喜羊羊與灰太狼之奇幻天空島

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小羊們為實現村長的夢想和自己的嚮往，大家合力改造嘻哈火車朝着天空出發。另一邊，灰太狼忘記了紅太狼的生日已到，匆忙拆下一顆被自己撿到用以裝飾相框的寶石作為禮物送給紅太狼，嘻哈火車在飛向天空的途中受到天狼號的攻擊。混亂中寶石引發了大爆炸，大家被牽連而四散於空中，從昏迷中醒來的喜羊羊卻找不到同伴的蹤影。

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喜羊羊醒來後發現自己居然在天空上，為了找回失蹤的夥伴們，喜羊羊去找擁有飛機的機械鳥幫忙，誰知機械鳥竟是個“大忽悠”。正當喜羊羊失望時，灰太狼前來奪取飛機，而機械鳥卻利用飛機的機關擊退了灰太狼，不禁讓喜羊羊刮目相看。

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喜羊羊找到了嘻哈火車的殘骸，卻沒有發現夥伴的蹤影，喜羊羊想要將車修復完好，而機械鳥卻斷定火車沒有馬達，已經無法修復，兩人因此產生了矛盾。最後機械鳥被喜羊羊感動而做了滑翔翼送給他，又因為比灰太狼先找到嘻哈號的馬達而被灰太狼追趕。喜羊羊為了救被灰太狼追趕的機械鳥，又弄壞了滑翔翼。

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得到嘻哈號馬達的喜羊羊在機械鳥的幫助下修好了嘻哈號，而在他試駕的時候灰太狼卻抓走了機械鳥並拆了他的飛機零件安裝在了天狼號上。喜羊羊駕駛着嘻哈號與灰太狼展開了戰鬥，緊要關頭嘻哈號成功變形，喜羊羊利用新形態的嘻哈號一舉打敗了灰太狼並救出了機械鳥。

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遇到灰太狼偷襲的喜羊羊不慎毀壞了氣象城的極光果，為了彌補過失的他自願來到天氣工廠希望種出新的極光果。同樣在天氣工廠幹活的懶羊羊得知有青青草原來客，前去尋找的他卻碰到了灰太狼，在逃跑過程中終於見到了喜羊羊。

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小羊們雖着急種出極光果，但還是會幫助其他人的工作，在小羊們的鼓勵下小希代替病了的廣播員播報趣聞讓員工放鬆。誰知在員工們休息時，天氣樹卻因缺水意外長出了極光果，與此同時，傳輸大炮卻被灰太狼偷走了，工廠頓時陷入了混亂。

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懶羊羊在喜羊羊的激勵下開始練習分體技能，但訓練不是很順利，甚至頻頻出錯。喜羊羊為犒勞辛苦練習的懶羊羊外出購買食物，竟意外遇到灰太狼並被抓走，為了救出喜羊羊，懶羊羊爆發潛能成功操控分體車並打敗了灰太狼。

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小羊發現工人和小希似乎有矛盾，想要化解矛盾的他們卻意外發現了混入工廠的灰太狼和他的陰謀。小羊一邊阻止灰太狼的惡行一邊為小希和工人的矛盾煩惱，最終他們發現工人們和小希並沒有矛盾，這一切都是誤會。

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由於灰太狼搶走了運輸天氣果實的傳輸大炮，天氣果實堆積如山，小希想利用遙控翅膀來解決運輸問題，可守舊的主任卻因前幾次遙控翅膀的失誤，極力反對遙控翅膀的出現。在主任的批評下小希變得沮喪萬分，最終在懶羊羊鼓勵下恢復自信的小希和大家一起重新造出了遙控翅膀，這件事也使得主任對小希改觀。

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灰太狼意外擊中天氣樹，導致天氣樹瀕臨枯死。氣象城一片混亂，小羊們經過不懈努力終於拿到了天氣種子，卻又中了灰太狼的圈套。千鈞一髮之際，懶羊羊出動嘻哈號打敗了灰太狼，可嘻哈號的一個顛簸卻使得懶羊羊吞掉了最後一顆天氣種子。

