學園默示錄

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　　白天，慘劇突然降臨。剛過正午，私立藤美學園的校門前出現了一個可疑的人物。來處理事態的男教師被“它們”咬到了手臂後，其他在場的教師也一一變成了“它們”。藤美學園在身份不明的入侵者的手裏一瞬間變為了殺戮的舞台。目擊了事情經過的2年級生·小室孝覺得事態不尋常，擔心青梅竹馬·麗的安全而趕往了她的教室。

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　　由於“它們”的入侵，藤美學園陷入了混亂中。平野户田與在這種情況下也能保持冷靜的高城沙耶一起行動着。另一邊，守在屋頂的天文台的孝和麗，正準備聯絡警察官的麗的父親的時候，因為手機的不穩定而聯繫不上。在“它們”快要突破路障的情況下，孝他們決定了要從屋頂上逃脱。

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　　逃進了職員室的孝他們知曉了整個世界在發生着同樣的現象。倖存者中有一個名為毒島冴子的精通古武術心得的人。冴子提議為了生存必須組建隊伍。孝他們搭乘校醫·鞠川靜香駕駛的迷你巴士嘗試着逃脱，但是校門前出現了不知不覺中大量增加的“它們”的姿態！

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　　乘坐鞠川校醫駕駛的迷你巴士而從學園成功逃脱的一行人，卻因幹線道路的擁堵而無法動彈。採取另一行動的孝和麗駕駛着摩托車趕往警察局，荒無人煙的街道上只剩下悽慘的日常的殘骸而已。兩人為了補充汽油而來到了加油站，在那裏的陰暗處，有一個不祥的視線在盯着麗。

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　　由於交通堵塞而沒有任何進展的巴士裏面，冷靜地分析着現狀的沙耶他們在思考着如何在這混亂中存活的方法。另一邊，雖然孝他們也急着會合，但是因為別的倖存者的襲擊和當局控制的交通規制而事與願違。就在這時，在洋溢着抑鬱氣氛的巴士中，正在形成着以教師的紫藤為中心的危險勢力……

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　　在靜香朋友家暫作休息的孝一行人。當麗、冴子、沙耶、靜香他們正在洗澡的時候，孝和户田在櫥櫃裏找到了武器。對於精通槍械知識的户田，孝產生了些許敬意。另一邊，市區的警察由於橋的警備而陷入了混亂中。失去了指揮系統的警察為了維持治安而做出了某個判斷。

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　　孝一行人在靜香的朋友·裏香的住宅中短暫休息。看着滿是“它們”的街道，孝他們認識到了“想救下所有人是不可能的”。街上不只是有“它們”，還有失去了理性的人類同類在進行醜陋的鬥爭……正當少女將要被“它們”抓住的時候，户田扣下了槍的扳機！

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　　在警察守備薄弱的御別川上流上岸的孝他們整理着武器準備趕往沙耶家。雖然駕駛着裝甲車前進，但還是在住宅街被壓倒性數量的“它們”強行闖入。就在同伴陷入了危機中時，沙耶也拿起了武器進行了反抗。經過了消耗戰，彈藥也快耗盡，就在這時裏香做出了某個覺悟……

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　　孝和冴子決定通過別的路線趕往沙耶家。由於日落兩人迫不得已在神社住一晚，但是孝在那裏得知了冴子心中的黑暗。在尾隨而至的“它們”面前，冴子露出了瘋狂的表情並將“它們”一個個殺死……孝決定接受冴子的一切。

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　　抵達沙耶家的一行人。但是沙耶家周圍的“它們”數量也在持續增加。在這絕望的狀況下，沙耶闡述了能否守住這裏的重要性。接受了住宅裏大人的盤問的户田，向沙耶的父親·壯一郎堅定地發誓道：“誓死守護沙耶！”

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　　逃避現實、無法接受現狀的大人和渡過了眾多難關的孝他們，這兩者之間存在着無法填補的決定性的隔閡。孝覺醒了作為領袖的自覺。另一邊，“它們”的感染在全世界範圍內同時發生着。在失去了控制的世界大國中迸射着核彈的火花！

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　　核彈在大氣圈上層迸發着。由於電磁脈衝導致集成迴路故障，電子設備都無法使用了。“它們”向沙耶家蜂擁而入。雖然孝應戰了，但作出了在這狀態下持久戰很不利的判斷。孝、麗、冴子、沙耶、户田、靜香和愛麗絲決定駕駛裝甲車從沙耶家逃離。在這之後，到底會有什麼在等待着他們呢。