奈克賽斯奧特曼

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在不遠的近未來，人們生活的世界似乎沒有什麼變化。但事實上，世界各地都傳出了源起於異生獸的詭異事件。為了暗中解決這些事件，人類成立了跨國聯合性的組織TLT。而其中TLT日本分部的TLT-J中的實戰部隊“夜襲隊”為了剷除異生獸而在不為人知的情況下持續着戰鬥。

孤門一輝是一名為了救人而選擇就職救助隊的青年。某日，突然有位謎一般的中年紳士現身在他的面前。這個人的出現大大改變了孤門的人生，孤門因此被選為“夜襲隊”的隊員。正當孤門對於自己的命運感到迷惑的同時，在他的面前突然出現了謎樣的銀色巨人。這位銀色巨人正是奈克賽斯奧特曼。

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被選為迎擊從宇宙飛來的神秘生命體“異生獸”的“夜襲隊”隊員孤門一輝，為了能夠進入狀態而進行了嚴厲的訓練。他握緊了大型槍，眼睛盯準了標靶。而他實際要面對的敵人是專門食人的“異生獸”，所以絕對不能有一點疏忽大意。但就當訓練課程告一段落的同時，曾經襲擊過孤門的那種“異生獸”再次出現在了人們的眼前。

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有兩名人類被“異生獸”威作人質。正當“夜襲隊”的隊員們苦思對策時，銀色巨人再次出現並救出了人質。不知道這個謎般的巨人是不是同伴。就在這個時刻，奇特的事發生了，巨人的身體突然從銀轉紅，接着巨人就和“異生獸”一起消失在隊員們的視線中。

曾被巨人救過的孤門一直主張着巨人是同伴的説法。但是副隊長卻以“眼前所見的不一定就是真像”這點潑了孤門冷水。為了讓孤門理解這句話真正的意義，副隊長帶着孤門前往了一個地方。

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之前那隻異生獸再次出現了，這次進化得更為強大。異生獸只要與強者對決過就能“吸收”對方的情況進而達到模仿並進化的目地。為了將潛伏在隧道內的異生獸殲滅，夜襲隊進入了出擊準備的狀態。

被稱為“預知者”的謎般美少年——吉良澤優作戰參謀下達了作戰配置的指示。身為最後一道防線的孤門在心中作下這新的決意。孤門、西條、吉良澤三人將各自心中對於巨人的想法收起來的同時，戰鬥的時刻立即到來。

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在姬矢眼前出現了一位自由記者。這位知道姬矢過去的男人名為根來甚藏。拼命想隱瞞事實的姬矢，回想起灰暗的過去記憶。

另一方面在TLT基地裏，關於奧特曼新的分析報告出爐了。奧特曼會在戰鬥的時候做出特殊的空間，並將敵人引入其中而戰。孤門主張其舉動是為了將戰鬥時對人類造成的災害降低。但孤門提出的“奧特曼是人類盟友”這項意見卻不被任何人接受。就在這個時候，新的異生獸出現了。

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孤門開始找尋那位被他認定是奧特曼本體的男人。當孤門觸碰到那已消失的石頭般飛行物體時，“他”艱辛的記憶流入了孤門的心中。迴響的槍聲，四處逃竄的人們，在混亂中有一位少女發現自己並跑了過來。但是，這個少女的身影卻和同時爆炸的聲音同時消失在了這個世上。基於這段記憶，孤門開始找尋“他”到底是誰。

姬矢準，一位在戰爭中拼命拍下戰爭的真實的男人。從曾和姬矢在同一間新聞社工作的同事那兒，孤門得知了姬矢曾親眼所見如夢般的故事。那是個伴隨夢想而成長，不可思議的體驗。

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得到了新的異生獸潛伏在廢工廠的地下的報告，夜襲隊馬上出動了。在那兒孤門發現了留在地基處的小女孩及一隻小狗。同時姬矢也感知到異生獸的存在，就在準備變身為奧特曼戰鬥之時，突然有發光彈襲向姬矢，在散去的煙塵中有位姿態詭異的魔人出現了。

自稱為“浮士德”的魔人，以自己所造出的“暗黑領域”打破奈克賽斯正在形成中的美塔領域並將奧特曼帶入其中。並且因為這個空間所帶來的電波障礙的影響，孤門等人無法探知異生獸的動向，也無法進行外界聯絡了。