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眾人意外發現吞下了種子的懶羊羊竟然可以生產天氣果，懶羊羊在幫助大家生產天氣果實時卻找不到喜羊羊的身影，每次回到員工宿舍時都看到喜羊羊在睡覺，於是認為喜羊羊是為了偷懶而不幫助大家。來到灰太狼營地的懶羊羊卻發現了被抓起來的喜羊羊，得知對方是為了保護自己而被捉走的，為了救出喜羊羊，懶羊羊利用自己能生產天氣果的能力擊敗了灰太狼。

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天氣樹的情況越來越差，懶羊羊又患了感冒，工廠卻在這時接到了大量訂單，喜羊羊只能到處懇請客户延緩收貨時間。懶羊羊為了眾人，帶病製造果實，在完成訂單時卻又不慎引起風暴，再次對天氣樹造成傷害。在他自責不已時，卻發現天氣樹的情況竟因風暴的作用而好轉了。

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灰太狼想要小羊們幫他追回開走了天狼號的紅太狼，甚至幫忙照顧天氣樹來示好，這不尋常的舉動卻使得懶羊羊懷疑萬分。在一次麻煩中，灰太狼為救大家而受傷，這奮不顧身的舉動消除了懶羊羊的懷疑。在灰太狼發明的快速生長燈的幫助下，大家齊心協力治好了天氣樹，狼羊一起向着下一個目的地出發。

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喜羊羊、懶羊羊和灰太狼來到彩虹城尋找其他小羊和紅太狼的蹤跡。發現羊蹄煙花的他們得知，放煙花的人是七色精靈。在彩虹城的照相師和七個奇怪的小朋友的幫助下，小羊們和灰太狼終於找到了“七色精靈”，卻被照相師告知他們拿錯了照片，原來幫助他們找人的小朋友才是七色精靈。

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喜羊羊和懶羊羊意外地發現了紅太狼的蹤跡。前去與灰太狼商討計劃的紅太狼沒有意識到小羊的跟蹤，灰太狼好不容易才使紅太狼不被小羊們發現。灰太狼聲稱找到了美羊羊的蹤跡，小羊們跟隨着灰太狼前往森林尋找美羊羊，卻發現這一切都是灰太狼的陰謀。另一邊，七色精靈的領隊就是美羊羊，七色精靈製造的彩虹意外幫助喜羊羊和懶羊羊二人脱離了險境。

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一年一度的彩虹節到了，小精靈們決定舉辦遊戲大賽來度過。喜羊羊和懶羊羊為了找到比賽的主辦人美羊羊，決定參加比賽，灰太狼為了獲得獎品也前來參加比賽。在比賽中，喜羊羊結識了東海斑魚，東海斑魚提到海和天之間曾經有一條雲海隧道，而隧道不知因為什麼原因在十幾年前關閉了。經過一番或簡單或困難的比試後，喜羊羊和灰太狼同時拿到了比賽第一名，卻被告知今天只是預賽。

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喜羊羊與懶羊羊參加了拼圖比賽，負責藏拼圖碎片的小精靈則偷偷加入了比賽。在比賽過程中，喜羊羊和懶羊羊終於見到了美羊羊。另一邊，灰太狼為了贏得比賽搶奪碎片，三羊齊心協力阻止了灰太狼，而天狼號裏飛出的碎片被東海斑魚得到。東海斑魚成為了彩虹節的冠軍得主，卻發現獎品是過期了的優惠券。

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小精靈在幫助小羊們戰勝灰太狼時受傷，但即使受傷他們還是不忘相互比拼，喜羊羊和懶羊羊只好帶他們出去散心。熱心的小精靈到了外面後開始幫助別人，卻常常好心幫倒忙，這使得小羊們非常無奈。

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灰太狼為捉羊想辦法潛入了彩虹城堡，恰好遇到了正在製造彩虹的美羊羊，而美羊羊卻要一邊製造彩虹一邊對付灰太狼，手忙腳亂。危急時刻，美羊羊意外發現嘻哈號的新功能，利用音樂控制灰太狼不停地跳舞，打敗了灰太狼併成功製造出了彩虹。

