奇蹟少女KOBATO.

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　　在某個晴朗的春天，在公園中出現一個打扮漂亮但又讓人感到不可思議的可愛少女，這名少女的名字叫花户小鳩。小鳩為了從五百阿藏手中得到能收集受傷心靈的“瓶子”，藉以實現“前往想去的地方”這個心願，因此接受適性考試…。

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　　小鳩在經過一番努力後總算是通過考試，順利取得了“瓶子”。但接下來她必須在這個瓶子中，裝滿受傷的心。話雖如此，由於小鳩不知道該如何撫慰人心，因此也不斷地出錯。某天，她湊巧經過艾草託兒所，當她得知這家託兒所人手不足後，隨即表示希望能夠幫忙──！？

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　　小鳩原本在空地的水泥管中躲雨，最後在清花老師的協助下找到一間公寓暫住。為了回報清花的照顧，小鳩決定去託兒所幫忙。她在前往託兒所的途中，遇見一位叫田所睦美的少女……。

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　　小鳩在一間小小的教會，遇見了擁有天界最美麗之心的天使‧琥珀。琥珀看到被風吹動的綠葉後，不知為何居然流起了眼淚。對此感到好奇的小鳩，開始調查琥珀流痕的原因──！？

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　　艾草託兒所的孩子們要求小鳩念繪本給他們聽，但小鳩卻無法念得很流暢，甚至還被藤本譏笑。小鳩為了讓孩子們能開心，於是和五百阿藏一起到公園練習念繪本。此時，他們遇見一名剛失去戀人的傷心童話作家。當小鳩得知他難過到完全失去了寫繪本的心情後…！？

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　　季節為初夏，小鳩與艾草託兒所的孩子們一起到附近的公園遠足。玩得很開心的小鳩，當他們準備回去託兒所時，突然發現一起跟大家來的滿裏奈不見了。小鳩雖然與藤本四處尋找她，但仍然找不到…。另一方面，五百阿藏並沒有跟大家一起去遠足，而是去找玄琥試圖查出託兒所發生事情的原因──。

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　　小鳩看到藤本在修理託兒所的椅子，馬上主動靠過去説要幫忙，但是小鳩卻一直做不好，反而還被藤本取笑。後來小鳩發現藤本忘了帶報告就去大學上課，因此決定拿到大學去給他。小鳩在大學遇到藤本的朋友‧堂元崇，雖然堂元表示願意陪小鳩一起找藤本，但是五百阿藏卻不知為何有點不高興──！？

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　　小鳩在路上發現一隻被放在紙箱裏的小貓。雖然五百阿藏百般告誡她絕對不能帶小貓回家，但她還是不忍心看小貓獨自流浪街頭，結果還是把它帶回了公寓。雖然小鳩跟管理員千歲的女兒‧千帆與千世商量小貓的事，但由於公寓禁止養貓，因此只好去找新的飼主。小鳩第一個想到清花老師，決定去一趟艾草託兒所──。

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　　艾草託兒所開始放暑假了，小鳩也對寄來公寓的一張夏日廟會傳單很感興趣。沒想到那張傳單卻被風吹走，最後被一名剛好路過的女高中生．夏希撿起來。由於小鳩的手是濕的，於是夏希將手帕借她擦手，但小鳩卻忘了歸還這條手帕。小鳩經過一番努力後終於找到夏希的學校，並打算去學校找她──。

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　　今天天氣很好，小鳩本來想將棉被拿出來曬，沒想到她還是一樣糊塗，最後差點從窗户跌下去，一大早就鬧得雞犬不寧！最後甚至還被住在隔壁的藤本取笑。即使如此，小鳩為了能幫上艾草託兒所的忙，仍重新提起精神前往託兒所幫忙曬棉被…。此時，清花老師剛好也在託兒所，並將平常老是欺負小鳩的藤本年幼時的事説給她聽──。

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　　小鳩幫忙處理完艾草託兒所的工作之後，發現藤本的桌上放着一本介紹打工兼差的求職雜誌。小鳩為了想跟藤本一樣打工賺錢幫忙託兒所，於是請千歲介紹歐式蛋糕店“奇洛兒”的店長・植田弘康給她認識。此時剛好“奇洛兒”因為有名叫大村裕美的店員手受傷，發生人手不足的狀況。小鳩最後總算是爭取到打工的機會，並幹勁十足地開始她第一次打工。

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　　當小鳩一如往常地來到艾草託兒所後，滿裏奈幫放在小鳩包包裏的五百阿藏打了一個可愛的蝴蝶結。雖然五百阿藏對自己這種過於花俏的裝扮很不滿，但小鳩卻似乎完全沒有察覺…。另一方面，銀生來到“熊熊年輪蛋糕店”造訪玄琥。銀生問玄琥為什麼五百阿藏會以布偶的姿態與小鳩一起行動，然而他的真正目的是？

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　　季節到了秋天。小鳩在散步時看到落葉而感受到秋天的氣息，接着又在途中發現一棵很大的銀杏樹。同一天，艾草託兒所的俊彥等人為了搶積木而吵架。小鳩在看到此景後，提議帶大家去那棵銀杏樹下撿漂亮的落葉畫圖。當大家開心地撿起落葉時，小鳩此時才得知這棵銀杏樹將會被砍斷──？