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逗留在有異生獸出沒的廢工場中的少女裏奈，在孤門及西條的保護下奇蹟般的生還了。但是為了救助裏奈而違背命令單獨行動的孤門，卻被上級追究了責任。也因此孤門那“不能犧牲任何一人的生命”的使命感被駁斥為“毫無價值的理想”，孤門因而感到困惑。

在這樣的事態中，孤門遇見了住院中的裏奈小妹妹。但是裏奈卻一點都不記得有關孤門的事。在為此陷入混亂的孤門面前，“記憶警察”的領隊“首藤沙耶”出現了。

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比起救助少數的犧牲者，殲滅異生獸及消去被害人的相關記憶更為重要，瞭解了TLT的這個做法後，孤門開始苦惱並失去自信。對這時的孤門而言，心中唯一的支柱就只有身為戀人的莉子了。但邪惡的魔爪也正悄悄的接近莉子。孤門所無法想象的悽慘現實正在進行中。

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孤門及副隊長所搭乘的戰鬥機因故緊急迫降在山區。在那兒孤門發現了自己的戀人莉子。倒在孤門懷中的莉子手上握有刻有“溝呂木真也”的身份牌。副隊長在看見這個名字後臉色大變，問莉子是否有見到名為“溝呂木”的男人。

為了殲滅異生獸“萊芙麗雅”，夜襲隊再次進行稱為“強擊隊形”的作戰計劃。“強擊隊形”是為了進入奈克賽斯所作出的美塔領域，三台鉻金切斯特戰鬥機所進行的合體動作。孤門居然被指名為合體完成後的“強擊切斯特”的射手。

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副隊長無法隱瞞對於行蹤不定的“溝呂木”產生的心中陰影。另一方面孤門與其女友莉子的羈絆越來越深，逐漸產生了為其而戰的決心。

可是就在這個時刻，孤門的“通訊器”傳來了一段詭異的訊息——“你將失去你最重要的人”。為此孤門衝出了基地，直接朝向莉子所在之處而去。但在路上他卻看到了意外的事情發生。

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副隊長終於與溝呂木再次碰面了。另一方面孤門的女友莉子從病院失蹤了，從記憶警察那得知了關於她的驚人情報：早在半年前就因異生獸而身亡的四人家族，其中的女兒竟然就是莉子。而握有其事件關鍵的溝呂木真也的身份也將逐漸明朗。

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因為女友莉子的身亡，隊長認定孤門現在的狀況不適合出任務，讓他休假。孤門去了與莉子相識並常去的那個動物園散心，但失去莉子的傷痛卻只是不斷的加重，再怎麼樣也只能痛苦得不能自已。

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孤門對於溝呂木所説的莉子是他所操縱的人偶一事感到絕望，他開始認真思考副隊長所説的“將憤怒轉化為力量”。就在這時異生獸出現。被害者是孤門之前在動物園遇到的幸福的四人家族，父母身亡兩名孩子被當作人質帶走了。

看着深感責任重大而心思混亂的孤門，溝呂木笑了，現身成為黑暗的巨人“暗黑梅菲斯特”。就在這時，溝呂木在孤門面前出現了。對於溝呂木所道出的“事實”，孤門感到氣血翻騰。溝呂木以遊刃有餘的神情將這樣的孤門給帶進了暗黑領域去了。

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孤門放着被異生獸“諾斯菲爾”劫持的少女不管，去攻擊異生獸。少女的命雖然留了下來，但是他哥哥卻説：“我一輩子都不會原諒你。”讓孤門很是苦惱。

在這時，姬矢出現了。為了讓孤門對過去和未來的生活有信心，姬矢開始向孤門談起了自己的過去和自己和奧特曼的相遇。另一方面，姫矢原來的同事佐久田也來探察姫矢的底細。

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孤門攻擊異生獸失敗後從現場消失，受到了夜襲隊的追捕危機。根來出現在那裏強行帶孤門到自己的隱匿處，根來強迫孤門説出了自己的秘密，這時候溝木呂又出現了。

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孤門解開了迷惑，選擇了與異生獸作戰的道路。那時候襲擊孤門的就是由異生獸操縱的人類。無法戰鬥的孤門請求援助，西條就用麻醉槍射擊。但是那個睡着的年輕人據説早就已經死了。

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西條消失了，也許會以逃亡罪論處被消除記憶 。和倉確信溝木呂還在，因此違反命令帶着孤門繼續尋找。同行的孤門，從和倉那裏聽説了溝木呂的過去。溝木呂曾經是夜襲隊的一員，是最優秀的“異生獸狙擊手”。他和西條有着共同的資質，也因此產生了矛盾。在一年前的某時，他就變成了一個可怕的惡魔。