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七色精靈用來製造彩虹的顏色筆不見了，想到之前灰太狼進入彩虹堡搗亂，大家認為是灰太狼拿走了顏色筆。在追查顏色筆的過程中，小羊們發現灰太狼路過的地方都會變色，更加篤定是他拿走了顏色筆。眾人為拿回顏色筆做了眾多努力，最終卻發現灰太狼只是在揹着紅太狼修復被他弄斷的限量版唇膏，而顏色筆則在懶羊羊的揹包裏。

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駕駛着分體嘻哈號的懶羊羊無意間被小灰灰當玩具帶回天狼號，懶羊羊用盡了辦法都沒能順利逃出天狼號，還在逃跑過程中被灰太狼發現。危機關頭，懶羊羊想合體嘻哈號來逃出，誰知少了一輛分體嘻哈號無法合體成功，懶羊羊即將落入狼口。

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小羊們待在彩虹城堡中，一直不出來，想要抓羊的灰太狼決定通過和精靈們成為好友來混入城堡。他原本打算通過與精靈們玩遊戲來達成自己的願望，誰知卻在遊戲過程中連連受挫，不僅鬧出各種笑話，更是弄得自己傷痕累累。就在他將要放棄時，卻因受傷被小精靈帶入了城堡中。

懶羊羊和美羊羊因為小事產生了誤會，懶羊羊更是慪氣離開了城堡，卻不慎被灰太狼捉走，美羊羊覺得事有蹊蹺，尋跡找到懶羊羊並使用嘻哈號擊退了灰太狼。小羊們在溝通之後誤會也順利解開，之前受傷的小精靈也痊癒了，小羊將繼續啓程尋找其他的夥伴。

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小羊答應了小精靈提議的歡送會，不料灰太狼夫婦也來參加了，即使小羊們高度警惕，還是被兩狼抓走。危急時刻小羊們利用小精靈送的禮物成功逃出了天狼號，最終伴隨着小精靈們噴射的歡送煙花離開了彩虹城。

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小羊們被灰太狼追趕，慌不擇路，嘻哈號和天狼號被捲進了風暴中並來到了全是氣球的城市，小羊們在四處查看時發現了沸羊羊的通緝令。氣球人發現小羊和灰太狼後，不由分説就要抓捕他們，小羊們在逃跑途中碰到了躲藏起來的沸羊羊，大家決定齊心協力突破氣球人的封鎖飛出風暴。

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沸羊羊的手印激發了嘻哈號的新功能——強硬射線，大家正在高興時，氣球城上空卻突然出現了巨型隕石且在快速墜落。一心想要捉羊的灰太狼被嘻哈號的新技能強硬射線擊中，被擊中的灰太狼竟變得巨大而強壯。在危急關頭，他一拳擊飛了巨大的隕石，拯救了氣球城。

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沸羊羊為了向其他小羊證明球將軍是個英雄，他不斷地設下挑戰，卻不料這些挑戰反而凸顯了球將軍的膽小。灰太狼無意間使自己和喜羊羊跌入了風暴中，幸好球將軍及時出現拯救了他們。眾人這才知道在挑戰中離開的球將軍是為了幫助他人，而球將軍正是曾經嘗試帶領氣球城居民衝出風暴的英雄。

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灰太狼通過不懈努力終於得到了打掃危險物品倉庫的機會。在倉庫找回了天狼號，並把倉庫中的危險品裝到天狼號上的灰太狼，卻意外讓小灰灰陷入危險，危急時，一個氣球士兵出現並救下了小灰灰，小灰灰髮現救了自己的氣球竟然就是自己當年丟失的氣球。正當他們感動相認時，全城戒嚴的警報卻響了。原來，美羊羊用音樂控制灰太狼和天狼號，導致天狼號中攜帶的危險品都飛出了天狼號。

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天狼號中飛出的危險品使得全城進入了戒備狀態，球將軍下令把天狼號中所有的危險品拆除並收回倉庫。就在警報即將結束時，最後一個危險品卻劃破了大氣球導致氣球城嚴重傾斜，幸好球將軍、沸羊羊和灰太狼通力合作使危機解除。

