大長今

天壽奉皇令到廢后尹氏家中賜予死藥。回家途中，不幸跌落山谷，幸遇道士因而得救，性命無礙，道士預言天壽未來的命運將會是坎坷怪離，天壽將會遇到生命中的第二個女人。此後十四年，中宗繼承皇位，天壽辭去內禁衞軍官之職，希望能從此避開厄運；未料天壽在溪邊遇到了一位垂死姑娘，幸好及時被救起；但是，道士的預言圍繞在天壽的腦海中，天壽知道這位姑娘就是當天道士提及的第二個女人，無奈這是上天的安排，兩人最終結為連理，生下一女，名為長今。

小長今與父母親過着儉樸的日子，但是長今卻常被母親責備處罰，因為長今時常到附近的書堂偷學讀書認字以及和士大夫子弟玩耍，樸內人之所以不准許長今這麼做，就是擔心十四年前的禍患。有一天，徐天壽被官兵給強行抓走，樸內人倉卒之間帶着長今逃命，遭遇許多危險。到了京城，樸內人託人帶信給宮內的昔日好友韓尚宮，韓尚宮得知樸內人仍然活在世上，欣喜相擁而泣。但是崔尚宮等人很快的得知樸內人還活着，於是展開一連串的追逐，樸內人身上中箭不支倒地。臨死之前，告訴長今一定要勇敢活下去，不要輕言放棄（從而也知道長今就是預言中第三個女人），並且將自己的遺願寫在書函裏面。

小長今一個人流落在山區，好不容易下山抵達村莊，希望能吃點東西，陰錯陽差被姜德久妻子誤認為是偷酒的小偷，長今剛好也無處可去，就留在姜德久的家中，幫忙煮飯送酒，頗得姜氏夫妻的喜愛。柳元宗等人意圖廢除兇暴的當今皇上 燕山，擁戴晉城大君登上皇位，此為歷史上著名的“中宗反正事件”。改朝換代之後，太后殿尚宮到姜德久家中找尋長今（因為小長今幫忙送酒與晉城大君結緣），帶長今入宮做小宮女。 在一羣小宮女當中，長今被令路欺負，晚上不能進屋睡覺，想起娘曾經説過退膳間有親孃所寫的飲食拔記，因此和連生一起到退膳間去尋找。

小長今和連生不小心打翻皇上的宵夜，幸好機智冷靜的韓尚宮立刻動手用有限的材料做出精緻的宵夜，深得中宗喜愛，才渡過難關。小長今和連生被關在藥房反省，連生被燭台打傷，因此小長今找到僅有的藥材幫連生治療。小長今被訓育尚宮狠狠修理，並準備將小長今趕出宮外，小長今苦苦哀求，訓育尚宮終於給長今一個機會，讓她參加考試（但條件是要端着一臉盆從晚上站到第二天早上，也就是直到宮女考試為止）。提調尚宮知道後故意出了一些困難度高的問題讓長今回答，可沒想到小長今卻一一回答正確，在場的人都驚訝無比。小長今也因此被分配到韓尚宮的處所做小宮女，韓尚宮細心觀察得知長今不但常識豐富也深黯醫藥知識，因此對長今另眼相看。

最高尚宮身體不適，由崔尚宮偷偷引進宮外大夫入宮替最高尚宮診脈看病，未料事情揭發，最高尚宮不得不退位，因此引起一場最高尚宮位置之爭，結果卻出乎意外，由生性淡泊名利的鄭尚宮出線。鄭尚宮深藏不露，做得一手好菜，對於各種料理手藝和食補藥膳樣樣精通，並且為人公正，豁達開朗，御膳廚房的氣氛煥然一新。 韓尚宮得知長今對於味覺有獨特敏鋭之處，因此決定好好培養長今，除了教導長今認識各式各樣的野菜，以及料理的特別手藝，對待長今更是有如親生子女；同時崔尚宮也教導今英崔家秘方，希望今英的料理手藝能夠更上一層樓。

孝惠公主已經六天沒有用餐了，雖然崔尚宮使用祖傳秘方，用心良苦準備美味佳餚，但是公主還是拒絕進食，甚至昏迷，宮廷內外上至皇上、皇后下至尚宮內人都非常緊張，此時今英見到長今在醬庫試驗各種醬料試着用木炭來去除醬料內之異味，心生妙計，也用木炭將米飯中的異味去除，公主才肯用膳，今英立下大功。明朝的使臣來訪，送來明朝皇室親自飼養的金雞以慶賀中宗的生辰，由今英負責保管金雞。不過金雞卻遺失了，今英着急的想偷溜出宮，請崔判述幫忙，長今自願與今英一起出宮希望找到金雞，解決當前難關，但是長今在回去的途中遇到了受傷的閔政浩（兩人的緣分也隨着長今掉落的刀子所展開），因此也耽誤了回宮時間而被捉拿。

鄭尚宮以及各位尚宮娘娘都向提調尚宮娘娘請命希望能保住長今，不要被趕出宮外，在鄭尚宮和韓尚宮的哀求之下，雖然讓長今免除了被趕出宮外的命運，不過也只能將長今調到宮外的多栽軒而已，這裏是種植草藥蔬菜的菜園。負責這裏的鄭白雲主簿意志消沉，整日飲酒度日，看到長今認真的工作，用心種植栽培草藥，堅持不懈的精神，內心甚感佩服，於是教導長今認識各種草藥，以及治病的藥方。終於，經過不懈的努力和研究，長今栽培百本成功了。卻因貪官的牟利行為，長今得不到朝廷的讚許。鄭主簿因不滿貪官謀財的惡行，故意倒賣百本新苗，暗中幫助長今將百本栽培成功的消息公佈於世。此時，連生來告知長今，長今終於可以回宮去了。