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新的異生獸格魯格來姆出現了，以半透明體出現的格魯格來姆為了讓自己具有受到奧特曼攻擊以後就可以逃到別的空間的力量，必須製造一種新的空間，這樣的話所在地居民就要成為人質。 一共180秒，在這期間夜襲隊不知可否捕到異生獸格魯格來姆。

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根來終於拿到了因為格魯格來姆犧牲的攝相師拍的照片，向社會公佈了“格魯格來姆出現”這一決定性證據。

另一方面，針對格魯格來姆的異空間移動的特點開發了新戰鬥機“鉻金切斯特德耳塔號”，能算出格魯格來姆的位置，同時可以隨着異空間移動進行追擊。孤門坐進了這個新型機。奧特曼又出現了，正覺得終於可以抓到格魯格來姆時，意外的事情發生了。

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根來把到手的異生獸照片拿到了報社，拍有異生獸出現瞬間的照片應該會成為本世紀最大的爆炸性消息，另一方面，TLT也約束了和格魯格來母戰鬥得精疲力盡的姬矢的行動。為了瞭解變身為奧特曼的秘密。他們對姬矢的身體進行了分析。可是最終沒有結果，於是，他們決定進行對姬矢身體最危險的測試。

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從危險的檢查中保住一命的姬矢的身體已經不能再變身了。吉良澤警告説姬矢再變身會喪命的。就在那時侯，在郊外的地下溝裏出現了異生獸。夜襲隊出動了，不一會兒西條凪的通訊器裏就收到了一條信息，這個是還是溝木呂發來的。

另一方面，發佈爆炸性消息失敗的根來和三個UFO專家接觸起來，好象這三人掌握了異生獸事件研究的情報。

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姬矢不管已經超出身體極限，繼續變成奧特曼作戰。這個行為意味着找死。擔心着姬矢的佐久田，從溝呂木那裏得到了事實的真相。

另一方面，吉良澤優解釋了這次異生獸事件的原則，這次的事件接二連三的發生，彷彿隱藏着一個重要的暗號。

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奧特曼戰敗了，被抓了起來，黑色的爬山虎張開蓋滿了奧特曼全身。奧特曼被黑色的爬山虎覆蓋，當被這個東西覆滿全身時，姬矢的生命就結束了。這是溝呂木為了奪得奧特曼之光的一個儀式。

夜襲隊拼命的攻擊對變身為黑暗梅菲斯特的溝呂木毫髮未損。這個時候，在姬矢朦朧的意識中，引導姬矢走向光的少女薩拉出現了，薩拉開始和姬矢講述光的意義。

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孤門、西條凪和隊長和倉被TLT的幹部詢問他們和姬矢的關係。雖然有要報告上級的義務，但是還是把和他接觸的事隱瞞了。而且，孤門也瞭解了西條凪不為人知的過去。幹部之間的討論很熱烈，他們聽説原來在姬矢之前，還有一個能變身成為奧特曼的男子。

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17歲的千樹憐在遊樂場工作，他天真無邪，是一個希望別人幸福的心地善良的少年。但是誰都不知道憐揹負着許多奇異的命運。

一天，在憐的夢中，他在一個不可思議的遺蹟中前行，一直走看到了一個巨人——奧特曼。另一方面，不和諧的傳言又蔓延開了：怪物邦尼普吃人了。看到這一場景的人都成為出頭鳥被消去了記憶。

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新的奧特曼出現了。這個用敏捷的身姿和異生獸戰鬥的就是藍色的奧特曼。

孤門在奧特曼消失後就開始在附近的山林搜索。附近的適能者就是變成奧特曼的人。但是孤門在那裏見到的只是孤身一人的少年。跟在他後面的孤門在遊樂園和少年接觸過。孤門認為不可思議，但是少年憐和藍色的奧特曼在同樣的地方受了傷。

另一方面，記憶警察下達了監視憐的特別指令。負責人是野野宮瑞生，但是她不知不覺的被憐發現了。

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憐知曉了記憶警察可以消除人們的記憶，同時記憶警察命令瑞生繼續以朋友的身份監視憐。可是慢慢地，瑞生被純粹向自己顯示出好意的憐吸引了。另一方面，孤門繼續搜查憐的身份，卻發現了“普羅米修斯計劃”。吉良説憐這個適能者超乎想象。

