命運石之門

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　　自稱是“鳳凰院兇真”的中二病大學生岡部，為了修學分的他與青梅竹馬真由理一同去聽中缽博士召開的時間機器宣講會。會後聽到慘叫的岡部看到了躺在血泊之中的紅莉棲，在他發出“紅莉棲遇刺”的短信給好友橋田後立即感到了不同尋常的異樣感，他所在的世界似乎發生了某些微妙的改變。

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　　出現在自己面前的紅莉棲讓岡部非常吃驚，而橋田卻覺得岡部的妄想症犯了，在講座上天才少女紅莉棲徹底擊敗了岡部的時間機器理論。徹夜調查提託事件的岡部卻沒有找到結果，這件發生在2000年轟動一時的話題彷彿從來都沒有發生過，當他用電話微波爐（暫定）做香蕉實驗時奇怪的事情發生了。

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　　突然到來的紅莉棲對於香蕉實驗也產生了疑問，岡部則順勢邀請她加入LAB，在他們梳理思路後重新實驗，而實驗的結果讓岡部確信了時間機器的理論，看到這些的紅莉棲跑了出去。時間旅行的關鍵是小型黑洞，一直在做此項研究的SERN對外發布小型黑洞無法實現，為了明白真相的岡部讓橋田黑進了SERN的系統。

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　　黑進SERN系統後他們看到了一份程序，為了破解這份程序語言他們必須先得到老式的電腦IBN5100，岡部所説的毫無邊際的話讓紅莉棲一時無法相信，在核實IBN5100的確可以破解特殊程序語言後紅莉棲找到了岡部。岡部在留未穗哪裏得知漆原的神社供奉着IBN5100，得到了這台電腦的他們將會發掘出怎樣的秘密？

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　　在橋田的改裝下IBN5100終於可以運作，被破解的程序語言有着讓他們吃驚的事實，之前40年來SERN一直在做關於時間機器的實驗，甚至還將這種實驗運用在了人類身上，而死者的樣子就像是岡部他們所作的香蕉實驗一樣。看到這些的岡部不禁大笑起來，他想要搶在SERN之前製作出時間機器。

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　　鈴羽不知為何會對紅莉棲露出敵意，當岡部問及時鈴羽卻説和紅莉棲過去並沒有什麼矛盾。香蕉實驗再次成功，紅莉棲在實驗室發出了第三封郵件，剛剛還為實驗成功而喜悦不已的岡部卻又擔心SERN會不會對知道了秘密的他們下手。對IBN5100執着的萌鬱找到了岡部，知道了秘密的她也成為了lab的成員。

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　　為了測試改變歷史的方法，岡部發了封郵件給之前的自己，上面寫着彩票的中獎號碼，雖然有些猶豫但岡部還是按下了發送鍵。時空開始了搖晃，反應過來的岡部緊盯着自己的手機，而同伴們卻完全沒有試驗的記憶，現在他所處的世界又發生了微妙的改變，他再次進入了平行世界。

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　　為了確認自己能夠在世界線移動後維持記憶，岡部決定再次移動世界線，但當他向橋田發送第6封D-mail後世界線卻沒有移動。在萌鬱的強烈要求下岡部允許她給4天前的自己發短信不要換手機，世界線移動後眾人都失去了對萌鬱的記憶，聽到他們談話的琉華也想給過去的母親發短信，他想要從男生變成女生。

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　　發送過D-mail的琉華並沒有看出什麼變化，但岡部卻發現了許多異樣，在這個世界線裏IBN5100根本就沒有被找到，而本被大家忘記的萌鬱又回到了記憶裏，在菲利斯發送第9封D-mail到10年前後世界發生了更大的改變，菲利斯死去的父親出現，而整個秋葉原從萌文化街變成了電器街，岡部意識到他們可能做了無法挽回的事情。

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　　雖然世界發生了變化，但從結果來看人際關係依舊維持正常，在岡部説琉華子是男生時遭到了大家的鄙夷，親測之後才發現琉華子已經變為了女生。岡部得知鈴羽為了尋找父親而參加了“時間機器線下聚會”，並聽從勸告沒有去跟蹤鈴羽，在岡部想要改變過去替鈴羽找回父親時卻收到了“我在看着你哦”的訊息，裏面還附上了詭異的照片。

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　　一樓42寸電視偶然起到了飄升機的作用，這使得D-mial的發送得以實現，明白了這些的紅莉棲想到了時間跳躍的原理，將自己的意識送回過去變為可能。聽到鈴羽説紅莉棲與SERN是一夥的後岡部並沒有過於在意，而紅莉棲向岡部吐露了心聲。在外購物的岡部突然接到了恐嚇的短信和照片，橋田也發現SERN已經反向訪問了他們。

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　　時間跳躍的機器已經成功完成，但之前發生的事情讓岡部不想再以身試險，岡部決定將時間機器發表交由相關部門測試。Lab準備的時間跳躍機器慶祝會上大家都玩得很開心，當聽到Lab與SERN的光纜連接在一起後神情慌張的鈴羽跑了出去，隨後萌鬱帶着SERN的武裝分子闖入Lab想要接收時間機器，並且向真由理開槍。

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　　啓動了一樓電視的鈴羽趕了回來，瞬間擊敗了武裝分子的她與萌鬱對峙，紅莉棲和岡部趁機發動了時間跳躍機器，記憶的過往在岡部的腦內播放，當他反應過來時真的回到了當天的下午。拼盡全力的他還是無法阻止真由理的死亡，再次返回當天下午後改變了處理事態的方法，但真由理卻又以不同的形式死亡。