長今終於可以回到宮內御膳廚房了，可迎面而來的是卻一連串的考驗。再過七天就要御膳競賽了，如果無法順利過關，就要被趕出宮外。雖然長今全力以赴，努力用功，但還是因為答不出試題枯坐試場。在訓育場實地競賽的時候，長今因為同情針線小宮女，便把麪粉割了他。可長今無法用麪粉做饅頭。長今突然靈機一動，想到去多栽軒摘下稀有的對人身體有益的白菜，用白菜葉子做饅頭的皮，雖然得到尚膳大人的讚許，但是提調尚宮認為遺失自己的食材是沒有資格被錄取的。當鄭尚宮讀到淘汰落榜人的名單時，長今的名字也赫然在列。

御膳競賽長今名落孫山，本該立即出宮，幸好皇太后蒞臨試場，親自品嚐了一些小宮女精心準備的餐點，嚐到長今的作品時，讚不絕口，因此長今又再次幸運的留在宮裏，免除被淘汰出宮的命運。接着就是一些緊湊的內人訓練課程，以及到御膳廚房幫忙工作。中宗臨時決定要提早上山狩獵，因此娘娘派韓尚宮以及韓尚宮手下一批人跟隨皇上到野外打點中宗的御膳，未料，閔尚宮等人一時不察誤食毒物，韓尚宮等人都中毒躺下，因此皇上御膳重責大任就落在今英和長今的身上。

中宗對長今和今英的所料理的涼麪讚賞有加，閔尚宮等人受到懲處不得進入退膳間工作，長今如願以償可以進入退膳間，終於可以進出母親以前工作的地方。與此同時，崔尚宮吩咐今英在退膳間內藏匿詛咒皇后腹中胎兒的符咒，雖然今英斷然拒絕，卻不得不接受崔氏家門的宿命之説。而長今卻忙着找尋母親所留下的飲食拔記。今英所藏的符咒被韓尚宮發現，一時間御膳廚房即將大禍臨頭，陰錯陽差之下，長今卻成為帶罪的羔羊。長今苦於不能説出父母親的身世，只能默默地頂替今英所犯下的罪行。

鄭尚宮堅持一定要將長今和今英兩人送進義禁府，雖然提調尚宮極力阻擋，也無法改變鄭尚宮的意思，當韓尚宮苦苦懇求鄭尚宮，就算為了救長今一命，請鄭尚宮務必不要追究此事，鄭尚宮還是堅持自己的信念與意志。當提調尚宮毫不猶豫決定與鄭尚宮一起到義禁府去的時候，鄭尚宮知道自己犯了個錯，於是只好放棄自己數十年所秉持的信念，為了保住長今，只好認錯不再追究此事。 元子喝下姜德久煮的蟲草全鴨湯之後，全身麻痹並且無法動彈，一時之間宮廷內一片慌亂，姜德久被抓進義禁府。

長今日夜不停的研讀醫書終於查出元子的病因（肉豆蔻與人蔘混合，加速全身麻痹），救出姜德久。因為親嘗人蔘與肉豆蔻，自己身體也無法動彈陷入麻痹，經過醫女細心的治療，雖然身體已經可以恢復行動，卻意外發現失去了味覺。身為御膳廚房的內人，失去味覺讓長今感到十分不安與恐懼。鄭尚宮身體日益虛弱，準備退位；提調尚宮與崔尚宮等人虎視眈眈，覬覦最高尚宮的位置，鄭尚宮不願意御膳廚房的惡習繼續相傳下去，因此稟報中宗，希望由御膳廚房中的兩位最具有實力的尚宮經過競賽，贏取勝利者即可登上最高尚宮位置。崔尚宮選擇今英成為自己的得力助手，韓尚宮則選擇了長今，並且帶長今到處找遍名醫希望可以治療長今的味覺。

長今堅持認為自己無法達成韓尚宮賦予的使命，韓尚宮卻認為長今有一般人所沒有的才華，就是可以畫出味道。訓練長今做一些長今從來沒有做過的佳餚，並且不讓長今嘗味道，憑着手感加入佐料，漸漸讓長今對自己有了信心。宮中的醬味變味，一時之間許多人亂了手腳，此事非同小可，鄭尚宮命令崔尚宮和韓尚宮必須要找出原因。韓尚宮帶着長今到寺廟去看豆餅，到燒窯場去看燒陶缸的情形，以及到市集見識鹽廛買賣。雖然沒有找出醬味改變的原因，也讓長今增長不少知識。當晚要借宿在一個村莊的時候，發現村莊的人都把醬缸聚集在一顆大樹底下，促使長今終於想出醬味之所以會變味的原因（花粉進入醬缸，花粉是最好的發酵物）。