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因為天狼號被球將軍大改造，灰太狼美好的生活被破壞。灰太狼想要報復球將軍，卻陰差陽錯將自己和球將軍粘在了一起。粘在一起的兩人不得不一起生活，也因此鬧出了不少麻煩。灰太狼為了分開決定犧牲球將軍，卻讓球將軍誤以為灰太狼救了自己。

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球將軍因為怕有危險而禁止小氣球和小羊玩足球，誰知自己在幫灰太狼找藥箱時，意外啓動了天狼號並撞向了學校。危急關頭，小羊一起用足球成功阻停了天狼號，解除了學校的危機，這次事也讓球將軍同意大家在課餘時間玩足球。

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氣球城馬拉松比賽臨近。小氣球小六誤以為灰太狼是體育健將，灰太狼為了不讓小六破壞自己的捉羊計劃，便答應收他為徒，並以訓練為由支開他，自己則悄悄準備捉羊陷阱。認真訓練的小六成功地把灰太狼“訓練”他的東西用在了比賽中，並在灰太狼和懶羊羊的“幫助”下，和灰太狼、懶羊羊一起拿到了冠軍，而灰太狼自己的捉羊計劃卻因此失敗。

喜羊羊和灰太狼聯手用炸彈在風暴中炸出一個空洞，大家有了可以離開風暴的機會。球將軍為了大家的安全而過分謹慎，命令氣球們多準備防護措施，卻因此錯過了衝出風暴的最好時機。隨着風暴空洞的消失，讓大家錯失良機的球將軍也陷入了深深的愧疚之中。

自責的球將軍想要讓出將軍之位，他舉辦了一個比賽來重新選拔將軍，灰太狼為了拿到將軍之位而欣然參加。球將軍看到灰太狼前來參加，使出各種手段想要灰太狼取得勝利，甚至一度離開賽場。最終在沸羊羊的勸説下球將軍解開了心結，而灰太狼已經如願當上了新將軍。

當上了將軍的灰太狼要帶領氣球士兵去抓羊，不料只有履行了將軍的職責才能抓羊。另一邊，小羊和球將軍正在努力尋找衝出風暴的方法，卻發現風暴的風眼正在迅速縮小，風暴入侵了氣球城。帶兵來捉羊的灰太狼眼看形勢不對，立刻請辭，球將軍臨危受命帶領氣球們對抗危機。

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小羊們想到了從風暴上端出去的辦法，聯合灰太狼一起把氣球城拉出去，雖然過程中困難重重，但大家也都一一克服。眼看即將到達出口，天狼號和嘻哈號卻動力不足了，球將軍為了不連累狼羊而斬斷了雙方連接的繩子……

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灰太狼搶先一步來到了星星鎮，發現變成了寶寶的慢羊羊被星星們收養，且星星們都有着看似無用的能力，灰太狼謊稱是慢羊羊的爸爸從而帶走了慢羊羊。陷入危機的慢羊羊想要從灰太狼手中逃走，卻屢屢失敗，危急時放心不下的星星們趕來並救出了慢羊羊，而隨後趕來尋找村長的小羊也被星星們當成了騙子。

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小羊們想要偷偷帶走村長，卻因為灰太狼的阻礙而被發現。星星們不僅誤會他們要加害慢羊羊，甚至想要將小羊們趕走。星星們不懂如何治療生病的慢羊羊，幸好小羊們的堅持感動了星星們，星星們允許他們為慢羊羊治病。最終，為了得到星星們的寶物，灰太狼找到了慢羊羊生病的原因，卻發現星星們的寶物是慢羊羊寶寶的吻。

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小羊們得知時光星擁有使人成長的能力，於是想找到時光星來使慢羊羊恢復原樣，而時光星只有在星星們的表演足夠好時才會出現。灰太狼開了一家康樂中心來討好星星們以便抓住慢羊羊，沒想到慢羊羊雖然變成了小寶寶，卻依舊智慧過人。儘管灰太狼設下各種陷阱來抓捕慢羊羊，慢羊羊利用康樂中心的設施逃過了灰太狼的抓捕，並將灰太狼擊敗。