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　　無數次返回當天下午的岡部依舊無法阻止真由理的死亡，既便與萌鬱無關真由理還是會以其他形式死亡，束手無策的岡部陷入了絕望，彷彿全世界都串通一氣想要殺害真由理一般。無奈的岡部向紅莉棲求助，再次回到時間跳躍機器剛剛完成的時候，讓紅莉棲相信自己來自未來後兩人一起尋找致使真由理走向死亡的原因，聽到這些的鈴羽走了進來。

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　　鈴羽就是岡部一直聯繫的提託，而她來自被SERN統治的2036年。絕望的未來讓岡部等人非常吃驚，而想要解救真由理就要從根本上解決問題，那就是消除岡部發出的第一封D-mail，為此鈴羽必須乘坐時光機器前往1975年找到IBN5100。再次使用時間跳躍回溯到最大限度後岡部讓橋田展開了維修時光機器的工作，而其他人則幫助鈴羽尋找父親。

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　　在大家調查鈴羽父親的這段時間裏，橋田終於在13號下午修好了時間機器，而根據真由理的推測鈴羽的父親就是橋田。短暫的告別後鈴羽乘坐時光機器返回到1975年，而期待的岡部等人收到的卻是鈴羽的遺書，行動失敗致使世界線沒有轉移。明白失敗原因的岡部發D-mail給2010年8月9號的自己別去跟蹤鈴羽，世界線終於開始了轉移。

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　　世界線的改變只是讓真由理的死亡日期從13號推遲到14號，死亡的事實依舊無法改變，時間跳躍到13號下午的岡部再次和紅莉棲商議，他們得出的結論是必須消除所有的D-mail，讓世界線回到最初的狀態。找到菲利斯的岡部敍述了事情的經過，模糊存在這其他世界線記憶的菲利斯告訴了岡部自己所發D-mail的內容，她改變了父親死去的事實。

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　　接下來要消除的就是琉華髮送的D-mail，但當岡部説出琉華在其他世界線裏是男生時卻引起了尷尬的局面，在岡部一籌莫展的時候收到了琉華的信息。存在其他世界線模糊記憶的琉華相信了岡部的話，但在消除D-mail變回男生前琉華希望與岡部正式交往一天，因為在變為男生後就意味着要永久的封閉對岡部的愛慕。

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　　不斷進行時間跳躍的岡部明白，如果沒有把所有的D-mail消除真由理的死亡結果便不會改變，而下一封要消除的便是萌鬱所發的D-mail。紅莉棲陪着真由理確認死亡的時間，而前去尋找萌鬱的岡部卻發現對方已經自殺，在確定了真由理死亡時間後岡部再次進行時間跳躍，回到了萌鬱自殺前的他搶到了對方的手機，但發出“不要換手機”的信息後世界線卻沒有改變。

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　　無功而返的岡部再次與紅莉棲商議，在紅莉棲的提一下岡部決定找出蠱惑萌鬱的FB，想要知道真相的萌鬱選擇與岡部同行。跟隨着被取走的IBN5100岡部終於發現，他們的房東Mr.布朗竟然就是FB，事情敗露的Mr.布朗在射殺萌鬱後自殺，用Mr.布朗的手機發送信息給之前的萌鬱不要去尋找IBN5100後世界線終於得以改變，現在只需要消除第一封D-mail便會回到β世界線，但岡部卻突然反應過來這將會造成紅莉棲的死亡。

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　　真由理和紅莉棲對於岡部來説都是非常重要的存在，回到β世界線真由理就會獲救但紅莉棲卻逃脱不了遇刺的結果，想要與命運抗爭的岡部依舊改變不了什麼，沒有消除第一封D-mail的他又一次目睹了真由理的死亡。再次進行時間跳躍的他依舊一籌莫展，在紅莉棲的逼問下他終於説出了真相，兩人的討論毫無進展，而岡部在這時接到了真由理的電話。

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　　無數次目睹真由理死亡的岡部已經麻木，但他依舊不能接受犧牲紅莉棲的結果，想要再次進行時間跳躍的岡部被紅莉棲阻止，這樣下去只會讓悲痛加深。相互示愛的兩人在彼此心中都留有深刻的記憶，在紅莉棲的説服下岡部終於下定決心回到β世界線，在橋田入侵SERN系統消除第一封D-mail後迴歸到了β世界線，而這真是岡部所期待的世界？

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　　迴歸到β世界線的岡部等人又遇到了乘坐時光機器而來的鈴羽，為了避免第三次世界大戰他們就必須拯救紅莉棲，而經歷了無數次時間跳躍的岡部卻心存疑慮。真由理的鼓勵讓岡部下定了決心，與鈴羽一起回到紅莉棲遇害當天的他竟然在混亂中誤殺了紅莉棲，就在他面臨崩潰的時候收到了來自15年後的自己發來的視頻信息。

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　　之前的失敗是為了成功的準備，根據未來的提示岡部終於找到了拯救紅莉棲的方法，那就是在不改變過去既定事實的基礎上欺騙自己，欺騙世界。再次回到事發當天的他成功的實施了計劃，他用自己的鮮血營造出紅莉棲遇害假象，而中缽博士所搶的論文也被燒燬，世界終於進入了他所期待的命運石之門。

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　　成功進入了命運石之門的世界線後一切皆大歡喜，菲利斯被邀請參加在美國舉行的雷NET大賽，岡部等人決定一同前往。因為中二病的緣故岡部在入關的時候遇到了很多麻煩，前來接他們的是忙完工作的紅莉棲，大家又回到了在Lab時的氛圍。根據岡部的描述紅莉棲很在意其他世界線裏兩人的感情，而在這個世界線裏他們又將要如何面對彼此？