長今失去了味覺，心中的苦悶無以言喻。於是到多栽軒去找鄭雲白幫忙，鄭雲白正在研究蜂針可以替人治病的療效，長今苦求鄭雲白幫她施打蜂針，鄭雲白認為時機尚未成熟堅決不肯。崔尚宮間接得知長今失去了味覺，因此逼鄭尚宮要長今離開御膳廚房，韓尚宮認為長今對飲食有異於常人的天賦，任何料理都難不倒長今。崔尚宮提出如果長今能用進貢品鯨魚肉來做出佳餚，就願意接受長今繼續留下來。鄭白雲終於抵不過長今不斷的懇求，按照長今的方法替長今施蜂針。鯨魚料理結束了，可結果卻出人意料，皇上對魚肉串讚不絕口。料理過後，長今突然發現自己已經可以辨識味道欣喜萬分。

崔尚宮並不知道長今的味覺已經恢復，因此要求長今在眾人面前分辨出多種不同的蝦醬味道，長今憑着敏鋭的味覺一一答對。提調尚宮奏請太后認為皇上干預內命婦的事情萬萬不妥，中宗就請太后來評定菜餚優劣，以選取御膳廚房最高尚宮，如此對崔尚宮就大大有利。太后出的第一道題：是利用百姓們平常不知道是可以吃的東西來做出可口的佳餚，希望藉此幫助天下百姓度過收成欠缺的難關。長今為了贏得比賽，千辛萬苦買到上好牛骨熬燉牛骨湯，卻意外落敗，長今難掩失望之情。

韓尚宮輸掉第一場競賽，斥責長今一心只為求勝， 卻用了尋常百姓們吃不起的上好牛骨燉湯，違反太后娘娘希望替百姓找出新食物的用意。為了希望長今反省自己所犯下的錯誤，調派長今到雲巖寺去伺候年邁卧病在牀的老尚宮，長今苦苦哀求韓尚宮將自己留在宮內，韓尚宮卻不為所動。病危的老尚宮躺在病牀上，念念不忘小時候哥哥臨終前拿給她的一把味道香甜的米，長今遍尋不着，卻意外發現廟裏的處士，用尚未成熟的稻米蒸熟再來曬乾，味道可口香甜，終於了卻老尚宮的最後心願。同時長今也領悟到美味可口的菜餚，並沒有所謂的秘方，是用誠心以及汗水做出來的食物。

長今知道韓尚宮對她用心良苦，因此更加地努力研習，虛心求教。閔政浩看到長今用粗毛筆寫字很不方便，特地買了一枝小楷毛筆送給長今。太后娘娘出了第二道競賽題目：要找到四季都可以吃得到的海鮮。很明顯對崔尚宮家族比較有利。但鄭尚宮卻意外在崔尚宮屋子裏發現了歷朝以來代代相傳給最高尚宮的書，氣憤之餘，準備向太后娘娘稟報這件事；因此也不接受崔尚宮與提調尚宮的道歉，想要追究到底。內醫院突然傳來宮中正蔓延着傳染病，是一種無法得知的怪疾；趁此機會，提調尚宮派人將鄭尚宮送出宮外，對太后娘娘謊稱鄭尚宮也被傳染怪疾。

鄭尚宮沒有得怪疾，也被帶到宮外去療養身子，照顧鄭尚宮等人的醫女，也受到崔氏家門的唆使，熬燉對腎臟有害的湯藥讓鄭尚宮服用，致使鄭尚宮的病情日益惡化。提調尚宮推薦由崔尚宮升任為御膳廚房最高尚宮，雖經張尚膳極力阻擋，太后娘娘仍讓崔尚宮擔任代理最高尚宮。

崔尚宮立即將韓尚宮和長今調派到太平館，伺候明朝的使節，韓尚宮得知明朝使臣有糖尿病纏身，因此特地準備清淡的菜餚呈上，明朝使臣大怒，韓尚宮身處危難當中。使臣特指長今必須在五天內治好消渴症，最終明朝使臣被長今説服了，並且指定長今與韓尚宮親自為他準備留在朝鮮這段日子的飲食料理，雖然崔尚宮呈上華麗美味的滿漢全席，明朝使臣也不為所動，並且爽快答應冊封世子的事情。太后得知此事，斥責崔尚宮等人貪功，不肯上報，對韓尚宮和長今大加讚賞。鄭尚宮被陷害逼出宮外，身體也日益惡化，當查出內醫院送來的湯藥是對她身體有害，鄭尚宮只好要求與提調尚宮談判，希望提調尚宮讓她回到宮廷繼續主持未完成的競賽，太后娘娘出了最後一道競賽試題：並沒有設限題目的內容，請兩位尚宮自由發揮。韓尚宮到宮廷後院找出幾十年前與她的好友共同埋在地底的調味醋，希望藉着好友的協助贏得這次的競賽 …

韓尚宮決定御膳競賽準備八卦湯呈給皇上，在比賽前夕已經準備妥當所有的材料，不料卻被崔判述等人有意破壞，因此韓尚宮急忙出宮重新找尋珍貴食材，在途中卻被一羣惡漢架走，無法在時間內回到宮來，姜德久眼見韓尚宮被架走，倉卒之間去找閔政浩幫忙，閔政浩立即帶人馬去找尋韓尚宮下落。長今慌忙緊張不知該如何是好，於是決定先由自己上場來準備食物呈給皇上，並且到後院松樹下取得母親生前埋在地底的調味醋，希望可以得到皇上和太后的青睞。