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灰太狼偽裝成時光星去抓羊，誰知卻常常被星星們拉去看造型表演而分身乏術，還差點被小羊們拆穿偽裝。好不容易，灰太狼用幫助慢羊羊恢復原狀的藉口而得以接近慢羊羊，卻在提取他的印記時被激發了技能的慢羊羊打敗。

星星們節儉的舉動令眾羊誤會他們生活艱難，因此想要幫助他們，而灰太狼也討好星星們使自己可以順利升級天狼號。升級後的天狼號也擁有了新的技能，灰太狼可以召喚七大惡狼來康樂中心幫忙抓羊。最後眾羊發現，星星們其實家財萬貫，附近的地產都屬於他們。

長老星送給慢羊羊一朵可以儘快入睡的安神花，不料沸羊羊意外將花朵放大數倍，放大後的安神花使得全鎮都陷入了沉睡之中。灰太狼和慢羊羊由於種種原因沒有受到花朵的影響，他們想要解除全鎮的危機，於是決定暫時放下成見，互相合作。

灰太狼用拍宣傳片來掩飾自己的抓羊行為，結果卻真的被星星們拉去拍攝宣傳片。沸羊羊跟蹤一個可疑的身影，卻發現對方是秘密來到星星鎮旅遊的扁嘴倫。灰太狼在費心哄睡星星們後，灰太狼得到了抓羊的好機會。狼羊鬥爭吸引了來星星鎮尋找扁嘴倫的粉絲們，並得到大家的讚賞，星星們也受到了啓發。

星星們想讓狼羊進行表演來吸引遊客，而本想趁機抓羊的灰太狼卻意外受傷而無法演出，長老星只能硬着頭皮去代替灰太狼表演。正式演出時，被小羊們和星星們再次誤傷的灰太狼想報復星星們，卻使將麻煩一一化解的長老星的表演更加精彩，獲得了觀眾的稱讚。

一個星星過了800歲的生日，理應獲得了超能力，但他不知道自己有什麼能力。在幫助小灰灰修復電動玩具車、幫助懶羊羊取下卡在打結頭髮上的梳子時，誤會自己是能實現願望的願望星。灰太狼得知願望星的存在後便想要利用他的能力來抓羊，誰知每次都失敗了，最後大家才發現“願望星”是能放出靜電的電流星。

長老星提議在表演里加入雜技來吸引時光星，可是星星們的排練卻是一團糟。正當他們努力練習，技藝變得嫺熟時，灰太狼前來抓羊導致舞台坍塌，這時慢羊羊寶寶提出用嘻哈號作為舞台來表演。表演獲得了空前成功，更是得到了時光星的點贊。

時光星來到了星星鎮，在眾人的請求下使用能力使慢羊羊恢復正常。誰知灰太狼卻找到了之前將慢羊羊變小的幼稚果實，並將其改良成了幼稚噴霧。灰太狼用幼稚噴霧將小羊們和星星們全部變小，並把小羊抓到了天狼號裏。得知星星們仍然擁有能力，恢復原狀的慢羊羊帶領星星們勇闖灰太狼康樂中心救下了小羊們。最終在時光星的幫助下，大家恢復了原樣。

暖羊羊竟然出現在星星鎮，眾羊驚喜四處尋找，卻不料被灰太狼搶先一步將其關進密室。小羊們得知這一消息，急忙趕到灰太狼康樂中心。前來拯救暖羊羊的小羊們卻只看到了暖羊羊逃脱的身影，幾經波折，眾羊終於相見，卻意外發現這並不是真正的暖羊羊，而是不知為何變形成暖羊羊模樣的小云人。

小羊們跟隨小云人來到了雲海隧道尋找真正的暖羊羊，不料途中遭到了灰太狼的襲擊而墜落在了巨人的房間，小羊們只有通過這些巨大的阻礙才能到達目的地。小羊在不懈努力之下終於穿過了巨人的房間、躲過灰太狼的襲擊，來到了雲海隧道，卻發現這裏有無數個暖羊羊。