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　　今天艾草託兒所的大家將一起去挖地瓜。小鳩雖然一早就幹勁十足地準備，但她卻穿着一身不合時宜的打扮，因此也一如往常地被五百阿藏吐嘈。即使如此，小鳩仍打起精神跟大家一起去挖地瓜。抵達田地後，大家馬上開心地挖起地瓜，但小鳩卻看到一個沒有在託兒所出現過的陌生少年。當藤本過去對他説話時，那名少年卻帶着地瓜急忙逃走…！？

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　　某天，公寓管理員千歲給小鳩很多漂亮的摺紙。但是因為小鳩不知道怎麼用這些摺紙，於是想到把這些摺紙剪下來幫艾草託兒所裝飾。後來，五百阿藏也教了小鳩一些摺紙的玩法，小鳩決定帶著這些摺紙到艾草託兒所…。隔天，小鳩把摺紙送給清花老師。清花老師雖然一如往常地露出微笑接下，沒想到此時她突然在小鳩面前昏倒──！？

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　　看到清花老師為了託兒所的負債而煩惱，小鳩一直在想自己能不能幫上什麼忙。當她結束託兒所的工作後回到公寓，湊巧遇到管理員千歲與千帆、千世。小鳩聽千歲説千帆、千世的學校要舉辦“義賣會”，於是想到或許可以利用義賣會幫託兒所還債。雖然藤本冷淡地對小鳩説“這只是白費力氣”，讓她覺得很沮喪，但清花老師卻表示贊成──。

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　　艾草託兒所舉辦義賣會的當天，五百阿藏對小鳩説“我去拿一個能夠在義賣會大賣的東西來給你”，接着就跑去找玄琥…。原來五百阿藏是因為一直假裝成布偶而感到厭煩，原本打算去“熊熊年輪蛋糕店”休息一下，沒想到蛋糕店的生意卻好到不行！因為店裏的人手不足，最後甚至連瑞祥跟銀生都被叫來幫忙。看到玄琥等人完全融入現在的生活，讓五百阿藏感到無言以對。但是，玄琥等人卻似乎完全不以為意──。

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　　季節來到了冬天，小鳩看到裝飾在街頭的聖誕樹而感到興奮不已。但是，如果在春天之前不將“瓶子”裝滿，小鳩就哪裏都去不了了。雖然五百阿藏這麼對小鳩説──。當小鳩來到託兒所後，看到之前也曾來鬧事的討債集團站在託兒所門口。但因為他只是站在門口，藤本也不能對他做什麼，只能感到無力懊惱。小鳩看到清花老師煩惱痛苦的模樣後，決定去拜託他不要毀掉艾草託兒所…！？

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　　再過不久就是聖誕派對了…。每年都扮成聖誕老公公的藤本也把服裝拿出來燙平，一切的準備都進行得相當順利。另一方面，小鳩發現藤本只要看到她就會把頭轉開，不像平常那樣會故意欺負自己，對此感到納悶。某天晚上，小鳩幫忙完託兒所的事後，看到堂元在託兒所門口等她，因此兩人一起走回小鳩的公寓。當兩人一起走在街上時，湊巧遇到正在打工的藤本──

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　　季節來到寒冷的二月。小鳩看到便利商店有一本介紹許多跟巧克力相關話題的雜誌，又從五百阿藏口中得知情人節的事之後，為了替最近沒什麼精神的清花老師打氣，因此向藤本提議在艾草託兒所辦一場情人節派對。但是因為託兒所沒有多餘的錢能買巧克力，於是小鳩告訴藤本她會去“奇洛兒”幫忙，順便要一些材料回來。當小鳩在店裏幫忙的某天，突然聽到店外傳來的不可思議的聲音…！？

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　　當小鳩一如往常在艾草託兒所幫忙時，之前曾威脅要毀了託兒所的衝浦和鬥突然出現。雖然衝浦説他是來協商的，但小鳩和藤本仍相當警戒，沒想到最後清花居然答應了他的要求。小鳩試圖去懇求衝浦，要他不要毀了託兒所，但卻遭到五百阿藏的阻止。無法接受此結果的藤本也前往衝浦的事務所，接着在事務所前面被衝浦的部下宮田叫住──。

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　　畢業典禮順利結束後，小鳩與清花兩人留下來整理艾草託兒所。藤本因為又多兼了打工而變得更忙，也比較少來託兒所了。小鳩很擔心藤本，試圖找機會要他來託兒所…。另一方面，小鳩收集金平糖的期限就快到了。五百阿藏為了設法延長期限，於是到玄琥的“熊熊年輪蛋糕店”找他們商量對策──。

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　　小鳩因為擔心打工時受傷的藤本，每天早上都去藤本的房間找他。雖然藤本對小鳩的行為感到納悶，小鳩仍幹勁十足地想要幫忙藤本。但是，把瓶子裝滿金平糖的期限已經迫在眉梢。雖然五百阿藏為此感到憂慮，沒想到小鳩還是悠哉地邀請藤本一起去散步。兩人到公園後，藤本看到小鳩還是一如往常，因此感到相當困惑…。

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　　藤本就像平常一樣，清晨在GABU城崎的公寓從睡夢中醒來，但是自己不知為何卻一直很在意隔壁房間沒有人住的這件事。即使到大學他仍無法集中精神聽課，連堂元都擔心起他。放學後打工幫忙送比薩的藤本，在艾草託兒所的舊址遇到清花和以前曾在這裏就讀的孩子們。此時，藤本開始感到事情好像不太對勁…！？