韓尚宮終於脱離困難危機，趕回宮廷，但是見到長今認真參與競賽，感動得無法自容，認為這次的競賽是屬於長今的，不願意在競賽當中打擾長今，中宗和皇后以及太后對於長今的料理手藝讚不絕口，中宗甚至脱口説出：長今是當代朝鮮最優秀的御膳廚房宮女。太后在當時的情勢之下也選定韓尚宮為御膳廚房的最高尚宮。提調尚宮與崔尚宮因而怨忿不平，崔尚宮甚至到處買通各處所尚宮，希望對太后的決定予以反彈。 鄭尚宮體會自己身體日益的惡化，決定要替韓尚宮舉行升任儀式之後離開宮廷，未料儀式當天，卻沒有任何一個人到場參與儀式。

鄭尚宮一怒之下昏厥倒地，韓尚宮等人急忙扶鄭尚宮回到處所，鄭尚宮奄奄一息把朝鮮最高尚宮代代相傳的書冊交給韓尚宮，隨後由長今和連生伺候回到私宅，不久便撒手人寰。連生悲痛欲絕，哭喊娘娘。韓尚宮受到崔尚宮以及所有宮內大小廚房尚宮們的排擠，因此一個人要獨自全攬御膳廚房大小事務，心力交瘁之際萌生退意，長今對於韓尚宮灰心喪志失望之餘，大聲指責韓尚宮根本不願意多做努力，就想放棄一切，並且言明如果韓尚宮再不打起精神全力以赴，就再也不要見到韓尚宮。

皇后下令韓尚宮與崔尚宮必須再次競賽，以取得御膳廚房最高尚宮的位置，兩位尚宮藉着三十多年在宮中御膳廚房的經驗，煮出最好吃的白米飯，由其他燒廚房的尚宮擔任評審，結果出爐，韓尚宮取得壓倒性的勝利，皇后問其原委，得知韓尚宮細心體貼，不止深諳皇上皇后的飲食習性，對自己的同伴尚宮們喜好的飲食也瞭若指掌，皇后甚為感嘆。閔政浩調職為司司憲府監察，得知宮中司饔院以及各處所弊案叢生，決心深入調查，韓尚宮也恢復出納職務，由長今來擔任出納尚宮管理倉庫，因此查出各燒廚房諸多不法之事，引起各殿尚宮緊張不安。雖然韓尚宮大聲指責各個尚宮，但卻不處罰她們，從而在她們心中建立起威望。

韓尚宮無意中看到好友明依記載的日誌，心中驚訝不已，她知道這是她最要好的朋友明伊的日誌，但是卻百思不解，為甚麼她找尋多年的日誌，現在卻突然出現了呢？長今遺失了母親的日誌，甚是傷心難過，也擔心孃的身份被暴露 … 而當崔尚宮得知小冊子是當年樸內人所寫的，更是無法置信。便將當年如何污衊樸內人以及下賜死藥的往事告知今英。並且告知今英，樸內人的女兒：就是御膳廚房的內人徐長今。　　一連串的跡象顯示，閔政浩大力打擊掃蕩諸多不法事案，讓吳兼護等人深為不滿。韓尚宮終於看到長今埋在調味醋缸的信函，得知長今就是明伊的女兒，兩人無比興奮。

韓尚宮與長今終於彼此相認，兩人內心激動。久久無法言語，韓尚宮急着帶長今到處去看當年她與明伊留下許多共同回憶的地方，長今難掩興奮悲傷情緒，兩人再度相擁而泣。長今發現母親留給她的最後一封信函不見了，韓尚宮猜測必定是令路所為，背後指使者應該是崔尚宮，如此一來，長今和韓尚宮就會有危險。 因此韓尚宮派遣崔尚宮等人立即到太平館去，至少可以暫時確保安全。中宗聽信御醫的勸告，要出宮到温泉勝地去泡温泉，崔判述得知韓尚宮與長今都要出宮，認為機會難得，派比頭跟蹤危害，未料閔政浩早已暗中派人保護韓尚宮與長今。

中宗回到宮廷，突然暈倒，一時之間宮中大亂。在御醫查不出正確原因之下，把所有責任歸咎在膳食出了問題，首先查到皇上在温泉地所吃的鴨子，竟然喝硫磺水，因此，吳兼護立即派人逮捕韓尚宮，吳兼護也與崔判述等人結合，打算斬草除根連長今一併逮捕入獄。閔政浩得知此事，到當地深入追蹤詳察，得知其他人吃下喝過硫磺的鴨子，也都平安無事，便由內禁衞將出面阻擋吳兼護，此時吳兼護內心盤算趁此機會，也要除掉異己趙光祖，當然不肯善罷甘休，一連串的陰謀由此展開……

吳兼護命令長今和韓尚宮在御膳廚房再煮一鍋全鴨湯，命阿紅試，以證明全鴨湯是否有問題。未料崔尚宮等人早已事先讓阿紅吃下，含有發燒藥材的點心，阿紅吃過全鴨湯之後，全身發燒終至昏倒。吳兼護宣稱韓尚宮和長今罪證確鑿，並且上疏中宗處以斬首極刑，幸好閔政浩握有吳兼護與崔判述勾結不法的證據，讓韓尚宮與長今免除一死；最後定罪驅逐到濟州島去做官婢。與此同時閔政浩被放出後拼命追趕已被流放的長今，可惜還是遲了一步，只能遠遠的望着遠去的長今。在心灰意冷之時，突然從大嬸口中得知自己以前的救命恩人就是長今。韓尚宮因在在牢中受到不少磨難，身心俱疲，在去濟州島的路上，長今強忍悲傷，揹着韓尚宮，希望韓尚宮打起精神，但是韓尚宮氣力已盡，終於嚥下最後一口氣，死在長今的背上。