小羊們終於找到了暖羊羊，卻得知她要用天晶的力量來幫助雲巨人控制水龍捲，眾人也得知了自己手上印記的真面目。灰太狼偽裝成暖羊羊的樣子混入大廳捉羊，卻被失控的水龍捲衝飛，此時失控的海水也湧入了大廳中，所幸在眾羊的努力下，喜羊羊及時控制住了水龍捲。

灰太狼利用升級後的天狼號抓了一羣小云人，不幸混在裏面的暖羊羊在天狼號中暗中幫助其他小羊遠離灰太狼的抓捕。小羊們救出了暖羊羊並與與灰太狼展開了戰鬥，就在小羊們即將不敵時，暖羊羊啓動了自己的變形能力打敗了灰太狼。

紅太狼為了尋找寶石進入了巨人的房間，卻不慎變成了暖羊羊的模樣，還被灰太狼捉進了天狼號。然而，這卻讓她意外地知道了灰太狼揹着她做過的許多令她生氣的事。幾經波折，灰太狼發現了真相，擔心自己被紅太狼打而驚慌，但是紅太狼被灰太狼尋找自己時的匆忙慌亂而感動，兩狼重歸於好。

雲海隧道旁的村莊有一條不會游泳的小魚，喜羊羊為了教他游泳，因疲倦意外使水龍捲失去了控制。灰太狼趁虛而入並令喜羊羊沉入水底，危急關頭，小魚鼓起勇氣下水成功救起了喜羊羊，之後眾羊和小魚齊心協力排出了帶來危機的大水。

慢羊羊在躲避灰太狼襲擊時不慎弄壞了眼鏡，處於模糊狀態的他認識了幫喜羊羊升級嘻哈號的機械鳥。灰太狼帶着七大惡狼來抓羊，慢羊羊與機械鳥齊心協力打跑了灰太狼，又意外發現兩人有着十足的默契。重新戴上了眼鏡的慢羊羊發現機械鳥是自己當年製造的夥伴，機械鳥的老師正是慢羊羊村長。

慢羊羊和機械鳥回憶當年失散的過程，他們的回憶突然被一陣動盪打斷。看到歸來的雲巨人在追趕灰太狼，小羊們以為灰太狼被追是因為當年他奪走了天晶，灰太狼則不滿於小羊們一直冤枉他。雲巨人、灰太狼、慢羊羊和機械鳥各自説出了自己當年經歷的往事，眾人這才知道整件事的始末。原來一切都息息相關，四個人（羊、狼、鳥）的經歷相互關聯，互相填補了對方回裏的疑點和空缺。

雲巨人取回了小羊們身上的天晶碎片，卻發現天晶碎片少了一塊。小灰灰因灰太狼沒有空來找小羊玩，而小羊們正焦頭爛額，顧不上小灰灰，沸羊羊便讓小灰灰去嘻哈號裏拿遙控汽車。灰太狼通過小灰灰頭上帽子裏的微型攝像機得知天晶碎片不全的事，以自己送給紅太狼的寶石“沙漠之淚”混在了小灰灰的彈珠裏，需要去嘻哈號找的理由混進了嘻哈號。懶羊羊在商場看到紅太狼戴着“沙漠之淚”，得知大家被騙了。眾羊趕到嘻哈號，試圖阻止灰太狼。在打鬥過程中，灰太狼碰掉了被裝在控制枱下的攝像頭。眾羊認為這是灰太狼用來監視他們的攝像機，灰太狼矢口否認。而同時，躲在牆後的黑影悄悄離開。小羊們試圖奪走能量提取器，卻使灰太狼意外地發現了最後一塊天晶碎片。狼羊雙方為了最後一塊天晶大打出手，灰太狼用彈珠轉移了小羊們的注意力，自己則拿到了所有碎片併合成了一塊完整的天晶。