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一個月以來，在野營的地方發生了數起失蹤事件。不可思議的是，存活的人們都失去了被襲擊的記憶。在這附近的山裏面，出現了溝呂木。

另一方面，瑞生對過去不能挽回的錯誤感到後悔。她本來應該消去一個少女被異生獸襲擊的記憶，可是她把所有的記憶全部消去了。那少女的名字是理子，她是一個父母被異生獸殺害，具有悲慘過去的少女。她連自己的名字也記不起來。一天，理子在出現異生獸的山麓裏，和溝呂木見了面。

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因“普羅米修斯計劃”，被操縱遺傳因子而誕生的新生兒憐不知道普通家族的幸福，一個人戰鬥着。孤門很擔心憐，就去他工作的遊樂園探望他。憐、孤門、瑞生和遊樂園的夥伴們一起度過了快樂的時光，但是有人在暗中監視着他們，監視者丟下了儲存芯片，隱藏了自己的行蹤。孤門和瑞生調查了這個芯片，然後輸入了憐的數據。在最後，出現了“拉斐爾”這個詞。

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無論怎麼問憐，他都不肯説關於拉斐爾的問題。瑞生感受到了憐所揹負的問題的沉重，對怎麼保護憐感到苦惱。對憐的現狀感到擔心的孤門從吉良澤優那裏聽到了憐不為人知的過去。

另一方面，西條凪開始注意到了藍色奧特曼的作戰方法。在反覆看了幾遍作戰的影象之後，她總覺得有些不對勁，不大協調。她發現了奧特曼的一個致命問題。

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被TLT逮捕的溝呂木逃跑了。瑞生被溝呂木作為人質藏在森林裏。雖然是運用黑暗的力量操控人類直到奪走人性命的溝呂木。而瑞生卻不可思議地對他萌生了信任感。

孤門和西條凪緊追他們，但是把他殺了也解決不了問題。孤門這樣想，抑制住了自己的憤怒的情緒，丟下了槍。這時突然在背後有子彈向溝呂木射來。向他射擊的是看不見的敵人，是操縱未知的手的意外人物。

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因為看不見的敵人——未知的手，TLT北美本部來了個檢查官水原沙羅。聽説她和普羅米修斯計劃有着很大的關係，是開發特效藥的人，因普羅米修斯之子存在的致命的弱點而終止開發。這個特效藥的名字叫拉斐爾。孤門強烈的感受到了憐生命的短暫。在TLT的會議室，沙羅開始講述了關於異生獸的情況。

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夜襲隊隊員們剛開始知道從TLT北美本部來的檢查官水原沙羅，知道了連自己的也要被處理了這個真相。5年前在新宿發生的大災難，實際上是奧特曼和異生獸的首次戰鬥。事件發生後，TLT在全世界的人中開始搜查消除奧特曼和異生獸的情報，消除這段記憶。

當隊員們對為什麼要這麼做提出疑問的時候，沙羅顯出異生獸才有的恐怖的神態。在那個時候，憐在的地方又出現了異生獸，它的目的是抹殺奧特曼的存在。可是，憐的身體已經不可以在變身了。

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憐的救命藥“拉斐爾”終於完成了，不久就要送到日本。憐可以繼續生存了，但是知道這個不久憐就被TLT抓了起來。孤門感到他們又要為了揭開奧特曼力量的秘密進行實驗的危險性，就向大家説了救憐的方法。為了解放憐，夜襲隊開始反對TLT。這個時候，異生獸梅加巴拉西又開始活動了，而且在人口集中的地區觀測到了未知之手。

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在未知之手的黑暗中，有什麼在開始成長。由於這個力量，毀滅的異生獸復活合體，最強的異生獸出現了，它不久後可能會襲擊市區。但是，憐已經沒有力量戰鬥了。瑞生向憐表明了自己的想法，但已經快死的憐想到了瑞生的事，又有了點希望。

最強的異生獸伊茲馬埃魯在市區街道出現了。同時憐也收到了拉斐爾完成的消息。如果變身的話就會在給予拉斐爾之前死去，最終做出了選擇。

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未知的手終於現身了。所有的真相終於被揭開了。忘川、來訪者，所有的謎現在都揭曉了。代替憐的光之繼承者是西條凪。意外的悲劇導致了最後的決戰，她變身為奈克賽斯奧特曼，與左右地球命運的未知之手的展開了直接的對決。光在最後做出了選擇。

NEXUS，那是被繼承着的光的紐帶。