韓尚宮在流配濟州島途中過世，長今傷心欲絕，長今到了濟州之後，三番兩次逃跑，想要回到京城，無奈每次被官兵捉到，再度被關回去。閔政浩不顧一切丟下京城的官職，到濟州來希望協助長今。崔尚宮終於如願以償，當上御膳廚房最高尚宮，也理所當然的恢復御膳廚房舊有的惡習。閔政浩得知長今一心要回到京城，因此暗地買通船家希望送長今離開濟州。但是在見到長今之後，告知長今如果現在逃跑，就是死路一條。希望長今給他一次機會，他一定會將事情調查水落石出，還長今清白，長今思考良久，決心先跟閔政浩回到濟州官衙不再逃跑。

濟州牧使接到京城教旨，原來閔政浩就是新任的濟州萬户大人，除了給予相當的禮遇之外，也特別恩准長今跟隨張德到官衙的藥房去做官婢。張德雖然醫術高明，但是行事作風怪異，長今屢次與張德當面起爭執；雖然表情冷酷，但是內心對病患卻存有關懷；雖然見錢眼開，但為了濟州百姓慷慨解囊，開鑿池塘希望濟州人有清水可以喝。張德不顧一切，違反官衙規定進入流配罪犯的處所去幫罪犯看病，也因此屢次被關捱餓，種種行為長今雖然不是很瞭解，但是對於張德卻漸漸佩服。後來，長今知道了被流放的官俾要想重新回到宮廷唯一的辦法就是成為醫女。

長今正式拜張德為老師，學習醫術，希望醫術學成之後可以有機會重回宮廷。張德要求嚴格，長今不分晝夜苦讀，張德對於長今的進步頗為滿意。連生在宮中終日悶悶不樂，一日不慎在殿閣下遇到了中宗，中宗對連生心生憐愛，寵幸連生，連生一躍而升為特別尚宮。長今在濟州巧遇多栽軒的鄭主簿，鄭主簿得知張德心懷仇恨替人治病，頗為氣憤，不希望長今跟着張德學習醫術。長今終於得知張德為何平日冷酷無情，原來張德過去有着一段不為人知的苦痛怨恨。

時間過了兩年，姜德久準備啓程到濟州去看長今。長今專研醫術已經稍有成就，隨時可以獨自幫病患把脈開立藥方，但是因為曾經幫張德施針出過很大的差錯，因此對於施針遲遲不敢再度嘗試。姜德久因為暈船嚴重，被人揹到官衙藥局，長今以燻療法治療德久，德久終於漸漸甦醒，德久與長今兩人久別重逢，感慨萬千。當閔政浩與張德離開濟州到牛導去的時候，倭寇突襲濟州。倭寇主將生病急需大夫診療，長今被逼上陣施針，終於成功治癒倭將並且協助閔政浩擊退倭寇。

濟州牧使呈給皇上的奏摺內容謊稱長今內通倭寇。因此，長今被義禁府的官員押送到京城受到義禁府官員的拷問，幸好閔政浩挺身而出説出真相，長今才得以脱離險境。當長今知道閔政浩不願意留在京城，想要再度回到濟州去，長今勸閔政浩要留在宮內擔任京官職務為國效力。長今在回濟州的途中，到埋葬韓尚宮娘娘的地方拜別韓尚宮。因緣際會遇到一户官宦子弟，並且替他根治久年不愈的陳疾。得知宮廷即將舉行醫女選拔，立刻趕回宮去參加選拔，鄭雲白為當時主考官之一，希望長今捨棄仇恨之心，以仁心仁術行醫。姜德久得知長今高中金榜，欣喜若狂，長今也正式入宮接受醫女訓練。

長今正式開始接受醫女教育訓練，遇到一位嚴厲的醫學教授。對於長今在途中幫一位户判大人的公子治病事情相當不滿，因此還沒開始正式上課，就被教授視為眼中釘。 此後教授更是處處難為長今，雖然長今表現優異，不過申教授對於長今始終不假辭色， 申教授的考試等級分為五等，如果得到三個不通就會被淘汰，（在不是醫女時就私自替病患治療；過度分清毒藥與草藥的性能）因此長今已經被申教授記了兩個不通，萬一這次的考試再不通就必須要被淘汰。

長今與信非相互激勵，努力學習，成為醫女訓練班的最優秀學生。雖然長今承認自己過於傲慢，可還是得不到申教授的認可。張德元從濟州來看長今，長今喜出望外，同時鄭雲白也帶來一個壞消息：告知長今已經得到三個不通，不能留在宮廷做醫女。原來是李教授公報私仇讓所有的醫女去做一天的官妓，故意刁難長今和信非，如果不照做就會被遣返鄉。申教授雖然據理力爭，卻被李教授威脅(因為當年申教授誤診導致皇上的愛臣病死)，在萬不得已之下，申教授決定讓所有的醫女訓練生都不通。惹惱了督提調。督提調決定親自來檢定這批醫女，意外發現長今信非等人非常的傑出。長今終於如願以償進入內醫院做醫女，開始嶄新的宮廷生活。