灰太狼終於搶到了天晶，失控的水龍捲蔓延了整個大廳。灰太狼利用天晶使洪水倒流，卻導致水龍捲逆流。眼看水龍捲將把天空的一切吸入海底，雲巨人用身體堵住了水龍捲阻止了逆流。灰太狼利用天晶的技能反過來對付小羊，並製造了一大堆分身幫助自己捉羊。不料分身並不聽從灰太狼的指令，反而讓到手的小羊逃跑了。灰太狼為此大發雷霆，告訴分身們自己能用天晶使分身們消失，使分身們臣服於自己。灰太狼再一次帶領分身來捉羊，想用天晶使自己變得強壯時，卻發現天晶毫無反應。從雲巨人處得知天晶只能使用一種技能的灰太狼便想把分身收回，不料分身見狀集體作亂，並從灰太狼手上奪走了天晶。最終，灰太狼為奪回天晶，被彈出了雲海隧道。

小羊們要為雲巨人拿回天晶，灰太狼則要恢復原來的樣子。雙方各自展開行動，卻互相干擾，導致分身們逃走。其間，小羊們一直得到不知名者暗中幫助。狼羊決定聯手誘捕分身，卻屢屢失敗。在紅太狼的怒吼下，分身們終於集中到了紅太狼附近。眼看計劃就要成功，因為分身的干擾沒有搶到裙子的紅太狼大怒，用平底鍋追殺分身，又使分身四處逃散。喜羊羊考慮到分身們高度警惕，羊狼決定不再搭理分身時，灰太狼送去的存錢罐卻使得分身懷疑對方有陰謀而崩潰投降。就在所有分身即將聚齊時，黑影踢倒了遲來的分身十二號，導致連鎖反應，使分身十二號被捲入水龍捲中。

為救最後一名分身，喜羊羊、灰太狼和分身們駕駛着嘻哈號進入水龍捲。灰太狼終於完成了分身合體，但嘻哈號卻墜落到水龍捲底部的海底大廳，與在雲海隧道天空大廳的其他小羊們失去聯絡。嘻哈號被落石壓住，灰太狼和喜羊羊設法逃出了海底大廳，聽到呼救聲的羊狼又進入洞中尋找呼救者。其他的小羊紛紛下水救援，慢羊羊修復了嘻哈號，其他小羊們則成功找到了喜羊羊和灰太狼，並將他們和陌生的小魚從陷阱裏救了出來。小灰灰在嘻哈號上調出了記錄儀的畫面，慢羊羊發現導致落石的，是一條小魚。這時喜羊羊聯絡上了村長，發現小魚和他們在一起的慢羊羊試圖警告他們，但聯絡器被陌生的小魚毀壞了。原來“小魚”和之前偷走天晶的“鳥”，都是黑雲人假扮的。黑雲人襲擊了羊狼並奪走了天晶，羊狼不敵黑雲人，使黑雲人順利逃脱。

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黑雲人想把天晶扔到火山口中，毀掉天晶。發現水龍捲在移動的機械鳥詢問雲巨人原因，得知天晶會將水龍捲吸引過去。窮追不捨的嘻哈號閃過天晶造出的水柱，誰料把天狼號也捲入了水柱中。眼看羊狼將被捲入水龍捲，機械鳥用大飛機把嘻哈號和天狼號救了出來。雲巨人和利用天晶變得巨大的黑雲人大戰，被黑雲人困在了水柱中。眼看黑雲人就要到達火山口，大飛機和嘻哈號成功地干擾了他，並延緩了他的行動。在黑雲人掙脱嘻哈號和大飛機的束縛之時，灰太狼駕駛天狼號趕到，用超級傳送器將雲巨人從水柱中傳送到了火山口邊。雲巨人成功阻止了黑雲人摧毀天晶，並利用天晶使水龍捲恢復正常。就在大家準備教訓黑雲人時，雲巨人卻講起了自己的往事。原來黑雲人是雲巨人最早的分身小迪，自己在管理雲海隧道後就沒空和他一起玩了。小迪認為丟棄天晶或者破壞天晶，就能使雲巨人重新和他一起玩耍，所以才用種種方法奪走天晶。雲海隧道恢復後，天空重回平靜。狼羊告別了天空的朋友，返回了青青草原。