的他們面前呈現！？

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　　在本應與烏拉博士會面的地方站着一位謎之少年——。少年異樣的行為和言語讓宙太他們吃驚，但讓他們更為吃驚的事件發生了！為了共同作戰，本應一起行動的妮諾奇嘉，突然向宙太他們發起攻擊。為了與擁有和文靜的外表不相符的高戰鬥力的妮諾奇嘉對抗，宙太與多爾發動共生技，但力量差距十分明顯……。

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　　苦戰之中。多爾與宙太使“更新”成功了。對虧了更新而更強大，能夠使用新能力的兩人開始反擊！另一方面，在élDLIVE·太陽系方面署內發生混亂。突然，一部分署員們發生暴動，到處開始發生小衝突。對此事態雷恩署長髮令“代號9”，逮捕在署內的危險人物並平復混亂.

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　　為了在與地球一樣的支部工作，因為拉烏的事件而進行共同作戰的貝羅妮卡她們，作為轉學生來到宙太的學校。這使得宙太和美鈴目瞪口呆，此時，宙太被朋友阿立邀請，與轉學生們和美鈴一起去打保齡球。宙太她們被雷恩署長拜託，在附近的保齡球場觀測微弱的SPH的調查，因難以進行調查大家索性一起打起了保齡球……。

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　　在élDLIVE太陽系方面署，每天都提出關於各種各樣的犯罪討論——。在此之中，總覺得在多個事件中是同一個外星人作祟！？但是針對作為嫌疑人顯露出來的外星人，用同一張臉的其他外星人也有很多……。然後，被認為再次用同一張臉的犯人有關的事件發生了。到底犯人是同一個人嗎？還是説是用同一張臉的其他人呢？

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　　宙太被臨時分配到了搜查4課。4課的課長維卡·維克特有着坦率的性格，與宙太年齡也相近，兩人馬上就變得親近了。兩人受阿立邀請一起去美術館，但在那裏舉辦的淨是裸女像的繪畫展……！？此時，宙太的警察徽章突然收到信息。同時另一方面，宇宙犯罪組織·德米勒發動了地球侵略的新作戰——。

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　　因為宙太的不注意和間諜的暗中活動，受到德米勒的攻擊的élDLIVE太陽系方面署和地球遭受到了大的騷亂和損失。德米勒宣言要進一步向地球發起攻擊，作為撤退的條件是“交出九之瀬宙太和莫尼塔利安”。宙太雖然一度感到有責任並打算答應條件，但擺出徹底抗戰姿態的雷恩署長與太陽系方面署的夥伴齊心協力，決定與巨大犯罪組織抗爭到底。為了從敵方組織手中保護宇宙和平，élDLIVE太陽系方面署總動員的作戰開始了！