皇后娘娘突然有流產跡象，內醫院召集所有相關人員開緊急會議，此時御膳廚房最高尚宮也進入內醫院開會，長今和今英終於相遇。竟然在這樣的場合並以不同的身份相見，兩人難免震驚。當崔尚宮見到長今回到宮廷來，也忍不住驚訝與憤怒。內醫正鄭允壽居心不良，並且答應崔尚宮儘快想辦法將長今逐出宮廷。皇后娘娘身體一直沒有好轉，長今雖然對於內醫院第一醫女阿烈的診脈持有不同的意見，但是隻能在心中存疑不敢明説。

皇后娘娘自從小產之後，身體一直無法恢復健康。內醫院諸位醫官以及醫女甚為憂心，卻又苦無其它辦法。此時，信非將長今與阿烈的診脈結果並不相同的事實告知申主簿，申主簿大為驚訝，認為此事非同小可。內醫院緊急開會並且決定由長今和阿烈重新再來診斷一次，阿烈認為皇后娘娘的脈象是牢脈，而長今則是把出散脈。散脈意謂着皇后娘娘的腹中還有死胎，但是大家分明親眼見到皇后娘娘已經產出死胎，萬一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘懷的是雙胞胎，但是皇室內從未有過雙胞胎前例，但是鄭雲白相信長今為皇后所把的脈，並且決定使用佛手散芎歸湯。皇后娘娘終於產出另一個死胎，恢復健康。眾人也對長今的醫術另眼相看。但因此長今在宮廷裏又多了一位勁敵阿烈醫女。

太后娘娘陳年老疾日益嚴重，此時又聽信崔尚宮的讒言，不願意接受申主簿的治療，並且不假辭色斥責中宗退出太后殿。中宗與皇后為此煩憂不已，並且決定先罷除申主簿醫官之職，以求太后息怒。如果太后還是不肯接受治療，中宗甚至準備再設朝歌屬恢復功臣田，只求太后娘娘接受治療。長今眼看申主簿即將被撤銷官職，不顧性命危險，希望與太后娘娘對弈，以自己的性命作為賭注。出了道無論是猜得出還是猜不出太后都會輸的謎題。太后對於長今的膽識與機智甚為懾服，決定給長今一次機會。但是當太后決定接受治療時，卻已錯過最佳治療時機，深受病痛之苦，連湯藥都無法喝下，不但驚動宮廷，甚至中宗也聞風趕到太后殿。長今研究出太后平時愛吃的食物都是對胃腸無益的，於是私下偷偷用大蒜做成藥丸喂太后吃下，太后竟全然吃不出大蒜的味道。後來被阿烈醫女發現告知內醫正大人，就在長今被責備時，太后得知長今用絕妙的方法掩蓋了自己最討厭的大蒜味道，歎服長今的才智而使長今逃過一劫。

皇后懷念過去長今所做的蕎麥年糕的美味，請長今再度展現手藝，長今滿懷興奮誠心準備。皇后娘娘吃到美味的蕎麥年糕，心滿意足稱讚有加，今英看在眼裏懷恨在心，因此吩咐阿烈必須要想法子將長今趕出宮外。 此時，傳來京城附近爆發疫病，中宗甚為震驚，派監賑御使以及醫官和醫女等人到疫區為百姓治病。長今被阿烈陷害被派至疫區，當疫區病情無法控制時，京城下令要求封鎖整個村子，阿烈又故意不告知長今，將長今與疫區村民一起封鎖在村子裏面，無法離開，長今萬念俱灰。未料閔政浩發現長今沒有及時到達集合地點，毅然違抗旨意衝進村子尋找長今。

長今一個人被留在封鎖的村莊裏面。而當長今知道自己是被刻意遺棄在疫區，長今失望傷心，難掩悲痛。閔政浩除了安慰長今，同時打算帶長今離開疫區，但卻遭到百姓們的惡意圍攻。不過村內的百姓有些人病痛；還有些人是照顧病患的一般村民，長今又怎麼忍心丟棄這些人獨自離開？因此決心留在疫區照顧村民。 閔政浩快馬加鞭（百姓以長今的性命威脅）到各處去找尋藥材，並且將張德帶到疫區一起照顧疫區病患。長今發現菜園裏面的蔬菜都腐爛，而且擴及各地，與張德討論過後得到結論，百姓們並不是得了傳染疫病，而是因為吃下病變的蔬菜引發的食物中毒，因此立即回宮稟報這件事實。崔尚宮卻認為這只是長今與閔政浩搪塞延遲迴宮的理由，並且決定親自嘗試食用腐爛的蔬菜，確認長今所言是否屬實。也正如長今所言，崔尚宮出現了所謂傳染疫病該有的症狀。

閔政浩與長今還是因為沒有在規定時間內到達集合地點受到處分。閔政浩被罷除官職，幸由張德拜託一位隱居的官員詳細寫了一封上疏給中宗，中宗才得知其中原委，立即召回閔政浩並且予以升遷，而長今也因閔政浩力保得以繼續留在內醫院。連生懷孕的消息傳開，並被下牒紙冊封為四品淑媛娘娘，並由內醫院指定讓阿烈負責照顧連生，阿烈明知連生身體狀況不適，有風熱症狀，卻告知連生只是孕婦血虛症狀，讓連生吃下不該吃的食物，目的只是希望讓連生小產。幸好長今聽連生訴説自己的病狀，才再度替連生診脈，查出原因告知申主簿。

長今識破阿烈的詭計，立即上報申主簿，希望可以挽回連生肚子裏的小孩。申主簿等人經過再度診脈得知連生並不是血虛引起暈眩頭痛等症狀；而是因為風熱所引起，阿烈的行為雖然引起申主簿強烈的質疑，不過阿烈堅持否認事先知道連生的狀況，因此也只能讓阿烈自我反省。今英知道自己無法挽回閔政浩的心意，決定與閔政浩情斷義絕？但是難掩心中失落與傷痛。長今為了替韓尚宮洗卻污名怨恨，決定去偷內書庫的皇上病簿日誌手抄，希望日後好好研究，未料卻被內侍府的內侍盤查，長今情況危急，幸有張尚膳出面保住長今。

崔尚宮對於張尚膳保住長今非常氣憤不滿，因此透過崔判述找到內需司的內侍不法事情加以威脅，逼內侍説出長今違反宮廷法道的事實。內醫正等人對於皇上的病情遲遲無法找出正確的原因，崔尚宮和今英為了討好皇后娘娘，特地獻上遠從大明國帶來的稀世補品猴頭菇熬湯獻給中宗，未料中宗食用之後，當晚再度陷入昏迷。內醫正順水推舟將中宗昏倒的原因歸咎到御膳廚房，今英立刻被軟禁在內需司，而崔尚宮則是氣急敗壞的找崔判述幫忙，認為這是內醫正的誤診，才會導致中宗昏厥，不過這次的事情與上次中宗昏倒的硫磺鴨子事情環環相扣，崔尚宮等人也不敢太張揚，長今被內需司的人捆綁帶離出宮，性命危在旦夕。

長今因皇后娘娘的密令得以延續性命，不過必須要找出中宗的病因，在這之前要先到多栽軒隱居研究中宗病情。能夠讓長今在瞬間轉危為安是因為閔政浩在緊急時分想出來的好法子，閔政浩又請來張德陪同長今一起治療傷寒病患，也希望長今從治療這些病患當中，得到一些可以治療中宗的啓示。中宗再次昏倒，鄭允壽用過去同樣的方法，陷害是膳食方面出了問題，這次輪到今英和崔尚宮等人被關進義禁府。長今終於研究出可以治療疑似傷寒病症的妙方，但如果將這妙方公諸出來，就可以讓崔尚宮和今英脱離險境。此時，長今心中猶豫，不知道該如何下定決心。

鄭允壽翻遍醫書找尋中宗的病因，申主簿與鄭主簿也認真查詢中宗病因，當內醫院得知長今回到宮廷來，莫不驚訝！尤其當長今説出中宗的病狀，卻不知病名為何，鄭允壽斷定這就是西漢張仲景金匱要略書中所提及的狐惑病，並且説出處方，卻與長今的處方大相徑庭。當皇后正在猶豫不決之時，吳兼護等人力挺鄭允壽，最後決定用鄭允壽的處方治療中宗。未料，中宗腹痛難耐，長今所預言的病症一一出現，因此皇后決定信任長今，讓長今放手一搏治療中宗，但是中宗又出現了失明的症狀，皇后又急又氣下令將長今與閔政浩抓起來予以嚴厲懲處。

但皇后還是在無計可施之下給長今一次機會。終於，長今用其所學、所研究的方法治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外。中宗對長今也是另眼相看，從此皇后對於長今更是信任依賴，而內醫正內心愧疚，難以平復終至自盡。崔尚宮等人因內醫正自盡，認為事情總算告一段落。未料，長今聲稱手中握有內醫正死前寫給長今的遺書，希望崔尚宮等人自己説出真相，誠心向韓尚宮和母親請求原諒。不過崔尚宮等人對於長今握有內醫正遺書半信半疑，並且積極安排令路離開宮廷，以絕後患。吳兼護終於查出崔尚宮家族和長今之間長久以來的恩怨是非，不願意牽涉其中，準備勸説令路到義禁府將事實真相揭曉，以定崔尚宮等人罪行。

尹尚宮帶着崔尚宮給她的銀票和吳兼護右相給她的銀票去找長今，希望藉由協助長今定崔尚宮等人的罪行，來保障自己未來可以登上提調尚宮的位置。長今明確告知，她不接受任何不正當的交易，當尹尚宮決定到司憲府告發崔尚宮等人的罪狀途中卻被崔判述手下擄走，崔尚宮使出反奸計讓尹尚宮和阿烈等人將所有的罪行導向吳兼護所為，並且殺害尹尚宮企圖脱罪。甚至先到太后娘娘處告狀要將吳兼護等人連根拔除，而當太后得知長今手中握有內醫正的遺書，要求長今交出來時，長今只好承認自己並沒有內醫正遺書。此時，崔尚宮更是志得意滿，認為自己已經勝券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鴨子事件，在大司憲的主導下，所有關聯硫磺鴨子事件的人必須到場説明當時情況，會議途中，赫然見到死去的內醫正出現，引起眾人詫異。

內醫正出現之後，硫磺鴨子事件總算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宮還是不肯接受事實，做最後的掙扎，使盡方法希望見到太后娘娘和中宗，卻為時已晚。於是一個人獨自到明伊的墳前傾訴自己多年來埋藏心底的苦衷，除了希望得到明伊的諒解，但也表示會繼續這場戰爭，當崔尚宮準備到義禁府替今英脱罪時，不慎摔落山谷，終於身亡。而吳兼護、樸副兼崔判述和今英以及內醫正和阿烈等人都被判刑或流配或罷職。中宗大喜，除了獎賞長今之外也答應長今恢復韓尚宮以及長今母親的身份，並且讓長今了卻多年來的心願，暫代御膳廚房的最高尚宮職位，直到選出下一任最高尚宮為止。

中宗問及長今是不是多年前送酒的小朋友，長今稱是，中宗大喜認為這真是奇妙的因緣。並且答應長今的要求到活人署去工作。 最近以來閔政浩對長今甚是冷漠，長今百思不得其解終於忍不住向閔政浩傾訴思念之情，原來閔政浩只是希望長今也要嚐嚐甚麼是思念之苦，兩人相對開懷大笑感覺彼此的心意。閔尚宮經過御膳競賽，贏得御膳廚房最高尚宮的職位，戰戰兢兢準備皇上膳食未料卻得到中宗的讚賞，喜出望外。 皇后命長今回宮，希望長今照顧世子病情，經過至密尚宮的解釋，長今得知皇后的另一層意思，長今陷入痛苦，最後選擇逃離此地，要求閔政浩帶她一起離開這是非之地。

當中宗下令任命長今為中宗的主治醫官，引起宮廷軒然大波。閔政浩與長今準備搭船離開時，副官和右議政快馬加鞭趕來，阻止閔政浩去路，右議政對閔政浩曉以大義，希望閔政浩和長今都回到宮廷，而且要求長今拒絕皇上的任命，閔政浩卻堅持希望長今接受中宗旨意，唯有這樣長今才是做原來的自己。當長今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混亂，眾多儒生羣起反抗，中宗卻堅持己見，不願意改變心意，連生被太后和皇后叫到中宮殿，太后厲聲責問連生為甚麼安排中宗與長今單獨對談之事，連生一時心急緊張不安，引起早產，幸好長今細心照料連生度過生死難關順利產下小公主，宮中洋溢一片喜悦。

長今因為自己的堅持差點害死連生，堅持婉拒擔任中宗的主治醫官，閔政浩對長今如此輕易放棄感到遺憾。清遠大君突然生病，高燒不退，引起內醫院一陣驚慌， 此時京城已經開始傳出痘瘡病症，長今深入乞丐的住處，願意一個人和患有痘瘡的小朋友被隔離在茅屋，專心替孩童治病，內醫院稟報中宗和皇后，慶源大君的症狀正是痘瘡，皇后痛哭流涕，親自出宮找尋長今，此時雖然長今已經治好痘瘡的孩童，但是並不知道確切的病因，奉皇后之命回宮之後，與所有內醫院醫官和醫女一心一意同心協力，治療慶源大君。慶源大君終於康復，長今終於完成困難的使命，皇后也對長今另眼相看，對過去自己所犯下的錯誤請求原諒，而中宗也不顧朝廷眾臣彈劾，執意要任命長今為從六品主簿。

中宗執意命長今為主治醫官，引起宮內不小波動，不只朝廷眾臣議論紛紛，太后娘娘甚至在大殿門口跪席待罪，中宗無法承受不孝的罪名，答應太后收回任長今為主治醫官的成命。但是對於自己的懦弱和無能甚為感嘆無奈，由於中宗心事繁重憂心忡忡，因此長今時常勸中宗要如何打開心門，將自己內心的苦悶向最信任的人傾訴，中宗和長今接觸頻繁，太后認為既然中宗喜愛長今，就應該立即下牒紙封長今為後宮才是。消息傳出，長今再次陷入無盡的痛苦深淵，立即求見皇后娘娘，希望皇后娘娘瞭解自己的心意不要下賜後宮牒紙。

中宗逼問長今是不是愛慕閔政浩，長今坦承相告，心中卻暗地擔心會不會連累閔政浩。第二天中宗約閔政浩比賽射箭，一時難忍心中的憤恨，想要一箭射死閔政浩，但是終於忍住。中宗猶豫到底要不要封長今為後宮，此時閔政浩求見，告知中宗他曾經打算和長今一起逃離宮廷，但是又回到宮廷來，那是因為長今必須要發揮她的所長，繼續行醫，這是他愛慕長今的方式，也懇求中宗愛惜長今的才華，不要封長今為後宮，並且要任命長今做中宗的主治醫官，中宗終於下定決心，不畏一切艱難，命長今為正三品堂上官，下賜“大長今”的稱號。閔政浩則被羣臣彈劾被流配到異鄉。長今也因為思念閔政浩而不斷的研究、不停的忘情工作來充實自己。

長今將自己所研究學習的成果告知申益必和鄭雲白，希望得到支持可以幫中宗施行手術，但是所有的人並不支持長今這個大膽的做法，長今苦無他法，眼見中宗病情每況愈下……中宗隱秘下令，讓內侍府的人將長今送到閔政浩被流配的地方，希望兩人遠走他鄉，避免被朝廷官員追殺，但是長今堅持不願離去。

中宗駕崩的消息傳遍天下，各地已經張貼逮捕長今的佈告……多年後長今和閔政浩結為連理，生下一女，但是還是過着顛沛流離的逃亡生活。連生向皇后稟報得知長今的消息。皇后立即恢復兩人身份，請兩人回到宮廷，希望長今能夠留在宮裏。長今與多年不見的友人相見，喜極流淚。不過，最後長今夫婦還是選擇離開……